CENTRO DE DESENVOLVIMENTO SUSTENTÁVEL DO SEMIÁRIDO
DNA BARCODING O CÓDIGO DE BARRAS DA VIDA
Rafael Trindade Maia (rafael.rafatrin@gmail.com)
Doutorando em Biologia Animal - UFPE
“CÓDIGO DE BARRAS” SISTEMA DE INDENTIFICAÇÃO MICROGENÔMICA CARACTERÍSTICAS DO DNA MITOCONDRIAL
- HERANÇA PREDOMINANTEMENTE MATERNA
- NÃO APRESENTA RECOMBINAÇÃO (HAPLÓIDE)
-FÁCIL DE ISOLAR (VÁRIAS CÓPIAS NA MESMA CÉLULA)
-NÃO POSSUI INTRÓNS NEM PSEUDOGENES
CITOCROMO OXIDASE I (CO I)
-Amplamente distribuído em todos os
animais
-Primers universais
-Variabilidade interespecífica (entre
espécies) maior que a variabilidade intraespecífica (dentro de espécies) PROCEDIMENTO PADRÃO Diversidade da Vida X Possibilidades de sequências “Código de barras”: 10 números (0 a 9) alternados em 11 posições = 100 bilhões de identificadores únicos.
Uma seqüência de 15 nucleotídeos (A, T, C, G): 415 = 1.073.741.824
COI tem 650 pb, então: 4650 =2,1827015817904833863457681603012 x 10390
10-15 milhões de espécies
FATOS
-ALÉM DE PERMITIR UMA RÁPIDA E EFICAZ
INDENTIFICAÇÃO DAS ESPÉCIES CONHECIDAS PODE ELUCIDAR NOVAS ESPÉCIES
-LIMITE PARA DIFERENCIAR ESPÉCIES:
DIFERENÇA INTERSPECÍFICA DEVE SER PELO MENOS 10 X MAIOR QUE A INTRAESPECÍFICA Custo dos reagentes e materiais
Fresh/Frozen Museum
Tissue Sampling $0.41 $0.41
DNA Extraction $0.34 $2.00
PCR Amplification $0.24 $0.48
PCR Product Check $0.35 $0.70
Cycle Sequencing $1.04 $2.08
Sequencing Cleanup $0.32 $0.64
Sequence $0.40 $0.80
Total: $3.10 $7.11
Avanços tecnológicos Uma incrível base de dados das espécies Principais impactos do Barcoding Promove a interoperacionalidade dos bancos de dados
-Padronização dos dados promoverá uma ligação
entre sequência de dna, espécimens, nome da espécie e publicações relacionadas.
Melhorias na infraestrutura da informação
- Iniciativa de uma biblioteca digital na taxonomia
Renovar a missão dos museus naturais
-Recuperação de DNA de espécimens em
Formol -Promover o crescimento de bancos de DNA
-Expandir as ferramentas e possibilidade da
taxonomia LIMITAÇÕES PRINCIPAIS CRÍTICAS:
-NÃO HÁ COI EM SERES ANAERÓBICOS.
-PLANTAS E ALGAS NÃO APRESENTAM O MESMO PADRÃO DE
VARIAÇÃO QUE OS ANIMAIS.
-REGIÃO MUITO CURTA: NÃO É AVALIADA TODA A
VARIABILIDADE GÊNICA DOS ORGANISMOS.
-EQUÍVOCOS AO TENTAR IDENTIFICAR SERES HÍBRIDOS
Jamais confundam DNA Barconding com... ...”Taxonomia genética”: nenhum gene ou caractere morfológico por si só é adequado. O Barcode é inicialmente uma ferramenta de identificação de espécies que pode ser utilizado com sucesso na taxonomia. ... “Árvore da vida”: os clusters obtidos pela técnica barcode não são árvores filogenéticas!
A finalidade do barcode é identificar
espécies, não inferir ancestralidade!!! ... DNA Barcode não se restringe apenas ao COI. Padronizar uma região tem benefícios e limitações.
... Moléculas em taxonomia não é novidade;
Mas a padronização e aplicação em larga escala sim! O que é o CBOL? Consortium for the Barcode of Life (CBOL) – linha do tempo
• Primeiras publicações com barcoding 2002
• Workshops de planejamento Cold Spring Harbor 2003
• Concessão para fundação, MAIO 2004
• Abertura da secretaria, em Smithsonian, SET 2004
• Primeira conferência internacional FEVEREIRO 2005
Principal objetivo: “AUXILIAR NO DESENVOLVIMENTO DE UM SISTEMA CAPAZ DE INDENTIFICAR TODAS AS ESPÉCIES DO PLANETA BASEADO NA UTILIZAÇÃO DE UM PEQUENO FRAGMENTO PADRONIZADO DE DNA, CODIFICADOR DE UM GENE. ....
...ESTABELECER UMA FERRAMENTA ACURADA PARA APESQUISA
TAXONÔMICA, AUXILIAR NA IDENTIFICAÇÃO CORRETA DE ESPÉCIES E DE AMPLIAR E ESTIMULAR A TAXONOMIA DOS VÁRIOS GRUPOS DE ORGANISMOS VIVOS.”
ANA MARIA LIMA DE AZEREDO
O DESAFIO MAIS DE 150 ORGANIZAÇÕES NO MUNDO Grupos de pesquisas do CBOL
• Database: Design/construção da Seção
Barcode no Genbank. • DNA: Protocolos para espécimes antigos de museus em formol; • Data Analysis: Além dos métodos fenéticos; perspectiva para genética populacional • Plants: Identificar regiões gênicas para barcode. Database: Design/construção da Seção Barcode no Genbank
Infraestrutura da taxonomia: Fragmentada, Disconectada • Coleções e bases de dados de espécimens • Compilações de táxons • Depósito de dados (caracteres, genes, imagens, ávores) • Monografias • Inventários faunísticos/florísticos • Revisões • Literatura taxonômica (não-digitalizada) Registros de BARCODE no GenBank Metadados do espécimem Nome da espécie Georeferência Indices Habitat - Catalogo da caracteres Imagens DNA Barcode Vida
Comportamento Nomenclatura outros genes - Registros Zoológicos Outras bases Banco de nomes de dados Literatura Link de publicações Filogenia - Novas espécies Gen. popul. Ecologia DNA: Protocolos para espécimes antigos de museus em formol
Espécimens coletados frescos
Congelar Novos museus de
amostras espécimens
DNA Barcode Data
DNA: Protocolos para espécimes antigos de museus em formol
Espécimens coletados frescos Espécimens de Espécimens museus mais antigas fixados em formol
Congelar Novos museus de
amostras espécimens
DNA Barcode Data
CBOL Formalin Workshop • Busca de literatura sobre recuperação de DNA de espécimes em formol. • Proposta solicitada ao Conselho Nacional de Pesquisa USA • 8-9 Maio/2008 Workshop em Washington • Químicos, bioquímicos, biofísicos • Criação de uma nova agenda de pesquisas •Data Analysis: Além dos métodos fenéticos; perspectiva para genética populacional
Protocolos de análise de dados em 2008
Uma ferramenta de análise para lidar com a explosão de dados do Barcode • Colaboração de estatísticos, cientistas da computação, geneticistas de populações • Questões de amostragem: – Tamanho da amostra versus nível de confidência – Tamanho da amostra em função da geografia, fluxo gênico • Protocolos e ferramentas de análises: – Tratamento da falta de dados no site do DNA – Identificação versus delimitação das espécies de (classificação versus clustering) Aplicações - GRANDE PERSPECTIVA PARA DIFERENCIAÇÃO DE ESPÉCIES CRÍPTICAS. Investigações Forenses -Determinar espécies de Diptera em corpos humanos:
Cada espécie de mosca invade os corpos em
diferentes fases pos mortem.
Pode revelar se determinado corpo foi
removido.
Inúmeros barcodes já foram realizados com a
finalidade de identificar a fauna cadavérica.
O barcode proporciona uma identificação
rápida e segura CAÇA ILEGAL
- PODE SER UTILIZADO PARA IDENTIFICAR RESTOS DE
CAÇA
-LIGAR UMA CAÇA ILEGAL AO CAÇADOR
-PERMITE IDENTIFICAR CARCAÇAS
EXEMPLO: BALEEIROS JAPONESES CONTROLE DE PRAGAS AGRÍCOLAS
Identificação e monitoramento de insetos e patógenos CONTROLE DE DOENÇAS TRANSMITIDAS POR VETORES
O CBOL ORGANIZOU O MBI, DEDICADO
A DESENVOLVER UM SISTEMA DE IDENTIFICAÇÃO NÃO AMBÍGUA PARA MAIS DE 85% DAS ESPÉCIES DE MOSQUITOS CONHECIDAS PERSPECTIVAS PARA O BRASIL
-POSSUI A MAIOR BIODIVERSIDADE DO PLANETA
-MATA ATLÂNTICA E O CERRADO BRASILEIRO FORAM
CONSIDERADOS COMO “HOTSPOTS” DE BIODIVERSIDADE PELO CONSERVATION INTERNATIONAL
-APENAS 10% DAS 2 MILHÕES DE ESPÉCIES DA FAUNA E
FLORA BRASILEIRA FORAM IDENTIFICADAS (LEWINSOHN E PRADO, 2002)
-NÚMERO DE ESPÉCIES CATALOGADAS CRESCE
LENTAMENTE DEVIDO AO NÚMERO REDUZIDO DE ESPECIALISTAS PARA IDENTIFICAÇÃO. -A associação do CDSA ao CBOL é uma medida estratégica para catalogar nossa biodiversidade. FIM DOS TAXONOMISTAS?
COMO FICARÃO AS COLEÇÕES BIOLÓGICAS?
E DAÍ??? O Dr. David Schindel é o Secretário Executivo do Consórcio para o Código de Barras da Vida (CBOL), um projeto internacional dedicado ao desenvolvimento de um sistema global para identificar espécies usando sequências genéticas curtas. Uma base de dados de sequências genéticas ligadas a espécimes preservados, cujas identidades foram validadas por taxonomistas, permitiria que os não especialistas identificassem espécies e resolvessem problemas em áreas relacionadas à conservação, saúde pública e agricultura. Greetings,
I am a Brazilian researcher, currently a professor of
biology, and I have great interest in contributing scientifically to the Barcode consortium. I would be very grateful if you could give me some tips and instructions on what we need to officially register our institution to the consortium.
Sincerely,
“Saudações, Eu sou um pesquisador brasileiro, atualmente
professor de biologia, e tenho grande interesse em contribuir cientificamente para o consórcio Barcode. Eu ficaria muito grato se pudesse me dar algumas dicas e instruções sobre o que precisamos para registrar oficialmente a nossa instituição no consórcio. Atenciosamente,” Dear Rafael,
CBOL no longer has member agreements with people or institutions. There are CBOL projects for which we need partners such as a current one on wild cat species and other endangered species. Are you involved (or do you know researchers who are involved) in research on wild species of the family Felidae?
Many thanks and best regards,
David
Prezado Rafael, A CBOL já não possui acordos com
pessoas ou instituições. Existem projetos CBOL para os quais precisamos de parceiros, como um atual sobre espécies de animais selvagens e outras espécies ameaçadas de extinção. Você está envolvido (ou conhece pesquisadores que estão envolvidos) na pesquisa de espécies selvagens da família Felidae? Muito obrigado e receba os melhores cumprimentos, David Dear David,
I have a great interest to develop barcode for mosquitos (Culicidae). I have never get involved in Felidae research, and actually theres is no researcher in our Campus about this Family. I will surround my "contacts network" and I will do my best. I remember that in my hometown there is a Zoological Park that twice a year I go with my Zoology students for a didatic excursion. I remember they have some Feline species there in captivity, some fof them endemic. I will try to contact them, I can not have certainty about it because they are quite burocratic, but I will do my best.
If you have any idea or need anything that is within our reach, pleas do not hesitate to contact us. I will contact you again when I get some news.
Sincerely,
Caro David, Tenho um grande interesse em desenvolver código de barras para mosquitos (Culicidae). Nunca me envolvi na pesquisa de Felidae, e na verdade não há pesquisador em nosso Campus sobre esta Família. Vou cercar minha "rede de contatos" e farei o meu melhor. Lembro-me que, na minha cidade natal, há um Parque Zoológico que duas vezes por ano eu vou com meus alunos de Zoologia para uma excursão didatica. Lembro-me de terem algumas espécies felinas em cativeiro, algumas delas endêmicas. Vou tentar contatá-los, não posso ter certeza sobre isso porque eles são bastante burocráticos, mas vou fazer o meu melhor. Se você tem alguma idéia ou precisa de qualquer coisa que esteja ao nosso alcance, os pedidos não hesitam em contactar-nos. Entre em contato com você novamente quando receber algumas novidades.
