Analisis Kekerabatan Genus Amalops

dengan Marker COI

Amalia H. I Citra P. I Mega M. I Rifdah H. I Shandy W.

Kelompok
6
 Latar Belakang
• Classis Amphibi merupakan salah satu
classis yang memiliki tingkat
keanekaragaman yang cukup tinggi di
Indonesia, terutama Ordo Anura.
• Amalops merupakan genus terbesar dari
Famila Ranidae yang memiliki banyak
anggota spesies.
• Genus Amalops ini banyak terdapat di
Asia Timur dan Asia Tenggara.
Gambar Referensi Amalops

Gb. 2. A. panhai

Gb. 1. A. ricketii Gb. 3. A. taiwanensis

 Rumusan Masalah
• Bagaimana kekerabatan setiap anggota
spesies dari Genus Amalops?
• Spesies apa yang menjadi spesies paling
primitif dan paling maju?
 Tujuan
• Untuk mengetahui bagaimana
kekerabatan setiap anggota spesies dari
Genus Amalops.
• Untuk mengetahui pesies apa yang
menjadi spesies paling primitif dan paling
maju.
 Alat dan Bahan

Alat Bahan

Alat Keterangan Bahan Keterangan

Laptop 1 set dengan 19 Partial Marker COI dari

koneksi internet Sequence Genus Amalops

Clustal X Perangkat lunak 1 Partial Marker COI dari

Tree view Perangkat lunak sequence Genus Cyprinus

outgrup
 Langkah Kerja
1. Proses retrieve data di web NCBI dilakukan. 19 partial sequence marker COI dari
Genus Amalops disimpan dalam bentuk Fasta di satu notepad dengan format txt.
 Langkah Kerja

2. Untuk melihat homologi sequence yang dicari, maka dilakukan BLAST.

 Langkah Kerja
3. Sequence yang dipilih kemudian di copy di box yang telah ditentukan dalam format
FASTA. Tes homologi dilakukan untuk setiap sampel sequence.
 Langkah Kerja
4. Setelah ditemukan inquery dan identity-nya, lalu aplikasi clustal X dibuka untuk
dilakukan proses alignment dari sequence yang telah dipilih. Untuk proses alignment di
Clustal X, klik alignment → do complete alignment. Output Clustal dipilih dengan
mengklik alignment lalu klik output.
 Langkah Kerja
5. Proses dinyatakan selesai jika sequence telah nampak seperti gambar di bawah.
 Langkah Kerja
6. Aplikasi Clustal X lalu ditutup. Kemudian buka file hasil alignment yang memiliki
format aln. lalu open with dengan notepad. Proses selanjutnya adalah pemotongan
sequence dan disejajarkan dengan sequence yang paling pendek.
 Langkah Kerja
8. Aplikasi Clustal X kemudian dibuka kembali untuk proses rekontruksi pohon. Klik file
→ Append sequence → pilih file yang telah di trim sebelumnya dalam format aln.
Sequence akan nampak seperti di bawah ini.
 Langkah Kerja
9. Proses rekontruksi pohon dilakukan dengan mengklik trees lalu klik Bootstrap N-J tree.
Untuk melihat hasil rekontruksi pohon, aplikasi tree view di buka.
10. Setelah aplikasi tree view dibuka, klik file → open lalu pilih file yang telah di buat
rekontruksi pohonnya di Clustal X.
 Langkah Kerja
11. Untuk membuat outgrup, klik tree lalu define outgrup. Cyprinus caprio dipilih sebagai
outgrup dari Amalops. Setelah selesai, klik tree → root with outgrup. Hasilnya seperti
gambar di bawah ini.
 Hasil Analisis
• Tes Homologi
No Nama Jenis Query
1 Cyprinus carpio 100%
2 Amolops ricketti 100%
3 Amolops panhai 100%
4 Amolops mengyangensis 100%
5 Amolops marmoratus 100%
6 Amolops nyingchiensis 100%
7 Amolops daiyunensis 100%
8 Amolops hongkongensis 100%
9 Amolops hainanensis 100%
10 Amolops wuyiensis 100%
11 Amolops tuberodepressus 100%
12 Amolops granulosus 100%
13 Amolops jinjiangensis 100%
14 Amolops loloensis 100%
15 Amolops mantzorum 100%
16 Amolops lifanensis 100%
17 Amolops bellulus 100%
18 Amolops medogensis 100%
19 Amolops chayuensis 100%
20 Amolops aniqiaoensis 100%
Diagram Rectangular
Diagram Radial
 Pembahasan
• A. marmoratus dan A. panhai memiliki kekerabatan yang
cukup jauh dibandingkan dengan jenis Amolops lainnya.
• Meskipun Amolops lifanensis pun berpisah dari bagan
kekerabatan, namun dibandingkan Amolops panhai dan A.
marmoratus, garis kekerabatan dan alur kekerabatan masih
terlihat dengan jelas terutama dengan grup kedua pada
diagram.
• A. marmoratus adalah Ranidae yang merupakan jenis primitif
dibandingkan jenis Ranidae lainnya, ditemukan sekitar tahun
1855 dan berasal dari Myanmar dan Thailand (Frost, 2017).
 Pembahasan
• A. marmoratus lebih primitif dibandingkan dengan A. panhai
walaupun keduanya berpisah dengan kelompok lainnya.
• Amolops panhai ditemukan atau berasal dari Myanmar dan
Thailand pula. Habitat jenis ini biasanya ditemukan di daerah
air terjun (Frost, 2014).
• Walaupun Amolops panhai ditemukan di Negara yang sama
dengan halnya Amolops marmoratus, namun jenis tersebut
memiliki morfologi yang berbeda, terutama dari bagian kaki,
Amolops marmoratus memiliki bagian kaki yang lebih panjang
dibandingkan Amolops panhai.
 Pembahasan
• Sedangkan untuk ketiga grup lainnya, setiap grup memiliki
ancestor utama dengan perkembangan dari ancestor tersebut.
• Bila dilihat berdasarkan diagram radial, pembagian grup yang
memiliki kekerabatan paling dekat adalah grup ketiga, yaitu
jenis-jenis yang paling modern.
• Hal tersebut dapat diindikasi atau disinyalir dikarenakan jenis-
jenis baru Amolops merupakan hasil persilangan dari jenis-
jenis sebelumnya.
• Berdasarkan diagram radial, spesies dari genus Amolops yang
paling dianggap paling maju adalah Amolops loloensis, karena
memiliki percabangan paling pendek yang mengindikasikan
baru muncul atau baru mengalami spesiasi.
 Kesimpulan
• Kekerabatan dari setiap spesies pada Genus
Amolops dibagi menjadi 3 kelompok utama.
• Amolops marmoratus disinyalir merupakan
spesies paling primitif dan Amolops loloensis
merupakan spesies yang paling maju.