Introduo a Bioqumica: Biomolculas

Referncia
Autores: Autores Ignez Caracelli e Julio Zukerman-Schpector Editora: EdUFSCar Editora ISBN: 85-7600-065-2

Aula 1
Introduo ao Curso: Aminocidos

Ignez Caracelli
BioMat DF UNESP/Bauru

Julio Zukerman Schpector

LaCrEMM DQ UFSCar

Bauru, 13 de agosto de 2007

Bancos de Dados

Linguagem x Informao

http://www.rcsb.org/pdb/

letras

frases

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/

aminocidos

protenas

Problema Central

Estruturas tridimensionais

frases

texto

mtodos experimentais

mtodos tericos

protenas

funo

Estruturas tridimensionais
molculas pequenas

molculas grandes

Estruturas Tridimensionais
mtodos experimentais: cristal

Estruturas Tridimensionais
difrao de raios X cristalografia

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Estruturas Tridimensionais
1conformao conformao planejada dobrada

Estruturas Tridimensionais
protenas

planejamento
HC05 HC05

sntese cristalografia
molculas pequenas 11
12

1conformao conformao no-planejada estendida

Estruturas Tridimensionais

Estruturas Tridimensionais in silico

Modelagem Molecular

quem so as protenas??? como so suas estruturas 3D?? como desempenham suas funes???

alinhamento de seqncias predio de estruturas de protenas modelagem por homologia modelagem de ligantes docking
13 14

Aspectos Bsicos da Estrutura Polipeptdica

As protenas so cadeias (polmeros) constitudas por 20 L-aminocidos D-acares

Aminocidos
Grupo amina (protonado)

Grupo carboxila (dissociado)

COOH 3N +
Cadeia lateral

C H
R R
Carbono

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16

Ligaes nas Protenas

interaes covalentes (fortes) ligao peptdica
ligacao dissulfeto

Ligao Peptdica

interaes no-covalentes (fracas)

interaes eletrostticas interaes de van der Waals ligaes de hidrognio interaes hidrofbicas
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Estereoisomeria

Ismeros ticos

L-aminocido

D-aminocido
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Uma molcula quiral, aquela que no idntica sua imagem especular. Uma molcula quiral e sua imagem especular formam um par de enantimeros, ou ismeros especulares.
20

Ismeros ticos: exemplo

Talidomida enantimero R: efeito tetragnico enantimero S: efeito sedativo

Aminocidos: estereoisomeria

COO-

COOH C NH3+
L-Alanina D-Alanina

H3N C H CH3

CH3

21

22

Aminocidos e Polaridade

Molcula Apolar (ou no-polar)

tomo ou molcula apolar: o centro das cargas positivas coincide com o centro das cargas negativas na ausncia de campos eltricos.
cargas positivas

COOH 3N + C H
R
R: nao-polar polar nao-carregado polar carrgado
Carbono Cadeia lateral
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p = 0

cargas negativas

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Molcula Apolar (ou no-polar)

molcula apolar na presena de campo eltrico: centro das cargas positivas centro das cargas negativas um dipolo induzido (orientado de para +) p0
cargas positivas
p

Molcula Apolar (ou no-polar)

molcula apolar o centro de cargas positivas (ncleo) coincide com o centro de cargas negativas (nuvem eletrnica). dipolo induzido o centro de cargas positivas (ncleo) no coincide com o centro de cargas negativas (nuvem eletrnica).
E

cargas positivas

cargas negativas

cargas negativas

p0
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p=0

p0

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Molcula Polar
mesmo na ausncia de campo eltrico: centro de cargas positivas centro das cargas negativas molcula um dipolo chamado de dipolo permanente

molculas
carga eltrica dipolo sistema com muitas cargas A forma como as cargas esto distribudas muda a forma do campo eltrico criado por essas cargas ou distribuio de cargas. Na maioria dos sistemas que sero analisados, ou a distribuio de cargas pode ser tratada como se as cargas fossem isoladas (ons em um meio diludo), ou como no caso de uma membrana, consideramos uma distribuio linear, como a formada entre as placas de um capacitor, que cria um campo magntico constante e homogneo.
27 28

Os aminocidos
Por que precisamos conhecer este assunto? O que acontece em uma protena, na ligao de uma enzima ao seu substrato, entre outras coisas, dominado pela estrutura tridimensional das molculas e por sua distribuio de cargas; o conhecimento dos aminocidos pode ser fundamental para o entendimento em nvel molecular do funcionamento do funcionamento das molculas e isto possibilita planejar como, por exemplo, inibir uma enzima, planejar o desenho de um novo frmaco, etc.
29

Os aminocidos e protenas
O qumico holands Gerardus Mulder foi o primeiro a dotar o termo protena em 1838. Do grego proteus: primrio, o mais importante.

30

Os aminocidos e protenas
O primeiro aminocido descoberto foi a asparagina, extrada do aspargo, em 1806. O primeiro identificado em uma protena foi a leucina por Proust em 1819. O ltimo a ser descoberto foi a treonina em 1936. (hoje isto nao e mais verdade)

Os aminocidos e protenas
Os aminocidos sistemtico. no possuem um nome

A glicina tem esse nome devido ao gosto doce (glycos = doce). A tirosina foi originalmente isolada do queijo (tyros = queijo). O cido glutmico foi encontrado no glten de trigo. 32

31

Os aminocidos
Os aminocidos no possuem um nome sistemtico. A glicina tem esse nome devido ao gosto doce (glycos = doce). Tirosina foi originalmente isolada do queijo (tyros = queijo) e o cido glutmico foi encontrado no glten de trigo

Aspectos Bsicos da Estrutura Polipeptdica

As protenas so polmeros constitudos por 20 L-aminocidos-padro unidos por ligaes peptdicas Os aminocidos reunem-se em combinaes praticamente infinitas

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34

1 > 2 > 3 > 4 Estrutura

35

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Aminocidos
Grupo amina (protonado)

Grupo carboxila (dissociado)

COOH 3N +
Cadeia lateral

C H
R R
Carbono

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38

Ligao Peptdica
H

Ligao Peptdica
H H2N C COOH R2 H R2 H R3 H H2N C COOH R3 H2N C COOH R1 H R1

H2N C CO NH C CO NH C COOH + 2H2O

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40

Ligaes Peptdicas

protena
H

Ligao Peptdica
H H2N C COOH R2 H R2 H R3 H H2N C COOH R3 H2N C COOH R1 H R1

N-terminal

R1

H N

O H C C Ri

Rn C N H COOH H n-2

C H2N H C O

C-terminal

H2N C CO NH C CO NH C COOH + 2H2O

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Ligao Peptdica
Ligao dupla parcial Plana, curta C a trans >> cis

Estereoisomeria

L-aminocido
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D-aminocido
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Ismeros ticos

Ismeros ticos: exemplo

Talidomida enantimero R: efeito tetragnico enantimero S: efeito sedativo S R

Uma molcula quiral, aquela que no idntica sua imagem especular. Uma molcula quiral e sua imagem especular formam um par de enantimeros, ou ismeros especulares.
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Aminocidos: estereoisomeria

ngulos dihdricos Phi e Psi

ngulos dihdricos so definidos por 4 tomos Phi () a toro ao redor NC

COO+

COOH C NH3+
L-Alanina D-Alanina

Psi () a toro ao redor C C e especificam a conformao da cadeia principal

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H3N C H CH3

CH3

ngulo didrico

ngulo didrico
o ngulo de toro em torno de CC
N(i+1)
C C

C C N

o ngulo de toro em torno de N C

C(i-1)

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50

Estrutura covalente
ligao peptdica ligao dissulfeto

As Foras no-covalentes nas protenas

interaes eletrostticas entre cargas e dipolos; foras de van der Waals; ligaes de hidrognio e interaes hidrofbicas.

51

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Ligaes de hidrognio em estrutura terciria

H

Aminocidos com cadeias laterais no-polares

COOH 3N + C H H
H3N+ COOC H CH3

COOH3 N + C H CH H 3C CH3

Aceptores
HN

CH2 N H

HO

CH2

HO CH R

S,T

Doadores
K

H N CH2 H H H N H C NH NH2+

Glicina Gly, G

Alanina Ala, A

Valina Val, V

C,M

CH2

S R

H H O N C H

E,G,N,Q

C R

N,Q
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(G, A, V, L, I, F, W, M, P)

Aminocidos com cadeias laterais no-polares

COOH3N+ C H CH2 H3C CH CH3 COOH3N+ C H

Aminocidos com cadeias laterais no-polares

COOH3 N+ C H CH2

Leucina Leu, L

Fenilalanina Phe, F

COOH3 N + C H CH2

Triptofano Trp, W

CH H3C CH2 CH3

Isoleucina Ile, I

NH

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Aminocidos com cadeias laterais no-polares

COOC H CH2 CH2 S CH3

COO Prolina NH2+

Pro, P

H3N+

Aminocidos com cadeias laterais polares no-carregados (S, T, N, Q, Y, C)

COOCOO-

Metionina Met, M

H 3N +

C H CH2OH

Serina Ser, S NE

H 3N +

C H CH3

H C OH

Treonina Thr, T

57

58

Aminocidos com cadeias laterais polares no-carregados (S, T, N, Q, Y, C)

COO H3 N
+ -

Aminocidos com cadeias laterais polares no-carregados (S, T, N, Q, Y, C)

COOH3 N
+

COO-

C H CH2 CONH2

Asparagina Asn, N

H3N+

C H CH2 CH2 CONH2

Glutamina Gln, Q

C H CH2

COOTirosina Tyr, Y H3 N
+

C H CH2 SH

Cistena Cys, C

OH

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Aminocidos com cadeias laterais polares carregados (D, E, K, R, H)

COO H3N
+ -

COO

COOH3N+ C H CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+

Aminocidos com cadeias laterais polares carregados (D, E, K, R, H)

Lisina Lys, K

C H CH2 COO-

cidoAsprtico Asp, D

H 3N

C H CH2 CH2 COO-

cido Glutmico Glu, E

COO-

Arginina Arg, R

H3 N

C H CH2 CH2 CH2 NH

H2 N C NH2
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Aminocidos com cadeias laterais polares carregados (D, E, K, R, H)

COOH3N+ C H CH2 NH+ HN

Histidina His, H
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