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Alineamiento multiple

T-Coffee
un algoritmo progresivo de alineamiento mltiple de secuencias
Los rasgos principales de T-Coffee son: la construccin de una
librera de pares de alineamientos globales y locales, y un mtodo
heurstico que es usado para encontrar el alineamiento mltiple
Departamento de Arquitectura de Computadores y Sistemas
Operativos, Universitat Autnoma de Barcelona 28 Modelo paralelo
de alineamiento mltiple de secuencias que mejor ajusta los
alineamientos en pares de la librera construida. Estas
caractersticas son las que le proporcionan robustez al algoritmo y le
permite considerar informacin de todas las secuencias de entrada.
En el algoritmo T-Coffee se pueden
identificar tres fases (Figura II.1): dos
primeras de construccin de una librera
de alineamientos, nombrada al inicio
librera primaria (alineamientos globales
y locales), y posteriormente nombrada
librera extendida (donde se introduce
adems informacin de la coincidencia
de pares de residuos (aminocidos), de
dos secuencias a travs de una tercera), y
una ltima de construccin del
alineamiento mltiple progresivo.
La fase de construccin de la librera primaria en T-Coffee
comprende el alineamiento en pares para todas las secuencias de entrada. Esta fase
puede incluir ms de un alineamiento para el mismo par de secuencias (puede existir
redundancia en la informacin). un ejemplo de alineamientos para cuatro frases sobre
GARFIELD en la librera primaria, y los valores de peso asignado a cada alineamiento
(porcentaje de similitud de las secuencias alineadas).
Esquema de pesos en la librera primaria El esquema de puntuacin
de T-Coffee para asignar un peso a las restricciones de la librera
primaria, Una de las ventajas de este esquema es la simplicidad.
Adems el esquema de pesos le proporciona a la funcin de
puntuacin de T-Coffee que devuelve el score, una elevada
efectividad. Esta funcin de score contempla el conocimiento en las
secuencias de entrada por el anlisis de los alineamientos en pares.
HMMER

Herramienta de bsqueda de homlogos de protenas en BBDD


1. Toma como entrada un alineamiento mltiple de protenas
2. Construye su perfil HMM
3. Busca en BBDD por homlogos que coincidan con el perfil HMM,
y los alinea.
En esencia es una herramienta similar a BLAST, pero con un
fundamento estadstico ms potente A partir de HMMER3,
presumiblemente tan rpido como BLAST
CLUSTAL
Clustal implementa el algoritmo de Feng y Doolittle, que consta de 3
fases 1. Alineamiento global 2 a 2 mediante el algoritmo de NW !
Las puntuaciones de similitud se traducen a una matriz de
distancias 2. Se crea un rbol gua a partir de la matriz de distancias
3. Se crea el alineamiento mltiple paso a paso 1. Haciendo
alineamientos de pares pero segn las distancias ! Dos versiones: !
ClustalW (lnea de comandos) ! ClustalX (interfaz grfica)