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Annu. Rev. Plant Biol., 62:411-3S, 2011.

UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DO RIO DE JANEIRO


INSTITUTO DE AGRONOMIA
CURSO DE PS-GRADUAO EM AGRONOMIA/CINCIA DO
SOLO
Cassia Cassia Pereira Coelho Pereira Coelho
ntroduao ntroduao
W Lm eucarlonLes esLruLura da cromaLlna e
expresso gnlca so regulados por
etilaao de DNA
odificaao de histonas
siRNAs
ntroduao ntroduao
W ,eLllao do unA 7roteao do genoma das 7lantas
ru7o metil na 7osiao S do anel de 7irimidina citosina
I|gura 1 ulagrama esquemLlco de meLllao Lm geral hlpomeLllao de pares
CC (em vermelho) nas regles regulaLrlas mosLrada em clrculos aberLos
correlaclona com aLlvao Lranscrlclonal enquanLo meLllao desses pares CC
represenLado pelos clrculos fechados correlaclona com supresso de genes A
flecha quebrada lndlca o slLlo de lnlclo de Lranscrlo (Ll eL al 2009)
ntroduao ntroduao
W Acetilaao
W etilaao
W Ubiquitinaao
W ADPribolisaao
W Fosforilaao
,odlflcao de hlsLonas ,odlflcao de hlsLonas
em residuos de lisina
Acetilaao e metilaao:
Westabelecida 7or: HAT e
HKTs
WRemovidas 7or: HDACs
e HD&
ntroduao
I|gura ,eLllao de unA e
Lranscrlo gnlca alnel
superlor hlsLonas aceLlladas
rodeadas por formas no
meLlladas de unA alnel
lnferlor slLlos de llgao meLll
CC como o ,eC2 e ,u2
podem se llgar ao unA
meLllado recruLando hlsLonas
deaceLlladas (PuACs) e hlsLonas
meLllLransferase (P,@s) e
formar componenLes
supressores de Lranscrlo C
complexo leva a um malor rlgor
a esLruLura da cromaLlna e
lnLerfere com o vlnculo de
alguns faLores de Lranscrlo
porLanLo lnlblndo a Lranscrlo
do gene (Ll eL al 2009)
(Ll eL al 2009)
sl8nAs
W "s siRNAs derivados de
7recursores de longa
dsRNA
W Atual no silenciamento de
genes
ntroduao
ntroduao
W |genoma descrlo de reguladores
eplgeneLlcos aos logo do genoma
W @ecnologlas de sequenclamenLo de alLo
rendlmenLo revelam regulao eplgenmlca
W Anllse de LranscrlpLoma perfll eplgeneLlco
LsLraLeglas para anllse de LsLraLeglas para anllse de eplgenoma eplgenoma em em
planLas planLas
W Tecnologias genmicas utilizadas no 7erfil e7igenmico
enomic tiling microarray
variaao do microarranjo tradicional
Alta densidade de sondas de oligonucleotideos
&equenciamento de alto rendimento
3 7lataformas mais utilizadas:
W &equenciamento genmico FLX a 7artir de 4S4 life
science/Roche a77lied science
W lumina/ solexa genome analyzer
W &"LiD &ystem/ a77lied biosystems
8oche 434 lLx
W @ecnologla baseada em plrosequenclamenLo
W Slnal de sequenclamenLo lnclado pela
llberao de fosfaLo duranLe reaes da unA
pollmerase
lumina/ solexa genome analyzer
W @ecnologla de slnLese de sequenclamenLo de
unA de 4 cores
W SuporLa sequenclamenLo paralelo masslvo
W AlLa acuracea de sequanclamenLo mesmo
para sequenclas repeLlLlvas
Usada em:
W&equenciamento
WDescoberta de 7olimorfismo
WPerfil de smRNAs
Wa7eamento de metilaao de
DNA e modifiaao de histonas
@he |ed 8|osystems SCL|D`
W Dsa unA llgase em vez de pollmerase para
lnlclar sequenclamenLo por slnLese
W Codlflcao de duas bases alLa acuracea
W 8endlmenLo e cusLos slmllares ao lllumlna
erfll de ,eLllao do genoma lnLelro
W Combinaao de detecao de metilaao de DNA com
microarranjo de DNA ou tecnologias de sequenciamento
de alto rendimento
W 3 7rinci7ais abordagens sao utilizadas 7ara detectar
metilaao de DNA
Digestao de endonucleases
Purificaao 7or afinidade
Conversao de bisulfito
&equencing library construction
Highthrough7ut sequencing
Endonucleases de
restriao
WcrBC clivam sequencias
metiladas
WCombinaao de digestao
7or crBC com microarray
tiling ou sequenciamento
de alto rendimento
etilaao do DNA
etilaao de DNA
&equencing library construction
Highthrough7ut sequencing
Purificaao 7or afinidade
WDNA metilado 7ode ser
enriquecido usando
7roteinas de dominio de
ligaao metil ou
anticor7os es7ecificos
WBDchi7 - detecta
a7enas metilaao C
WmCPchi7
WmCPseq - combinaao
com llumina
etilaao de DNA
&equencing library construction
Highthrough7ut sequencing
Conversao de bisulfito
WTratamento do DNA
genmico com bisulfito
converte citosinas a
uracilas
WCitosinas metiladas nao
sofrem conversao
WQuantificaao da
extensao da metilaao
do DNA combinaao de
tratamento com bisulfito
e microarray tiling - B&
seq
WProblema da tcnica:
Conversao incom7leta da
citosina
S S seq seq ee a a mals mals ampla ampla ee
provelLosa provelLosa Lecnologla Lecnologla
para para anllse anllse de de de de
meLllao meLllao de de unA unA
Perfil de modificaao de histonas no genoma com7leto em 7lantas
W Tecnologia de
imuno7reci7taao de
7roteinas (ChP)
etilaao de histonas
&equencing library construction
Highthrough7ut sequencing
lragmenLao da
cromaLlna
2 lmunopreclpLao
por anLlcorpos
3 Llberao dos
fragmenLos de unA
4 unA Chl e
purlflcado e
verlflcado por qLC8
3 SequenclamenLo ex
mlcroarray Llllng
Chlchlp ou Chl
seq
Perfil do genoma com7leto de smRNAs em 7lantas
W &equenciamento massivo de assinatura 7aralela (P&&)
- 7rimeira tcnica
W Atualmente: sequenciamento 4S4 e llumina
W 2 7rocedimentos 7ara sequenciamento de smRNA de
genoma com7leto:
Purificaao de smRNA
Ligaao de ada7tadores
&equencing library construction
Highthrough7ut sequencing
WRNA carregado em gel
WsmRNA sao 7urificados e
7osteriormente ligados a
ada7tadores
WProdutos ligados sao
7urificados em gel e
transcritos reversamente
WcDNA am7lificado 7or
PCR e sequenciado
Caracterizaao do e7igenoma em 7lantas
W Cenario de metilaao de DNA em 7lantas
W " 7rimeiro ma7a de resoluao com7leto de DNA foi feito utilizando
o mtodo mCPchi7
W Perfil de metiloma de DNA:
metilaao C, CH e CHH - enriquecida em trans7osons e
sequencias re7etitivas
etilaao C - em genes nao TE
W etilaao em sequncias re7etitivas geram siRNAs associados a
re7etiao
W Ha uma tendncia de correlaao negativa entre niveis de ex7ressao
gnica e metilaao do DNA
W Cenario de modificaao de histonas em 7lantas
Caracterizaao do e7igenoma em 7lantas
etilaao de lisina:
ativaao ou res7ressao de
genes
Acetilaao:
ativaao da ex7ressao
gnica
W Cenario de smRNAs em 7lantas
Caracterizaao do e7igenoma em 7lantas
Padrao combinatrio de e7igenoma em 7lantas
W Perfil de alta resoluao do e7igenoma:
W uitos gru7os de siRNAs sao bem metilados
W Regioes de metilaao de DNA nao sao necessariamente
associadas a siRNAs
W Nao ha correlaao 7ositiva entre a intensidade de
metilaao de DNA e abundancia relativa de smRNA
W A metilaao de DNA negativamente corelacionada com
muitas modificaoes de histonas, exceto H3K3me2
W lormao da semenLe
Dma celula espermLlca ferLlllza celula ovo hapllde
A segunda celula espermLlca ferLlllza a celula cenLral dlpllde
endosperma Lrlpllde
W uuranLe gameLognese e de exLrema lmporLancla que
Lransposons permaneam lnaLlvos
LsLabllldade do genoma
Acuracea da lnformao geneLlca
Re7rogramaao e7igenmica durante gametognese e
desenvolvimento de sementes em 7lantas
Analises e7igenticas do genoma inteiro: su7orte
e7igentico 7ara manter estabilidade do genoma
Wenes TE sao
demetilados e siRNAs
sao 7roduzidos em
cel. vegetativas
WsiRNAs
trans7ortados 7ara
clulas es7ermaticas
WsiRNAs garatem a
res7ressao de
trans7ososn durante
gametognese
WDemetilaao de
genes TE
formando siRNAs
no endos7erma
W&iRNAs sao
trans7ortados
7ara o embriao
Wenes TE
silenciados no
embriao
Analises e7igenticas do genoma inteiro: su7orte
e7igentico 7ara manter estabilidade do genoma
Proteao do genoma de clulas es7ermaticas 7elo sacrificio da integridade do
genomas de clulas vegetativas su7orte
Iarlao eplgenmlca naLural em
planLas
W Com7lexa relaao entre variedade gentica e e7igentica
W Dificil identificar im7ortancia da variaao e7igentica na diversidade
fenoti7ica
W 3 classes de variaao e7igentica refletem diferente de7endncia da
variaao gentica
"brigatria - somente um resultado da variaao gentica
Pura - totalmente inde7endente da variaao gentica
Facilitada - variaao gentica e e7igentica agem juntas na
determinaao da diversidade fenoti7ica
Conservao e dlversldade do
meLlloma de unA em planLas
W 8ecenLemenLe o padro de meLllao do unA enLre
especles fol anallsado por Sseq
W ,eLllao CC e preferenclalmenLe enconLrada em exons
W adres de meLllao no CC parecem ser mals dlversos
ex CPP em Lodo o genoma de arroz e em reglo
perlocenLromerlcas de dlcoLlledoneas
W P dlferenas de meLllao duranLe a evoluo das
especles
rlnclpals lnformaes
W Perfil e7igenmico de alto rendimento tem revelado
redes e7igenticas diversas e sua com7lexa interaao
com o transcri7toma de mRNA dita o fenti7o em
7lantas
W udanas e7igenmicas em res7osta a estimulos
contribuem 7ara a diferenciaao de clulas e tecidos e
estabilidade da linha de germinaao
W variaao e7igenmica natural ocorre durante a evoluao
das es7cies e atua em combinaao com variaao
gentica 7ara determinar diversidade fenoti7ica

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