Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
NamaMataKuliah:Biokimia I
KodeMataKuliah/SKS:JKL6254/3SKS
Semester:III
HariPertemuan/Jam:Kamis,Jam8.30-11.10WITA
TempatPertemuan:RuangKuliahLantaiIIGedung
AQ
Pengajar:Drs.MadeArsa
KetutRatnayani,S.Si.,MSi
A.A.MayunLaksmiwati,S.Si.,MSi
Ir.SriWahyuni,M.Kes.
Prasyarat:KimiaOrganikI
ManfaatPerkuliahan
Matakuliahinibermanfaatbagiandadalam:
-menerapkanilmukimiapadalingkupyang
palingdekatyaitudirisendiridanmakhlukhidup
dilingkungan.
---memberikandasarpemahamanuntuk
penerapanilmukimiadalamkajianbidanghayati
sepertibidangkesehatan,pangan,farmasi,
pertaniandanlingkunan.
Tujuan Instruksional
MahasiswaSemesterIIIJurusanKimiaFMIPAUNUD
dapatmenjelaskantentangstrukturkimiaBiomolekul
(Karbohidrat,Lemak,Protein,AsamNukleat)dalam
hubungannyadenganfungsibiologissertakatalisis
enzimsecaratepatdanbenar(C2).
Kriteria Penilaian
1.Tugas-tugas : 10%
2.Ujian Tengah Semester : 40%
3.Ujian Akhir Semester : 50%
Materi/Bahan Bacaan Perkuliahan
(1).TeamBiokimiaJurusanKimiaFMIPAUNUD,2005,Buku Ajar
Biokimia I
(2)LehningerA,L.,1991.Dasar-Dasar Biokimia.JilidI,Erlangga
Surabaya.
(3).Styer,L.,2000,Biokimia.EdisiII.PenerbitBukuKedokteranEGC.
(4).Hames,et.al.,1997,Notes in Biochemistry,BIOSScientificPublishe
7.Tugas-Tugas
--Setiapbahanbacaanperkuliahanharussudahdibacasebelum
mengikutiperkuliahan
-- Pada beberapa kali perkuliahan akan diberikan tugas individu
untuk
membahaspermasalahanatausoaltertentuyangdikerjakandi
rumahdanakandikumpulpadamingguberikutnya.
T-TugaskelompokakandiberikandalamTopikyangberbedatentang
Vitamin,Membran,TatanamaEnzim
Karbohidrat Lipida Asam Nukleat
(C2) (C2) (C2)
Katalisis Enzim(C2)
Unsur-unsurkimia(bioelemen)tersebut
bergabungmembentuksenyawadan
berinteraksimelaluiikatankimiayang
dapatkitabedakanmenjadiikatankovalen
danikatannonkovalen.
Semua organisme hidup mengandung
makromolekul organik yang dibangun
sesuai dengan suatu perencanaan yang
berlaku umum.
BIOMOLEKUL
Biomolekul penyusun sel hidup berbeda dengan
senyawakimiayangadadi sekelilingnya(O2,CO2,N2,
garam anorganik, ion-ion logam dan lain-lain), karena
beratmolekulnyayangjauhlebihbesardanstrukturnya
yang kompleks, meskipun unsur-unsur yang
membentuknyatidakberbeda.
KlasifikasiAsamAmino
3.Asamaminoasam (gugusRbermuatannegatif)
GolonganinimemilikigugusRkarboksilyangbermuatannegatifpadapH6,0
7,0yaituasam glutamatdanasam aspartat.
4.Asamaminobasa (gugusRbermuatanpositif)
GolonganinimemilikigugusRaminayangbermuatanpositifpadapH
6,07,0yaitulisindanarginin.
AsamaminoNonProtein
Beberapaditemukanasamaminononstandaryangtidak
menyusunproteinmerupakansenyawaantara
metabolisme(biosintesisarginindanurea)
Pembentukanikatandisulfida
(jembatanS-S)
Sisteinberbedadgnyglain,karenaggsR
terionisasipadapHtinggi(pH=8.3)sehingga
dapatmengalamioksidasidengansesama
sisteinmembentukikatandisulfida
R-SH+HS-RRS---S--R
TitrasiAsamAmino
Protein
JumlahFungsi
- Protein merupakan makromolekul yang paling berlimpah di
dalamseldanmenyusunlebihdarisetengahberatkeringpada
hampirsemuaorganisme.
Protein merupakan instrumen yang mengekspresikan
informasigenetik.Sepertijugaterdapatribuangendidalaminti
sel,masing-masingmencirikansatusifatnyatadariorganisme,
di dalam sel terdapat ribuan jenis protein berbeda, yang
masing-masing memiliki fungsi spesifik yang ditentukan oleh
gen yang sesuai. Protein karenanya, bukan hanya merupakan
makromolekul yang paling berlimpah , tetapi juga amat
bervariasifungsinya.
Proteinmerupakanmakromolekulyangpalingberlimpahdi
dalamsel,terdapatribuanjenisproteinyangberbedadi
dalamtiapspesiesorganisme,yangmasingmasing
dibedakan oleh jumlah,jenisdanurutanatauderetasam
aminopenyusunnya.
SifatUmumProtein
Melaluireaksihidrolisis,proteindipecahmenghasilkan
campuranasamaminobebas,monomernya.Reaksi
hidrolisisdapatdilakukanmelaluihidrolisisasamatau
basa,dandapatpulasecaraenzimatisolehsuatuenzim
protease.
Terdapatnya ikatan kimia lain (non kovalen) dalam
protein,yangmenyebabkanterbentuknyalengkungan-
lengkunganrantaipolipeptidamenjadistrukturtiga
dimensiproteinyaitu,ikatanhidrogen,interaksihidrofobik
(ikatannonpolar),ikatanelektrostatik,danikatanVander
Waals.
Strukturtigadimensiproteintidakstabil terhadap
beberapa faktorsepertipH,temperatur,radiasi,medium
pelarutorganik,deterjensehinggadapatterjadiproses
denaturasiprotein.
DenaturasiProtein
Apa yang terjadi pada saat kita merebus telur?
- Denaturasi protein didefinisikan : suatu keadaan telah terjadinya
perubahan struktur protein yang mencakup perubahan bentuk tiga
dimensidanlipatan-lipatanmolekul,tanpamelibatkanpemutusanatau
kerusakanstrukturprimerprotein.
- Denaturasimenyebabkanproteinkehilanganaktivitasbiologisnya dan
kelarutannyaakanberkurangsehinggamudahmengendap.
Denaturasidapatdiakibatkanolehpanas,pHekstrim;pelarutorganik
sepertietanolatauaseton;zatterlaruttertentusepertiurea;
detergen;logamberat,atauhanyaolehpenggunjanganintensiflarutan
proteindanbersinggungandenganudarasehinggaterbentukbusa.
Protein dalam keadaan alamiah disebut protein asli (natif); setelah
perubahanmenjadiproteinterdenaturasi.
Terdapatakibatkeduayangpentingdaridenaturasi
proteinyaitu:proteinyangbersangkutanhampirselalu
kehilanganaktivitasbiologikhususnya.Jadi,jikasuatu
larutanenzimdipanaskansampaititikdidihselama
beberapamenitdandidinginkan,molekulinibiasanya
akanmenjaditidaklarut,danyangpalingpentingprotein
enzimtidaklagiakanaktifmengkatalisa.Masing-masing
pereaksiyangmenyebabkandenaturasiinimerupakan
perlakuanyangrelatiflunak.Nyatanya,ujilangsung
memperlihatkanbahwajikaproteinmengalami
denaturasi,tidakadaikatankovalenpadakerangka
rantaipolipeptidayangrusak.Jadideretasamamino
khasproteintersebuttetaputuhsetelahdenaturasi;
namundemikian,aktivitasbiologishampirsemuaprotein
inimenjadirusak.
Kita harus menyimpulkan bahwa aktivitas biologis
protein tergantung pada sesuatu yang lebih dari
hanya deret asam amino.
TingkatanStrukturProtein
Agar suatu protein memiliki aktivitas biologi yang
khas, maka struktur molekul protein tidak hanya
sekedar berupa urutan asam amino dengan rantai
polipeptidaberbentuklinier.
Rantai polipeptida yang panjang tersebut akan
berlipat-lipat atau bergulung membentuk suatu
bentuk tiga dimensi yang spesifik (konformasi).
Konformasi ini merupakan pengaturan tiga
dimensi(dalam ruang) dari atom-atomnya, yang
ditentukan oleh urutan asam amino penyusunnya.
Kapan rantai tersebut berbelok, berpilin atau lurus
ditentukanolehurutanasamaminopenyusunnya.
Strukturproteindibagimenjadiempat
tingkatanyaitu:primer, sekunder, tersier,
dan kwartener.Keempatstrukturprotein
tersebutdibedakanatastinjauan
terhadapelemen-elemendanjenis ikatan
kimiayangterlibat.
Primer Sekunder Tersier
Analog urutan 20 jenis manik-manik rantaiyangsudah rantai yang berpilin tersebut
sebagai (asam amino) yg membentuk terbentuktersebut membelok, berlipat atau
rantai tasbih rantai yg dihubungkan oleh berpilin membentuk bergulung membentuk
seutas benang (sebagai ikatan struktur khas seperti gumpalan atau gulungan
peptida), tanpa meninjau per (heliks) seperti bola
apakah rantai tersebut
membelok,berpilin,ataulurus
Ikatan Yg Ikatan peptida yang ikatan hidrogen antara Interaksi non kovalen antar
membentuk menghubungkan antar atom O dari gugus gugus R dari asam amino
monomer asam amino karbonil (C=O) dgn
atom H dari gugus
amino (N-H) dalam
satu rantai polipeptida
Struktur Primer
dilibatkanberbagaiikatandaninteraksikimiaseperti,ikatandisulfidaantarasamamino
sistein,ikatanhidrogen,interaksiionikantargugusfungsiyangterionisasi,interaksihidrofobik
danhidrofilik,bahkankemungkinanjugaterdapatikatankovalenkoordinasisepertipada
metaloprotein.
BasicPrinciplesofProteinPurification
Cell Organelle
Homogenization
A
c t
ive (
248
)
(
27 0
)
sit
e Tyr
G lu3 4 A C
TI
VES
p
ocket O- it
e for
C OO HH S I
TEs
-
pecif
icit
y
H+
O -
C N R5
N C C2
S
ub
st
rat
e O
-
p
ep
ti
d e
1 + C
JuangRH(2004)BCbasics
O O -+Ar
g (
145
)
ch
ain isZ
H nGl
uC-
ter
m in
us
(
19 6
) (
72)
H
is
(69
) C
he
ck fo
r
C
-
ter
m in
al
Kinetika Enzim
E+ S
E S E +P
DalamkondisiSteadyState,pembentukandan
penguraiankeadaantransisi(kompleksES)
berlangsungpadakecepatanyangsama.Sehingga
konsentrasikompleksEStetapkonstan.
PersamaanMichelis-Menten
k1 k3
E+S ES (v ) E + P
k2 o
Vmax
Vmax [S] vo
vo= 1/2
Km + [S]
Km = [k3 + k2] / k1 Km S
PersamaanLineweaver-Burk=
Kebalikan Persamaan MM
(Double Reciprocal)
1/v = Km + [S] / Vmaks [S] = Km / Vmaks [S] + [S]/ Vmaks [S]
1
vo
1
-1
Vmax
Km
Doublereciprocal 1/S
EnzymeKinetics
Direct plot Significance
kcat / Km Vmax [S] zeroorder
vo=
Km + [S] 1storder
kcat Observevochange E3
Turn over undervarious[S], E2
resultedplots
number yieldVmaxandKm
E1
Inhibition
min
Non-competitive
SpecificActivity Bi-substratereactionalso
unit Activity followsM-Mequation,but
mg oneofthesubstrateshould
besaturatedwhenestimate Uncompetitive
theother
JuangRH(2004)BCbasics
KmberkaitandenganAfinitasEnzim
terhadapSubstrat
Km Afinitasberubah
TurnOverNumber,kcat
k1 k3
E+S ES (v ) E + P
k2 o
H2O 1
CHO H2C-OH
2
HOCH2 H-C-OH C=O
HOCH2 HOCH2 3
O O HO-C-H HO-C-H
4
H-C-OH H-C-OH
O 5
H-C-OH H-C-OH
6
H2-C-OH H2-C-OH
ContohEksperimenKinetikaEnzim(Invertase)
1)Gunakanjumlahenzimtertentu(tetap)
1) E
2)Lakukanvariasijumlahsubstrat
2) S(sumbux)
3)Ukurprodukpadawaktuygtetap(P/t)
3) vo(sumbuY)
4)(x,y)plotmendapatkankurvahiperbolik,dugaanV
4) ma
5)Jikay=1/2V
5) maxhitungx([S]) Km
Vmax
1
vo vo
1/2
-1
Km 1
Vmax
Doublereciprocal 1/S Km Directplot S
Enzim Alosterik Dan Enzim Biasa
KARBOHIDRAT
Suatumonosakaridamemilikirumusumum
(CH2O)ndanmengandunggugusaldehid
(untukaldosa)ataugugusketon (untukketosa).
Gugusaldehidataugugusketonbebasdari
monosakaridatersebutmampumereduksiion
kupri(Cu2+)membentukionkupro(Cu+),
sehinggabeberapamonosakaridadisebut
sebagaigulareduksi(gulapereduksi).
POLISAKARIDA
Rantaipanjangdarigabunganbanyak
monosakaridayangterikatbersamadisebut
polisakarida.Polisakaridacadanganpada
umumnyaadalahglikogen(padahewan),pati
atauamilum(padatumbuhan)dandekstran
(padabakteridanragi).Selulosamerupakan
polisakaridastrukturalyangditemukanpada
dindingseltumbuhan.
LIPIDA
Asamlemakdiberinamaberdasarkanjumlahatomkarbondalam
rantainyadanjugaberdasarkanjumlahdanposisiikatanrangkapnya.