A maior parte dos casos de meningite bacteriana segue o seguinte percurso
no organismo: primeiro ocorre colonizao da nasofaringe por uma das bactrias causadoras da doena. Essas bactrias por sua vez, invadem as clulas que formam a mucosa nasal e da faringe e entram na corrente sangunea. A bactria circula pelo corpo do hospedeiro causando um processo inflamatrio generalizado. Esse processo inflamatrio acaba aumentando a permeabilidade da barreira hematoenceflica (um espcie de escudo que deve proteger o SNC contra invases) possibilitando que as bactrias ento penetrem no liquor (liquido que circula entre os espaos existentes no sistema nervoso central). As bactrias ento conseguem se reproduzir no espao entre as meninges e a doena est instalada.