Tema-7.

MECANISMOS DE ACCIN
ENZIMTICA

1.- Catlisis cido-base.

2.- Catlisis covalente
3.- Catlisis por iones metlicos.
..

4. Efecto Tnel y catlisis enzimtica

1. CATLISIS ACIDO-BASE
Desde antiguo se conoce que muchas reacciones orgnicas son
catalizadas por cidos (H3O+) o por bases (OH-). De hecho, hay muchas
reacciones orgnicas en las que protones e hidroxilos son los nicos
catalizadores efectivos.
* Para fijar ideas consideremos la hidrlisis de un ster:

R1-COOR2 + H2O R1-COOH + R2-OH

Esta reaccin que parece tan simple, no lo es si se analiza un
poco en profundidad y se contempla la actuacin del H2O en las
diferentes etapas de la reaccin.

a) Reaccin sin catalizar:

A pH neutro, la reaccin, de manera simplificada, puede describirse de la siguiente maner

i) El tomo de oxgeno del grupo carbonilo (=C=O) debido a su

alta electroafinidad hace que el C-carbonlico presente una cierta
carga positiva (+).
ii) Esta zona de carga positiva, (+), es atacada por los electrones
desapareados del tomo de oxgeno de una molcula de agua, en
un ataque nucleoflico.
iii) Tras el ataque, se forma un complejo activado o estado de
transicin con cargas + y en la molcula, dando lugar un
reordenamiento de enlaces, que finalmente conduce a la
sustitucin del grupo OR2 por un grupo
OH.

Por lo tanto, la reaccin global es una reaccin de

Sustitucin Nuclefila, SN.

- Analicemos todo esto con algo de detalle:

* Para que la sustitucin del grupo OR2 por un grupo OH haya

podido tener lugar, ha sido necesario la formacin de un estado
estacionario con cargas + y -, muy prximas.
Qu consecuencias puede tener esto?

Este estado de transicin es un compuesto muy inestable ya

que las cargas estn muy prximas, y por tanto su formacin
requerir una elevada energa de activacin.
Como consecuencia, la velocidad de este paso, y
consecuentemente de la reaccin global, ser muy lenta,

=> la hidrlisis espontnea de un ster es un proceso

muy lento.
......, salvo que est catalizada.

b) Reaccin catalizada por un cido:

* Los cidos pueden catalizar este tipo de reacciones donando temporal un protn.
Debido a la presencia del protn, la forma protonada del ster puede ser atacada por
una molcula de agua, de una manera anloga a la descrita anteriormente, ya que el
C-carbonlico del ster sigue presentando cierta carga +.

- El estado de transicin, intermedio con doble carga, + y -,

altamente inestable, no se forma en este caso, por lo tanto la
energa de activacin ser ms baja.
c) Hidrlisis bsica:
Las bases catalizan las reacciones aceptando temporalmente un protn.

En el caso de la hidrlisis de un ster por una base (X-O-), la

base cataliza la reaccin contribuyendo a la estabilizacin del
estado de transicin de doble carga.

La catlisis exclusivamente debida a la presencia de un cido se

denomina catlisis cida especfica
La catlisis exclusivamente debida a la presencia de una base se
denomina catlisis bsica especfica
* La velocidad de reaccin en el caso de la catlisis cida
especfica y catlisis bsica especfica viene expresada por las
siguientes ecuaciones:

vac = k0 (S) + kH+(H3O+)(S)

vba = k0 (S) + kOH-(OH-)(S)
donde:
- k0 es la constante de velocidad de la reaccin no-catalizada
- kH+ es la constante de la reaccin catalizada por el cido
- kOH- es la constante de la reaccin catalizada por la base

Las constantes observadas para las catlisis cida y bsicas son

vac = [k0 + kH+(H3O+)] (S)

vba = [k0 + kOH-(OH-)] (S)
vac = kobs (S)
vba = kobs (S)
kobs = k0 + kH+(H3O+)
kobs = k0 + kOH-(OH-)
Hasta aqu nos hemos referido a cido como toda sustancia
capaz de ceder protones (H+) y base como toda sustancia capaz
de producir hidroxilos (OH-) concepto acido/base segn
Arrhenius.
Arrhenius

* Pero, adems de los efectos especficos de protones e

hidroxilos, con frecuencia, es posible detectar efectos
catalticos, es decir, estabilizacin del estado de transicin, por
cidos y bases de Brnsted.
Recordemos:
- cido es toda sustancia capaz de ceder protones
- Base es toda sustancia capaz de aceptar protones
* Por otro lado, con frecuencia es necesaria la presencia
simultnea de cidos y bases para que pueda tener lugar la
catlisis.
En este caso hablamos de catlisis cido-base concertada.
As, muchas reacciones que tienen lugar en el interior de las
enzimas suponen la formacin de compuestos intermediarios
inestables con cargas elctricas (positivas o negativas) que se
pueden considerar como estados de transicin.

* Estos compuestos pueden formarse por donacin de protones

desde restos aminoacdicos cidos del centro activo de la enzima,
tales como:
- grupos carboxlicos (-COOH)
- grupos imidazlicos protonados
- grupos fenlicos (Ph-OH)
- grupos guanidinios protonados
- grupos aminos protonados (-NH3+)

Glu, Asp
His
Tyr
Arg
Lys

Estos grupos pueden convertirse potencialmente en donadores

de protones en una catlisis cida.
Por otra parte:
- grupos carboxilato (-COO-)
- grupo imidazol
- grupo guanidino
- Grupo amino (-NH2)

Glu, Asp
His
Arg
Lys

Pueden servir de aceptores de protones en una catlisis bsica.

* La presencia de restos aminoacdicos cargados en el centro

activo puede estabilizar el estado de transicin, y por tanto
contribuir a la catlisis enzimtica.
La catlisis enzimtica debida a un mecanismo de catlisis cidobase concertada, es muy frecuente, y como ejemplo podemos ver
la hidrlisis de un ster por una esterasa:

2. CATLISIS COVALENTE
* En la catlisis covalente, el ataque de un grupo nuclefilo (cargado -) o
electrfilo (cargado +) del centro activo de la enzima sobre el sustrato
conduce a la unin covalente del sustrato a la enzima

* La catlisis covalente implica la estabilizacin del complejo activado ES#

por la formacin de un compuesto intermediario covalentemente unido a la
enzima.

-Consideremos la siguiente reaccin no catalizada:

Y + B-X <====> Y--B--X <====> Y-B + X

- Si esta reaccin puede ser catalizada por una enzima, el
sustrato B-X debe ser susceptible de ataque por un nuclefilo de
la enzima:

..
-Ser-OH
..
-Thr-OH
..
-Tyr-OH
..
-Cys-SH
..
-His-NH

B-X

Para que haya un aumento de la velocidad de reaccin, la enzima

debe ser un buen nuclefilo, y tambin un buen grupo saliente.
As pues, en presencia de la enzima: E-N: (grupo nucleoflico)

E-N: +

B-X <==> X + E-N-B + Y <==> Y-B + E-N:

La estabilidad del compuesto intermedio E-N-B nos dice que N: ,

es ..
- mejor nuclefilo que Y
- mejor grupo saliente que X
- Existe un elevado nmero de reacciones enzimticas que
transcurren a travs de catlisis covalente, formndose,
fundamentalmente, los siguientes tipos de derivados
covalentes:

Acil-Enzima
Sern y cisten proteasas:
Papana (EC 3.4.21.5, Trombina (EC 3.4.21.5), etc
Esterasas
Fosforil-Enzima
Fosfoglicerato mutasa (E.C 5.4.2.1), Residuos de serina
Fosfoglucomutasa (EC5.4.2.2) Residuos de Histidina.
ATP citrato liasa (E.C 4.1.3.8) Restos carboxlicos del glutmico.
Glucosil-Enzima
Bases de Schiff entre la E y algn Sustrato
Acetoacetato descarboxilasa (E.C. 4.1.1.4)
Lisina (Grupo amino forma una base de Shiff con carboxilo del substrato.

3. CATLISIS POR IONES METLICOS

Un tercio de las enzimas requieren metales para la catlisis
Metales capaces de estabilizar los complejos de transicin
A) Funcionan como cidos de Lewis (igual funcin protones)
Mayor concentracin a pH neutro (pH celular)

Mayor carga

B) Unir molculas de agua fuente de OH- (an a pH cidos)

H 2O M

OH H

Anhidrasa carbnica EC 4.2.1.1)

E-Zn2+OH- + CO2

E-Zn2+ + HCO3-

Hidroxilo unido al metal agente nucleoflico

C) Proteger cargas negativa de substratos impidiendo

repelen el par de electrones de los nucleflos

4. Efecto Tunel y Catlisis enzimtica

Teoria del Estado de transicin cuestionando?
En mecnica cuntica, el efecto tnel es
un fenmeno nanoscpico por el que una
partcula viola los principios de la mecnica
clsica penetrando una barrera potencial o
impedancia mayor que la energa cintica
de la propia partcula.

Particulas elementales pueden ser consideradas como partculas o como

ondas . Como ondas pueden atravesar barreras energticas
Enzimas tiene elastplasticidad interna y presentan pequeos cambios conformacionales
(Breathing)
Barrera energtica es fluctuante y algunos efectos
catalticos pueden tener lugar por el efecto tnel a travs
de la barrera energtica

Alcohol deshidrogenasa de Bacilllus sterathermophilus

Efecto tunel a los 65 grados centigrados
Fluctuaciones de la estructura causadas por la
excitacin trmica tienen un papel importante en
la ruptura cataltica del enlace carbono-hidrgeno

Energa potencial

DINMICA DE LAS PROTENAS

ES

EP

ES

EP
IDENTIFICAR TIPOS DE VIBRACIN EN
LA MOLECULA

X
FACILITAN EFECTO TUNEL
Configuracin nuclear

El efecto tnel no acontece hasta que la geometra de la molcula es distorsionada de manera que la
energa potencial de los complejos ES y EP interseccionan,
Temperatura es indenpediente del efecto tunel , pero facilita cambios conformacionales

TAMAO DE LAS ENZIMAS

Por qu es necesario una macromolcula para que tenga la accin cataltica?
12-20 kD

Lmite inferior Distribucin est muy bien conservada

50% Tiene masas moleculares entre 30-50 kD

Enzimas > 80 kD Multifuncionales
Tamao de la protena es necesario para completa
conformacin espacial del centro activo
Citrato sintasasa 437 aa
8 aa Interactuar citrato
8 aa Interactuar Acetil CoA
Repartidos posiciones desde 46-421 Toda la protena es necesaria para que los
16 aminocidos implicados en la catlisis adquieran conformacin activa
Mayor es una enzima

Mayor especificidad

Nmero de contactos especficos

Tripsina proteasa poco especfica (233 aminocidos)

Plasmina muy especifica 714 aminocidos
Especificidad se logra aumentando el nmero de puntos de interaccin

RESUMEN TEMA
La estabilizacin del estado de transicin puede llevarse a cabo por medio de una
catlisis cido-base concertada (en el centro activo pueden existir aminocidos en
la forma cida o en la forma bsica),

Mediante la formacin de un complejo covalente intermedio: acil enzimas, fosforil

enzimas o del tipo de bases de Schiff, el intermediario covalente sera el complejo
activado.
Catlisis Metlica: Metales funcionan como cidos Lewis. Une molculas de agua y
convierten en fuentes de hidroxilo an por debajo del pH neutro.
Recientemente se ha acudido al efecto tnel que presentan partculas pequeas para
explicar la accin enzimtica. Los cambios conformacionales de la enzima pueden
inducir a tomos de Hidrogeno a atravesar la barrera energtica, de tal manera que la
energa potencial de los complejos ES y EP coincidan