Biotecnologia 01

Programa de Educao
Continuada a Distncia
Curso de
Biotecnologia
Aluno:
EAD - Educao a Distncia

Parceria entre Portal Educao e Sites Associados
Curso de
Biotecnologia
MDULO I
Ateno: O material deste mdulo est disponvel apenas como parmetro de estudos para
este Programa de Educao Continuada. proibida qualquer forma de comercializao do
mesmo. Os crditos do contedo aqui contido so dados aos seus respectivos autores
descritos nas Referncias Bibliogrficas.
2
Este material deve ser utilizado apenas como parmetro de estudo deste Programa. Os crditos deste contedo so dados aos seus respectivos autores
3
Sumrio
Mdulo I
Histria da biotecnologia e reviso de gentica
1. Introduo
1.1. Definio e histria
2. Reviso de gentica
2.1. Estrutura do DNA
2.2. Replicao do DNA
2.3. Mecanismos de replicao do DNA
2.4. Transcrio
2.4.1. Estrutura do RNA
2.4.2. RNA como molcula mensageira
2.5. Transcrio do DNA
2.5.1. Mecanismos envolvidos na transcrio gnica
2.5.1.1. Transcrio em procariotos
2.5.1.1.2. Iniciao da transcrio
2.5.1.1.3. Elongao da transcrio
2.5.1.1.4. Terminao da transcrio
2.5.1.2. Transcrio em eucariotos
2.6. Traduo
2.6.1. Cdigo gentico
2.7. Sntese proteica
2.7.1. Ribossomos
2.7.2. Iniciao da traduo em procariotos
2.7.3. Alongamento da sntese proteica em procariotos
2.7.4. Traduo em eucariotos
2.7.4.1. Iniciao da traduo em eucariotos
2.8. Processamento proteico
2.9. Regulao da transcrio
2.9.1. Regulao da transcrio em procariotos
4
2.9.1. Regulao em procariotos: o modelo do Operon Lac

2.9.2. Regulao gnica em eucariotos
2.9.2.1. Sequncias de dominncia CIS
2.9.2.2. Promotores e seus elementos proximais
2.9.2.3. Elementos CIS que agem a distncia
2.9.2.4. Mecanismos para ao a distncia dos intensificadores e dos silenciadores
2.9.2.5. Regulao dos fatores de transcrio
2.9.2.6. Estrutura das protenas reguladoras
Mdulo II
3. Tecnologia do DNA recombinante
3.1. Isolamento de genes
3.1.1. Extrao de DNA
3.1.2. Enzimas de restrio
3.1.3. Ligao enzimtica
3.1.4. Diferena estrutural entre genes eucariotos e procariotos
3.1.5. Obteno do inserto
3.1.5.1. Construo de bibliotecas genmicas e de bibliotecas de CDNA
3.1.5.2. Produo sinttica de genes
3.1.5.3. Reao em cadeia pela polimerase - PCR
3.1.5.3.1. Adaptadores
3.2. Vetores de clonagem
3.2.1. Plasmdeos
3.2.2. Bacterifagos
3.2.3. Cosmdeos
3.2.4. BAC e YAC
3.2.5. Vetores de expresso
3.3. Transformao da clula hospedeira
3.4. Amplificao do DNA recombinante
3.5. Seleo de clones transformados com o DNA hbrido
3.5.1. Seleo por hibridizao de DNA
3.5.2. Busca por atividade imunolgica
5
3.5.3. Busca por atividade proteica

3.6. Confirmao do inserto
Mdulo III
Expresso gnica em organismos procariotos e eucariotos
4. Introduo
4.1. Vetores de expresso
4.2. Sequncias promotoras
4.2.1. Isolamento de sequncias promotoras
4.2.1.1. Seleo de sequncias promotoras pelo plasmdeo PBR316
4.2.1.2. Seleo de promotores pelo plasmdeo PKO1
4.2.2. Promotores induzveis
4.3. Integrao do DNA no cromossomo da clula hospedeira
4.4. Eficincia de traduo
4.5. Estabilidade de protenas
4.5.1. Espcie hospedeira
4.5.2. Aumento da estabilidade proteica pela modificao da sua estrutura
4.6. Protenas de fuso
4.7. Aumento da secreo de protenas recombinantes
4.8. Expresso em sistemas eucariotos
4.8.1. Sistemas de expresso eucariotos
4.8.1.1. Expresso em saccharomyces cerevisiae
4.8.1.1.2. Vetores de expresso de s. Cerevisiae
4.8.1.1.3. Expresso direta em s. Cerevisiae
4.8.1.1.4. Secreo de protenas heterlogas por s. Cerevisiae
4.8.1.2. Pichia pastoris
4.8.1.3. Fungos filamentosos
4.8.1.4. Baculovrus
4.8.1.4.1. Problemas derivados da expresso em Baculovrus
4.8.1.5. Sistemas de expresso em clulas de mamferos
6
Mdulo IV
Aplicaes da biotecnologia
5. Introduo
5.1. Projetos genoma
5.2. Terapia gnica
5.3. Novas vacinas
5.4. Novos produtos
5.5. Novos kits de diagnstico
5.6. Seleo assistida com testes de DNA e clonagem
5.7. Animais transgnicos
5.7.1. Animais resistentes a doenas
5.7.2. Animais transgnicos como biorreatores
5.7.3. Animais transgnicos e as caractersticas de interesse econmico
5.7.4. Animais transgnicos na pesquisa biomdica e de xenotransplante
5.8. Alimentos geneticamente modificados
5.9. Biorremediao
Mdulo V
Introduo bioinformtica
6. Introduo
6.1. Banco de dados
6.1.1. Bancos de dados pblicos
6.2. Alinhamento de sequncias
6.3. A bioinformtica e os projetos genoma e transcriptoma
6.4. Base calling
6.5. Mascaramento de vetores
6.6. Agrupamento de sequncias
6.7. Anotao gnica
6.7.1. Blast
6.8. A bioinformtica e a anlise da estrutura proteica
6.8.1. Anlise da estrutura primria de protenas
6.8.2. Anlise da estrutura secundria
7
6.8.3. Modelagem molecular

6.9. Mapeamento de epitopos
6.10. Mtodos em filogenia molecular
REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS
8
MDULO I
Histria da biotecnologia e reviso de gentica
1. Introduo
1.1 Definio e histria
O termo biotecnologia pode ser definido como a aplicao de princpios
cientficos e tecnolgicos no processamento de materiais por agentes biolgicos
visando produo de servios e mercadorias. Dentro desta viso ampla, a
biotecnologia tradicional uma tecnologia utilizada desde os primeiros profissionais
que empregaram micro-organismos em processos fermentativos para a gerao de
iogurtes e cervejas, por exemplo.
No incio da dcada de 70, a biotecnologia tradicional era uma disciplina
confinada a departamentos de engenharia qumica e a programas de microbiologia.
Em 1971, o termo biotecnologia foi criado pelo engenheiro hngaro Karl Ereky.
Este pesquisador utilizou o termo para descrever seu experimento que visava
produo em larga escala de sunos alimentados com beterrabas cultivadas com
micro-organismos. Karl ento definiu biotecnologia como todas as linhas de pesquisa
que envolvem a gerao de produtos a partir de matrias-primas que receberam a
adio de materiais vivos. Contudo, esta terminologia permaneceu bastante
ambgua entre os cientistas e somente em 1961 o termo foi ento associado com o
estudo da produo industrial de bens e servios por procedimentos que utilizam
organismos, sistemas ou processos biolgicos. Isto se deve ao microbiologista
sueco Carl Gren Hedn, que sugeriu a mudana de ttulo de um jornal de
publicao cientfica na rea de microbiologia aplicada e fermentao industrial,
intitulado de Jornal de Microbiologia e Engenharia Bioqumica e Tecnologia para
Biotecnologia e Bioengenharia.
A biotecnologia tradicional foca trs aspectos principais: (I) preparao da
matria-prima a ser utilizada como fonte para os micro-organismos; (II) o processo
9
de fermentao do material em biorreatores, obtendo-se a biotransformao e

produo do material desejado; e (III) a purificao do produto final. A obteno de
um determinado produto em escalas industriais o objetivo principal da
biotecnologia. Ento, muitas pesquisas foram realizadas visando melhorar e
aperfeioar os trs aspectos envolvidos no desenvolvimento da tecnologia. Com esta
finalidade foram realizados vrios investimentos em desenhos de novos biorreatores
e no controle e monitoramento dos processos fermentativos. Apesar de ter-se obtido
um
aumento
de
produo
significativo,
otimizao
do
processo
de
biotransformao ainda permanecia aqum do desejado.

As linhagens de micro-organismos capazes de sintetizar os produtos de
interesse o faziam em nveis subtimos para uma escala industrial. Mutaes
aleatrias induzidas por mutgenos qumicos e radiao ultravioleta algumas vezes
eram capazes de aumentar os nveis de produo. Contudo, esse alcance
frequentemente limitado. Normalmente a induo de mutaes afeta no s a
caracterstica desejada, como outras importantes para o metabolismo celular. Por
exemplo, mesmo que o micro-organismo produza em maiores quantidades o produto
desejado, a mutao pode afetar uma funo biolgica fundamental, resultando em
um crescimento bacteriano mais lento.
Alm deste efeito indesejado, o processo de gerar linhagens demorado e
h a necessidade de selecionar e testar muitas descendentes at que se chegue
amostra esperada, aumentado os custos. Outra desvantagem que essa mutao
s capaz de aumentar a produo de um bem de interesse que o micro-organismo
j seja capaz de produzir. Assim, h a necessidade de pesquisas com diversos
outros micro-organismos para descobrir quais protenas eles expressam.
A revoluo da biotecnologia tradicional veio com o desenvolvimento da
tecnologia do DNA recombinante, o que envolve um conhecimento multidisciplinar
(Fig. 1). Alm da sabedoria de microbiologistas e engenheiros qumicos, a nvel
industrial, a tecnologia do DNA recombinante programou as descobertas advindas
da biologia molecular e gentica. Esta unio passou ento a ser denominada
biotecnologia molecular.
10
Engenharia
Qumica
Biologia
Celular
Bioqumica
Biotecnologia
Molecular
Microbiologia
Biologia
Molecular
Gentica
Figura 1: Conhecimento multidisciplinar envolvido com a biotecnologia molecular.
O aprimoramento da biotecnologia tradicional em biotecnologia molecular se

deveu a avanos em conhecimentos de diversas reas, como a engenharia qumica,
a bioqumica, a biologia molecular, a gentica, a microbiologia e a biologia celular. A
biotecnologia molecular abriu a perspectiva de mudanas rpidas. Atualmente, as
novas tcnicas permitem uma alta produo e a criao de novas fbricas biolgicas
em menor tempo, de forma mais eficiente e com menor custo. A expectativa de
resultados promissores, com a capacidade de sintetizar importantes produtos
comerciais, um campo fascinante.
Apesar de a biotecnologia molecular ser uma cincia multidisciplinar, a
gentica uma disciplina fundamental e que merece um grande destaque entre as
outras. Ela to importante para o desenvolvimento da biotecnologia que alguns
autores de livros mais recentes chegam at mesmo definir biotecnologia como tudo
da gentica que se aplica comercialmente. Por isso, este curso ser iniciado com
uma reviso bsica de gentica.
11
2. Reviso de gentica
2.1 Estrutura do DNA
Muitas descobertas na rea de gentica foram sendo feitas e acumuladas
para responder a uma pergunta inicial: como ocorria a transmisso da informao
gentica entre as geraes e como esta era armazenada. Para a biotecnologia, a
mesma pergunta pode ser feita de outra forma: como o conhecimento da informao
gentica pode ser aplicado para a gerao de bens comerciais. Nos anos de 1950
as dados a respeito deste assunto eram:
1.
Os genes so os fatores hereditrios associados a caractersticas
fenotpicas; contudo, sua natureza fsica no era conhecida;

2.
A teoria de que um gene corresponde a uma enzima sugeria que eles
codificavam a informao necessria para a sntese proteica;

3.
Sabia-se que os genes faziam parte dos cromossomos;
4.
Os cromossomos eram constitudos por DNA e protenas;
5.
Em 1958, experimentos com a bactria Streptococcus pneumoniae
feitos por Frederick Griffth e Oswald Avery, demonstraram que expressava um

fentipo diferente da linhagem selvagem aps capturarem DNA derivado de outra
amostra. Estes pesquisadores ento apontaram que o DNA era o material gentico.
Em 1953, James Watson e Francis Crick postularam o modelo da estrutura
do DNA. Embora no se conhecesse ao certo como era esta estrutura, os elementos
bsicos constituintes da molcula de DNA eram conhecidos. Estudos de DNA
purificado e parcialmente fragmentado mostraram que esta molcula composta por
quatro estruturas bsicas, os nucleotdeos. Estas quatro subunidades so idnticas
em estrutura, diferindo apenas em sua composio de bases. Cada nucleotdeo
contm um grupo fosfato, um acar (a desoxirribose) e uma base nitrogenada.
Estas podem ser de quatro tipos diferentes: adenina (A), guanina (G),
citosina (C) e timina (T) (Fig. 2). Adenina e guanina so similares em sua estrutura e
so conhecidas como as bases purnicas. O mesmo ocorre com as bases citosina e
12
timina, que so as pirimidinas. Na ausncia do grupo fosfato, o acar associado

base nitrogenada denominado nucleosdeo.
Deoxiguanilato (dGMP)
Deoxiadenilato (dAMP)
Deoxitimidilato (dTMP)
Deoxicitidilato (dCMP)
Figura 2: Estrutura qumica das quatro bases nitrogenadas.
Os nomes completos dos nucleotdeos so: desoxiadenosina 5 monofosfato

(desoxiadenilato, dAMP), desoxiguanosina 5 monofosfato (dGMP), desoxitimidina 5
monofosfato (dTMP) e desoxicitidina 5' monofosfato (dCMP). Contudo, por
convenincias as bases so denominadas simplesmente pelas abreviaes A, G, T
e C, respectivamente. Aps a descoberta de que o DNA desempenha um papel
central na hereditariedade, cientistas ento passaram a pesquisar e a propor
modelos sobre a estrutura desta molcula. No decorrer de sua histria, dois
13
experimentos so reconhecidos como cruciais para o estabelecimento da estrutura

aceita atualmente.
Rosalina Franklin e Maurice Wilkins realizaram uma difrao de raios-X da
estrutura do DNA. Os resultados destes experimentos sugeriram que o DNA uma
molcula longa e fina composta por duas fitas similares que correm ao longo da
molcula de maneira paralela outra. Os dados ainda demonstraram que a
molcula helicoidal. Outro experimento trouxe dados complementares aos obtidos
por Franklin e Wilkins. Aps anos de pesquisa com DNA de diferentes microorganismos, Erwin Chargaff juntou suas informaes e fez hipteses a respeito da
quantidade em que os componentes do DNA esto presentes na estrutura:
I.
A quantidade total de nucleotdeos compostos por pirimidinas (T + C)
sempre equivale aos daqueles compostos por purinas (A + G);

II.
A quantidade de T sempre equivale quantidade de A, sendo que o
mesmo se faz verdadeiro para a proporo entre C e G. Por outro lado, a quantidade
de A + T no necessariamente igual de G + C. Esta variao caracterstica de
cada micro-organismos que esteja sendo utilizado como modelo experimental.
Em 1953, Watson e Crick analisaram estes dois experimentos prvios e
juntaram as informaes por eles geradas. Ento, estes pesquisadores propuseram
o modelo da dupla hlice de DNA (Fig. 3). Neste, cada fita que a compe formada
por uma cadeia de nucleotdeos unidos por ligaes fosfodister. A figura tambm
demonstra que o empilhamento dos pares de bases na dupla hlice resulta na
formao de dois sulcos na sequncia ose-fosfato: o sulco maior e o sulco menor.
14
Sulco maior
Sulco menor
Figura 3: Modelo da dupla hlice do DNA.
A figura um modelo simplificado da estrutura helicoidal do DNA, mostrando

o sulco maior e o sulco menor. A cuidadosa anlise entre as propores de bases na
molcula de DNA feita por Chargaff foi a base da hiptese gerada por Watson e
Crick para explicar como as duas fitas que correm paralelamente uma a outra so
mantidas juntas. Esta unio se d por meio de pontes de hidrognio entre pares de
bases. Uma regra foi estabelecida para que estas interaes ocorram: cada par de
bases composto por uma purina e por uma pirimidina. Ainda considerando o
experimento de Chargaff, foi proposto que o pareamento se dava de G com C e de A
com T. Estas ligaes entre as pontes de hidrognio esto representadas na Fig. 4.
A Fig. 4 ainda demonstra que as fitas que compem a dupla hlice correm
em direes opostas: uma se inicia no grupo fostato (5) e termina no grupo OH (3).
15
A outra fita, por sua vez, corre no sentido inverso, de 3 para 5. Por esta
caracterstica afirma-se que o pareamento entre as fitas de DNA antiparalelo.
Timina
Adenina
Citosina
Guanina
Figura 4: Dupla hlice do DNA em forma plana.
Cada fita formada pela unio de nucleotdeos, sendo que a dupla hlice
constituda pela unio entre duas fitas de DNA que se orientam em sentidos
opostos: uma corre no sentido 3 - 5 e a outra, de 5 - 3. Para o pareamento de
bases, cada par contm uma base purnica (adenina A ou guanina G), e uma
base pirimidnica (timina T ou citosina C) ligadas por ponte de hidrognio. As
setas amplificam e demonstram com mais detalhes como ocorre o pareamento entre
as bases. Basicamente, adenina e timina se pareiam pela formao de duas pontes
de hidrognio; j a citosina e guanina se ligam por trs pontes de hidrognio. As
pontes de hidrognio esto representadas por trs barras em azul. (Figura
modificada de Griffiths et al., 2002).
As relaes entre as bases durante o pareamento demonstraram que T se
pareia somente com A e C somente com G. Outros tipos de pareamento no
ocorrem naturalmente no DNA. Para explicar este achado, Watson e Crick
16
demonstraram que este pareamento restrito permite a formao mais eficiente de

pontes de hidrognio entre as bases, o que implica na relao tima para a
manuteno da estabilidade da molcula de DNA. Alm disso, G e C so unidas por
trs pontes de hidrognio, enquanto a relao entre A e T envolve a formao de
somente duas pontes. Assim, genomas que apresentem um alto contedo de GC em
sua constituio so mais estveis que aqueles onde h maior proporo de AT.
Estas observaes tm implicaes diretas em muitas tcnicas utilizadas
rotineiramente em procedimentos biotecnolgicos.
A descoberta da estrutura do DNA causou grande impacto na gentica e em
outras reas da biologia. Isto se deve a duas razes principais. Primeiramente, a
prpria relao entre os componentes na estrutura sugere como o material gentico
duplicado ou replicado. Com a restrio imposta pelo pareamento especfico de
bases, provavelmente a fita molde expe suas bases que determinam qual
nucleotdeo deve ser incorporado nova molcula filha. Em segundo lugar, como a
informao gentica est contida no DNA, a sequncia de nucleotdeos ento
poderia ditar de alguma forma a sequncia de aminocidos que formariam uma
protena especfica. Assim, um tipo de cdigo gentico estaria representado na
sequncia nucleotdica do DNA, que seria ento traduzida para uma diferente
linguagem que compe as protenas, os aminocidos.
2.2 Replicao do DNA
A transmisso precisa da informao gentica um processo essencial para
a manuteno da vida e de sua integridade. Portanto, h a necessidade de que um
procedimento extremamente especfico tenha sido desenvolvido durante a evoluo.
Para desvend-lo, inicialmente foram propostos modelos da replicao do DNA
baseados na complementaridade de bases. A fidelidade entre o pareamento
especfico de bases permitiria ento que a fita molde fizesse uma rplica antiparalela
(Fig. 5).
17
Fita
parental
Fita
filha
Fita
parental
Figura 5: O modelo da replicao do DNA proposto por Watson e Crick
As fitas parentais so desnaturadas, permitindo que as bases dos

nucleotdeos sejam expostas. A formao das fitas filhas se deve especificidade de
bases impostas pelas fitas parentais. Ao final do processo so geradas duas fitas
filhas de sequncias complementares das fitas parentais utilizadas como molde. O
modelo de replicao do DNA proposto por Watson e Crick baseado na
especificidade de bases no explica, contudo, de que maneira a molcula de DNA
parental pode ser relacionada s molculas filhas. H trs possibilidades distintas:
semiconservativa, conservativa e dispersiva.
Na replicao semiconservativa, cada dplex formado por uma fita
parental e por outra fita filha recm sintetizada. Na conservativa, a replicao produz
18
dois dplex: um formado por duas fitas molde e outro por duas fitas filhas. A terceira
hiptese, a replicao dispersiva, cada dplex formada por fragmentos de dupla
fita contendo apenas segmentos de DNA parental e, na mesma molcula, h
tambm fragmentos de dupla fita contendo apenas segmentos recm-sintetizados.
Para discriminar entre as hipteses sugeridas como modelo para a
replicao do DNA, Matthew Meselson e Franklin Stahl realizaram um elegante
experimento em 1958. Estes pesquisadores analisaram vrias geraes de culturas
bacterianas que tiveram como fonte de nitrognio duas molculas que apresentam
densidades diferentes, o N15 e o N14. Inicialmente, as culturas foram supridas
somente com N15, os quais foram incorporados s bases nitrogenadas que estavam
sendo formadas durante a replicao do DNA.
Aps a diviso celular de algumas geraes, as mesmas clulas bacterianas
foram cultivadas em meio contendo somente o N14. O padro de replicao foi
diferenciado aps a separao do DNA em gradiente de cloreto de csio (Fig. 6). O
resultado obtido aps a centrifugao demonstrou a presena de uma banda
intermediria entre os dois nitrognios na primeira gerao com N14, e uma
intermediria e outra correspondente a somente o N14. Este experimento confirmou
que a replicao do DNA semiconservativa. Os mesmos resultados foram obtidos
em experimentos posteriores, validando ento o modelo.
19
Semiconservativa
Conservativa
Duas bandas
N15N14 e N14N14
Uma banda
N15N14
Dispersiva
Duas bandas
N15N15 e N14N14
Duas bandas
N15N15 e N14N14
Uma banda
N15N14
Uma banda intermediria

N15N14 e N14N14
Figura 6: Padro de bandas esperado aps a replicao semiconservativa, conservativa ou

dispersiva do DNA em cloreto de csio.
Dupla fita em vermelho representa fitas compostas somente por N15; as duas
fitas azuis seriam compostas por somente N14. Aps a primeira seta da esquerda
so representadas a primeira e a segunda gerao de clulas crescidas em meio
contendo somente N14. O padro de bandas da legenda se refere ao obtido aps a
centrifugao em cloreto de csio. (Figura modificada de Griffiths et al., 2002).
Diversos modelos experimentais foram propostos para explicar como a estrutura
do DNA. O modelo da dupla hlice explicou bem alguns processos envolvidos com a
20
estrutura do DNA e o mesmo ainda aceito atualmente. Aps se chegar a este

modelo, os cientistas ento passaram a outros processos envolvendo a molcula,
como a replicao.
2.3 Mecanismos de Replicao do DNA
No perodo de 1950, o cientista Arthur Kornberg identificou e purificou uma
das enzimas envolvidas na replicao do DNA, a DNA polimerase I. Esta enzima
tem trs atividades:
I.
Atividade de polimerase, catalisando o crescimento da cadeia na
direo 5- 3;
II.
Atividade exonuclesica 3- 5, removendo o pareamento de bases
incorretas;
III.
Atividade exonuclesica 5 - 3, que degrada o DNA dupla fita.
Outras duas DNAP foram descobertas posteriormente. Postula-se que a

DNAP II esteja envolvida no reparo de DNA; contudo, ainda no h uma funo
especfica atribuda a esta enzima. A DNAP III atua na replicao do DNA,
juntamente com a DNAP I. A DNAP III completa a replicao do DNA fita simples,
isto , se j existir um pequeno fragmento de DNA dupla fita. Este oligonucleotdeo
conhecido como primer.
O ponto especfico da sequncia de DNA no qual a replicao se inicia
denominado origem de replicao. Em Escherichia coli, h uma origem de
replicao. Uma vez iniciada, a replicao prossegue de forma bidirecional. Para que
se inicie o processo, h a ligao da protena DNA A e, em seguida, h a
desnaturao do DNA.
Em eucariotos, a replicao mais complexa. Experimentos com molculas
de DNA marcadas demonstraram a existncia de inmeras regies de replicao
dentro de um nico brao cromossomal. Estima-se que haja cerca de 400 origens de
replicao distribudas entre os 17 cromossomos de levedura e 10.000 para
humanos. Alm disso, a replicao em eucariotos um processo altamente
21
coordenado dentro de um mesmo cromossomo e em todo o conjunto celular destas

estruturas.
Em presena de nucleotdeos trifosfatos, a DNAP polimeriza uma nova
molcula de DNA dupla fita. Contudo, este procedimento de extenso da fita
dependente
da
prvia
existncia
de
um
pequeno
oligonucleotdeo
de
aproximadamente 30 pb. Este primer pode ser sintetizado tanto por uma RNA
polimerase (RNAP) como pela enzima denominada primase. Portanto, somente aps
a sntese do primer complementar a uma determinada sequncia de DNA, haver a
extenso da cadeia pela DNAP.
A sntese de novas cadeias pela DNAP ocorre na direo 5- 3. Pela
natureza antiparalela da fita de DNA a enzima se move sobre a fita molde na direo
3 - 5. A sntese de uma nova fita, designada leading contnua. Por outro lado, a
desnaturao do DNA tambm expe outra fita molde que corre no sentido 5- 3, a
lagging. Ento, a forquilha de replicao ponto em que as duas fitas de DNA se
separam para permitir a replicao de cada fita tem de seguir no sentido contrrio
da outra fita para que a polimerizao seja de 5- 3.
Para que a replicao ocorra ao mesmo tempo nas duas fitas, a
polimerizao na lagging realizada em pequenos segmentos descontnuos.
Inicialmente, um primer de RNA sintetizado de forma complementar ao DNA. Em
seguida, ocorre ento a polimerizao e elongao da fita de DNA pela DNAP. Estes
fragmentos de DNA foram identificados pela primeira vez por Reiji Okazaki e, por
isso, so denominados fragmentos de Okazaki. A atividade exonuclesica no
sentido 5- 3 da DNAP I remove os primers de RNA e preenche esta sequncia
com um segmento fita simples de DNA. Estes so ento selados pela enzima DNA
ligase, que catalisa a ligao do fosfato 5 a um grupo 3 OH adjacente. Esta ligao
ocorre assim que a forquilha expe a fita lagging e prossegue at que o fragmento
precedente seja alcanado.
Para que a replicao seja simultnea entre as duas fitas do DNA foi
proposto um modelo que est demonstrado na Fig. 7. A fita lagging sofre uma volta
sobre o complexo enzimtico responsvel pela replicao do DNA. Esta volta
permite que a DNAP III sintetize ambas as fitas filhas. Depois de percorridos
22
aproximadamente 1.000 pb, o fragmento dupla fita de DNA da fita lagging

liberado pela DNAP III, permitindo que uma nova volta seja formada sobre a
molcula de DNA.
Figura 7: Modelo proposto para a replicao do filamento descontnuo.
Este modelo possibilita que a holoenzima de DNAP III sintetize ambos os

filamentos filhos. A replicao do DNA envolve um complexo enzimtico. Alm da
DNAP e da primase, h outras enzimas envolvidas, como as helicases. Estas so
essenciais para o incio da replicao do DNA, pois so as responsveis por romper
as pontes de hidrognio que mantm as duas fitas de DNA unidas. Esta fita simples
23
estabilizada pela ligao da protena SSB, que se liga fita simples de DNA e,
com isso, retarda a formao do dplex.
Ambas as DNAP I e III possuem atividade exonuclesica 3 - 5, o que
permite verificar e editar bases inseridas erroneamente ou mal pareadas. Esta
atividade fundamental para a manuteno da fidelidade da informao gentica.
Mutantes deficientes nesta atividade apresentam maior taxa de mutao.
Muitos questionamentos foram feitos aps a descoberta da estrutura e de
outros processos que envolvem o DNA. Entre eles, o que realmente intrigava e
fascinava os pesquisadores era a descoberta de como a informao gentica
presente em sequncias de DNA so transmitidas at a sntese de protenas. O
primeiro passo para atingir este objetivo foi entender o processo de transcrio.
2.4 Transcrio
Aps a descoberta do DNA, os pesquisadores ento queriam entender como
a informao gentica contida nesta sequncia de bases era traduzida em protenas.
A primeira especulao poderia ser que esta transferncia era realizada diretamente
do DNA em protenas. Contudo, a unio da gentica e da citologia permitiu elucidar
muitos fatos. A observao de que o material gentico em clulas eucariotas se
encontrava no ncleo e as protenas no citoplasma demonstravam a necessidade de
uma molcula intermediria. Posteriormente, o processo foi elucidado e o
intermedirio nesta transferncia de informaes o RNA.
2.4.1 Estrutura do RNA
A estrutura bsica do RNA bem semelhante a do DNA. Ambos so
formados por uma cadeia constituda pela unio de nucleotdeos por meio de
ligaes fosfodisteres. Apesar da semelhana, o RNA apresenta algumas
diferenas estruturais se comparado ao DNA:
I.
A primeira diferena est na composio dos nucleotdeos. No DNA,
eles podem ser compostos por quatro bases distintas: adenina, citosina, guanina e
24
timina. No RNA, trs bases nitrogenadas so as mesmas daquelas encontradas no

DNA: adenina, citosina e guanina. Contudo, ao invs da timina, a base denominada
uracila compe um dos tipos de nucleotdeos de RNA. Apesar desta diferena, a
uracila forma pontes de hidrognio com a adenina, assim como o faz a timina.
II.
A segunda diferena ainda est relacionada com o tipo de acar que
compe o nucleotdeo. O acar que compe o DNA a desoxirribose e no RNA a

ribose. A nica diferena entre estes acares a presena ou a ausncia de um
tomo de oxignio na posio do carbono 2, como demonstrado na Fig. 8;
Ribose
Deoxirribose
Figura 8: Diferena estrutural entre ribose e desoxirribose.
III.
Por fim, o RNA constitudo por uma fita simples e no por uma fita
dupla como o DNA. Consequentemente, o RNA no forma a estrutura de dupla

hlice observada no DNA. Pelo contrrio, a fita simples permite que haja diversas
combinaes no pareamento de bases. Assim, a estrutura tridimensional do RNA
pode formar diferentes complexos, que so apresentados sob variados aspectos.
Esta caracterstica importante sobre o ponto de vista tecnolgico, pois a fita
simples interfere negativamente com muitos processos de interesse biotecnolgico.
Um exemplo a dificuldade em produzir em larga escala protenas de interesse
farmacutico quando o RNA assume uma conformao inadequada.
O conhecimento da estrutura dos cidos nucleicos foi o primeiro passo para
as pesquisas subsequentes. Apesar do DNA e RNA apresentarem algumas
diferenas em sua estrutura, o que se observa a grande semelhana quanto a sua
constituio. A partir disso, foi sugerido pelos cientistas que o RNA pudesse ser
25
ento a molcula intermediria na transferncia da informao gentica contida no

DNA em protenas. Ento, estudos foram dirigidos neste sentido para elucidar o
papel do RNA na expresso de protenas.
2.4.2 RNA como Molcula Mensageira
Para verificar se o RNA poderia funcionar como mensageiros elegantes
estudos genticos foram realizados. Inicialmente, precursores de RNA marcados
radioativamente foram capturados por clulas em cultura. A localizao deste
material a ser utilizado na sntese de molculas de RNA foi ento observada durante
um curto intervalo de tempo por autorradiografia. Aps receberem precursores
marcados, em um primeiro momento este material se encontrava no ncleo. Aps
certo tempo, o material tambm pde ser visualizado no citoplasma (Fig. 9).
Portanto, aparentemente o RNA sintetizado no ncleo e, em seguida, segue para o
citoplasma.
Ncleo
citoplasma
Figura 9: Sntese de RNA.
O uso de precursores de RNA pr-marcados demonstrou que o RNA

sintetizado no ncleo e, em seguida, segue para o citoplasma. O experimento inicial
com os precursores pr-marcados foi ainda reforado com estudos realizados por
Elliot Volkin e Lawrence Astrachan em 1957. O modelo experimental adotado por
estes pesquisadores partiu de estudos de infeco da bactria E. coli com o fago T2.
Este fago capaz de inserir seu material gentico no cromossomo desta bactria
26
(profago) e utilizar a maquinaria da clula infectada para a produo de suas

prprias protenas.
Os pesquisadores ento compararam a sequncia do RNA sintetizado aps
a infeco da E. coli com o DNA do fago inserido no genoma da bactria e
descreveram a grande similaridade entre os dois. Assim, foi possvel concluir que o
RNA sintetizado a partir do DNA e que, de alguma maneira, o mensageiro
utilizado na sntese proteica.
Vale ressaltar que os transcritos podem ter diferentes funes. Alguns RNA
tm funo estrutural. O RNA ribossmico (RNAr) um dos constituintes dos
ribossomos. O RNA transportador (RNAt) tem funo de molcula carreadora,
transportando os aminocidos. O RNAm, por fim, a molcula intermediria que
serve como molde para a sntese proteica.
As semelhanas entre a estrutura do DNA e do RNA foram ento os pontos
que os pesquisadores tiveram como hiptese de que o RNA pudesse ser o
mensageiro para a sntese proteica. Aps obterem esta confirmao pelos
experimentos com precursores marcados, o passo seguinte entender o mecanismo
da cpia fiel do DNA em RNA.
2.5 Transcrio do DNA
O processo em que a sequncia de DNA copiada em um RNA mensageiro
(RNAm) denominado transcrio. Apesar de ter sido elucidado o papel que
desempenha na transferncia da informao, outra dvida a ser respondida foi:
como se d a cpia do DNA em um RNAm? Ao analisar a similaridade estrutural
entre o RNA e o DNA e j se tendo conhecimento a respeito da replicao do DNA,
sugeriu-se ento que a transcrio se baseia tambm na complementaridade de
bases. Esta suposio foi posteriormente confirmada pela sntese in vitro de RNA
utilizando uma molcula de DNA como molde.
O experimento foi analisado a partir da correlao de bases entre o DNA e o
transcrito. Observou-se que a proporo de bases (A + U)/(C + G) do RNAm
transcrito similar proporo (A + T)/(C +G) referente ao DNA molde utilizado.
27
Portanto, a hiptese de que o RNA era sintetizado a partir do DNA por meio da
especificidade do pareamento de bases era um bom modelo experimental.
A complementaridade de bases entre DNA e RNA ainda pde ser
comprovada em estudos de hibridizao. Inicialmente, a dupla fita de DNA
desnaturada e uma regio complementar a uma determinada sequncia ento
estudada. Para isto, as molculas que se deseja estudar, no caso o RNA, so postas
em soluo s fitas de DNA. A molcula de RNA neste tipo de experimento
denominada sonda. Esta mistura ento submetida a condies que permitem a
renaturao das fitas hbridas.
Como o dplex de DNA tem densidade diferente daquele formado por
DNA/RNA, estes hbridos podem ser separados por ultracentrifugao em cloreto de
csio. Aps a realizao deste experimento foi possvel observar a presena da
banda correspondente formao do hbrido DNA/RNA. Este resultado confirma
ento a complementaridade de bases entre DNA e RNA, pois a formao de hbridos
ocorre somente quando h uma grande regio com similaridade de bases.
O estudo de complementaridade de bases ainda permitiu elucidar outro
aspecto da transcrio: se o RNAm ou no transcrito a partir das duas fitas de
DNA. As duas fitas constituintes do dplex de DNA apresentam diferentes
propores das bases purinas e pirimidinas. Considerando este fato, Mamur e
colaboradores, em estudos com o fago SP8 de Bacillus subtilis, foram capazes de
manter as duas fitas de DNA desnaturadas e ento verificar a quais fitas o RNAm se
hibridizava. Os cientistas verificaram que o transcrito se hibridizava a somente uma
das fitas. Devido a esta revelao, a transcrio dita assimtrica.
Os estudos iniciais sobre a transcrio esclareceram, portanto, que a sntese
de RNA se d de maneira assimtrica e que a base para a sua realizao a
especificidade de pareamento de bases. O passo seguinte foram ento estudos que
permitiram desvendar como ocorre o mecanismo da transcrio de genes.
2.5.1 Mecanismos Envolvidos na Transcrio Gnica
2.5.1.1 Transcrio em Procariotos
28
Para a sntese da molcula de RNAm necessria a ao da enzima RNA

polimerase (RNAP). Na maioria dos procariotos, a RNAP transcreve todos os tipos
de RNA e constituda por cinco subunidades diferentes. Ela possui duas
subunidades alfa, duas subunidades beta diferentes ( e ) e um fator sigma.
Quando constituda por todas estas subunidades, a enzima denominada como
holoenzima; esta necessria para o reconhecimento do stio adequado onde a
transcrio deve iniciar. Entretanto, o fator sigma pode se dissociar do complexo
aps o incio da transcrio. O complexo sem o fator sigma ento denominado
cerne da enzima. Aps o reconhecimento da sequncia a ser transcrita e aps o
incio do processo, o cerne capaz de finalizar a transcrio. Didaticamente, a
transcrio pode ser dividida em trs estgios distintos: incio, elongao e
terminao.
2.5.1.1.2 Iniciao da Transcrio
Para iniciar a transcrio de um gene, a holoenzima da RNAP percorre o
DNA e deve reconhecer o ponto onde a transcrio deve iniciar. Esta sequncia
denominada promotor. Sequncias promotoras de alguns genes de Escherichia coli
foram isoladas e identificadas. Estudos comparativos entre elas permitiram o
alinhamento de bases similares. O que se notou foi que, apesar de haver certa
variao de bases entre as sequncias, algumas so conservadas, o que gerou
ento uma sequncia consenso.
Alm disso, observou-se que h duas sequncias consenso descontnuas:
uma a -35 e outra a -10. Estes nmeros se referem ao posicionamento da regio em
relao ao primeiro nucleotdeo a ser transcrito (denominado +1) (Fig. 9).
Sequncias que se localizam antes do nucleotdeo +1 recebem numeraes
negativas e so ditas como estando jusante ou upstream do stio de incio da
transcrio. Sequncias que se localizam depois do nucleotdeo +1 recebem
numeraes positivas e se diz que as mesmas esto downstream do stio de incio.
29
Para finalizar, estudos demonstraram que a RNAP reconhece a sequncia

promotora e interage com ambas as sequncias - 35 e - 10.
Figura 10: Sequncia promotora.
(A) o promotor antecede o stio de incio da transcrio e a sequncia

codificadora. (B) o alinhamento de sequncias promotoras diferentes isoladas de E.
coli demonstra que o promotor formado por duas regies de sequncias similares,
-35 e -10. A partir disso, (C) foi criada uma sequncia consenso para estas duas
regies. (Figura modificada de Griffiths et al., 2002).
30
A associao do fator sigma ao cerne da RNAP est ligada ao

reconhecimento especfico de um promotor. Assim, ele est diretamente relacionado
com a regulao gnica, permitindo que somente determinados genes de interesse
sejam expressos em um momento especfico. Inicialmente, a holoenzima reconhece
as regies -35 e -10. Este complexo denominado complexo promotor fechado.
Aps esta ligao, ocorre a separao de bases na regio -10. Quando a RNAP
causa esta desnaturao, este complexo denominado complexo promotor aberto.
At a formao do ltimo complexo, ainda necessria a ligao do fator sigma.
Aps a formao do complexo aberto, se inicia ento a elongao da transcrio
(Fig. 10).
holoenzima
promotor
Polimerase liga-se regio promotora,

formando o complexo fechado
Polimerase desnatura o DNA, formando

o complexo aberto
Inicia-se a transcrio e o fator sigma

se dissocia
Figura 10: Incio da transcrio.
A holoenzima da RNAP procura um stio promotor. Ao reconhec-lo, liga-se

fortemente e forma o complexo fechado. A enzima desnatura o DNA, formando o
31
complexo aberto. A transcrio finalmente se inicia e o fator sigma liberado.

(Figura modificada de Griffiths et al., 2002).
2.5.1.1.3 Elongao da Transcrio
A continuidade da polimerizao da cadeia de RNA no requer o fator
sigma. Assim, o fator sigma se dissocia da enzima no incio da elongao da
transcrio. A sntese do RNAm ocorre sempre na direo 5' - 3'; ou seja, os
nucleotdeos so sempre adicionados na posio 3' do primeiro nucleotdeo. Como o
pareamento de nucleotdeos se d de maneira antiparalela, isto significa que o
RNAm sintetizado a partir da fita molde de DNA a qual est orientada de 3 - 5. O
substrato para esta reao so os nucleotdeos trifosfatos. A energia necessria
para o processo deriva do rompimento do grupo trifosfato de alta energia. A
continuao da elongao dependente da manuteno da abertura entre as fitas
de DNA.
2.5.1.1.4 Terminao da Transcrio
A terminao da transcrio ocorre aps o reconhecimento de sinais, o que
resulta na liberao do DNA nascente e da enzima. Em E.coli, so descritos
principalmente dois tipos de sinais: a formao do grampo ou a terminao
dependente do fator rho. O primeiro mecanismo envolve uma terminao direta,
onde a sequncia terminadora de mais ou menos 40pb termina em uma sequncia
rica em GC seguida de seis ou mais nucleotdeos compostos por adenina em seu
final. As sequncias GC so capazes de se complementarem e formar uma estrutura
denominada hairpin loop. As sequncias de A ao final acrescentam U ao RNAm, o
que representa uma ligao mais fraca. Isto facilita a liberao da RNAP do
complexo de transcrio (Fig. 11).
32
Ala em
grampo
Pareamento
de bases
Resduos de uracila
Figura 11: Estrutura em grampo para a finalizao da transcrio.
A estrutura forma-se devido ao pareamento de bases complementares

dentro da prpria fita de RNAm. O segundo mecanismo dependente de uma
protena adicional, o fator rho. Esta protena um hexmero de seis subunidades
idnticas que se liga a um stio especfico do RNA, denominado rut. Aps a ligao
ao seu stio especfico, a protena rho se transloca, ou seja, se move, sobre o
RNAm, retirando-o da RNAP (Fig. 12).
RNA polimerase
A
DNA
RNA
Stio rut
Ribossomo
B
Figura
12:
Modelo
da
terminao da transcrio
pela ao da protena R.
(A) a sntese da fita de RNA prossegue e o stio rho transcrito, o que

permite que (B) a protena rho o reconhea e se ligue a ele. (C) a ligao desta
protena separa o RNA da RNAP aps se translocar ao longo da molcula de RNAm.
33
(Figura modificada de Griffiths et al., 2002). A eficincia de ambos os processos

envolvidos na terminao da transcrio influenciada por outros elementos, tais
como sequncias prximas ou fatores proteicos. Contudo, os dois processos so
eficientes e acabam permitindo a liberao do RNAm do complexo enzimtico e do
DNA molde.
2.5.1.2 Transcrio em Eucariotos
A transcrio em eucariotos um processo similar ao de procariotos.
Entretanto, h alguns aspectos peculiares aos eucariotos e que so significativos
para processos biotecnolgicos. A primeira diferena nos processos se refere
constituio e funo da RNAP. Enquanto uma nica representante desta enzima
em procariotos responsvel pela sntese de todos os tipos de molculas de RNA,
h trs enzimas diferentes em eucariotos. As RNAP de eucariotos ainda apresentam
funes distintas, como:
I-
RNA polimerase I: sintetiza o RNA ribossmico (RNAr);
II-
RNA polimerase II, responsvel pela sntese do RNAm;
III- RNA polimerase III, que sintetiza RNA transportador (RNAt) e outros
RNAs e suas molculas.
Em relao constituio da enzima, algumas das subunidades
constituintes da RNAP so similares em procariotos e eucariotos. Entretanto, a dos
ltimos
possui
outras
subunidades
diferentes
so
consideradas
como
macromolculas mais complexas. Outra caracterstica distinta entre eucariotos e

procariotos que interfere na transcrio se refere estrutura do RNAm. Esta
diferena estrutural se deve organizao gnica distinta de procariotos e de
eucariotos.
Em procariotos, o RNAm frequentemente apresenta mais de uma sequncia
codificadora de protenas diferentes e so denominados RNA policistrnicos. Isto
decorre da organizao gnica nestes organismos, onde genes relacionados
mesma funo se encontram organizados em um operon. Assim, facilita-se que
todos os genes relacionados com a mesma via metablica sejam expressos
34
simultaneamente. O RNAm de eucariotos, por sua vez, apresenta a sequncia

codificadora de somente uma determinada protena e chamado de RNA
monocistrnico (Fig. 13).
A) RNA monocistrnico
B) RNA policistrnico
Figura 13: (A) RNAm monocistrnico e (B) RNAm policistrnico.
O RNAm de eucariotos ainda sofre diversos tipos de processamento no

observados em procariotos. Logo aps o incio da transcrio, um resduo de
guanosina metilado adicionado poro 5 do transcrito. Esta modificao
conhecida como cap (Fig. 14). Posteriormente, resduos de adenosina so ento
adicionados poro 3 do RNAm de eucariotos. Esta cauda poliA constituda de
150 a 200 resduos (Fig. 15). Estes processamentos esto relacionados com o
aumento da estabilidade do RNAm, afetando assim a vida til dos mesmos.
35
Figura 14: adio da 7metilguanosina poro 5 do RNAm.
Esta modificao do transcrito primrio do RNAm conhecida como cap.

(laguna.fmedic.unam.mx).
Stio de reconhecimento
Cap
exon
intron
exon
intron
Exon AUUAAA
3
A
A
A
exon
intron
exon
intron
Exon AUUAAA
AAAAAAA
Cauda de poliA
Figura 15: Acrscimo da cauda de poli A a poro 3do RNAm.
O RNAm de eucariotos tambm submetido a outro tipo de processamento.

Estruturalmente, o gene de eucariotos constitudo por duas sequncias contguas
distintas: os exons, que representam segmentos codificadores, e os introns, que so
36
sequncias no codificadoras. Inicialmente, o transcrito primrio possui tanto exons

como introns. Entretanto, posteriormente h um processamento em que os introns
so removidos. Este processo denominado de splicing e uma importante
descoberta da gentica molecular.
O splicing foi descoberto a partir de estudos com transcritos de DNA viral
de mamferos. Analisando a complementaridade de bases entre o material derivado
da integrao viral e de seus respectivos transcritos, observou-se que no havia
correspondncia fiel entre eles. Esta concluso se deve visualizao da estrutura
que se formou com a presena de alas no material gentico referente ao DNA.
Portanto, conclui-se que o transcrito final representava apenas determinados
seguimentos referentes ao material gentico do qual o RNAm se originou.
O mecanismo de splicing envolve duas reaes consecutivas de
transesterificaes.
Estas
reaes
so
catalisadas
por
um
complexo
ribonucleoproteico, o qual constitudo por RNAs nucleares pequenos (snRNPs),

pelo transcrito primrio e pela associao de outros fatores proteicos. Este complexo
recebe a denominao de spliceossomo.
Uma caracterstica interessante do splicing que o mesmo RNAm pode
sofrer diferentes processamentos. Neste caso, ocorrem junes de exons diferentes
do mesmo RNAm ou mesmo entre exons derivados de diferentes RNAm. O
resultado final que os RNAm maduros so constitudos por sequncias diferentes,
o que consequentemente resultar na gerao de protenas distintas. Este processo
conhecido como splicing alternativo (Fig. 16). As diferentes protenas geradas por
este mecanismo so frequentemente utilizadas em diferentes tipos celulares, ou
mesmo em diferentes estgios de desenvolvimento.
37
exon
intron
exon
intron
exon
intron
exon
intron
exon
intron
exon
intro
Diferentes RNAm
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
exon
Figura 16: Splicing alternativo.
Os exons so unidos de diferentes maneiras, o que proporciona a gerao

de protenas totalmente distintas. O processo de transcrio, onde o intermedirio
para a sntese proteica gerado, apenas um dos pontos de interesse
biotecnolgico: a expresso de protenas em larga escala. Portanto, o passo
seguinte gerao do RNAm o entender como ocorre a interpretao da
sequncia de nucleotdeos que compem o transcrito pela maquinaria celular, at a
sua biotransformao em um polipetdeo. Estudos posteriores vieram ento elucidar
como ocorre este processo.
2.6 Traduo
O conhecimento de que os genes so sequncias de DNA e que o RNAm
a estrutura intermediria e mensageira da informao para a sntese proteica foi o
primeiro passo para a biotecnologia molecular. Para a sntese de protenas, surge
38
ento uma primeira pergunta: se os genes so segmentos de DNA e se este

formado por uma sequncia de nucleotdeos compostos por somente quatro bases
distintas, como esta sequncia de bases determina a sequncia de uma protena?
Uma comparao simples para desvendar este dilema associar cada um dos
quatro nucleotdeos como se fossem letras do alfabeto. A combinao destas letras
formaria palavras; estas ento seriam os constituintes das protenas.
Para entender como se d a combinao das letras, o ponto de partida
conhecer a estrutura proteica. A estrutura primria de protena formada por
diferentes aminocidos ligados entre si por ligaes peptdicas. Se o RNAm
constitudo por uma sequncia de nucleotdeos, as letras, os aminocidos
corresponderiam ento s palavras formadas por nucleotdeos. O conjunto de
palavras que os diferentes cdons especificam denominado cdigo gentico.
2.6.1 Cdigo Gentico
Outro dilema em relao traduo como as letras se combinam para
constituir as palavras. Portanto, se cada nucleotdeo representa um aminocido, a
protena seria composta por somente quatro aminocidos. Contudo, so conhecidos
20 aminocidos naturais. Por esta insuficincia, sups-se que um aminocido
representado no RNAm por uma combinao de nucleotdeos.
A combinao de nucleotdeos que representasse os aminocidos foi
teoricamente feita por anlises combinatrias. Assim, se o aminocido fosse
composto por duas das quatro bases que compem a sequncia do RNAm, seria
possvel ento 42, o que daria um total de dezesseis aminocidos. Dezesseis
combinaes ainda seriam insuficientes para representar os 20 aminocidos
existentes. Se as letras fossem compostas de trs bases, ento as combinaes
possveis seriam 43, o que daria 64 aminocidos distintos. Esta combinao,
portanto, proveria mais que os 20 aminocidos naturais.
Assim, sups-se que um aminocido traduzido a partir de pelo menos trs
nucleotdeos. Esta trinca de nucleotdeos denominada cdon. Esta suposio foi
posteriormente confirmada em 1961 por Francis Crick e Sidney Brenner e
39
colaboradores em anlises de mutantes do fago T4. A partir da descoberta do

cdon, outras questes ainda intrigavam os pesquisadores. A combinao de trs
nucleotdeos que compe o cdon pode fornecer 64 combinaes diferentes;
contudo, h na natureza somente 20 aminocidos.
Se cada cdon representasse um aminocido distinto, ento haveria 44
combinaes extras que no teriam funo ou que simplesmente no codificariam
aminocidos? Esta suposio improvvel, pois mutaes de ponto, ou seja, que
alterem apenas um nico nucleotdeo, poderiam ento representar um dos cdons
que no codificariam aminocidos. Consequentemente, a sntese proteica seria
interrompida. Isto invivel sob o ponto de vista evolutivo, j que a interao
parasita-hospedeiro, por exemplo, demonstra que a natureza desenvolveu
mecanismos que permitissem a evoluo e a adaptao dos organismos frente s
diversas situaes.
Por outro lado, se todas as trincas codificam um aminocido, este pode ser
representado por mais de um cdon. Neste caso, mutaes de bases que compem
o cdon induziriam uma alterao de aminocidos, permitindo mesmo assim a
sntese proteica e possivelmente a gerao de variantes. Assim, Crick postulou que
os aminocidos so codificados por um ou mais cdons diferentes. Esta hiptese foi
posteriormente confirmada por anlises bioqumicas e, por isso, o cdigo gentico
dito degenerado.
Estas descobertas iniciais a respeito do cdigo gentico geraram grande
entusiasmo no mundo cientfico. Com isso, muitas pesquisas foram realizadas com
o intuito de desvend-lo cada vez mais. Decifrar qual aminocido especificado por
cada cdon foi um dos feitos mais excitantes da gentica nos ltimos 50 anos. Isto
se deve descoberta inicial de como sintetizar um RNAm sinttico. Este fato
possibilitou a oportunidade de criar sequncias variadas de RNAm, o que permitiu
verificar quais aminocidos as diferentes combinaes especificavam.
O uso da matemtica nas anlises combinatrias permitiu deduzir a
frequncia de aminocidos obtidas a partir da sntese de RNAm realizadas com
misturas de diferentes propores fixas dos quatro nucleotdeos distintos. Em outras
palavras, se os cdons codificam diferentes aminocidos, espera-se que os
40
aminocidos gerados a partir desta mistura particular de nucleotdeos estejam a uma

taxa similar quela das possveis combinaes de cdons. Apesar da redundncia
do cdigo gentico, esta hiptese foi posteriormente comprovada em experimentos
subsequentes. Contudo, este experimento no permitia distinguir a sequncia
especfica de cada cdon em relao a um aminocido.
Para correlacionar a sequncia especfica do cdon relativo a um
determinado aminocido, foram utilizados mini RNAs sintticos. Inicialmente, foram
utilizadas sequncias especficas compostas por somente trs aminocidos. Assim,
por exemplo:
I.
GUU: codifica valina;
II.
UUG codifica leucina;
III.
UGU codifica cistena.
A produo destes mini RNAs possibilitou a sntese das 64 combinaes

possveis de cdons, o que demonstrou que certos aminocidos podem ser
codificados por uma nica trinca ou at mesmo por seis combinaes diferentes.
Portando, estes estudos comprovaram a degenerao do cdon.
O estudo com os mini RNAs ainda permitiu outra correlao entre as bases
que compem o cdon e seu papel na degenerao do cdigo gentico. A terceira
base que compe o cdon a mais varivel; assim, mudanas nestas bases
frequentemente no alteram o aminocido codificado. Esta caracterstica
extremamente importante para a biotecnologia, pois previne mutaes espontneas
a que as culturas relacionadas com a produo de protenas de interesse esto
submetidas no alterem, necessariamente, as cadeias polipeptdicas.
As pesquisas com os mini RNAs, por fim, tambm demonstraram outro
aspecto interessante do cdigo gentico. Apesar da sua redundncia, h alguns
cdons que no especificam nenhum aminocido e funcionam como pontos finais no
RNAm. Estas trincas so denominadas cdons de parada. A partir de experimentos
baseados na combinao de nucleotdeos em RNAs sintticos, foi possvel
estabelecer qual aminocido representado por cada trinca.
A Fig. 17 demonstra as possveis combinaes de trs nucleotdeos a partir
dos quatro existentes em RNA com os aminocidos que cada cdon codifica.
41
Figura 17: Cdigo gentico.
Os experimentos iniciais com o objetivo de desvendar o cdigo gentico

foram realizados em organismos procariotos; entretanto, estudos posteriores
demonstraram que ele universal. Isto quer dizer que o cdigo gentico comum a
todos os organismos, desde os vrus e bactrias at organismos eucariotos e
multicelulares, como os humanos.
Mesmo sendo o cdigo gentico considerado universal, esta generalidade
apresenta excees. No DNA mitocondrial, por exemplo, dois cdons so traduzidos
diferentemente na mitocndria. Enquanto AUA representa geralmente isoleucina, na
mitocndria ele lido como metionina. Alm desse, UGA que normalmente
especifica um cdon de parada, na mitocndria ele codifica o triptofano. A
explicao para esta diferena est nas propriedades dos RNAt que esto
confinados ao sistema mitocondrial. Outras excees foram tambm observadas
quanto a determinados cdons de levedura e de alguns representados por alguns
protozorios.
42
Outra caracterstica do cdigo gentico que a leitura dos cdons no

ocorre de maneira sobreposta. Isto tem importncia sob o ponto de vista evolutivo e
biotecnolgico. Mutaes de ponto podem ou no alterar um aminocido da
protena; contudo, esta variante pode ainda ser funcional. Se a leitura se desse de
maneira sobreposta, uma mutao alteraria no s um aminocido, como tambm
toda a protena. Neste caso, a chance de uma mutao gerar uma protena
especfica e ativa seria extremamente baixa.
O conhecimento mais aprimorado a respeito das caractersticas do cdigo
gentico permitiu deduzir como o seu funcionamento. O passo seguinte e
essencial para a sua utilizao na biotecnologia a sntese de protenas.
2.7 Sntese Proteica
A sntese de protenas a partir de um RNAm dependente da ao conjunta
de diversas estruturas, como: ribossomos, RNAts e uma grande diversidade de
fatores proteicos.
2.7.1 Ribossomos
Os ribossomos constituem um complexo importantssimo para a traduo.
Ele constitudo por muitas molculas de RNAr diferentes associadas a mais de 50
protenas. Para a formao do ribossomo, este complexo se organiza em duas
subunidades distintas, a subunidade maior e a menor. A diferena entre as duas
subunidades, alm do tamanho relativo, se refere aos componentes que formam
cada estrutura. A subunidade menor contm uma nica molcula de RNAr. No caso
da subunidade maior, esta formada por outro tipo de RNAr de alto coeficiente de
sedimentao (S) associado com outros RNAr de menor S. S a medida da
taxa de sedimentao aps a centrifugao de partculas postas em soluo.
O tipo de RNAr que compe cada subunidade difere entre procariotos e
eucariotos. Em procariotos, a subunidade maior denominada 50S e a menor, 30S.
A subunidade maior composta pelo RNAr 23S e por um menor, 5S. A subunidade
43
menor contm em sua composio somente o RNAr 16S. Ao se associarem, formam

o ribossomo completo, tambm conhecido como 70S.
Em eucariotos, as subunidades 60S e 40S se associam e formam o
ribossomo 80S. A subunidade maior formada pelo RNAr 28S associado a dois
outros RNAr menores, o 5,8S e o 5S. A subunidade menor, assim como em
procariotos, constituda por um nico tipo de RNAr. O que difere que em
eucariotos o RNAr que constitui esta subunidade o 18S.
Os ribossomos de procariotos e eucariotos diferem no s pelo tamanho das
molculas de RNAr e do complexo em si. Outros aspectos tambm so diferentes,
como a quantidade de protena que compe cada subunidade. Contudo, apesar
desta diferena estrutural, um fato intrigante a grande similaridade estrutural e
funcional entre os ribossomos de todas as espcies (Fig. 18).
Figura 18: Estrutura dos ribossomos.
Cada ribossomo contm stios especficos que permitem a ligao de todos

os fatores associados sntese proteica, como o RNAm, os RNAt e os fatores
proteicos.
Alm
disso,
subunidade
maior
do
ribossomo
possui
dois
compartimentos, o stio A e o stio P. O stio A o local de acesso do RNAt contendo

o aminocido a ser inserido na cadeia proteica. O stio P ocupado pelo RNAt que
44
carrega a cadeia polipeptdica que est sendo formada. Assim que a polimerizao
da cadeia polipeptdica prossegue e h a translocao do ribossomo, ou seja, esta
estrutura se move sobre um cdon, o RNAt que se encontra no stio P liberado do
complexo. Isto permite a transferncia do RNAt do stio A ao P. Para fins didticos, a
sntese proteica dividida em trs passos distintos: iniciao, alongamento e
trmino.
2.7.2 Iniciao da Traduo em Procariotos
Em procariotos, o primeiro passo da iniciao ocorre com o reconhecimento
do cdon de incio, que em E. coli pode ser representado tanto por AUG como por
GUG e UUG. Dentre eles, o mais representativo o AUG, sendo que os outros dois
so denominados cdons alternativos. Observa-se que a escolha de um ou outro
cdon varia com o gene em questo; contudo, sequncias que contenham cdons
de incio diferentes possuem taxas de traduo diferenciadas.
Antes de iniciar a traduo, as subunidades ribossmicas encontram-se
separadas. Para iniciar a sntese, a subunidade menor 30S se liga primeiramente ao
RNAm. Esta ligao estimulada pelo fator proteico de iniciao IF3 e IF1. O fator
IF1 se liga somente ao complexo inicial, sendo que a sua localizao impede a
ligao da subunidade maior.
Um detalhe interessante como esta subunidade reconhece o cdon de
incio correto. Apesar de a maioria dos genes terem como cdon de incio o AUG,
que codifica uma metionina, a sequncia do RNAm possui outros representantes
desta mesma trinca, inclusive em locais a jusante do cdon de incio. Ento, como
se d esse reconhecimento do correto cdon?
A questo do reconhecimento do verdadeiro cdon de incio foi respondida
aps estudos realizados por John Shine e Lynn Dalgarno. Estes pesquisadores
notaram que o verdadeiro cdon de incio era precedido por uma sequncia de
aproximadamente oito nucleotdeos, sendo complementar poro 3 final do RNAr
16S da subunidade menor do ribossomo. Em uma homenagem a estes
pesquisadores, esta sequncia foi denominada de Shine-Dalgarno. Este passo
45
fundamental para a sntese correta de uma determinada protena. O reconhecimento

do cdon de incio permite que a traduo ocorra na fase de leitura correta que
especifica a sequncia de aminocidos da protena.
O incio da traduo dependente da disponibilidade de RNAt carregados
com seu respectivo aminocido. A ligao do aminocido ao RNAt dependente da
ao especfica de enzimas denominadas aminoacil-sintetase. Assim que o
aminocido se liga ao RNAt, este complexo passa a ser denominado aminoacilRNAt. Posteriormente, esta estrutura pode reconhecer o cdon correspondente ao
aminocido que o RNAt carrega. Este procedimento se d por uma sequncia
presente no RNAt que complementar ao cdon, o anticdon.
Ao cdon de incio adicionado o primeiro aminocido. Contudo, este uma
metionina transformada, a N-formilmetionina. Este aminocido se liga ao cdon de
incio auxiliado por outro fator proteico, o IF-2. Posteriormente, a subunidade maior
se liga a esta estrutura, formando ento o ribossomo completo. O interessante que
este aminocido inicial se liga inicialmente ao stio P, e no ao A como ocorre com
os aminocidos seguintes que sero incorporados cadeia proteica nascente. Os
fatores IF-3 e IF-2 so liberados durante o estgio de formao da estrutura
ribossomal (Fig. 19).
A
Figura 19: Iniciao da transcrio em procariotos.
46
(A) subunidade 30S se liga ao RNAm com o auxlio dos fatores IF1 e IF3; (B)
IF2 se liga ao RNAt ligado N-formilmetionina e controla a sua entrada no
ribossomo; (C) os fatores de iniciao so liberados e a subunidade maior se liga ao
complexo inicial, formando o ribossomo completo. (Figura modificada de Lewin,
2004).
2.7.3. Alongamento da Sntese Proteica em Procariotos
O alongamento da cadeia proteica dependente de trs fatores proteicos:
EF-Tu, Ef-Ts e EF-G. O EF-Tu medeia a entrada do RNAt contendo o aminocido
correspondente ao cdon que se encontra no stio A do ribossomo, um processo
dependente de energia. Em seguida, h a ao do fator EF-Ts, responsvel pela
liberao do primeiro fator do ribossomo. Este fator ainda consegue regenerar a
energia gasta no processo com o fator EF-Tu. No passo da translocao, a cadeia
polipeptdica transferida ao RNAt carregado com aminocido e presente no stio A.
O ribossomo ento se move sobre o RNAm na direo 5 - 3 do mesmo. Este passo
mediado pelo fator de elongao EF-G. Assim, h a liberao do RNAt presente no
stio P e que no se encontra mais carregado. Posteriormente, h a transferncia do
RNAt contendo a cadeia polipeptdica em formao do stio A para o P.
O trmino da sntese proteica ocorre quando o cdon seguinte ao processo
de translocao, presente no stio A, um cdon de parada. Estes cdons no so
reconhecidos por RNAt, mas sim por fatores proteicos que so designados pelas
abreviaes RF1, RF2 e RF3. A diferena entre estes fatores se deve ao
reconhecimento diferencial dos cdons de parada. O RF1 reconhece UAA e UAG; o
RF-2, os cdons UAA e UGA. O RF-3 auxilia em processos de catlise envolvidos
com a terminao da cadeia. O fator de liberao ento se liga ao cdon no stio a e
o polipeptdeo ento liberado do stio P. A finalizao do processo se d com a
dissociao do ribossomo em suas subunidades maior e menor.
47
2.7.4 Traduo em Eucariotos

A traduo em eucariotos ocorre de maneira bastante similar de
procariotos. Entretanto, alguns detalhes desta etapa so diferentes, como as
diferenas quantitativas e qualitativas dos fatores proteicos. A etapa de maior
interesse para o desenvolvimento de procedimentos em biotecnologia o incio da
traduo de eucariotos.
2.7.4.1 Iniciao da Traduo em Eucariotos
Inicialmente, a primeira diferena do incio da traduo em eucariotos em
comparao de procariotos, alm de requererem diferentes e mais diversificados
fatores proteicos, se refere ao cdon de incio. Em eucariotos, a nica trinca
reconhecida com este propsito o AUG. Em relao ao reconhecimento do
verdadeiro cdon de incio presente no RNAm, este frequentemente o primeiro
AUG que se encontra logo aps ao CAP 5. A interao da subunidade menor com a
estrutura do CAP metilado presente em todos os RNAm de eucariotos requer um
grupo de protenas genericamente conhecidas como eIF4. Aps o reconhecimento
do CAP pelo eIF4F, qualquer estrutura secundria na regio 5 removida por uma
atividade de helicase. A subunidade menor realiza ento um escaneamento sobre o
RNAm, parando assim que encontra o primeiro AUG (Fig. 20).
48
Figura 20: Iniciao da traduo em eucariotos.
A figura apresenta a complexidade da transcrio em eucariotos em

comparao a procariotos. Muitos fatores de transcrio diferentes esto envolvidos
no processo. Apesar de o primeiro AUG ser o verdadeiro cdon de incio, foram
identificadas outras estruturas que facilitam seu reconhecimento. Assim como em
procariotos, h determinadas sequncias que se localizam na vizinhana do AUG,
denominadas sequncias de Kozak. Esta representada por uma sequncia
consenso: RNAm 5ACCAUGG 3. Apesar de este consenso ser importante, a
eficincia da traduo afetada pela adenina e pela guanina presentes antes e aps
o AUG, respectivamente.
Aps a montagem do complexo ribossomo-RNAm, h a adio da primeira
metionina ao cdon de incio. Contudo, ao cdon inicial, h a incorporao de uma
metionina sem a modificao por um grupo formil. O processo restante semelhante
49
ao de procariotos. Depois de finalizar o processo de traduo, a cadeia polipeptdica

ainda passa por outros processos de transformao. Assim, para obter uma protena
nativa, a cadeia polipeptdica obtida aps a traduo do RNAm submetida a uma
outra etapa, o processamento proteico.
2.8 Processamento Proteico
Aps a sntese da protena, esta ainda pode sofrer vrias transformaes.
Este processamento extremamente importante sob o ponto de vista biotecnolgico,
pois a partir deste passo final h a gerao de protenas funcionais. Vrios so os
tipos de processamento que a protena pode sofrer o que tambm depender do tipo
celular em que a macromolcula est sendo expressa. Um exemplo de grande
aplicao na biotecnologia o endereamento proteico. Este processo pode ocorrer
tanto em procariotos como em eucariotos.
Para isso, algumas cadeias proteicas apresentam em sua poro N-terminal
uma sequncia de 15 a 25 aminocidos. Esta estrutura denominada peptdeo
sinal. Seu reconhecimento por fatores e receptores proteicos medeia o transporte e
o acoplamento membrana celular. Para que a protena seja secretada, o peptdeo
sinal reconhecido pela maquinaria celular, mais especificamente uma peptidase.
Esta enzima cliva a cadeia polipeptdica, separando a protena de seu peptdeo sinal
e permitindo que a protena seja finalmente liberada da clula.
Aliado ao peptdeo sinal, a protena pode conter na sua poro C-terminal
uma sequncia conhecida como sinal de ancoramento. Assim, o peptdeo sinal
enderea a protena at a membrana celular. O sinal de ancoramento, ao contrrio
do peptdeo sinal, no ser clivado. Por possuir caractersticas hidrofbicas
compatveis com a da membrana celular, permite que a protena permanea
ancorada membrana. Outros tipos de processamento extremamente importantes
para obter protenas funcionais so processamentos que certas protenas sofrem
quando so expressas em clulas eucariotas. Exemplos so sequncias que
sinalizam a glicosilao. Alm da importncia deste processo para gerar protenas
funcionais, este requerimento uma das preocupaes da indstria farmacutica. A
50
glicosilao essencial para a gerao de uma resposta imunolgica eficaz, por

exemplo.
2.9 Regulao da Transcrio
As clulas no expressam todas as protenas por perodos de tempo
indeterminados. O gasto de energia demasiadamente alto, prejudicando a
homeostase celular. Por isso, as clulas desenvolveram mecanismos que permitem
que a clula reconhea o momento em que genes relacionados a uma determinada
funo sejam expressos.
2.9.1 Regulao da Transcrio em Procariotos
A obteno de determinados produtos gnicos essencial para a
biotecnologia. Apesar de se ter o conhecimento de que a informao gentica que
determina estes produtos representada por uma sequncia de nucleotdeos e que
a combinao destes traduzida em uma protena, outro esclarecimento
necessrio: como ocorre o controle da sntese proteica?
O controle da expresso gnica um passo fundamental para a manuteno
da homeostase celular. Um exemplo pode ser observado em bactrias quanto
expresso de determinados genes envolvidos com o metabolismo de acares. Os
acares constituem uma fonte de carbono essencial para a produo de energia.
Diversos tipos podem ser utilizados com este propsito, como lactose, glicose,
maltose, galactose e xilose. O metabolismo de cada acar dependente da
produo de diferentes enzimas. Se a clula sintetizar todas as enzimas, mesmo
que no haja necessidade, isto representa um gasto energtico desnecessrio e
invivel para o organismo. Portanto, o controle estrito da sntese de enzimas um
dos passos chaves para a viabilidade celular e manuteno de culturas responsvel
pela sntese de produtos biotecnolgicos.
51
2.9.1 Regulao em Procariotos: O Modelo do Operon Lac

A regulao da expresso gnica pode ser obtida pelo controle tanto da
transcrio como de processos subsequentes. Entretanto, normalmente este
controle feito a nvel transcricional, para que a clula evite gastos energticos e de
precursores. Dois passos chaves so fundamentais para a inibio da sntese de
protenas desnecessrias em determinado momento:
I.
As clulas precisam ser capazes de inibir a transcrio de um
determinado gene ou de um grupo deles;

II.
As clulas precisam reconhecer determinadas condies ambientais
na qual ela deva ativar ou reprimir a transcrio de genes.

O modelo clssico que esclareceu muitos dados a este respeito foi obtido
com estudos sobre o metabolismo da lactose em E. coli, em 1950. Franois Jacob e
Jacques Monod estudavam os mecanismos envolvidos com o metabolismo da
lactose. Os pesquisadores compararam os nveis de expresso proteica sob
condies fisiolgicas e aps a adio de lactose. Aps a adio desta molcula,
observou-se que havia um aumento de cerca de 1.000 vezes da expresso de
algumas protenas alm do que se observava sob condies fisiolgicas. Assim,
substncias que agem como a lactose foram genericamente denominadas indutores.
Jacob e Monod seguiram com outros experimentos. O objetivo destes
cientistas era o de responder como a bactria capaz de reconhecer
especificamente quando deve haver a expresso de uma determinada protena e
qual seria o papel dos indutores neste processo. Para que a bactria consiga se
adaptar frente a esta mudana no suplemento de lactose, duas enzimas so
requeridas: uma permease, responsvel pelo transporte da lactose para dentro da
clula, e a beta galactosidase, uma enzima que cliva a molcula de lactose em
galactose e glicose. Estas duas enzimas so codificadas por dois genes distintos e
contnuos, o lacZ e o lacY, respectivamente. Neste metabolismo, um terceiro gene, o
lacA, tambm est envolvido. Este ltimo codifica uma transacetilase; entretanto,
sua funo especfica ainda no est bem elucidada.
52
Uma hiptese que os pesquisadores levantaram com o intuito de explicar

como agem os indutores seria de que estas molculas ativavam um intermedirio da
beta galactosidase que estava previamente acumulada. Contudo, estudos
posteriores demonstraram que aps a adio do indutor havia a sntese de novas
molculas. Assim, se tornou claro que a clula dispe de mecanismos capazes de
ativar a expresso gnica.
Quando Jacob e Monod induziram o aumento da expresso da
galactosidase, eles tambm induziram a expresso da permease e da transacetilase.
Foram realizadas ento anlises de mutantes que confirmaram que estas protenas
so codificadas por genes diferentes. Portanto, os pesquisadores identificaram trs
genes distintos, cuja transcrio controlada de forma coordenada. Estudos
posteriores de mapeamento demonstraram que os genes estavam proximamente
ligados no cromossomo e que estes eram transcritos em um mesmo RNAm. A
transcrio deste RNAm policistrnico demonstrou, portanto, que a regulao da
transcrio um processo coordenado.
A anlise de mutantes permitiu ainda que muitos clones de fentipos
diferentes fossem analisados. Inicialmente, os pesquisadores isolaram um clone
cujas clulas expressavam as trs enzimas envolvidas no metabolismo da lactose a
um nvel mximo. O mais intrigante era que isto ocorria tanto na presena ou mesmo
na ausncia de um indutor. Assim, isolou-se um mutante defectivo no na atividade
enzimtica, mas sim no controle da produo enzimtica. A expresso gnica deste
mutante foi definida como constitutiva. A mutao ocorreu em uma regio prxima
regio onde os genes destas protenas se encontravam; contudo, a alterao no
ocorria na sequncia codificadora destes genes. Assim, foi descoberto outro gene
envolvido na regulao da transcrio, o gene lacI.
A sequncia codificadora relativa ao gene lacI foi localizada no mapa
gentico a uma certa distncia dos outros genes envolvidos com o metabolismo da
lactose. Se mutantes defectivos nesta enzima apresentavam como fentipo uma
expresso constitutiva, sups-se que a protena LacI tinha uma funo reguladora.
No caso, ela atuava inibindo a transcrio de genes do operon Lac. Uma
propriedade essencial da molcula repressora o reconhecimento de uma
53
determinada sequncia de DNA para assegurar sua ligao somente em stios

envolvidos com o controle da expresso de genes especficos.
Assim, evita-se que a ligao aleatria a outras regies do DNA
cromossomal prejudiquem a expresso de outros genes. Como a expresso dos
genes estruturais do operon Lac bloqueada na ausncia do indutor, se diz que o
operon est sob controle negativo do repressor LacI. A molcula repressora contm
dois stios de reconhecimento: um stio que reconhece uma sequncia de DNA e
outro que reconhecem a lactose e seus anlogos.
Quando a lactose se liga ao repressor, este sofre mudanas alostricas, o
que faz com que a protena perca afinidade ao DNA. Assim, o sistema provido de
um dos requerimentos bsicos, o de reconhecer determinadas condies nas quais
deve haver a induo da expresso gnica. Por este motivo, molculas como a
lactose e seus derivados so denominados indutores.
O inibidor se liga a uma sequncia de DNA conhecida como operador, que
se localiza prximo ao conjunto de genes que ele controla. No caso, o repressor do
operon lactose, o operador se liga a uma regio do DNA prxima ao gene lacZ. A
ligao do repressor ao operador inibe o incio da transcrio pela RNA polimerase.
Clones com mutaes no operador tambm foram isolados, o que permitiu
esclarecer melhor o papel desta sequncia na regulao do operon Lac.
A expresso dos genes nestes mutantes era constitutiva, mesmo na
presena de uma molcula repressora ativa. Assim, outra terminologia em relao
dominncia destas mutaes na expresso gnica foi adotada. A habilidade de um
gene afetar a expresso de outros prximos a ele no mesmo cromossomo
denominada dominncia CIS. Portanto, este novo conceito se refere interao
fsica de protenas difundveis com contato direto a uma sequncia de DNA; no caso,
esta representada pelo operador. Esta definio tambm permitiu que outra
terminologia fosse adotada. A regulao por produtos difusveis, como a protena
inibidora LacI conhecida como dominncia trans.
Anlises de mutantes ainda revelaram a importncia de regies promotoras.
No operon Lac, elas se localizam entre o operador e o gene lacI. Mutaes nesta
sequncia tambm so CIS dominantes, o que j esperado para a sequncia
54
reconhecida pela RNAP e responsvel pelo o incio da transcrio. Um esquema

geral da regulao do operon Lac est representado na Fig. 21.
Genes estruturais
RNA polimerase
DNA
RNAm
Conformao
da protena
Protena
repressora
lactose
RNAm
Suplemento
Beta glactosidase
Permease
transacetilase
Figura 21: Esquema geral da regulao do operon Lac. (Figura modificada de Griffiths et al.,
2002).
Estudos adicionais com o operon Lac demonstram que para a expresso de

genes envolvidos com o metabolismo da lactose no bastava apenas a adio do
indutor. Quando havia suplemento de glicose clula, mesmo na presena da
lactose, no induzia a expresso gnica relativa ao operon Lac. Isto se deve ao fato
de que a maquinaria celular utiliza preferencialmente o metabolismo de glicose
quando esta est presente. Assim, a clula inibe a expresso dos genes do operon
Lac quando a glicose est presente, demonstrando outro controle adicional ao
operon.
O metabolismo de glicose inibe a expresso do opero Lac e este controle
denominado represso catablica, o qual exercido por um produto derivado do
catabolismo da glicose, o monofosfato adenosina clico (cAMP). Quando a glicose
est presente em altas concentraes, os nveis de cAMP so baixos; por outro lado,
quando os nveis de glicose so baixos, os nveis de cAMP so altos.
55
Apesar de altos nveis de cAMP serem necessrios para a ativao do

operon Lac, uma outra protena necessria para iniciar o processo. A protena
CAP, codificada pelo gene crp, forma um complexo com cAMP, que ser ento
capaz de se ligar ao operon. A protena ligada ao DNA interage com a RNAP,
aumentando a afinidade desta ao promotor. Portanto, alm do controle negativo
exercido pela protena LacI, o operon ainda est submetido a um controle positivo.
Neste caso, o ativador cAPM-CAP requerido para iniciar a expresso gnica.
Para que os ativadores e repressoras sejam capazes de exercer de maneira
eficaz suas atividades, estas molculas precisam apresentar duas conformaes:
uma em que sejam capazes de se ligar ao DNA e outra em que esta ligao no
seja possvel. Para isso, os ativadores e repressores apresentam dois stios de
ligao: um ao DNA e outro ao stio alostrico; este ltimo interage com os efetores.
Quando os efetores, que no caso do operon Lac so os prprios indutores, se ligam
ao stio alostrico, eles induzem uma mudana conformacional na protena
reguladora, induzindo uma alterao na estrutura do domnio que se liga ao DNA.
A ao dos efetores baseadas na sua ligao aos stios alostricos varia de
acordo com cada situao. Em algumas, o ativador ou repressor precisam se ligar
ao seu efetor para conseguir se ligar ao DNA; em outros casos, as protenas
reguladoras se ligam ao DNA somente na ausncia de seus efetores.
2.9.2 Regulao Gnica em Eucariotos
O processo de regulao gnica tambm essencial para a manuteno da
homeostase de clulas eucariotas. Muitos dos aspectos envolvidos na regulao da
expresso gnica so similares aos observados em procariotos, apesar de ser um
processo mais complexo. Alguns genes devem responder a mudanas fisiolgicas;
outros, a produtos reguladores do desenvolvimento. Portanto, a complexidade se faz
necessria devido ao alto grau de especializao de clulas eucariotas, sendo que
cada tipo celular expressa somente protenas especficas envolvidas com
determinadas funes.
56
Assim como em procariotos, a expresso da maioria dos genes eucariotos

regulada a nvel transcricional, sendo que os mecanismos que a controlam tambm
so semelhantes. Protenas reguladoras de dominncia trans se ligam a seus
respectivos alvos, as sequncias de DNA de dominncia CIS. Contudo, para
coordenar a expresso de um organismo multicelular, h algumas diferenas entre a
regulao gnica de procariotos e de eucariotos.
2.9.2.1 Sequncias de Dominncia CIS
Para que a RNAP II alcance a mxima taxa de transcrio, necessrio que
haja a cooperao entre vrios elementos reguladores de dominncia CIS. Estes
elementos podem ser classificados em trs classes de acordo com a localizao
relativa dos mesmos. Prximo ao stio de incio da transcrio se encontra a
sequncia a qual a RNAP ir se ligar, o promotor. Outras sequncias prximas ao
promotor so tambm sequncias reguladoras as quais se ligam protenas que
auxiliam na ligao da RNAP II sequncia promotora. Uma terceira sequncia se
refere aos elementos CIS que agem a uma distncia considervel; estas sequncias
so denominadas de intensificadores ou silenciadores, de acordo com os efeitos que
suas aes proporcionam.
2.9.2.2 Promotores e seus Elementos Proximais
Assim como descrito anteriormente, o promotor uma sequncia de DNA
que se localiza a aproximadamente 30 pb do stio de incio da transcrio. Esta
sequncia denominada de TATA boxe. Alm do promotor, outros elementos CIS
so necessrios para que a RNAP II inicie de maneira eficiente a transcrio gnica.
Alguns dos elementos, prximos ao promotor se localizam cerca de 100 a 200 pb do
stio de incio da transcrio. A maioria destes elementos possui uma citosina na
posio -1 e um resduo de adenina na posio +1. Estudos de mutagnese nestes
stios demonstraram que esta sequncia determina a fora do promotor, afetando
ento a taxa com que os transcritos so produzidos. Um exemplo destes elementos
57
so as sequncias CCAAT. Contudo, ao contrrio da sequncia promotora

conservada do TATA boxe, a dos iniciadores extremamente degenerada.
H ainda um terceiro elemento de ao CIS que auxilia no incio da
transcrio. Apesar de o incio da transcrio no TATA boxe iniciar em um stio bem
definido, em algumas protenas o processo ocorre em um stio localizado de 20 a
200 pb do stio de incio. Como resultado, estes genes do origem a RNAm com
mltiplos finais 5 alternativos. Estes genes so transcritos a taxas baixas e no
contm a sequncia TATA boxe. Em seu lugar, h uma regio rica em
dinucleotdeos CG compostos por 20 a 50 nucleotdeos, estando localizados a 100
pb a jusante do stio de incio da transcrio. Estas so denominadas ilhas CpG. A
representatividade destes dinucleotdeos baixa em DNA de vertebrados, sendo
reconhecida pelo fator de transcrio SP1. Um esquema geral da estrutura da regio
promotora est representado na Fig. 22.
CpG
-90
Boxe CCAAT
-75
TATA boxe
-25
+1
Figura 22: Esquema geral do promotor eucarioto e de suas regies proximais
2.9.2.3 Elementos CIS que Agem a Distncia

Em eucariotos, h duas classes de elementos capazes de exercer seus
efeitos a uma considervel distncia do promotor. Eles so os intensificadores e os
silenciadores. Os intensificadores so elementos de ao CIS que podem aumentar
de forma significativa as taxas de transcrio pela RNAP II a partir de promotores
presentes na mesma molcula de DNA. Por outro lado, os silenciadores so
elementos de ao CIS que tm efeito oposto daqueles proporcionados pelos
58
intensificadores. Ao primeiro, se ligam os repressores, que inibem ou reduzem a

transcrio.
Quanto estrutura destes elementos, elas se assemelham aos dos
elementos proximais aos promotores; logo, esto organizados em srie e so
reconhecidos por protenas trans. Contudo, a diferena a distncia em relao ao
stio de incio da transcrio. Para os intensificadores e silenciadores, esta distncia
pode chegar a 50 kb ou mais, sendo que ainda possa se localizar a jusante ou
mesmo depois do promotor. A presena de mltiplas sequncias comum para os
intensificadores. Alm disso, elas podem ser distintas. Esta diferena serve como
stio alvo para o reconhecimento por protenas reguladoras especficas.
2.9.2.4 Mecanismos para Ao a Distncia dos Intensificadores e dos
Silenciadores
A distncia que estes intensificadores ou silenciadores se localizam em
relao ao promotor algo intrigante e muitas questes so postas a fim de
esclarecer como o mecanismo de ao destes elementos. O modelo proposto
sugere que a molcula de DNA deva sofrer um looping, permitindo que todos os
elementos necessrios para o incio da transcrio estejam em contato e que se
associem s protenas ligadas aos stios prximos ao promotor (Fig. 23).
59
silenciador
Ativador
Intensificador
Intensificador
Ativador
Ativador
RNA
polimerase
Protena
TATA
Figura 23: Modelo proposto para explicar o mecanismo de ao dos intensificadores e dos
silenciadores.
Os fatores de transcrio basais, apesar de serem essenciais para iniciar a

transcrio, no podem aumentar ou diminuir a taxa de transcritos. Para isso, outras
sequncias
reguladoras esto envolvidas,
como os intensificadores e os
silenciadores. A figura demonstra como os ativadores e repressores que se liga a

stios distantes do promotor interagem. Para isso, o DNA sofre uma dobra ou
looping. (Figura modificada de Griffiths et al., 2002).
Em relao s protenas reguladoras, estas constituem um conjunto
extremamente diversificado de polipeptdeos distintos. Na transcrio, algumas
protenas geralmente se ligam a RNAP, formando ento o complexo de iniciao da
transcrio. Alguns destes fatores normalmente se encontram associados a um
determinado complexo e, por isso, so denominados como fatores de transcrio
60
gerais ou basais. Eles so considerados como os requerimentos mnimos para que a

transcrio se inicie.
Outros fatores de transcrio esto envolvidos na regulao gnica tecidoespecfico, sendo que muitos intensificadores esto envolvidos neste caso. A
regulao pode ocorrer de duas maneiras: um intensificador pode agir de maneira
tecido-especfico se o ativador estiver presente em somente um tipo celular.
Alternativamente, uma molcula repressora pode se ligar a um silenciador que se
localiza muito prximo a um intensificador, tornando-o inacessvel ao fator de
transcrio e, portanto, inativando-o.
Em eucariotos mais complexos pode haver numerosos intensificadores
envolvidos com a expresso de um determinado gene. Em Drosophila, por exemplo,
o gene dpp, que codifica uma protena de sinalizao celular, pode conter de
dezenas a centenas de intensificadores. Isto tambm torna o processo ainda mais
complexo. Este requerimento uma das explicaes para o tamanho de genes de
eucariotos. Apesar da importncia destas protenas reguladoras, poucas so
conhecidas atualmente e os seus mecanismos de ao ainda so pouco
esclarecidos. Muitos esforos tm sido dedicados identificao destas protenas e
o mecanismo desta para regular a expresso gnica.
2.9.2.5 Regulao dos Fatores de Transcrio
A regulao dos diferentes fatores de transcrio ainda um processo
pouco elucidado. A complexidade envolvida dificulta que todos os elementos sejam
estudos mais a fundo. Por exemplo, fatores envolvidos com a regulao gnica de
tecidos especficos so regulados por diferentes tipos celulares. A regulao um
processo essencial. Assim como em procariotos, o reconhecimento do momento
adequado para a expresso de determinados genes essencial para a manuteno
da homeostase celular de clulas eucariotas.
Alguns estudos tm esclarecido mais sobre a resposta destas clulas sob
mudanas fisiolgicas. Uma maneira de regulao influenciada pela ao do
sistema endcrino. Hormnios so molculas que podem circular por todo o
61
organismo at chegar ao seu local de ao. Por serem molculas lipossolveis, elas
conseguem passar pela membrana plasmtica, sem exigir mecanismos mais
sofisticados. Na clula, hormnios esteroides se ligam a fatores de transcrio
presentes no ncleo e os regulam.
2.9.2.6 Estrutura das Protenas Reguladoras
Anlises
reguladoras
das
sequncias
procariotas
eucariotas
comparaes
indicam
que
estruturais
as
de
protenas
mesmas
possuem
caractersticas em comum. Algumas apresentam domnios conservados, que podem

ser aqueles envolvidos na ligao molcula de DNA. Estes motivos so bem
caractersticos dos fatores de transcrio em eucariotos e, por isso, so classificados
de acordo com o tipo de domnio que eles contm.
Alguns domnios podem estar presentes na poro final 3 da protena;
contudo, esta localizao pode variar. Algumas protenas como o repressor LacI e a
protena CAP, apresentam estruturas em hlice que se liga ao sulco maior do
DNA. Estudos a respeito da interao entre protenas reguladoras e DNA
demonstraram que estas apresentam duas hlices conectadas por um giro na
estrutura secundria da protena que interagem com dois sulcos maiores
consecutivos do DNA. Este motivo conhecido como hlice-giro-hlice (Fig. 24).
N
Contatos no polares:
estabilizam o motivo
Figura 24: Motivo hlice-
Giro
giro-hlice
Hlice de
reconhecimento
de
protenas
reguladoras que interagem
Contatos nesta regio: formam

pontes de hidrognio com o sulco
maior
com o DNA.
62
A figura apresenta duas hlices conectadas por um giro, motivo comum a

muitas protenas reguladoras. (Figura modificada de Griffiths et al., 2002). Outros
motivos para que as protenas reguladoras se liguem ao DNA tambm foram
descritos. Um deles zinc-finger ou dedos de zinco. Neste tipo de interao, duas
cistenas e duas histidinas interagem com um tomo de zinco. Cada dedo de zinco
capaz, aparentemente, de interagir com uma sequncia de DNA especfica (Fig. 25).
His
Cys
His
Cys
Figura 25: Motivo zinc finger.
A figura mostra uma parte deste motivo, no qual um tomo de zinco se

conjuga a quatro aminocidos (duas cistenas e duas histidinas) de uma cadeia
polipeptdica.
------------------FIM DO MDULO I-------------------63


Biotecnologia 01

Enviado por

Dados do documento

Título original

Direitos autorais

Formatos disponíveis

Compartilhar este documento

Compartilhar ou incorporar documento

Opções de compartilhamento

Você considera este documento útil?

Este conteúdo é inapropriado?

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

Biotecnologia 01

Enviado por

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

Programa de Educao

EAD - Educao a Distncia

2.9.1. Regulao em procariotos: o modelo do Operon Lac

3.5.3. Busca por atividade proteica

6.8.3. Modelagem molecular

de fermentao do material em biorreatores, obtendo-se a biotransformao e

biotransformao ainda permanecia aqum do desejado.

Figura 1: Conhecimento multidisciplinar envolvido com a biotecnologia molecular.

O aprimoramento da biotecnologia tradicional em biotecnologia molecular se

Os genes so os fatores hereditrios associados a caractersticas

fenotpicas; contudo, sua natureza fsica no era conhecida;

A teoria de que um gene corresponde a uma enzima sugeria que eles

codificavam a informao necessria para a sntese proteica;

Sabia-se que os genes faziam parte dos cromossomos;

Os cromossomos eram constitudos por DNA e protenas;

Em 1958, experimentos com a bactria Streptococcus pneumoniae

feitos por Frederick Griffth e Oswald Avery, demonstraram que expressava um

timina, que so as pirimidinas. Na ausncia do grupo fosfato, o acar associado

Figura 2: Estrutura qumica das quatro bases nitrogenadas.

Os nomes completos dos nucleotdeos so: desoxiadenosina 5 monofosfato

experimentos so reconhecidos como cruciais para o estabelecimento da estrutura

A quantidade total de nucleotdeos compostos por pirimidinas (T + C)

sempre equivale aos daqueles compostos por purinas (A + G);

A quantidade de T sempre equivale quantidade de A, sendo que o

Figura 3: Modelo da dupla hlice do DNA.

A figura um modelo simplificado da estrutura helicoidal do DNA, mostrando

Figura 4: Dupla hlice do DNA em forma plana.

demonstraram que este pareamento restrito permite a formao mais eficiente de

Figura 5: O modelo da replicao do DNA proposto por Watson e Crick

As fitas parentais so desnaturadas, permitindo que as bases dos

Uma banda intermediria

Figura 6: Padro de bandas esperado aps a replicao semiconservativa, conservativa ou

estrutura do DNA e o mesmo ainda aceito atualmente. Aps se chegar a este

Atividade de polimerase, catalisando o crescimento da cadeia na

Atividade exonuclesica 3- 5, removendo o pareamento de bases

Atividade exonuclesica 5 - 3, que degrada o DNA dupla fita.

Outras duas DNAP foram descobertas posteriormente. Postula-se que a

coordenado dentro de um mesmo cromossomo e em todo o conjunto celular destas

aproximadamente 1.000 pb, o fragmento dupla fita de DNA da fita lagging

Figura 7: Modelo proposto para a replicao do filamento descontnuo.

Este modelo possibilita que a holoenzima de DNAP III sintetize ambos os

A primeira diferena est na composio dos nucleotdeos. No DNA,

timina. No RNA, trs bases nitrogenadas so as mesmas daquelas encontradas no

A segunda diferena ainda est relacionada com o tipo de acar que

compe o nucleotdeo. O acar que compe o DNA a desoxirribose e no RNA a

Figura 8: Diferena estrutural entre ribose e desoxirribose.

dupla como o DNA. Consequentemente, o RNA no forma a estrutura de dupla

ento a molcula intermediria na transferncia da informao gentica contida no

Figura 9: Sntese de RNA.

O uso de precursores de RNA pr-marcados demonstrou que o RNA

(profago) e utilizar a maquinaria da clula infectada para a produo de suas

Para a sntese da molcula de RNAm necessria a ao da enzima RNA

Para finalizar, estudos demonstraram que a RNAP reconhece a sequncia

Figura 10: Sequncia promotora.

(A) o promotor antecede o stio de incio da transcrio e a sequncia

A associao do fator sigma ao cerne da RNAP est ligada ao

Polimerase liga-se regio promotora,

Polimerase desnatura o DNA, formando

Inicia-se a transcrio e o fator sigma

Figura 10: Incio da transcrio.

A holoenzima da RNAP procura um stio promotor. Ao reconhec-lo, liga-se

complexo aberto. A transcrio finalmente se inicia e o fator sigma liberado.

A estrutura forma-se devido ao pareamento de bases complementares