A fauna da Floresta Atlntica representa uma das mais ricas em diversidade de
espcies e est entre as cinco regies do mundo que possuem o maior nmero de espcies endmicas. O bioma possu 992 espcies de pssaros, 372 de anfbios, 350 de peixes, 270 espcies conhecidas de mamferos (podendo haver outras ainda no catalogadas) e 197 espcies de rpteis. Os animais podem ser divididos em dois grupos, de acordo com o grau de exigncia:
Os Generalistas: so pouco exigentes, apresentam hbitos alimentares
variados, altas taxas de crescimento e alto potencial de disperso. Essas caractersticas permitem que eles abitem trechos de mata secundria.
Ex.: Sabi-laranjeira, macaco-prego, sanhao, pica-pau, gamb, morcegos, entre outros.
Especialistas: dieta e hbitats muito restritos. So sensveis perturbaes
no meio, e por isso tendem a ser encontradas em trechos de floresta primria e/ou secundrias em alto grau de regenerao.
Ex.: ona-pintada, mono-carvoeiro, jacutingas, gavio-pombo, entre outros.
A interao entre a fauna e a flora da mata atlntica bem marcante pois o fornecimento de alimento ao animal em troca do auxlio na perpetuao de uma espcie vegetal, bastante comum. Os animais disseminam sementes e polens ao se alimentarem gerando uma relao de cooperao harmnica entre eles. Entretanto pela ao antrpica tanto com o desmatamento e as queimadas, como a caa predatria e o comercio de animais silvestres prejudicou e tem prejudicado muitas espcies animais. O Brasil possui 633 espcies de animais que esto em pleno risco de extino e deste nmero 383 esto presentes na Mata Atlntica, ou seja, mais da metade das espcies como mico-leo-dourado, bugio, tamandu bandeira, veado, gamb, cutia, tatu-canastra, monocarvoeiro, arara-azul-pequena, lontra, quati, anta, ona pintada, jaguatirica, capivara, etc.