ESTRUCTURA DE LOS ACIDOS

NUCLEICOS

Felipe Garcia Vallejo. PhD

Profesor Titular
Departamento de Ciencias Fisiolgicas
Facultad de Salud
Universidad del Valle
 Qu es la vida?
Los organismos estn formados por materia inanimada, cmo
funcionan las biomolculas?
Atributos particulares:
Alta complejidad y organizacin
Especificidad funcional (a veces por componentes)
Extraccin, transformacin y utilizacin de enega (nutrientes o
luz solar)
Transporte de membranas
Mantenimiento de estructuras
Locomocin
Autorreplicacin

La mayor parte de los componentes qumicos en organismos vivos son

compuestos orgnicos (en base al carbono, con enlaces covalentes con
otros carbonos, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno).
 ELCOMIENZODELASAGA

En1869,utilizandoespermadesalmny
glbulosblancosobtenidosdecurativos
quirrgicosquerecogaenunaclnica,
consiguiaislarelcontenidonuclear,
separndolodelcitoplasma.

Lasustanciaqueobtuvodespusdeesta
purificacinfuedenominadaporelcomo
NUCLEINA.

Eldeterminqueestasustanciaeradeun
FriedrichMiescher altopesomolecular,poresosugiriqueesta
(18441895) sustanciapodraactuarcomouncompuesto
gentico
 LANUCLEINA
Eraunpolvoblancoconsaborsalinoydeacuerdoconel
anlisisqumicofundamentaleraricoenNitrgeno,
CarbonoyFsforo

Miescheralmacenestepolvoblancoenunabotellasinsaber
queenestabotellaestabanlosgenesquecodificanportodos
nuestrasfuncionesbiolgicas
 LABOTELLADEGENESTUVOQUEESPERARMS
DE60AOSPARASERCONSIDERADACOMOEL
DNA

ESUNAHISTORIAQUEHATENIDOMLTIPLES
LOGROSPEROQUEAPRINCIPIOSDELSIGLOXX
DIINICIOALAREVOLUCINMSIMPORTANTE
ENLABIOLOGA.

ELCONOCIMIENTODELAVIDAYDECMOELLA
SEPERPETAALOLARGODELOSTIEMPOS
Frederick Griffith (1877-1941), mdico ingls, realiz, en
1927, um experimento bastante importante para las ciencias
biolgicas:

Pneumococo pneumoniae es una bacteria que produce

neumona

Sin embargo hay dos clases de colonias de estas bacterias

Las R que no son virulentas, no producen enfermedad

cuando se inoculan en ratones

Las S si son virulentas, producen enfermedad cuando se

inoculan en ratones
 1928elprincipiotransformador

1944elprincipiotransformadoreraelDNA
 QuehaceelDNA?

GeorgeBeadle EdwardTatum JoshuaLederberg

Neurosporacrassa
UNGENUNAENZIMA

DNA PROTENA
 QuehaceelDNA?

Bilogoygenetistaestadounidense(18661945),
nacidoenLexington,Kentucky.Esfamosoporsus
trabajosdeconfirmacindelasleyesdelaherencia
delbotnicoaustriacoGregorMendel,sentandolas
basesdelagenticaexperimentalmoderna.Porel
conjuntodeestostrabajos,lefueconcedidoel
premioNbeldeMedicinayFisiologaen1933

ThomasHuntMorgan

MorgantrabajoenlaUniversidaddeColumbiaenNewYork
yenCaltechyadoptcomomodeloexperimentallamoscadel
vinagre.Drosophilamelanogaster
Mientrasrealizabanexperimentosyanlisiscitolgicossobrelamosca
delvinagre,Drosophilamelanogaster,MorganysusalumnosAlfred
HenrySturtevant,CalvinBlackmanRidgesyHermannJosephMuller
descubrieronqueloscromosomassecomportabandemodosimilara
comoMendelcreaquesesegregabanyapareabanaleatoriamentelos
genes.

Aldescubrirtambinquelosgenestransmisoresdemultitudde
caracteressedisponandeformalinealencadacromosoma,Morgany
suscolaboradorescrearonmapascromosmicoslinealesenlosquea
cadagenseleasignabaunaposicinespecfica.
 QuehaceelDNA?

ENLADCADADELOS40DELSIGLOXX
ESTABABIENESTABLECIDOQUELA
HERENCIADELOSCARACTERES
BIOLGICOSERAUNMATERIAL
LLAMADODNAQUESELOCALIZABAEN
LOSCROMOSOMASYQUECODIFICABA
PORPROTEINAS
QUEESELDNA?

RosalindFranklin MauriceWilkins

ErwinChargaff
1953

Patrndedifraccinde
RayosXdelamolculade
DNA
ELDNAESUNPOLIMERODENUCLETIDOSEN
DOBLEHELICE
ELDNAESUNADOBLEHLICE
 LOS ACIDOS NUCLEICOS

Son polmeros constitudos por la unin

mediante enlaces qumicos de unidades menores
llamadas NUCLETIDOS

Son compuestos de elevado peso

molecular , es decir MACROMOLCULAS
 LOS NUCLETIDOS

Estn formados por:

Una base nitrogenada BN
Un azcar (pentosa) A
cido fosfrico (H3PO4) P

Unidos en el siguiente orden: P A BN

LA PENTOSA PUEDE SER:
LA RIBOSA
LA DESOXIRRIBOSA
LA BASE NITROGENADA PUEDE SER:
ADENINA A
GUANINA G
CITOSINA C
TIMINA T
URACILO U
REPRESENTACIN PLANAR DE UN NUCLETIDO
LAS BASES NITROGENADAS
CLASES DE BASES NITROGENADAS
LA PENTOSA
ISOMERA GEOMTRICA DE LAS PENTOSAS
 CIDOS NUCLEICOS:

DNA (cido desoxirribonucleico).

Sus nucletidos tienen desoxirribosa
como azcar y no tiene uracilo
RNA (cido ribonucleico).Sus
nucletidos tienen ribosa y no tienen
timina
BASES NITROGENADAS MODIFICADAS
BASES NITROGENADAS MODIFICADAS
 NH2
N
O N
-
O P O CH2 N
O N
O- H H
H
OH OH

Pentosa Base

Fosfato Nuclesido

Nucletido
TIPOS DE NUCLETIDOS
 Dinucletido de RNA

3-hidroxilo

5-fosfato
POLINUCLETIDOS 5-3
HIDRLISIS DEL ENLACE FOSFODIESTER
REPRESENTACIN CORTA DE UN POLINUCLETIDO
TAUTOMERISMO DE LAS BASES NITROGENADAS
ESPECTROS DE ABSORCIN DE LOS NUCLETIDOS
 EXPERIMENTO DE
HERSHEY Y CHASE

La molcula de DNA del

Bacterifago es capaz de
producir mas virus
 ESTRUCTURA
SECUNDARIA DE LA
MOLCULA DE DNA
 LA CRISTALOGRAFIA DE RAYOS X

Rosalind Franklin Maurice Wilkins

Rosalind Franklin
PATRON DE DIFRACCIN DE RAYOS X DE
UNA FIBRA DE DNA

ROSALIND FRANKLIN
Figura 3: Estructura molecular bsica del ADN.
LA HLICE DE TIPO B
 LA GEOMETRIA DE LA
MOLCULA DE DNA

En la forma B, existe una curvatura

principal y una secundaria

Son cavidades moleculares

importantes para la unin con
molculas ligando

Controlan funcin del DNA y sus

estrcuturas asociadas.
POLIMORFISMO DE LA DOBLE HLICE DEL DNA
POLIMORFISMO DE LA DOBLE HLICE DEL DNA
 Diferencias entre DNA y RNA

DNA RNA

Doble cadena helicoidal Cadena Simple

Tiene las bases A, T, G y C Tiene las bases A, U, G y C

Es una Macromolcula Es ms pequea que el DNA

Esta en el Ncleo Se encuentra en el citoplasma

Constituye los Genes (se Es una molcula involucrada

Replica o se trascribe a RNA) en la sntesis de protenas
Hay 4 tipos de ARN, cada uno codificado por su
propio gen:

ARNm - ARN Mensajero: Codifica la secuencia de

aminocido de un polipptido.
ARNt - ARN de Transferencia: Lleva los aminocidos a
los ribosomas durante la traduccin.
ARNr - ARN Ribosomal: Con protenas ribosomales y
los ribosomas actan con el ARNm.
ARN np- ARN nuclear pequeo: Con protenas, forma
complejos que son usados en el proceso de ARN en
las clulas eucariticas (no se encuentra en las
clulas procariticas).
 PLEGAMIENTOS DE LA
ESTRUCTURA DE LA DOBLE
HLICE DEL DNA
ESTRUCTURA TERCIARIA DEL RNA
DESNATURALIZACIN Y RENATURALIZACIN
CINTICA DE DESNATURALIZACIN DEL ADN
TEMPERATURA DE FUSIN VS CONTENIDO G:C
HIBRIDIZACIN DE MOLCULAS DE DNA
ELDNAENESTRUCTURAS
BIOLGICAS
FLUJODELAINFORMACINGENTICA
ELDNAESTDENTRODEESTRUCTURAS
BIOLGICAS

PRINCIPIOGENERALESEL
SUPERENRROLLAMIENTO
QUEPROMUEVEEL
EMPAQUETAMIENTO
ELSUPERENRROLLAMIENTO
 Posibles soluciones al problema estructural

Ante un problema estructural como el anterior, la molcula es forzada a

acomodar la tensin estructural que se ha generado, en teora esto
puede lograrse de dos formas diferentes:

1. Separacin de las hebras 2. Subenrrollamiento de la

polinucleotdicas a lo largo de doble hlice sobre su eje
unos 10 pares de bases
 El mecanismo predominante in vivo para acomodar la
tensin generada, es el subenrrollamiento.

Por qu el subenrrollamiento y no la separacin de las hebras?

La separacin de las hebras del dplex de DNA implicara un alto

costo energtico, puesto que este mecanismo requiere la ruptura
de las interacciones no covalente que estabilizan el mismo.

El subenrrollamiento facilita la separacin de las hebras de la

doble hlice, en procesos en que se hace necesario el acceso a la
informacin contenida en el DNA (EJ. REPLICACIN O
TRANSCRIPCIN).
Slo tiene sentido hablar de superenrrollamiento cuando
la rotacin de las hebras sobre si mismas
est restringida.

O sea, cuando el DNA es circular cerrado, o cuando est

unido y estabilizado por protenas. La ruptura de una o
ambas hebras provoca que la molcula retorne espont-
neamente a su estado relajado.
Slo tiene sentido hablar de superenrrollamiento cuando
la rotacin de las hebras sobre si mismas
est restringida.

De igual forma, el cordn telefnico

slo permanece superenrrollado
mientras una punta est unida al
auricular y la otra al cuerpo del
telfono, si desconectamos una de
las puntas el cordn retornar
automticamente a su estado rela-
jado.

O sea, cuando el DNA es circular cerrado, o cuando est

unido y estabilizado por protenas. La ruptura de una o
ambas hebras provoca que la molcula retorne espont-
neamente a su estado relajado.
 Topologa del DNA superenrrollado

La topologa es la rama de la matemtica que estudia

las propiedades de un objeto que no varan por causa
de deformaciones continuas, en trminos de DNA:

Se consideran deformaciones continuas los cambios

conformacionales inducidos por temperatura o por la
interaccin con protenas, sin que tenga lugar ruptura
de enlaces covalentes en la(s) hebra(s).

Se consideran deformaciones discontinuas las que

produzcan ruptura de enlaces covalentes en una o
ambas hebras. Las deformaciones discontinuas s
alteran las propiedades topolgicas de un objeto.
El nmero de enlace (Lk) es una propiedad topolgica
del DNA, que se define como el nmero de veces que
una hebra cruza la otra

Lk es siempre un nmero entero, que puede ser positivo o

negativo, convencionalmente:

Cuando las hebras se cruzan hacia la derecha Lk > 0

Cuando las hebras se cruzan hacia la izquierda Lk < 0
 Cmo vara el Lk ante deformaciones
continuas o discontinuas?

DNA cc con
Lk = 200
 Cmo vara el Lk ante deformaciones
continuas o discontinuas?
mella Deformacin discontinua
Ruptura de un
enlace covalente El DNA de desenrrolla
en una hebra completamente hasta
que Lk se indefine y no
queda enlace topolgico
en la molcula

DNA cc con
Lk = 200
 Cmo vara el Lk ante deformaciones
continuas o discontinuas?
mella Deformacin discontinua
Ruptura de un
enlace covalente El DNA de desenrrolla
en una hebra completamente hasta
que Lk se indefine y no
queda enlace topolgico
en la molcula

Deformacin continua

Cambio transiente en Lk
DNA cc con Quitar dos Lk = -2, que induce
vueltas de superenrrollamiento,
Lk = 200 hlice tras el cual Lk no vara, se
restablece el valor original
Lk = 198
 La naturaleza del superenrrollamiento queda
determinada por el cambio transiente en Lk Lk
Lk = Lk Lko
Lko es el Lk de la molcula relajada

Lk0 = 200
 La naturaleza del superenrrollamiento queda
determinada por el cambio transiente en Lk Lk
Lk = Lk Lko
Lko es el Lk de la molcula relajada

Lk0 = 200 Lk = +2
Lk = -2
SUPERENRRO- SUPERENRRO-
LLAMIENTO LLAMIENTO
NEGATIVO O POSITIVO O
SUBARRO SOBREARRO
LLAMIENTO LLAMIENTO

Lk = Lk =
198 202
 La naturaleza del superenrrollamiento queda
determinada por el cambio transiente en Lk Lk
Lk = Lk Lko
Lko es el Lk de la molcula relajada

El de mayor Slo
importancia observado
biolgica! in vitro

Lk0 = 200
Lk = -2 Lk = +2
SUPERENRRO SUPERENRRO
LLAMIENTO LLAMIENTO
NEGATIVO O POSITIVO O
SUBARRO SOBREARRO
LLAMIENTO LLAMIENTO

Lk = Lk =
198 202
 Lk se descompone en dos propiedades
geomtricas, no topolgicas

Lk = T + W
T (nmero de giro) es el nmero de vueltas que una hebra
polinucleotdica realiza alrededor del eje del dplex en la
conformacin que se considera. Luego:

no. de pb
T
no. de pb por vuelta

W (nmero de superenrrollamiento) es el nmero de

vueltas que el eje del dplex realiza sobre si mismo
(es una medida del superenrrollamiento)

A diferencia de Lk, T y W si vara ante deformaciones continuas y no

necesariamente tienen que ser nmeros enteros!
 Una vez ms el
cordn telefnico
puede ayudar a
entender la diferencia
entre T y W!

Relajado Estirado

T pequeo T grande
W grande W pequeo

T
E S TI RAM I E N TO
W
 TOPOISOMERASAS DE TIPO I
cortan una hebra de ADN, permitiendo de esta forma liberar las tensiones
internas debidas a un exesivo enrrollamiento o a un enrrrollamiento deficiente.
Una vez que la tensin se ha relajado, pega los extremos de la hebra cortada.
Al cortar una de las hebras se permite que la molcula rote alrrededor del
enlace que permanece ntegro reduciendo el estrs debido al enrrollamiento.

Las topoiosmerasas de tipo I no requieren de ATP para su funcionamiento. Las

topoisomerasas de tipo I son frecuentemente subdivididas en dos subclases:
Topoisomerasas IA; las cuales tienen muchas similitudes estructurales y
mecansticas con las topoisomerasas de tipo II. Y topoisomerasas IB; las
cuales utilizan un mecanismo de rotacin controlada.
 Algunos ejemplos de topoisomerasas de tipo IA incluyen a la topo I y a la topo III.
En el pasado las topoisomerasas de tipo IB eran frecuentemente referidas como
topoisomerasa de tipo I eucariotica, pero las topoisomerasas de tipo IB se
encuentran presentes en los tres dominios de la vida. Es interesante notar que las
topoisomerasas de tipo IA forman un intermediario covalente con el extremo 5' de
la simple hebra de ADN, mientras que las topoisomerasas de tipo IB lo hacen con
el extremo 3'.
Recientemente se ha identificado un nuevo tipo de isomerasa I(IC), llamada topo
V. Esta a pesar de que resulta totalmente diferente a las topoisomerasas IA y IB
desde el punto de vista estructural, comparte similitudes con el mecanismo de las
topoisomerasas IB:
 TOPOISOMERASAS DE TIPO II

Cortan ambas hebras de la cadena de ADN, y pasa otra doble cadena

intacta por el hueco formado en la ruptura.

Estas tambin se dividen en dos subclases: tipo IIA y IIB, las cuales
son similares en estructura y mecanismo. Ejemplos de topoisomerasas
de tipo IIA incluyen a la topo II eucaritica, a la girasa de E. coli, y a la
topo IV de E. coli. Un ejemplo de las toposiomerasas de tipo IIB sera la
topo VI.
GRACIAS
GRACIAS
 SECUENCIACIN DEL DNA

TERMINACIN PREMATURA DE LA ELONGACIN

Fred Sanger
SECUENCIACIN
AUTOMTICA DE
DNA