UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO NORTE

CURSO DE BIOCIÊNCIAS

DISCIPLINA DE BIOINFORMÁTICA

AVALIAÇÃO DA 1º UNIDADE

LUCIMARIO THIAGO FELIX DE ARAUJO

Respostas do exercício 1

1ª) O alinhamento de sequências, onde teremos duas sequências de DNA que são similares,
com isso ha chance de terem funções genéticas semelhantes são maiores, com isso fazer
inferências significativas sobre as funções e relações de evolução, há também o alinhamento
global onde alinha se duas sequências por inteiro, os alinhamentos com maiores escores são
considerados os melhores, e o alinhamento local procura por regiões com alta similaridade
dentro dessas sequências, com isso, regiões conservadas ao longo da evolução, bem como
regiões que possam ter funções semelhantes em genes diferentes de diferentes espécies.

1b) O PSI-BLAST permite que o usuário construa um matriz de pontuação específica para a
posição (PSSM) usando os resultados da primeira execução blastp. Com isso esse procura
ainda mais no banco de dados para novas similaridades , e é atualizado para iterações
subsequentes com essas sequências recém-detectada, fornecendo um meio de detectar
relações distantes entre proteínas.

O PHI-BLAST é um programa de pesquisa que combina correspondência de expressões

regulares com alinhamentos locais em torno sequencia .Pode ser preferível apenas procurar
ocorrências de padrões porque filtra os casos em que a ocorrência padrão é provavelmente
aleatória e não indicativa de homologia. Essa pesquisa, limita os alinhamentos àqueles que
correspondem a um padrão na consulta.

1c) matriz de substituição mostra o ritmo em que um caráter em uma sequência altera-se a
outro caráter com o tempo. São usadas no alinhamento de sequências de aminoácidos sendo
eles proteínas ou o DNA onde a semelhança entre sequências depende do tempo desde sua
divergência e dos ritmos de substituição na evolução. O DNA usa um sistema de pontuação
mais simples é geralmente usada para o emparelhamento entre os quatro diferentes
nucleotídeos e geralmente atribui uma pontuação positiva para a coincidência no
emparelhamento, uma pontuação nula ou negativa para a incompatibilidade e uma pontuação
negativa para as lacunas ou gaps.

2.a) sim a proteína angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) (homo sapiens)

2.c) Sim a angiotensin-converting enzyme 2 isoform 1 precursor também de humanos