BIOKIMIA

Biokimia Molekuler

1. Mempelajari proses Biokimia pada tingkat molekuler.

2. Mempelajari struktur dan fungsi molekul kehidupan.

Ciri-ciri suatu sel hidup antara lain :

1. Ada proses replikasi (perbanyakan diri)
2. Ada proses metabolisme yang efisien
3. Ada proses mutasi.
Unsur dasar organisme hidup adalah :
Utama : C, H, O ,N; Tambahan: S, P
Di alam terdapat dalam bentuk :
CO2, H2O, NH3.

Unsur-unsur dasar tersebut akan membentuk molekul

organik
(sub unit organik, monomer) yaitu :
1. Asam amino
2. Monosakarida
3. Nukleotida.

Monomer-monomer akan berkondensasi membentuk molekul

Lebih besar (Makromolekul) yaitu :
1. Protein
2. Polisakarida
3. Asam nukleat.

Dari unsur-unsur dasar dibentuk pula makromolekul Lipida.

 Selanjutnya: :
makromolekul saling berikatan (secara non kovalen)
membentuk molekul yang lebih kompleks yaitu
Supramolekul

Supramolekul antara lain :

Membran plasma
Kromosom
Aparatus golgi
Retikulum endoplasmik,dls.
Supramolekul selanjutnya akan membangun sel.
Jadi : supramolekul merupakan unit fungsional
suatu sel. Sel merupakan unit struktur dan
unit fungsi dari kehidupan
 Makromolekul PROTEIN

1. Rangkaian daripada asam-asam amino

2. Dapat berfungsi struktural :bagian daripada membran
sel.
3. Dapat berfungsi fungsional : sebagai enzim, hormon,
reseptor, transporter, antibodi

ASAM AMINO
Fungsi :
Membangun molekul protein
Pra zat hormon.
Neurotransmitter
Pigmen
 Di alam ada 20 macam asam amino :
Ala s/d Val bersifat Hidrofobik,sisanya Hidrofilik

1. Ala ( ALANIN ) 1. Arg ( ARGININ )

2. Ile ( ISOLEUSIN ) 2. Asn ( ASPARAGIN )
3. Asp ( ASAM ASPARTAT )
3. Leu ( LEUSIN )
4. Cys ( CISTEIN )
4. Met ( METIONIN ) 5. Glu ( ASAM GLUTAMAT )
5. Phe ( FENIL ALANIN ) 6. Gln ( GLUTAMIN )
6. Pro ( PROLIN ) 7. Gly ( GLISIN )
7. Trp ( TRIPTOFAN ) 8. His ( HISTIDIN )
9. Lys ( LISIN )
8. Tyr ( TIROSIN )
10. Ser ( SERIN )
9. Val ( VALIN ) 11. Thr ( TREONIN )
 (makromolekul) POLISAKARIDA

1. Polimer Monosakarida
2. Fungsi utama : sebagai komponen struktural
membran / dinding sel dan sebagai sumber
energi.
3. Yang dijumpai terbanyak dialam : amilum dan
selulosa. Keduanya merupakan rangkaian sub
unit D-glukosa.
 MONOSAKARIDA

Sakar artinya : Gula

Biasanya terdiri dari 3 unsur : C, H, dan O
Dengan perbandingan 1:2:1
Gula dengan 6 atom C : Heksosa
Gula dengan 5 atom C : Pentosa
Gula dengan 4 atom C : Tetrosa
Gula dengan 3 atom C : Triosa
Monosakarida berikatan satu sama lain melalui IKATAN
GLIKOSIDA, membentuk molekul yang lebih kompleks :
Disakarida,Oligosakarida, Polisakarida.
 (makromolekul) LIPIDA/LEMAK

1. Definisi : Zat yang larut dalam pelarut organik

( kloroform, benzena, dls.) dan sukar atau tidak
dapat larut dalam air.
2. Rangkaian daripada hidrokarbon
3. Fungsi sebagai komponen struktural membran
sel dan sebagai sumber energi.
Macam macam LEMAK yang terdapat dalam tubuh :
1. Asam Lemak
2. Triasilgliserol ( TAG )/Trigliserida
3. Glisero/ Fosfolipid
4. Kolesterol
5. Sfingolipid.
 ASAM LEMAK

Adalah Asam Karboksilat dengan rantai

Hidrokarbon yang
O
panjang sebagai rantai samping.
CH2 C
OH
H3C CH2
CH2

Catatan : Dalam tubuh, jumlah atom C

Antara 14 20, dan genap.
 Ada 2 macam Asam Lemak

1. Asam Lemak Jenuh (tidak memiliki ikatan

rangkap)
2. Asam Lemak Tidak Jenuh (memiliki ikatan
rangkap)
Misal :Asam Palmitoleat, Asam Oleat, Asam
Linolenat, Asam Arakhidonat.
Beberapa catatan penting mengenai Lemak

1. Sumber energi
2. Penting untuk proses absorpsi vitamin-vitamin
yang larut dalam lemak
3. Mengkonsumsi lemak sangat penting agar
tubuh mendapat asam lemak ESENSIAL.
 ASAM LEMAK ESENSIAL

1. Adalah asam lemak yang mengandung ikatan

rangkap pada w-6 (misal : Asam Linoleat, Asam
Arakhidonat) dan ikatan rangkap pada w-3
(misal : Asam Linolenat)
2. Ikatan rangkap pada w-6 dan pada w-3 ini tidak
dapat disintesis dalam tubuh manusia.
 TAG/ TRIGLISERIDA

1. Lipid yang terbanyak dalam tubuh

2. Bukan komponen utama membran biologis
3. Sumber energi
4. Disintesis dan disimpan dalam adiposit.
 GLISEROFOSFOLIPID

1. Komponen utama membran biologis

2. Misal : Fosfatidil Kolin, Fosfatidil Etanolamin,
Asam Fosfatidat, Fosfatidil Gliserol.
SFINGOLIPID

1. Komponen membran biologis.

2. Misal : Spingomielin,Serebrosida,Gangliosida.

KOLESTEROL

1. Komponen membran biologis.

2. Suatu steroid
3. Pra-zat untuk asam empedu dan hormon-
hormon steroid.
 MEMBRAN SUPRAMOLEKUL

Misal : Membran plasma, dinding sel.

Merupakan suatu MEMBRAN BIOLOGIS dengan sifat

Permeabel untuk zat-zat non polar (Hidrofobik) dan
Impermeabel untuk zat-zat polar (Hidrofilik).
 KARAKTERISTIK MEMBRAN BIOLOGIS

1. Terdiri dari 2 lapis molekul Lipid (bilayer)

dengan bagian ekor non polar saling
berhadapan ditengah bilayer, dan bagian
polar menghadap keluar.

2. Pada kedua lapis tersebut tertanam molekul-

molekul protein globuler secara tidak teratur.
3. Protein tersebut menonjol dipermukaan luar membran
secara asimetris.
4. Maka : tonjolan molekul-molekul protein pada
membran lipid bilayer itu tampak sebagai suatu
MOZAIK.

Molekul lipid dan protein pada membran biologis berikatan

Secara non kovalen sehingga kedua jenis molekul tersebut
Secara individual dapat bergerak bebas sepanjang bidang
Membran. Dengan demikian lapisan membran menjadi
Bersifat encer (FLUID).
Maka : membran biologis akan menunjukkan gambaran
MOZAIK FLUID
Derajat FLUIDITAS suatu membran bergantung kepada :
1. Komposisi Lipid
2. Suhu.

KOMPOSISI LIPID.
Lebih dominan asam lemak jenuh,maka membran lebih
Kaku.
Lebih dominan asam lemak tidak jenuh maka,membran
lebih
Encer.

PENGARUH SUHU
Pada suhu rendah, pergerakan lipid relatif lebih sedikit &
Lapisan bilayer menjadi lebih PADAT.
 Berdasarkan atas LOKASINYA, protein
Membran Plasma dapat dibagi menjadi :

1. Protein Integral (protein intrinsik). Protein

membentang dari lapisan yang satu kelapisan
yang lain.
Protein ini sulit dipisahkan dari komponen
lainnya.

2. Protein perifer (protein ekstrinsik). Protein

terdapat pada permukaan membran.
Protein ini mudah dipisahkan dari komponen
lainnya.
 Protein membran plasma dapat berfungsi
sebagai :

1. Reseptor Sinyal

2. Enzim

3. Transporter / Carrier

4. Ion Channel.
 RESEPTOR SINYAL

1. Memiliki BINDING SITE untuk sinyal-sinyal

extra sel (LIGANDS).

2. Bila LIGANDS berikatan dengan reseptornya,

maka protein reseptor akan mentransduksi
sinyal ini menjadi suatu MESSENGER untuk
pesan Intra Sel.
 TRANSPORTER

1. Dijumpai hampir disepanjang permukaan membran.

2. Mengangkut nutrien dari luar kedalam sel.
3. Mengangkut sisa-sisa metabolisme dari dalam keluar
sel.

ION CHANNEL
1. Sejumlah reseptor pada membran, memiliki
hubungan dengan ion channel.
2. Bila reseptor berikatan dgn ligand-nya, maka ion
channel akan terbuka (atau sebaliknya akan
tertutup).
 ION CHANNELING

1. Dijumpai antara lain pada membran plasma sel-

sel neuron dan sel-sel otot.
2. Bila ada rangsangan pada sel neuron/ sel otot
maka terjadi perubahan potensial elektrik pada
membran plasma sel sehingga terjadi
pembukaan atau penutupan ion channel.
 Mekanisme Transport Melalui Membran ada 4
cara :
1. Simple Diffusion
2. Facilitated Diffusion (Passive Transport)
3. Active Transport
4. Ion Channeling
Simple Diffusion.
Difusi suatu zat berlangsung dari daerah dengan
konsentrasi
tinggi kedaerah dengan konsentrasi lebih rendah ;
sampai
dicapai keseimbangan.
Contoh : H2O, O2, N2, CH4.
FACILITATED DIFFUSION (TRANSPORT PASIF).
Difusi berlangsung dengan bantuan suatu protein
spesifik (Transporter, Permease), Mengikuti
gradien konsentrasi.
Contoh : Transport Glukosa melalui membran sel
darah aktif.

TRANSPORT AKTIF.
Transport melawan gradien konsentrasi, dan
memerlukan energi.
Contoh : Trnasport K+, Na+, Ca++, Laktosa.
 ORGANEL

Definisi : organel adalah bagian daripada sel yang

diselimuti
membran.
Maka, sesuai dengan definisi,pembicaraan tentang
organel
termasuk pula : Membran Sel, Sitosol, & Cytoskeleton.
Catatan : Cytoskeleton adalah network daripada filamen-
filemen yang mengisi ruang sitosol.
Filamen-filamen itu akan mengikat organel-
organel
ditempatnya.
 PERBEDAAN PROKARIOT & EUKARIOT.

PROKARIOT EUKARIOT

nukleus Tidak ada ada

Membran sel ada ada

mitokondria Tidak ada ada

E.R Tidak ada ada

ribosom ada ada

 AIR DAN MINERAL
AIR
Merupakan unsur yang paling dominan dalam
tubuh.
( lebih dari 65% bagian tubuh terdiri dari air ).

SUMBER AIR TUBUH

1. Dari makanan dan minuman (per oral)
2. Dari hasil metabolisme dalam tubuh
3. Per enteral (infus, tranfusi, dls)
Air tubuh dibuang melalui :
1. Urine
2. Faeces
3. Paru-paru
4. Kulit.

STRUKTUR AIR
Air merupakan molekul yang POLAR : terdiri dari :
2 atom H+ dan 1 atom O-

O-

H H
+ +
Molekul air berinteraksi satu sama lain melalui
IKATAN
HIDROGEN
H O
H
O H
H O H
H H O
SIFAT AIR
H
1. Zat yang reaktif
2. Karena merupakan molekul polar,maka ia
sangat potensial sebagai zat pelarut yang
universal.
 PRINSIP AIR SEBAGAI PELARUT

Air menyelimuti gugus yang bermuatan,

Sehingga interaksi antar molekul dihambat
(disebut : zat tersebut terlarut)

H O
H
O O H H

H + H H - H
O O O
H H H H
AIR BERPOTENSI SEBAGAI PELARUT
UNIVERSAL.
Sebab : air dapat berinteraksi dengan molekul-
molekul
karbohidrat,lemak, dan protein melalui ikatan
Hidrogen.
1. Molekul air dengan gugus Hidroksil.
misal : pada molekul karbohidrat.
R
R O H O
H H O
H
2. Molekul air dengan gugus keto.
Misal : pada molekul karbohidrat.
R H H
C O
H O H
R O
3. Molekul air dengan gugus karboksil.
Misal : pada molekul lemak.
H O
O
H O H
C
R H
O H H
O
H
4. Molekul air dengan gugus amino.
Misal pada molekul protein.

H
H O
H
R N
H
O
H H
Reaksi air dengan suatu zat disebut :HIDROLISIS,
yang
Mengakibatkan suatu zat yang kompleks terurai
menjadi zat
yang lebih sederhana.ENZIM
Misal : G.I.
1. Sukrosa + H2O
ENZIM Glukosa +
Fruktosa G.I.
ENZIM
2. Lemak + G.I.
H2O Gliserol +
Asam lemak

3. Protein + H2O Asam amino

FUNGSI AIR DALAM TUBUH
1. Membuat zat-zat didalam sel menjadi dalam
bentuk terlarut, sehingga reaksi antar zat
menjadi lebih mudah.

2. Tanpa air,proses metabolisme menjadi

sukar/tidak berlangsung. Jadi air merupakan
katalisator.

3. Sebagai alat transport untuk membawa nutrient

kedalam jaringan,dan membawa sampah-
sampah hasil metabolisme keluar jaringan.
4. Regulator suhu tubuh.
Air bersirkulasi keseluruh tubuh, sehingga
menyamakan suhu diseluruh bagian tubuh.

5. Dengan air, zat-zat anorganik menjadi dalam

bentuk ion, sehingga lebih mudah digunakan
oleh tubuh.

6. Air memiliki tegangan permukaan yang cukup

tinggi sehingga air akan mengangkat zat-zat
kepermukaan. Akibatnya : zat-zat tersebut lebih
mudah diangkut/dibuang/dicerna oleh enzim.
MINERAL

Tubuh mengandung (dalam % berat) :

Oksigen 65%
Karbon 18%
Hidrogen 10%
Nitrogen 3%
Kalsium 1,5%
Fosfor 1%
Elemen lain 1,5% (K,Na,Cl,dls)
Elemen/mineral yang penting untuk tubuh antara
lain :
K,Na,Cl,Ca,P,Fe,I,F,Co.

Berdasarkan atas kebutuhannya per hari,mineral

dibagi atas :
1. MAKRO MINERAL
Dibutuhkan lebih dari 100mg/hari.
Contoh : Ca,P,Na,K,Cl,Mg.
2. MIKRO MINERAL
Dibutuhkan kurang dari 100mg/hari.
Contoh : Cr,Co,Cu,I,Fe,Mn,Mo,Se,Si,Zn,F.
KALSIUM (Ca)
Merupakan unsur pada tulang dan gigi.
Turut mengatur fungsi syaraf dan otot.
Absorpsinya membutuhkan Calcium Binding
Protein,dikontrol oleh vit.D, Parathormon,
Calcitonin,dls.

FOSFOR (P)
Merupakan unsur pada tulang, gigi, ATP, asam
nukleat.
Absorpsinya dikontrol Vit.D
NATRIUM
Kation utama dalam cairan ekstra sel.
Mengatur volume plasma.
Mengatur keseimbangan asam- basa
Mengatur fungsi syaraf dan otot.
Aktivator untuk enzim Na+ / K+ -ATP ASE.

KALIUM
Kation utama dalam cairan intra sel.
Mengatur fungsi syaraf dan otot.
Aktivator untuk enzim Na+ /K+ -ATP ASE.
KLORIDA
Mengatur balans cairan tubuh dan elektrolit.
Unsur cairan dan getah lambung.

MAGNESIUM
Unsur pada tulang dan gigi.
Kofaktor untuk enzim kinase.

KOBALT
Unsur pada vitamin B12.
TEMBAGA (Cu)
Unsur pada enzim oksidase.
Berperan pada absorpsi Fe.

JODIUM
Unsur pada hormon Thyroxine & Triiodothyroxine

BESI
Unsur pada enzim-enzim yang mengandung Heme
(misal :
hemoglobin, Sitokrom,dls.)
MOLIBDENUM (Mo)
Unsur pada enzim-enzim oksidase

MANGAN (Mn)
Kofaktor untuk enzim Hidrolase,
Dekarboksilase,Transferase.
Berperan pada sintesis Glikoprotein & Proteoglikan.

SELENIUM (Se)
Unsur pada Glutathion Peroksidase.
SILIKON (Si)
Berperan pada kalsifikasi tulang.

SENG (Zn)
Kofaktor untuk enzim LDH, Alkalifosfatase,Karbonik
anhidrase, dls.

FLUORIDA (F)
Meningkatkan pengerasan tulang dan gigi.