A amostragem de bacterioplâncton dá-se na superfície da água e seu transporte
deve ser realizado em baixas temperaturas, entre 4°C e 10°C. Utiliza-se frascos do tipo Johnson-ZoBell e Niskin, que podem fazer coletas em diversas profundidades da água. Após a coleta, as bactérias têm que ser fixadas imediatamente utilizando substâncias químicas como o formaldeído, lugol, entre outros, em diferentes concentrações. Para análise, utiliza-se o volume da amostra entre 100mL e 1000mL. A amostra deve ser acondicionada em frascos escuros de polietileno, resistente à ação dissolvente e com tampa de rosquear metálica que não produza resíduo volátil ou substâncias tóxicas durante a esterilização. Antes de acondicionar a amostra, esses frascos devem ser lavados com detergente e água corrente. Logo após, deverão ser secos, fechados e esterilizados em autoclave. As amostras podem ser estocadas por até 8hrs sob refrigeração em temperatura inferior a 10°C, não havendo a necessidade de congelamento