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INFORMAO, VIDA E DNA

David Correa Martins Jr


david.martins@ufabc.edu.br

DEFINIO DE VIDA

que a vida para voc?

DEFINIO DE VIDA

Em 1943 Erwin Schroedinger (um dos pais da fsica quntica) apresentou umas palestras no Trinity College de Londres.
Nessas palestras ele definiu a vida como:

uma

delicada dana de energa, entropia e informao

Posteriormente escreveu o artigo What is life que serviu de inspirao a Watson e Crick para a descoberta da estrutura do DNA.

O QUE UM GENE?
Segmento

de um
cromossomo ao qual
corresponde um cdigo
distinto
uma

informao para produzir


uma determinada protena ou
para controlar uma
caracterstica (fentipo), por
exemplo, a cor dos olhos.

MEMRIA GENTICA E DNA

5000 sequncias gnicas 100%


iguais
em
humanos,
camundongos e outros animais
Capacidade
do
DNA
de
preservar
informao
de
centenas de milhes de anos.
(Science, 2004).
Pergunta: Os seres vivos so
veculos para assegurar a
sobrevivncia da informao
neles contidos?

HIPTESE DO GENE
EGOISTA

Formulada por Richard Dawkins


(1976): o DNA realiza uma nica
tarefa: se duplicar, passar a sua
informao para frente mesmo em
prejuzo do prprio organismo.
Segundo esta teoria os organismos
somente so teis enquanto
servirem para esta finalidade.
Exemplo das colnias de formigas:
Somente a rainha se reproduz.

INTRODUO AO DNA, RNA

No DNA encontra-se a informao gentica


um cdigo formado por quatro letras (que
correspondem as quatro bases nitrogenadas):
A,T,C,G
A: Adenina, T: Timina, C: Citosina e G: Guanina
Constitudos de duas fitas complementares (A liga
com T e C liga com G) formando uma dupla hlice
Os genes codificam RNAs por um processo de
transcrio gnica

Os genes podem estar dispostos tanto em um


sentido (5->3 ou positivo) ou em outro (3->5 ou
negativo)

INTRODUO AO DNA, RNA


Sentido

da leitura da
transcrio gnica
Sentido da leitura na fita positiva (5 -> 3)

+ CACATGCGACGACTATAAA
5
- GTGTACGCTGCTGATATTT 3
Sentido da leitura na fita negativa (3 -> 5)

INTRODUO AO DNA, RNA

No RNA a Timina substituda por


Uracila (A,C,G,U)
Um RNA transcrito a partir de um
gene, obtendo-se uma sequncia de
bases complementares (o que era A vira
U, o que era T vira A, o que era G vira C
e o que era C vira G).

INTRODUO AO DNA, RNA

Os RNAs mensageiros so transportados do


ncleo para o citoplasma, onde sero
traduzidos nos ribossomos, gerando uma
uma cadeia de aminocidos.

As protenas so constitudas por essas


cadeias de aminocidos

As protenas atuam em praticamente todos


os processos celulares, desde a regulao da
transcrio at vias metablicas
Ver:http://www.youtube.com/watch?v=NJxobgkPEAo

Clula

Protenas
Vias metablicas

Ncleo
Traduo

DNA

mRNA

Transcrio

Transporte

INTRODUO AO DNA, RNA

Cada aminocido uma palavra de trs letras.

Seria possvel escrever 4x4x4=64 palavras de trs letras, ou seja


poderia haver 64 aminocidos. Cada uma dessas 64 palavras so
denominadas cdons

Contudo existem vrios sinnimos (cdons) para cada


aminocido. Por exemplo, a arginina (ARG) pode ser codificada
como: CGA,CGC, CGG, CGU, AGA, AGG
Portanto existe muita redundncia no cdigo gentico
Os aminocidos mais frequentes onde podem acontecer mais erros
tendem a possuir maior redundncia
O aminocido STOP tem muita redundncia (escreve-se como
UAA, UAG, UCA) porque, embora seja escasso, muito importante

Aminocido (%)

Codificao

Aminocido (%)

Codificao

ARG (5,28)

HIS (2,36)

CAC CAU

GLU (6,82)

GAA, GAG

ASP (5,07)

GAC, GAU

TYR (3,13)

UAC, UAU

CYS (2,44)

UGC, UGU

PHE (3,84)

UUC, UUU

ILE (4,50)

AUA,AUC, AUU

MET (2,23)

AUG

LYS (5,71)

CGA,CGC,CGG,
CGU,AGA,AGG
CUA, CUC, CUG,
CUU, UUA, UUG
UCA, UCC, UCG,
UCU, AGC, AGU
ACA,
ACC,ACG,ACU
CCA,CCC,CCG,C
CU
GCA,GCC,GCG,G
CU
GGA,GCC,GCG,G
CU
GUA,GUC,GUG,
GUU
AAA, AAG

TRP (1,38)

UGG

ASN (3,92)

AAC, AAU

STOP (0,24)

UAA,UAG, UGA

GLN (4,47)

CAA, CAG

LEU (9,56)
SER (7,25)
THR (5,68)
PRO (5,67)
ALA (6,99)
GLY (7,10)
VAL (6,35)

ENTROPIA E DNA

Cada um dos quatro nucleotdeos podem ser escritos com


dois bits (dois bits por letra) S log 2 4 2
Precisamos de 6 bits para nomear todos os 64 possveis
aminocidos S log 2 64 6
Entropia de Shannon (segundo a proporo relativa dos
aminocidos, ver tabela anterior)

S=-(.0528*log2(0.0528)+ 0.0956*log2(0.0956)+ 0.0725*log2(0.0725)+


0.0568*log2(0.0568)+0.0567*log2(0.0567)+0.0699*log2(0.0699)+0.0710*log2(0.0
710)+0.0635*log2(0.0635)+0.0571*log2(0.0571)+0.0392*log2(0.0392)+0.0447*log
2(0.0447)+0.0236*log2(0.0236)+0.0682*log2(0.0682)+0.0507*log2(0.0507)+0.031
3*log2(0.0313)+0.0244*log2(0.0244)+0.0384*log2(0.0384)+0.0450*log2(0.0450)+
0.0223*log2(0.0223)+0.0138*log2(0.0138)+0.0024*log2(0.0024))=4,21

Precisaramos de 4,21 bits para nomear os 21 aminocidos,


ou seja, 2,105 letras

ENTROPIA E DNA
cdigo gentico muito eficiente (utiliza quase
uma letra a mais do que precisa), j que com 2 letras,
s so possveis 4x4 = 16 codificaes possveis.

E ao mesmo tempo, um cdigo robusto, j que ele

possui uma certa redundncia.


Os

1,79 (6 4,21) bits adicionais so usados para que um


mesmo aminocido possa ser expresso de 2 ou mais
formas diferentes
Desse modo, uma troca de nucleotdeo (um erro) pode ser
corrigido (mapeado para o aminocido correspondente).

O DNA ROBUSTO

Existem vrias razes que impedem a degradao da


informao gentica contida no DNA
Um

mesmo aminocido pode ser codificado por mais de


um cdon (redundncia)
No DNA a Adenina liga com o complementar (Timina) e a
Citosina com o complementar (Guanina) e vice versa. Se
falta um nucleotdeo num degrau do DNA, olhando o
nucleotdeo complementar podemos saber qual falta.
Por outro lado algumas enzimas reparadoras
(normalmente de natureza protica) vo reparando os
defeitos do cdigo se movimentando o tempo todo por
cima do DNA

DNA E MQUINA DE
TURING

A fita sem fim de Turing tem certa


analogia com a fita do nosso DNA.
A prpria mquina de Turing
semelhante s enzimas que
percorrem o DNA lendo, apagando e
escrevendo informaes no DNA.
Ver: http://www.youtube.com/watch?v=

NJxobgkPEAo

UTILIZAO DOS PRINCPIOS DA


GENTICA PELO SER HUMANO
A evoluo darwiniana tm sido o melhor mtodo
de passar a informao contida no DNA para
frente.
O ser humano vem aproveitando as leis da
evoluo gentica desde milnios para o prprio
beneficio.
Exemplo: Domesticao de animais e plantas.
Atualmente a informao gentica muito
importante para conhecer e enfrentar as
enfermidades.
Algoritmos genticos: tcnicas computacionais
bioinspiradas para otimizao de processos.

Exemplo: Desenvolvimento
do milho a partir do teosinto
(4,000 a.C.)
Alguns dos princpios
presentes no
desenvolvimento do milho
aparecem nos algoritmos
genticos que veremos em
seguida.

Avaliao

Populao
Inicial

-alto poder nutritivo? Sim


-cultivo fcil?
-resistncia a fatores
climticos?

Incio

Fim

No

Seleo

nova populao
(gerao)

Recombinao
Recombinao
Mutao
Mutao

Processos
naturais

INTRODUO AOS ALGORITMOS


GENTICOS:
Tcnica

de otimizao baseada nos processos de


seleo natural
Os melhores indivduos (segundo determinados
critrios) so selecionados a partir de populao
inicial.
Esses indivduos so recombinados (cruzados).
Uma nova gerao produzida.
feita uma nova avaliao para encontrar os
melhores indivduos segundo os critrios
especificados.

ESTRUTURA DE UM ALGORITMO GENTICO


Fornecer populao
Inicial. Codificar
os indivduos da
populao

Incio

nova populao
(gerao)

Objetivo
atingido?

Sim

No

Seleo
Seleo
Recombinao
Recombinao
Mutao
Mutao

Melhores
Melhores
indivduos
indivduos
Fim

ALGUMAS APLICAES DOS


ALGORITMOS GENTICOS
Problema do caixeiro viajante.
Projeto de hardware (evolvable hardware)
Otimizao de redes eltricas ou hidrulicas.
Identificao facial de criminosos.

Fornecer populao
inicial (diversos tipos
de faces)

Incio

nova populao
(gerao)

Testemunha
identificou
a face?

Sim

No

Fim

Seleo
Seleodas
dasfaces
facesmais
maisparecidas
parecidas

Recombinao
Recombinaodas
dascaratersticas
caratersticas
das
das faces
facesmais
maisparecidas
parecidas
Mutao
Mutao

INTRODUO VIDA ARTIFICIAL


A vida como processo computacional.
Se a mquina de Turing pode realizar qualquer
computao (operao) e a vida tambm for um
tipo de operao, a mquina de Turing permite a
criao de vida num ambiente virtual ou
computacional.

MQUINA TERICA DE TURING


Fita sem fim
A mquina l,
escreve, e apaga
A mquina de
Turing possui
computabilidade
universal

RELEVNCIA DA MQUINA DE
TURING
Qualquer possvel computador pode ser simulado
pela mquina de Turing.
Uma mquina de Turing pode emular qualquer
outra mquina de Turing.

DEFINIO DE AUTMATO
CELULAR

Sistema dinmico que evolui a partir de


condies iniciais definidas.
discreto espacial e temporalmente.
A regra de transio que governa como atualizar
o sistema est localizada espacialmente (depende
da prpria vizinhana)

CARACTERSTICAS DE UM
AUTOMATO CELULAR
Estados:

Nmero de diferentes estados


em que pode estar uma clula.
Vizinhana: Como as clulas so
conectadas a outras clulas. A prpria
clula includa normalmente na prpria
vizinhana.
Regra de transio: define como uma
clula deve mudar em funo do estado da
vizinhana.

O AUTMATO CELULAR MAIS


SIMPLES:
Unidimensional.
Cada clula pode estar somente em dois estados
(branco e preto).
Nos seguintes exemplos decidimos arbitrariamente
que preto significa bit=1 e branco bit=0.
O estado de cada clula no tempo t+1 depende do
prprio estado no tempo t e dos estados dos vizinhos
da direita e da esquerda no tempo t.

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

t
t+1

A textura de certas conchas


pode ser obtida via simulao
de autmatos celulares

http://www.colorado.edu/physics/pion/srr/catutorial

JOGO DA VIDA DE
CONWAY
Muitos autmatos celulares so um tipo de mquina
de Turing.
E portanto possuem a computabilidade universal.
Talvez a computabilidade universal possa levar a
funes que faam possvel a vida artificial
Nem todos os autmatos celulares possuem esta
caracterstica
O jogo da vida de Conway possui a caraterstica da
computabilidade universal.
Na verdade no era um jogo, mas virou moda nos anos
80

JOGO DA VIDA DE
CONWAY

As regras so simples e elegantes:

Qualquer clula viva com menos de dois vizinhos


vivos morre de solido.
Qualquer clula viva com mais de trs vizinhos
vivos morre de superpopulao.
Qualquer clula com exatamente trs vizinhos
vivos se torna uma clula viva.
Qualquer clula com dois vizinhos vivos continua
no mesmo estado para a prxima gerao.

GLIDERS OU PLANADORES DE CONWAY


(GAME OF LIFE)

JOGO DA VIDA DE
CONWAY

Pistolas
Planadores (gliders)
Refletores
Naves
Outros (ex.:devoradores)

JOGO DA VIDA DE
CONWAY

Game of Life online:


http://www.bitstorm.org/gameoflife

Autmatos celulares como sistemas autoorganizveis


O Jogo da Vida um exemplo de sistema autoorganizvel
Sistema auto-organizvel

uma sistema que muda sua estrutura como


resultado de suas experincias e meio ambiente

Caractersticas:
Adaptao

(aprendizado)
Emergncia (no h controle central!)

Padres ou sistemas complexos surgem atravs de interaes


simples entre diversos entes.
A inteligncia do todo maior que a soma da inteligncia
das partes.

Exemplo real: formigas


Simulao

de formigas: Langton Ants

Realizaes dos insetos sociais


Formigas tem apenas 250.000 neurnios a disposio
(compare com 88.000.000.000 do humano)
Entretanto, as organizaes de insetos so capazes de
maravilhas arquiteturais, elaborar sistemas de
comunicao e ser resistentes s intempries da
natureza
Exemplos de insetos sociais
Formigas
Cupins
Abelhas
Vespas

O fascnio pelas formigas

Coleta de comida
Aparentemente cada formiga se move de forma aleatria
A coleta de comida pode ser explicada em termos de um conjunto
fixo de aes, que incluem respostas a feromnios, que so
substncias que possuem um tipo de odor que pode ser
detectado por outras formigas
Exemplo clssico de comportamento emergente!

Regras simples
As formigas tendem a seguir o caminho com maior quantidade de
feromnio at a comida
Ao segu-lo, depositam mais feromnio, que acaba tornando
aquele caminho mais atrativo ainda

Aplicao prtica:
Problema do caixeiro viajante
Problema do caixeiro viajante (Traveling Salesman
Problem - TSP).
Um carteiro tem que visitar uma certo nmero de cidades (N)
usando o menor caminho possvel.
Problema extremamente difcil computacionalmente
O nmero de possibilidades igual ao fatorial de (N-1)

Propostas de tcnicas aproximadas para resolver esse


problema
Algoritmo baseado na coleta de comida das formigas, sendo
chamado de Otimizao por Colnia de Formigas (Ant Colony
Optimization - ACO)

Resoluo do TSP por ACO


Imagine que uma colnia de formigas substitua o
carteiro
Uso dos feromnios para determinar a rota mais
curta
Se cada formiga de uma colnia deposita a mesma
quantidade de feromnio em uma rota, a rota mais
curta ter uma maior densidade de feromnio
Aps um certo tempo de execuo do algoritmo, as
formigas passam a ser guiadas pela maior
quantidade de feromnio das rotas mais curtas,
reforando ainda mais seus nveis de feromnio.

Formigas de Langton
(Langton Ants)
Regras

Sistemas auto-organizveis
Sumrio
Ausncia de controle central
Ordem global
Emergncia de um comportamento inteligente
Redundncia
Se um indivduo falha, a comunidade pouco
afetada
Adaptao
Os insetos sociais existem a milhes de anos