TÉCNICAS DE

A NÁ LISIS MASIVO DE
L A EX P RES IÓN D E
GENES
• Numerosos estudios han demostrado la capacidad de generar
estos modelos predictivos aplicados a supervivencia, metástasis,
respuesta a tratamientos concretos. Todos ellos, en mayor o menor
grado, adolecen del mismo defecto, la insuficiente reproducibilidad
de los resultados generados, cuando son aplicados en un contexto
distinto; es decir, en otros centros, por otros especialistas, o usando
una tecnología diferente.
SISTEMAS DE ANÁLISIS MOLECULAR
MASIVO
• Permiten utilizar en bloques parafinados sistemas de análisis
masivo. Para ello crean un nuevo bloque de parafina en el que se
insertan en posiciones predefinidas hasta 800 cilindros de 600 a
1000μ, procedentes de biopsias de aguja efectuadas sobre bloques
de parafina preexistentes.
• La posibilidad de digitalizar el resultado de las inmunotinciones, así
como de cuantificar la expresión de un marcador preciso, abre el
camino de un uso más ambicioso de las matrices tisulares (MTA).
SNP s
• El análisis de SNPs permite realizar estudios de genética de
poblaciones, estudio de genes candidatos para asociación con
enfermedades precisas, análisis de resistencia a fármacos,
sensibilidad/toxicidad a drogas, así como informar de la predisposición
individual a contraer enfermedades complejas, multigénicas. Así, la
mejora en las posibilidades de detección masiva de polimorfismos
abre el camino a estudios que relación en variabilidad genética con
riesgo a formas precisas de cáncer y sensibilidad individual a drogas.
CGH-Arrays

• Su uso permite el diagnóstico preciso de deleciones, duplicaciones, inserciones

y reordenamientos. La disponibilidad de miles de BACs ha permitido el
desarrollo de chips de BACs (CGH-arrays), que permiten detectar
duplicaciones y deleciones con una sensibilidad de 100 Kb. Para ello se realiza
hibridación comparativa entre DNA de un paciente/DNA sujeto sano, o DNA
tumoral/DNA constitucional.
MATRICES DE cDNA (ONCOCHIP) U
OLIGONUCLEÓTIDOS
• Es un sistema miniaturizado en el que fragmentos de DNA se inmovilizan en
soportes sólidos. Desde un punto de vista de longitud de la sonda usada, hay 2
tipos de microarrays de DNA:
Microarrays de cDNA que presenta sondas de cientos de bases
Arrays de oligonucleótidos con sondas de 20-25 bases o 50-80.
• Estos chip o microarrays consisten en un soporte sólido, por ejemplo un
portaobjetos, sobre el que un robot ha impreso de manera ordenada miles de
cDNAs específicos (u oligonucleótidos) representantes de otros tantos genes.
ANÁLISIS DE RESULTADOS DE
MICROARRAYS
Los datos generados en estos experimentos precisan de análisis bioinformático,
que esencialmente pretenden:
• Agrupar muestras o genes expresados de forma sincronizada.
• Identificar genes cuya expresión se asocia a eventos específicos.
• Asignar función biológica a los genes resultado del experimento.
• Identificar cambios tiempo-dependientes, ordenados a lo largo del tiempo.
• Simplificar series de genes al mínimo número de datos posible.
• Asignar riesgos específicos derivados de la expresión de genes concretos.
DETECCIÓN DE PROTEÍNAS COMO
MARCADORES SÉRICOS
• Múltiples grupos de investigación coinciden en el objetivo de identificar
marcadores séricos informativos de riesgo de contraer enfermedades
específicas, o adecuados para el seguimiento de enfermedad residual mínima. La
idea no necesita apenas justificación, el análisis de suero es una técnica
mínimamente invasiva, que permite monitorizar con frecuencia cambios
previos al diagnóstico clínico o a lo largo de la enfermedad. Resultados iniciales
obtenidos en cáncer de ovario, páncreas o próstata alentaron esta línea de
trabajo.
APLICACIONES EN FARMACOGENÓMICA
• Las matrices de cADN permiten también establecer el llamado perfil genómico
de un fármaco, o firma molecular del mismo, además de establecer firmas
moleculares predictivas de sensibilidad/resistencia.
• Uno de los objetivos en análisis farmacogenético es la identificación de
pacientes sensibles o resistentes a drogas concretas. La resistencia a una droga
depende de múltiples factores, incluyendo sobreexpresión de genes de
resistencia drogas, incremento en la reparación de DNA, o alteraciones en la
sensibilidad celular a quimioterapia, afectando a múltiples rutas.
FUTURO EN LA APLICACIÓN DE TÉCNICAS
DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA

• Cabe esperar que la aplicación clínica de estas técnicas siga en incremento,

cubriendo primero una etapa de identificación de marcadores diagnósticos y,
posteriormente, propuesta y validación de dianas terapéuticas. El desarrollo de
estas técnicas de análisis molecular masivo, al mismo tiempo, está ofreciendo
un reto para el desarrollo de sistemas de análisis estadístico de múltiples
variables y validación de datos.