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UNIVERSIDADE FEDERAL DE PERNAMBUCO

CENTRO DE DESENVOLVIMENTO SUSTENTÁVEL DO SEMIÁRIDO

DNA BARCODING
O CÓDIGO DE BARRAS DA VIDA

Rafael Trindade Maia (rafael.rafatrin@gmail.com)

Doutorando em Biologia Animal - UFPE


“CÓDIGO DE BARRAS”
SISTEMA DE INDENTIFICAÇÃO MICROGENÔMICA
CARACTERÍSTICAS DO DNA MITOCONDRIAL

- HERANÇA PREDOMINANTEMENTE MATERNA

- NÃO APRESENTA RECOMBINAÇÃO (HAPLÓIDE)

-FÁCIL DE ISOLAR (VÁRIAS CÓPIAS NA MESMA CÉLULA)

-NÃO POSSUI INTRÓNS NEM PSEUDOGENES


CITOCROMO OXIDASE I (CO I)

-Amplamente distribuído em todos os


animais

-Primers universais

-Variabilidade interespecífica (entre


espécies) maior que a variabilidade
intraespecífica (dentro de espécies)
PROCEDIMENTO PADRÃO
Diversidade da Vida
X
Possibilidades de sequências
“Código de barras”: 10 números (0 a 9) alternados em 11 posições =
100 bilhões de identificadores únicos.

Uma seqüência de 15 nucleotídeos (A, T, C, G): 415 = 1.073.741.824

COI tem 650 pb, então: 4650 =2,1827015817904833863457681603012 x 10390

10-15 milhões de espécies


FATOS

-ALÉM DE PERMITIR UMA RÁPIDA E EFICAZ


INDENTIFICAÇÃO DAS ESPÉCIES CONHECIDAS
PODE ELUCIDAR NOVAS ESPÉCIES

-LIMITE PARA DIFERENCIAR ESPÉCIES:


DIFERENÇA INTERSPECÍFICA DEVE SER PELO
MENOS 10 X MAIOR QUE A INTRAESPECÍFICA
Custo dos reagentes e materiais

Fresh/Frozen Museum
 
Tissue Sampling  $0.41  $0.41

DNA Extraction $0.34 $2.00

PCR Amplification $0.24 $0.48

PCR Product Check $0.35 $0.70

Cycle Sequencing $1.04 $2.08

Sequencing Cleanup $0.32 $0.64

Sequence $0.40 $0.80

Total: $3.10 $7.11


Avanços tecnológicos
Uma incrível base de dados das espécies
Principais impactos do Barcoding
Promove a interoperacionalidade dos bancos de
dados

-Padronização dos dados promoverá uma ligação


entre sequência de dna, espécimens, nome da
espécie e publicações relacionadas.

Melhorias na infraestrutura da informação

- Iniciativa de uma biblioteca digital na taxonomia


Renovar a missão dos museus naturais

-Recuperação de DNA de espécimens em


Formol
-Promover o crescimento de bancos de DNA

-Expandir as ferramentas e possibilidade da


taxonomia
LIMITAÇÕES
PRINCIPAIS CRÍTICAS:

-NÃO HÁ COI EM SERES ANAERÓBICOS.

-PLANTAS E ALGAS NÃO APRESENTAM O MESMO PADRÃO DE


VARIAÇÃO QUE OS ANIMAIS.

-REGIÃO MUITO CURTA: NÃO É AVALIADA TODA A


VARIABILIDADE GÊNICA DOS ORGANISMOS.

-EQUÍVOCOS AO TENTAR IDENTIFICAR SERES HÍBRIDOS


Jamais confundam
DNA Barconding
com...
...”Taxonomia genética”: nenhum gene ou
caractere morfológico por si só é adequado.
O Barcode é inicialmente uma ferramenta
de identificação de espécies que pode ser
utilizado com sucesso na taxonomia.
... “Árvore da vida”: os clusters obtidos pela
técnica barcode não são árvores filogenéticas!

A finalidade do barcode é identificar


espécies, não inferir ancestralidade!!!
... DNA Barcode não se restringe apenas ao
COI.
Padronizar uma região tem benefícios e
limitações.

... Moléculas em taxonomia não é novidade;


Mas a padronização e aplicação em larga
escala sim!
O que é o CBOL?
Consortium for the Barcode of Life (CBOL) – linha do tempo

• Primeiras publicações com barcoding 2002

• Workshops de planejamento Cold Spring Harbor 2003

• Concessão para fundação, MAIO 2004

• Abertura da secretaria, em Smithsonian, SET 2004

• Primeira conferência internacional FEVEREIRO 2005


Principal objetivo:
“AUXILIAR NO DESENVOLVIMENTO DE UM SISTEMA CAPAZ DE
INDENTIFICAR TODAS AS ESPÉCIES DO PLANETA BASEADO NA
UTILIZAÇÃO DE UM PEQUENO FRAGMENTO PADRONIZADO DE
DNA, CODIFICADOR DE UM GENE. ....

...ESTABELECER UMA FERRAMENTA ACURADA PARA APESQUISA


TAXONÔMICA, AUXILIAR NA IDENTIFICAÇÃO CORRETA DE
ESPÉCIES E DE AMPLIAR E ESTIMULAR A TAXONOMIA DOS
VÁRIOS GRUPOS DE ORGANISMOS VIVOS.”

ANA MARIA LIMA DE AZEREDO


O DESAFIO
MAIS DE 150 ORGANIZAÇÕES NO MUNDO
Grupos de pesquisas do CBOL

• Database: Design/construção da Seção


Barcode no Genbank.
• DNA: Protocolos para espécimes antigos
de museus em formol;
• Data Analysis: Além dos métodos
fenéticos; perspectiva para genética
populacional
• Plants: Identificar regiões gênicas para
barcode.
Database: Design/construção da Seção Barcode no Genbank

Infraestrutura da taxonomia:
Fragmentada, Disconectada
• Coleções e bases de dados de espécimens
• Compilações de táxons
• Depósito de dados (caracteres, genes, imagens,
ávores)
• Monografias
• Inventários faunísticos/florísticos
• Revisões
• Literatura taxonômica (não-digitalizada)
Registros de BARCODE no GenBank
Metadados do
espécimem
Nome da
espécie
Georeferência Indices
Habitat - Catalogo da
caracteres
Imagens
DNA Barcode Vida

Comportamento Nomenclatura
outros genes - Registros
Zoológicos
Outras bases Banco de nomes
de dados Literatura Link de
publicações
Filogenia - Novas espécies
Gen. popul.
Ecologia
DNA: Protocolos para espécimes antigos de museus em formol

Espécimens
coletados frescos

Congelar Novos museus de


amostras espécimens

DNA Barcode Data


DNA: Protocolos para espécimes antigos de museus em formol

Espécimens
coletados frescos Espécimens de
Espécimens museus mais antigas
fixados em formol

Congelar Novos museus de


amostras espécimens

DNA Barcode Data


CBOL Formalin Workshop
• Busca de literatura sobre recuperação de
DNA de espécimes em formol.
• Proposta solicitada ao Conselho Nacional
de Pesquisa USA
• 8-9 Maio/2008 Workshop em Washington
• Químicos, bioquímicos, biofísicos
• Criação de uma nova agenda de
pesquisas
•Data Analysis: Além dos métodos fenéticos; perspectiva para genética
populacional

Protocolos de análise de dados em 2008


Uma ferramenta de análise para lidar com a explosão
de dados do Barcode
• Colaboração de estatísticos, cientistas da computação,
geneticistas de populações
• Questões de amostragem:
– Tamanho da amostra versus nível de confidência
– Tamanho da amostra em função da geografia, fluxo
gênico
• Protocolos e ferramentas de análises:
– Tratamento da falta de dados no site do DNA
– Identificação versus delimitação das espécies de
(classificação versus clustering)
Aplicações
- GRANDE PERSPECTIVA PARA DIFERENCIAÇÃO DE ESPÉCIES
CRÍPTICAS.
Investigações Forenses
-Determinar espécies de Diptera em corpos
humanos:

Cada espécie de mosca invade os corpos em


diferentes fases pos mortem.

Pode revelar se determinado corpo foi


removido.

Inúmeros barcodes já foram realizados com a


finalidade de identificar a fauna cadavérica.

O barcode proporciona uma identificação


rápida e segura
CAÇA ILEGAL

- PODE SER UTILIZADO PARA IDENTIFICAR RESTOS DE


CAÇA

-LIGAR UMA CAÇA ILEGAL AO CAÇADOR

-PERMITE IDENTIFICAR CARCAÇAS


EXEMPLO: BALEEIROS JAPONESES
CONTROLE DE PRAGAS AGRÍCOLAS

Identificação e monitoramento de
insetos e patógenos
CONTROLE DE DOENÇAS TRANSMITIDAS POR VETORES

O CBOL ORGANIZOU O MBI, DEDICADO


A DESENVOLVER UM SISTEMA DE
IDENTIFICAÇÃO NÃO AMBÍGUA PARA
MAIS DE 85% DAS ESPÉCIES DE
MOSQUITOS CONHECIDAS
PERSPECTIVAS PARA O BRASIL

-POSSUI A MAIOR BIODIVERSIDADE DO PLANETA

-MATA ATLÂNTICA E O CERRADO BRASILEIRO FORAM


CONSIDERADOS COMO “HOTSPOTS” DE BIODIVERSIDADE
PELO CONSERVATION INTERNATIONAL

-APENAS 10% DAS 2 MILHÕES DE ESPÉCIES DA FAUNA E


FLORA BRASILEIRA FORAM IDENTIFICADAS (LEWINSOHN E
PRADO, 2002)

-NÚMERO DE ESPÉCIES CATALOGADAS CRESCE


LENTAMENTE DEVIDO AO NÚMERO REDUZIDO DE
ESPECIALISTAS PARA IDENTIFICAÇÃO.
-A associação do CDSA ao CBOL é uma
medida estratégica para catalogar nossa
biodiversidade.
FIM DOS TAXONOMISTAS?

COMO FICARÃO AS COLEÇÕES BIOLÓGICAS?


E DAÍ???
O Dr. David Schindel é o Secretário Executivo do Consórcio para o
Código de Barras da Vida (CBOL), um projeto internacional dedicado
ao desenvolvimento de um sistema global para identificar espécies
usando sequências genéticas curtas. Uma base de dados de sequências
genéticas ligadas a espécimes preservados, cujas identidades foram
validadas por taxonomistas, permitiria que os não especialistas
identificassem espécies e resolvessem problemas em áreas
relacionadas à conservação, saúde pública e agricultura.
Greetings,

 I am a Brazilian researcher, currently a professor of


biology, and I have great interest in contributing
scientifically to the Barcode consortium. I would be
very grateful if you could give me some tips and
instructions on what we need to officially register our
institution to the consortium.

Sincerely,

“Saudações,  Eu sou um pesquisador brasileiro, atualmente


professor de biologia, e tenho grande interesse em contribuir
cientificamente para o consórcio Barcode. Eu ficaria muito grato
se pudesse me dar algumas dicas e instruções sobre o que
precisamos para registrar oficialmente a nossa instituição no
consórcio. Atenciosamente,”
Dear Rafael,
 
CBOL no longer has member agreements with people or
institutions.  There are CBOL projects for which we need
partners such as a current one on wild cat species and
other endangered species.  Are you involved (or do you
know researchers who are involved) in research on wild
species of the family Felidae?
 
Many thanks and best regards,
 
David

Prezado Rafael,   A CBOL já não possui acordos com


pessoas ou instituições. Existem projetos CBOL para os
quais precisamos de parceiros, como um atual sobre
espécies de animais selvagens e outras espécies
ameaçadas de extinção. Você está envolvido (ou
conhece pesquisadores que estão envolvidos) na
pesquisa de espécies selvagens da família Felidae?  
Muito obrigado e receba os melhores cumprimentos,  
David
Dear David,

I have a great interest to develop barcode for mosquitos (Culicidae). I have never get involved in Felidae
research, and actually theres is no researcher in our Campus about this Family. I will surround my
"contacts network" and I will do my best. I remember that in my hometown there is a Zoological Park that
twice a year I go with my Zoology students for a didatic excursion. I remember they have some Feline
species there in captivity, some fof them endemic. I will try to contact them, I can not have certainty about
it because they are quite burocratic, but I will do my best. 

If you have any idea or need anything that is within our reach, pleas do not hesitate to contact us.
I will contact you again when I get some news.

Sincerely,

Caro David,
Tenho um grande interesse em desenvolver código de barras para mosquitos (Culicidae).
Nunca me envolvi na pesquisa de Felidae, e na verdade não há pesquisador em nosso Campus
sobre esta Família. Vou cercar minha "rede de contatos" e farei o meu melhor. Lembro-me
que, na minha cidade natal, há um Parque Zoológico que duas vezes por ano eu vou com meus
alunos de Zoologia para uma excursão didatica. Lembro-me de terem algumas espécies felinas
em cativeiro, algumas delas endêmicas. Vou tentar contatá-los, não posso ter certeza sobre isso
porque eles são bastante burocráticos, mas vou fazer o meu melhor.
Se você tem alguma idéia ou precisa de qualquer coisa que esteja ao nosso alcance, os pedidos
não hesitam em contactar-nos. Entre em contato com você novamente quando receber
algumas novidades.

Atenciosamente,
rafael@fiocruz.gov.br

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