ENZIMI

Bazini koncept i kataliza

Prof. dr Lejla Begi

1

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI
Metabolizam predstavlja skup
koordiniranih hemijskih reakcija
koje se odvijaju u elijama.
Izvan elija ove reakcije se
odvijaju veoma sporo.
ta omoguava odvijanje
hemijskih reakcija?
2

Metaboliki putevi

Za sintezu biolokih molekula neophodni su metaboliki putevi ije

reakcije kataliziraju enzimi.
3

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Enzimi su katalizatori u biolokim sistemima.

Uestvuju u katalizi hemijskih reakcija.
Uestvuju u regulaciji metabolizma
Uestvuju u transformaciji jednog oblika
energije u drugi.

ENZIMI
Aktivnosti enzima su
esto regulirane za
razliku od drugih
katalizatora

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI- Istorijat

1837. Berzelius uveo pojam kataliza

- Pasteur izgraeni i neizgraeni
fermenti
1878. Khne-naziv enzim
1897. Bchner-alkoholno vrenje in vitro
1926. Sumner-izolacija ureaze u
kristalnom stanju

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Gotovo svi enzimi su proteini.

Proteini nemaju apsolutni monopol u katalizi.
RNA molekule su najstariji biokatalizatori.

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Enzimi su snani i visoko specifini

katalizatori.
Enzimi ubrzavaju reakcije milion i vie puta.

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Reakcija koju katalazira karboanhidraza-hidratacija karbon

dioksida ubrzava se 107 puta.
Jedna enzimska molekula moe hidratisati 106 molekula CO2
u sekundi.

10

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Enzimi su visoko specifini u odnosu na

reakciju koju kataliziraju.
Enzimi su visoko specifini u odnosu na
supstrat.

11

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Proteolitiki enzimi in vivo kataliziraju proteolizu

12

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Veina proteolitikih enzima in vitro katalizira hidrolizu esterske

veze.
13

ENZIMI
(A)Tripsin

Proteolitiki enzimi se
znaajno razlikuju na
osnovu specifinosti
prema supstratu.
(B)Trombin

14

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Specifinost enzima je rezultat precizne

interakcije enzima i supstrata.
Preciznost je rezultat trodimenzionalne
strukture enzimskog proteina.

15

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Veliki broj enzima za svoju aktivnost trebaju

kofaktore
Apoenzim + Kofaktor = Holoenzim

16

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI
Kofaktori se dijele u dvije grupe:

1.Metali
2. koenzimi- male organske molekule koje su esto derivati
vitamina
Koenzimi mogu biti labavije ili vre vezani za enzim.
vrsto vezani koenzimi su prostetske grupe.
17

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Metal moe biti:

Dio aktivnog centra (karboksipeptidaza-Zn protein)
Veza izmeu enzima i supstrata (kreatin kinaza)
Uesnik u hemijskoj reakciji (citohromi)
Stabilizacijski faktor enzima (Ca2+ za amilazu)
18

ENZIMI

19

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

U mnogim biohemijskim reakcijama energija

reaktanata se transformira u druge oblike sa
visokim stupnjem efikasnosti.
U fotosintezi svjetlosna energija se
transformira u energiju hemijskih veza.

20

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

Drugi primjeri:
Miozin transformira energiju ATP u mehaniku
energiju miinih kontrakcija.
Membranske pumpe prevode energiju ATP za
transport iona i molekula kroz membranu.

21

ENZIMI

Prevoenje
hemijske energije
u energiju
transporta iona
kroz membranu.

22

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Enzimi mijenjaju brzinu hemijske reakcije i ne mijenjaju

ravnoteu

Enzimi ubrzavaju postizanje hemijske ravnotee, a ne

pomjeraju njenu poziciju.
Mijenjaju put postizanja finalnog stanja.
Ista ravnotena taka se postie mnogo bre u prisustvu
enzima.

23

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Enzimi ubrzavaju reakcije tako to olakavaju formiranje

prelaznog stanja.

Prelazno stanje je kratkotrajna molekularna struktura koja

vie nije supstrat, ali jo nije ni proizvod reakcije.
Prelazno stanje je najnestabilnija struktura tokom hemijske
reakcije zato jer sadri najvie slobodne energije.

24

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI
Razlika slobodne energije izmeu prelaznog stanja i supstrata
naziva se Gibbsova slobodna energija aktivacije ili samo
energija aktivacije i oznaava se sa G.
Zadatak enzima je da sniavaju energiju aktivacije.
Enzimi ubrzavaju reakciju tako to sniavaju energiju
aktivacije.
Sutina katalize je specifina stabilizacija prelaznog stanja.
25

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI

26

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Enzimi sniavaju
energiju aktivacije.

27

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Stvaranje kompleksa enzim-supstrat prvi je korak u enzimskoj

katalizi. Intermedijeri imaju niu energiju aktivacije.

28

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Stvaranje kompleksa enzim-supstrat prvi je korak u enzimskoj

katalizi
Najvei dio katalitike moi enzima proizilazi iz njegove
osobine da povezuju supstrate u pogodnu orijentaciju za
poetak formiranja prelaznog stanja.
Enzimi povezuju supstrate u tzv. enzim-supstrat
komplekse (ES).
Supstrat se vee za specifino mjesto na enzimu koje se zove
aktivno mjesto.

29

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

Podruje na enzimu gdje se vee supstrat i kofaktor

naziva se aktivni centar enzima.
Aktivni centar sadri ostatke koji su direktno ukljueni u
formiranje i cijepanje hemijskih veza.
Ovi ostaci se zovu katalitike grupe.
Interakcija enzima i supstrata na aktivnom centru inicira
formiranje prelaznog stanja.

30

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

1. Aktivno mjesto je trodimenzionalna tvorevina,

procijep, udubljenje ili dep, koje formiraju grupe koje
su meusobno udaljene u primarnoj sekvenci. Ove
grupe se mogu vre vezati nego susjedni ostaci u
sekvenci.

31

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

Komponente aktivnog
centra lizozima
obiljeene razliitim
bojama.

32

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

2. Aktivni centar zauzima relativno mali dio od ukupnog

volumena enzima.
U mnogim proteinima preostale aminokiseline ine
regulatorna mjesta, mjesta interakcije sa drugim
proteinima ili kanale za pristup supstrata aktivnom
mjestu.
33

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

3. Aktivna mjesta su jedinstvene mikrosredine.

U procjepima aktivnih mjesta obino nema vode kada je
za njih vezan supstrat. Nepolarna mikrookolina
pojaava vezanje supstrata i katalizu.

34

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

4. Supstrati se veu za enzime mnogobrojnim slabim

vezama
U

slabe reverzibilne interakcije spadaju:

elektrostatske interakcije sa ili bez metalnih kationa
hidrogenske veze
hidrofobne interakcije
van der Waalsove sile
rijetko kovalentne veze
35

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Hidrogenske veze
izmeu enzima i
supstrata.
Enzim ribonukleaza
formira hidrogenske
veze sa uridinskom
komponentom
supstrata.
36

ENZIMI- aktivno mjesto

Prof. dr Lejla Begi

Aktivna mjesta enzima imaju zajednike karakteristike

5. Specifinost vezanja zavisi od precizno definiranog

rasporeda atoma u aktivnom centru.

37

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Klju-brava model koji je postulirao 1890. E. Fischer.

38

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Model izazvanog prilagoavanja za vezanje enzima i

supstrata. Postulirao ga je D.E.Koshland 1958.god.

39

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Izazvano
prilagoavanje
sa naprezanjem
supstrata
Sterike i
elektronske
deformacije
molekule
supstratakonformacijski
stres

40

Usklaivanje enzima i supstrata je precizno i kritino

Enzim
heksokinaza
(plavo), vee
supstrat, glukozu
(uto).

41

Prof. dr Lejla Begi

ENZIMI- alosteriko mjesto

Mjesto na molekuli proteina na koje se veu male

molekule i uzrokuju promjenu aktivnog mjesta ili
mjesta vezanja supstrata.
Na taj nain aktivno mjesto moe poveati ili smanjiti
afinitet prema supstratu.

42

Deficijencija enzima i zdravlje

Veina genetskih poremeaja je povezana sa funkcijom enzima.

Na slici je prikazano troje djece sa fenilketonurijom.
43

ENZIMI

Prof. dr Lejla Begi

Enzimi se dijele na osnovu vrste reakcije koju kataliziraju.

1964. IUB Enzimska Komisija objavila klasifikaciju enzima sa 4 broja.
Poznato preko 2.000 enzima.

Komitet za nomenklaturu pri Internacionalnoj uniji za

biohemiju i molekularnu biologiju (NC-IUBMB=International
Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular
Biology) je izvrio klasifikaciju enzima.
Komisija za enzime (Enzyme commission) je, prema tipu hemijske
reakcije koju kataliziraju, enzime klasificirala u
est glavnih grupa (klasa).
Svaki enzim je dobio svoje oficijelno (slubeno) ime, a esto i
alternativno ime.
44

ENZIMI
Klase enzima:
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Oksidoreduktaze
Transferaze
Hidrolaze
Liaze
Izomeraze
Ligaze
45

ENZIMI
Svaki enzim ima svoj identifikacijski broj (kod) koji se
naziva EC broj
EC broj (Enzyme commission) se sastoji od etiri cifre
Prva cifra predstavlja broj klase
Druga cifra oznaava broj podklase
Trea cifra predstavlja broj podpodklase
etvrta cifra predstavlja redni broj enzima u podpodklasi
46

ENZIMI

Enzim: EC 1.1.1.1

Oficijelno ime: alkohol dehidrogenaza

Alternativno ime: Aldehid reduktaza

Reakcija koju katalizira: Alkohol + NAD(+) <=> aldehid ili keton

+ NADH

Kofaktor(i):Cink ili eljezo

Komentar:
Djeluje na primarne ili sekundarne alkohole ili hemiacetale,
te na cikline sekundarne alkohole u ivotinja
47