Universidade Federal de Minas Gerais

Instituto de Ciências Exatas

Departamento de Química
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Tel. 31 3409 5720 - Fax 31 3409 5700 - Web: http://www.qui.ufmg.br

DISCIPLINA: Introdução à Bioquímica - QUI035

PROFESSOR: Tiago A. S. Brandão

AULA TEÓRICO/PRÁTICA: Estrutura das Proteínas

INFORMAÇÕES GERAIS: Esta aula será uma introdução a estrutura 3D de macromoléculas,

utilizando gráficos computacionais. As estruturas serão adquiridas do Protein Data Bank (PDB) e
lidas com o programa KiNG. Informações adicionais com relação ao programa podem ser
encontradas no site http://kinemage.biochem.duke.edu/index.php. Os conceitos que serão
abordados durante esta aula foram ensinados nas aulas anteriores, dessa forma, os alunos são
encorajados a consultar suas anotações.

OBJETIVO: O final desta aula o aluno deverá ter uma visão geral da estrutura tridimensional de
macromoléculas, compreendendo, à nível molecular, as interações envolvidas na formação das
estruturas secundárias e terciárias.

PROCEDIMENTO:

Encontre a estrutura (pode ser feito em casa).

1. No navegador de internet, acesse o website: http://www.rcsb.org. Este é o sítio responsável

por armazenar as estruturas cristalográficas e de RMN de proteínas e nucleotídeos publicados
até a atualidade. Cada estrutura depositada neste sítio possui um código de identificação
alfanumérico com 4 letras e/ou números.

2. Na barra de busca do site, coloque o código 1A6M. Você será direcionado para a página da
mioglobina, uma proteína que contém ferro, sendo responsável por carrear o oxigênio nos
músculos. A mioglobina com o código 1A6M foi cristalizada na forma oxi, que é a forma
carreadora de oxigênio.
A resolução em angstroms desta estrutura é _______. Você diria que esta resolução é superior
ou inferior a da oxi-mioglobina depositada com o código 1MBO? Como você acha que isto
afeta a qualidade da estrutura depositada?

3. Faça o download do arquivo PDB 1A6M da oxi-mioglobina. Clique em Download Files no

lado direito da página, então, em PDB File (Text) e salve o arquivo no desktop.

4. Nas abas superiores clique em Sequence, role a página para baixo e anote a sequência dos
resíduos 100 a 110 (veja SEQRES sequence):
____,____,____,____,____,____,____,____,____,____,____.
Qual tipo de estrutura é está, primária, secundária, terciária ou quaternária?

1
Abra a estrutura da mioglobina e divirta-se...

5. Abra o programa King no desktop. Em file, clique import e Molecules (PDB, mmCIF).
Escolha o arquivo que você salvou no desktop.
Na janela Molikin, em Ball & stick, além dos itens selecionados, selecione mainchain,
sidechains,“balls on N,O,P,etc.” e “balls on C atoms too”. Após, clique em Ribbons e depois
em As new kinemage. A estrutura abrirá na janela principal, então, feche a janela Molikin. Na
coluna à direita você pode escolher quais características da estrutura estarão visíveis.

Comandos básicos para manusear a estrutura

- Para girar, clique o botão esquerdo e arraste o mouse;
- Para arrastar, clique no botão central e arraste o mouse;
- Para aumentar/diminuir, clique no botão esquerdo e arraste o mouse no sentido vertical; arraste o
mouse no sentido horizontal para esconder/mostrar partes da estrutura da proteína.

6. No lado direito da janela do programa. Deixe selecionados todos os itens, exceto: Calphas,
mainchain, sidechains e “b”.
Quais estruturas secundárias estão presentes nesta estrutura? Quantas hélices alfa você
contou? De que modo elas estão orientadas uma em relação à outra?

7. Encontre as terminações da estrutura primária da proteína. Clique em uma das terminações;

veja abaixo no canto esquerdo da tela principal qual aminoácido está presente nesta posição.
Faça o mesmo para a outra extremidade. Quais aminoácidos estão presentes nas extremidades
amino- e carboxi-terminal?

8. Além dos itens anteriores, deixe o seguinte item visível: sidechains.

Na barra principal em Edit, clique em Find point. Digite 102 e Search; você será direcionado
ao resíduo K102. Observe que ele está localizada em uma extremidade da hélice alfa, e sua
cadeia lateral aponta para a superfície da estrutura da proteína. Nesta mesma hélice alfa,
observe os resíduos de 103-118. Quais resíduos possuem suas cadeias laterais apontando para
a superfície e quais apontam suas cadeias laterais para o interior pouco polar da estrutura
protéica? Qual é a conclusão que você retira dessa observação.

9. Na barra lateral: desselecione sidechains, ribbon, coil e alpha, e selecione mainchain. Meça
algumas ligações de hidrogênio nesta hélice alfa. Na barra superior: em Tools, clique em
Measure angle & dihedral, clique nos átomos que você gostaria de medir: 2 átomos medirão
uma distância, 3 átomos um ângulo e 4 átomos um diedro (ângulo torsional). Após cada
medida aperte duas vezes a tecla M do seu teclado.
Observe que a maioria das estruturas de cristalografia de raios-X não é determinada com
hidrogênios. Por quê? Contudo, a ligação de hidrogênio pode ser prevista medindo a distância
do átomo doador ao átomo aceptor. Lembre que está distância está normalmente entre 2,4 e
3,5 Å. Considerando que uma ligação N-H tem ~0,9 Å, qual seria o comprimento médio da
ligação de hidrogênio que você mediu?
Y103 (C=O) ... (N) I107 => 3,00 Å logo Y103 (C=O) ... (H-N) I107 =>
L104 (C=O) ... (N) S108 => logo L104 (C=O) ... (H-N) S108 =>
E105 (C=O) ... (N) E109 => logo E105 (C=O) ... (H-N) E109 =>
F106 (C=O) ... (N) A110 => logo F106 (C=O) ... (H-N) A110 =>

10. Agora procure o resíduo E105, meça os ângulos de torção phi e psi, adicione os valores ao
Diagrama de Ramachandran. Em qual região este resíduo está situado?
2
Um novo desafio: proteína ligante de ácido graxo ...

11. Repita o procedimento nos itens 1, 2, 3 e 5, utilizando a proteína ligante de ácido graxo com o
código 1IFC. Não é necessário responder as questões novamente.

12. No lado direito da janela do programa. Deixe selecionados todos os itens, exceto: Calphas,
mainchain, sidechains e “b”.
Quais estruturas secundárias estão presentes nesta estrutura? Quantas folhas beta você
contou? De que modo elas estão orientadas uma em relação à outra: antiparalela ou paralela?

13. Além dos itens anteriores, deixe o seguinte item visível: sidechains.
Na barra principal em Edit, clique em Find point. Digite 126 e Search; você será direcionado
ao resíduo R126. Observe que ele está presente em uma folha beta, e sua cadeia lateral aponta
para o canal formado no meio da proteína. Nesta mesma folha beta, observe os demais
resíduos. O que você poderia dizer com relação à disposição das cadeias laterais?

14. Na barra lateral: desselecione sidechains, ribbon, coil, beta e alpha, e selecione mainchain.
Meça algumas ligações de hidrogênio entre a folha beta que contém o resíduo R126 e as folhas
betas adjacentes.
E12 (C=O) ... (N) K125 => logo E12 (C=O) ... (N) K125 =>
K125 (C=O) ... (N) E12 => logo K125 (C=O) ... (N) E12 =>
Q115 (C=O) ... (N) R126 => logo Q115 (C=O) ... (N) R126 =>
R126 (C=O) ... (N) Q115 => 2,92 Å logo R126 (C=O) ... (N) Q115 =>

15. Agora procure o resíduo K125, meça os ângulos de torção phi e psi, adicione os valores ao
Diagrama de Ramachandran. Em qual região este resíduo está situado?

16. Na barra principal em Edit, clique em Find point. Digite 111 e Search; você será direcionado
ao resíduo N111. Observe que a distância S109 (C=O) ... (N) E112 mede 2,82 Å, indicando
que há uma ligação de hidrogênio de ~1,9 Å. Qual tipo de estrutura secundária é esta?

17. Feche todos os programas e apague os arquivos que você salvou na área de trabalho.

BIBLIOGRAFIA:

1. STRYER, L.; TYMOCZKO, J.L.; BERG, J.M. Bioquímica. 6 ed. Rio de Janeiro: Guanabara
Koogan, 2008.
2. NELSON, D.L.; COX, M.M. Princípios de bioquímica de Lehninger. 5 ed. Porto Alegre:
Artmed, 2011.
3. BRANDEN, C.; TOOZE, J. Introduction to Protein Structure. 2 ed. New York: Garland, 1999.
4. CHEN, V.B.; DAVIS, I.; RICHARDSON, D. C. KiNG (Kinemage, Next Generation): A
versatile interactive molecular and scientific visualization program. Protein Science, v. 18, p.
2403-2409, 2009.
5. VOJTECHOVSKY, J.; CHU, K.; BERENDZEN, J.; SWEET, R.M.; SCHLICHTING, I.
Crystal structures of myoglobin-ligand complexes at near-atomic resolution. Biophysical
Journal, v. 77, p. 2153-2174, 1999.
6. SCAPIN, G.; GORDON, J.I.; SACCHETTINI, J.C. Refinement of the structure of
recombinant rat intestinal fatty acid-binding apoprotein at 1.2 Angstroms resolution. Journal
of Biological Chemistry, v. 267, p. 4253-4269, 1992.
3
 Diagrama de Ramachandran

180

120

60
psi, 

-60

-120

-180
-180 -120 -60 0 60 120 180

phi, 