QBQ1252: Bioquı́mica Metabólica – Quı́mica

Atividade: Visualização da estrutura 3D de proteı́nas

Navegue até o web-site do PDB (https://www.rcsb.org/), obtenha o PDB 3MI4 e responda aos
seguintes itens, usando o programa PyMol para visualização da estrutura proteica:

1. Qual informação este arquivo apresenta?

2. Identifique na estrutura primária a quantidade e a localização (resı́duos) de regiões em α-hélices
e folhas-β;
3. Identifique qual região da proteı́na estará no interior hidrofóbico e qual região estará exposta ao
solvente. Liste alguns do resı́duos em cada uma destas duas regiões.
4. Escolha uma (apenas uma!) α-hélice da proteı́na e faça uma lista de ligações de hidrogênio que
estabilizam esta hélice, indicando o resı́duo doador (aquele com o grupo NH) e o resı́duo aceptor
(com o grupo C=O).
5. Na entrada desta proteı́na no PDB, encontre o item “Small Molecules” e liste os 4 ligantes
não-proteicos na estrutura. Encontre a benzamidina na estrutura 3D usando o Pymol.
6. Determine as ligações de hidrogênio e os contatos hidrofóbicos que contribuem para a ligação da
proteı́na-benzamidina (liste os resı́duos envolvidos e a distância doador-aceptor para pelo menos
duas ligações de hidrogênio).
7. Como o ı́on cálcio presente na estrutura interage com a proteı́na (novamente, liste os contatos
envolvidos)? Qual o papel deste ı́on?

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