Bioqumica y

fisiologa microbiana

Tema 1. Introduccin
 Qu es BFM?
Fisiologa
El estudio de las funciones de los
organismos entendiendo que los
procesos de la vida estn mediados
por sus estructuras, relacin
estructura-funcin.
Bioqumica
El estudio de las reacciones qumicas
que soportan la vida.
Tambin estn relacionadas la
estructura con la posibilidad de llevar
al cabo reacciones bioqumicas.
 Objetivos
Introducir la bioqumica y fisiologa
microbiana como tema de estudio cientfico.
Describir la importancia de los
microorganismos y su diversidad en la
naturaleza.
Describir a Escherichia coli como modelo de
estudio de la composicin estructural y
molecular de las clulas bacterianas.
Describir las diferencias entre clulas Gram-
positivas y Gram-negativas.
 Objetivos
Entender las estructuras celulares,
factores de crecimiento, metabolismo y
composicin gentica de los
microorganismos
Presenta las inter-relaciones entre la
microbiologa, bioqumica y gentica en el
contexto del funcionamiento de las
clulas bacterianas.
Tomar a los organismos unicelulares como
un modelo para tratara de entender
organismos ms complejos.
 Metas
Entender:
Cmo una clula funciona en su

ambiente
Cmo puede alterarse para contender

con cambios en el ambiente

Cmo puede reproducirse a partir de

sustratos simples del ambiente

 Palabras clave
Prokaryotic Outermembrane
Eubacteria(Bacteria) Periplasmicspace
Archaebacteria(Archaea)
Oxidativephosphorylation
Eukaryotic Spheroplast/protoplast
Plasmid Flagella

Chromosome Chemotaxis

Ribosome
Axialfilament


Peptidoglycan(murein,mucopeptide) Periplasmicbindingprotein

Gramstain Permeases

Gramnegative
StorageGranules

Grampositive
Pili(fimbriae)
Cellenvelope
Capsule(slimelayer,glycocalyx)

Cellmembrane
Endospore(spore)

Cellwall

 Importancia de los
microorganismos
Ubicuos, se encuentran en todos los nichos del
ambiente
Ambientes extremos, temperatura, presin
salinidad, etc.
En procesos del ambiente
Flora bacteriana natural en intestinos de rumiantes

En procesos industriales, bioremediacin,

fermentaciones (alcohol, ac. Actico, etc. )
produccin de antibiticos
Estructura comunitaria de los microorganismos. Los
individuos participan en procesos particulares pero la
comunidad se requiere para procesos completos.
 Clasificacin de los
microorganismos
Haban 5 reinos. Pero ahora hay tres
Dominios
Eukarya, organismos con ncleo y
compartamentalizados, todos los
multicelulares y algunos unicelulares.
Bacteria, no compartamentalizados,
unicelulares.
Archaea, unicelulares con
membranas caractersticas y genoma
muy alejado del bacteriano.
 Nota:
Bacteria (con mayscula) se refiere al

dominio,
bacteria, (con minscula) se refiere a

los procariontes, los miembros de los

dos dominios, Bacteria y Archaea son
procariontes.
Los microorganismos se definen por su fenotipos o caractersticas
fsicas.
 Temperatura ptima de crecimiento

Psicrfilos:
-12 a 20 C
Mesfilos: 14 a 45 C
Termfilos moderados 42 a

69C
Termfilos extremos 66 a 105

C
 pH
Acidfilos: pH bajo ~ 3
Neutrfilos: pH ~7
Alcalinfilos: pH alto ~10
 Salinidad
Halfilos. Alta salinidad
 Oxgeno

Aerobios obligados: requieren O2

Aerobios facultativos: no requieren
O2 pero crecen mejor si est presente
Microaeroflicos: requieren muy
pequeas cantidades de O2
Aerotolerantes: no se requiere el O2 y
su adicin no mejora el crecimiento.
Anaerobios obligados: el O2 inhibe el
crecimiento.
 Nutricin
Fuente de
energa:luz vs qumica
carbono: orgnica vs inorgnica

Aceptor de electrones terminal

 Fuentede
Carbono

Orgnico CO2 Orgnico CO2

quimiohetertrofos quimioauttrofos Fotohetertrofos fotoauttrofa
Verdesnosulfurosas s
Prpurasnosulfurosas

Aceptorfinalde
electrones

O2
Animales, NoO2
H2O NoH2O
protozoarios,hongos,
bacterias Fotosntesis
Orgnico Inorgnico Fotosntesis Anoxigenica
Streptococcus Clostridium Oxigenativa verdesyprpuras
sulfurosas
 Energa

Redox Luz
quimitrofos fottrofos
 Ejemplo
Coloramator indicus
Bastn Gram positivo inmvil no

esporulante.
Quimiorganotrfico y anaerobio

obligado
Alcalinotrfico, termfilo que puede

fermentar una gran cantidad de

carbohidratos
Los microorganismos como
modelo de estudio
Tiempo corto de generacin
Pueden reproducirse hasta cada 20 minutos
Buenos para estudiar mutaciones
Se pueden estudiar un gran nmero de clulas
idnticas

Tamao pequeo
Permite estudiar grandes poblaciones

Tamao pequeo de su genoma

Diversidad nutricional
 Escherichia coli como
modelo de estudio en BFM
Escherichia coli es usada como
paradigma.
Paradigma: es desde fines de la dcada
de 1960 un modelo o patrn en
cualquier disciplina cientfica u otro
contexto epistemolgico.
Pero no es representativo de todos los
microorganismos.
Cada microorganismo tiene sus
carctersticas particulares.
 Pregunta
Cmo es el cromosoma bacteriano?
Circular

Lineal

Varios circulares

Varios lineales

Circular a veces lineal a veces

Ninguna de las anteriores

El paradigma de E. coli
 Caractersticas
morfolgicas de los
microorganismos
Forma, bacilos, cocos, espirilos
Tamao
Coloracin de Gram, positivo o negativo
Formacin de esporas, endosporas
 Forma
Bacilos: con forma
alargada
Cocos: con forma
redondeada
Espirilos: con forma
helicoidal
Vibrin: con forma
de coma ortogrfica
 Tamao
http://www.camfilfarr
.com/cou_pol/industri
es/care/microbial_siz
e.cfm
 Movilidad
Cilios, pequeos
Flagelos, grandes
Fimbriae o pili, estructura tubular rgida
 Diferencias
entre
eucariontes y
procariontes
 The Cell Envelope

GramPositive GramNegative
 Oxidative phosphorylation occurs at cell
membrane (since there are no mitochondria).

CellWall

Cytoplasm Cellmembrane

Thecellwallisoutsideofcellmembrane
rigid,protectingcellfromosmoticlysis.
 Outer Membrane
Gram negative bacteria
major permeability barrier
space between inner and outer membrane
periplasmic space
store degradative enzymes
Gram positive bacteria
no periplasmic space
 GRAM NEGATIVE
CELL ENVELOPE
Outer Membrane
(Major permeability barrier) Lipopolysaccharide
Porin

Braun lipoprotein

Periplasmicspace Degradativeenzyme

Periplasmicbindingprotein
Inner (cytoplasmic) membrane Permease

Cytoplasm
 GRAM POSITIVE CELL
ENVELOPE

Degradativeenzyme

Lipoteichoic acid Peptidoglycan-teichoic acid

Cytoplasmic membrane

Cytoplasm
Peptidoglicano y cido
teicico
SchematicrepresentationofthecellwallofGramnegativebacteriashowingseveral
layersofpolysaccharidesandglycoconjugates

EssentialsofGlycobiology
SecondEdition Chapter20,Figure1
 Synthesisofpeptidoglycanoccursinthreephases

EssentialsofGlycobiology
SecondEdition Chapter20,Figure4
StructureofStreptococcuspyogenespeptidoglycanwithteichoicacid

EssentialsofGlycobiology
SecondEdition Chapter20,Figure5
 Structureofthecellwallofmycobacteria

EssentialsofGlycobiology
SecondEdition Chapter20,Figure8
 FLAGELLA
Some bacteria are motile
Locomotory organelles- flagella
Taste environment
Respond to food/poison
chemotaxis
 flagelos
Flagella
embeddedincellmembrane
projectasstrand
Flagellin(protein)subunits
movecellbypropellerlikeaction
 Axial filaments

spirochetes
similar function to flagella

run lengthwise along cell

snake-like movement
 Making Wall-less forms
Result from action of:
enzymes lytic for cell wall
antibiotics inhibiting peptidoglycan
biosynthesis
Usually non-viable
Wall-less bacteria that dont replicate:
spheroplasts (with outer membrane)
protoplasts (no outer membrane).

Wall-less bacteria that replicate

L forms
 Naturally Wall-less
Genus
Mycloplasma
Membrana celular mas gruesa pueden
tener esteroles y lipoglicanos.
Pleiomrficos
 Pili (fimbriae)
hair-like projections of the cell
sexual conjugation
adhesion to host epithelium
 Capsules and slime
layers
outside cell envelope
well defined: capsule
not defined: slime layer or glycocalyx
usually polysaccharide
often lost on in vitro culture
protective in vivo
Colonies of Bacillus
anthracis. CDC.
The slimy or mucoid
appearance of a bacterial
colony is usually evidence
of capsule production.
In the case of B.
anthracis, the capsule is
composed of poly-D-
glutamate.
The capsule is an essential
determinant of virulence
to the bacterium.
In the early stages of
colonization and infection
the capsule protects the
bacteria from assaults by
the immune and
phagocytic systems.

http://bioinfo.bact.wisc.edu/themicrobialworld/structure.html
 Endospores (spores)
Dormant cell
Produced when starved
Resistant to adverse
conditions
high temperatures
organic solvents

contain calcium
dipicolinate
Bacillus and
Clostridium
 Pared celular de
Archaea
No contiene peptidoglicano
Puede ser de
pseudopeptidoglicano (pseudomureina) tie G+
pseudomureina cubierta de protena, tie G+
monocapa superficial de proteina o
glicoproteina, sin pseudomureina (algunos
halfilos, alg.metanognicos y termoacidfilos)
tie G-
Existen Archaea sin pared
Pseudopeptidoglicano de
Archaea
 Funciones de la pared
Rigidez y resistencia osmtica
(mantener la forma, evitar la lisis).
Comunicacin con el medio exterior.
Puede estar involucrada en
patogenicidad (LPS)
Barrera para algunas molculas (porinas
en gram negativos).
Espacio periplsmico (enzimas de
transporte, hidrolticas, etc.)
 La membrana celular
Estructura:
Bicapa fosfolipdica con protenas
embebidas; puede contener tambin
hopanoides de estructura similar al
colesterol
En Archaea, teres de alcohol
isoprenoide, algunas forman
monocapas.
Estructura de la Membrana
Citoplasmtica
Los lpidos en Bacteria y Archaea
tienen diferentes enlaces
qumicos
EsterBacteria EterArchea

Isopreno
Funciones de Membrana
Citoplasmtica
Barrera de Permeabilidad
slo molculas pequeas, sin carga, hidrofbicas,
pueden atravesar la membrana por difusin.
Ancla de Protenas
transporte, generacin de energa, quimiotaxis

Generacin de fuerza proton motriz

En fottrofas: Estructuras intracitoplasmticas,
soportan el aparato fotosinttico
(Vesculas, tbulos, tipo tilacoides)
Sntesis de pared, y estructuras extracelulares.
 Membrana
citoplasmtica de E.
coli
 Nutricin
Fuente de
energa:luz vs qumica
carbono: orgnica vs inorgnica

Aceptor de electrones terminal

Diferenciaentrelaestructuracelular
deBacteria,ArchaeayEucarya
Propiedad Bacteria Eucarya Archaea
Membrana NO SI NO
nuclear
Organelos NO SI NO
Tamao 70S 80S 70S
ribosoma
Peptidoglicano SI NO NO
en la pared
Esteroles en NO SI SI
membrana (hopanoides)
Lpidos de Ester unidos Ester unido a Eter,
membrana a glicerol glicerol ramificados
 Ejemplo
Coloramator indicus
Bastn Gram positivo inmvil no

esporulante.
Quimiorganotrfico y anaerobio

obligado
Alcalinotrfico, termfilo que puede

fermentar una gran cantidad de

carbohidratos
 Los microorganismos como modelo de
estudio

Tiempo corto de generacin

Pueden reproducirse hasta cada 20 minutos
Buenos para estudiar mutaciones
Se pueden estudiar un gran nmero de clulas
idnticas

Tamao pequeo
Permite estudiar grandes poblaciones

Tamao pequeo de su genoma

Diversidad nutricional
 Clasificacin por la
Energa
nutricin
Redox
y la fuente
Luz
de
energafottrofo
quimitrofos
s
Carbon
o
Orgnico CO2 Orgnico CO2
quimiohetertrofos quimioauttrofo Fotohetertrofos fotoauttrofa
s Verdesnosulfurosas s
Prpurasnosulfurosas

Aceptorfinalde
O2 electrones
Animales, H2O NoH2O
protozoarios,hongos, NoO2
bacterias Fotosntesis
Orgnico Inorgnico Fotosntesis Anoxigenica
Streptococcu Clostridiu Oxigenativa verdesyprpuras
s m sulfurosas