O documentrio conta a histria de Antnio Vicente Mendes Maciel , o Antnio
Conselheiro, e sua ligao com a luta contra a escravido, a opresso e a Repblica. Conta tambm como Antnio Conselheiro, muita das vezes tratado como um profeta ou um santo, inicia sua peregrinao junto a seus seguidores pelo Serto baiano para fundar a cidade (s vezes mtica) de Belo Monte, hoje conhecida como Canudos, local onde Conselheiro tentou construir uma sociedade igualitria e solidria, onde era possvel encontrar escravos livres que se transferiram para l aps a Abolio da Escravatura buscando uma oportunidade fora sociedade coronelista que se formava no Brasil. Aborda tambm como Belo Monte, um vilarejo onde no existia polcia, cobradores de impostos, nem patres nem empregados e onde a terra e a produo eram coletivas, ofendeu o Governo brasileiro e toda sua poltica latifundiria, que decide avanar com as Foras Armadas, dando inicio a Guerra de Canudos, um longo confronto entre o Estado, e a resistncia formada por Antnio Conselheiro na prpria cidade. Conta tambm acerca das quatro expedies fracassadas que durante mais de um ano atacaram Canudos, mobilizando para isso mais de 12 mil soldados do exrcito de 17 estados e a destruio completa da cidade e o massacre de seus habitantes, todos decapitados, e a cidade, destruda. Em suma: o documentrio Paixo e Guerra no Serto de Canudos vm mostrar o estilo de vida e a f dos conselheristas atravs de fontes escritas, tambm utiliza raros depoimentos de parentes de Antnio Conselheiro, contemporneos da guerra, filhos de lderes guerrilheiros, historiadores, religioso e militares. Entre imagens da poca, cantigas, roupas e pertences dos soldados mortos durante o combate, alm dos inmeros documentos escritos deixados pelo exercito e a imprensa da poca. Com essas fontes o documentrio feito intercalando relatos orais com a imagem de objetos histricos para construir a historia de Antnio Conselheiro e da cidade de Canudos. A concluso de Paixo e Guerra no Serto de Canudos procura dizer que espingardas e canhes podem destruir cidades, mas no os sonhos e a histria, e que a histria dos vencidos tambm existe.