- pwd (para saber onde estou)

- ctrl ac (para criar uma nova janela)

o ctrl an (andar para a próxima janela)
o ctrl ap (andar para a janela anterior)
o ctrl ad (para sair da janela)
- screen (para abrir uma janela segura que não vai abaixo se eu sair)
- screen -r (to list the screens)
- cd <fold> (para entrar numa pasta)
- cd (voltar para o início)
- cd .. (para andar para trás)
- ls (para listar)
- ls -a (para mostrar um ficheiro escondido)
- htop (para ver que processadores estão a ser usados)
- ctrl r <nome> ( para procurar algum comando)
- rm <nome> (para apagar ficheiro)
- rmdir (apagar pasta vazia)
- rm -rf pasta (para apagar uma pasta que não está vazia)
- less <nome> (para abrir documento)
- less <nome> | sort (para organizar um ficheiro)
- nano (editor para criar document de texto)
- crtl X (sair do nano)
- grep palavra filename (para procurar uma palavra; um padrão)
- sed (procurar um padrão A e modifica-lo para padrão B)
- source <nome do programa> (para executar um programa)
- mkdir <nome da directoria> (para criar pasta/directoria)
- cp od está/nome ficheiro p onde vai/ (para copiar um doc de um sítio para outro)
- diff <ficheiro1> <ficheiro2> (para comparar dois ficheiros)
- unzip <nome> (para unzipar ficheiros.zip)
- tar -xf <nome> (para unzipar ficheiros.tar)
- gunzip <nome> (para unzipar ficheiros.gz)
- tar -cf backup.tar <diretoria> (para juntar uma diretoria e tudo o contém)
- gzip backup.tar (para zipar essa diretoria)
- cat 20200307_hiseq_LANE1/H204SC20011297/raw_data/output/01_clean_data/
*.2.fq_out.fastq
20200415_hiseq_LANE2/X204SC20011297-Z01-F004/raw_data/output/01_clean_dat
a/*.2.fq_out.fastq > all_lanes.2.fastq.gz (para fazer merge)
- chmod u+x file (mudar premissão para executar)
- echo: when you want to keep track if the command is running
- set -x: in bash file, when you want to keep track of each command that is running
(instead of putting echo in each command)
- mv od está/nome ficheiro p onde vai/

To move from beagle to windows:

/home/sofia/Rad_data/DATA-RADSEQ/old_and_new_data/ref_map/update_dataset/
LTM/ESC/poly_snps/ESC_LTM_without_diagno.bim/ > C:\Users\Asus\OneDrive\
Documentos\