Abra a interface de comandos Executar > CMD e digite os seguintes comandos:

DISKPART: este comando abrir a ferramenta "diskpart".

list disk: veja o nmero atribudo ao seu pen drive na lista que aparece.
select disk 3: altere o 3 pelo nmero correspondente ao seu pen drive.
clean: isto excluir a presente partio.
create partition primary: criao de uma nova partio.
active: isto ativar sua partio para que ela se torne "inicializvel".
format fs=fat32 quick: formatao rpida em "fat32".
assign: para atribuir uma letra ao seu pen drive.
exit: para fechar o diskpart.
exit: para fechar o prompt de comando.