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FACULDADE NACIONAL DE

MEDICINA - UFRJ [ALAN ARAUJO. 2012.1 // UFRJ // BIOFÍSICA]

BIOLOGIA MOLECULAR – BLOCO I

O DNA é uma via de transmissão e manutenção da informação nos indivíduos. Ele funciona
como armazenador da informação genética. (Genótipo)

O DNA é um polímero de nucleotídeos: formados por uma pentose ( 2 –deoxi-D-ribose) + uma


base nitrogenada (A, T, G, C – Onde A e G são purinas e T e C são pirimidinas) + uma grupamento
fosfato.

O DNA formado por duas fitas antiparalelas em formato de helicoidal (a dupla hélice é mantida
pelas ligações tanto entre as bases quando entre os nucleotídeos) voltado para direita. Este formato se dá
por conta das interações entre as bases. Para o lado de fora da hélice fica a porção hidrofílica da
molécula de DNA( os Fosfatos) e para dentro a porção hidrofóbica (as bases nitrogenadas). As bases
nitrogenadas estão ligadas através de pontes de hidrogênios ( pareadas segundo o modelo de Watson e
Crick – A faz duas ligações com T e G faz 3 ligações com C) com proporções iguais de ligações entre
bases de acordo com a regra de Chargaff.

As ligações entre os nucleotídeos se dão por ligações fosfodiester (Extremidade 5’ [Fosfato] de


um nucleotídeo com extremidade 3’ [OH] do outro) e são ligações mais fortes e estáveis, por isso que
quando a molécula de DNA desnatura a fita se abre(as pontes de H são desfeitas) e não se quebra
(ligações covalentes são mais fortes, no caso as ligações fosfodiester).

O DNA de eucariotos de encontra enovelado, em um complexo denominado Cromatina (DNA


enovelado + Proteínas). As principais proteínas são as histonas (proteínas carregadas positivamente)
exercem atração sobre o DNA (negativo) e este por sua vez se enrola nas histonas. Damos o nome de
Nucleossomo quando o DNA está associado as histonas, que empacotam e ordenam o DNA em unidades
estruturais.

a)Eucromatina (Ativo) : Menor afinidade entre DNA – Histona

b)Heterocromatina (Inativo): Maior afinidade DNA – Histona (Mais enrolado)

Níveis de enovelamento do DNA:

Nível 1: DNA se enovela nas histonas.

Nível 2: Nucleossomos são ligados entre si.

Nível 3:Empacotamento dos Nucleossomos em fibras de cromatina.

Nível 4: Formação de regiões em alça.

Obs. 1: O experimento de Watson e Crick se baseou na observação da molécula de DNA a partir de


fotos de Raio X, todas as verdades acima foram postuladas após o experimento.

Watson e Crick em seu experimento descobriram outras apresentações nas estruturas do DNA, são elas;

DNA A – Forma mais achatada, foi obtido com a molécula desidratada com um numero médio de 10,9
bases por volta das hélices.

DNA B – Forma mais comum, foi observado com a molécula hidratada como se fosse in vivo , é a forma
mais importante, tem em média 10 bases por volta das hélices.

DNA Z – Forma em “zig-zag” , com hélice voltada para a esquerda. Com 12 pares de bases por volta da
hélice.

Obs. 2: O DNA de procariotos é circular, e formam um super-espiral (o super coil).


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Replicação do DNA

Informações gerais: A replicação do DNA é semiconservativa; ou seja, cada fita de DNA funcionará
como um molde para a síntese de uma nova fita. As novas moléculas resultantes sempre terão uma fita
nova e uma fita antiga.

Obs 3.: Watson e Crick imaginaram que durante a replicação do DNA, cada uma das duas cadeias
da molécula serviria como um molde para a confecção de uma nova cadeia complementar. Dessa
forma, uma molécula de DNA, ao se replicar, produziria duas moléculas filhas, idênticas à
molécula mãe original. Posteriormente por volta de 1958 M. Meselson e F. Stahl comprovaram a
hipótese levantada por Watson e Crick basicamente da seguinte maneira: Imaginaram que se as
duas cadeias polinucleotídicas de uma molécula de DNA fosse marcadas, seria possível fazer uma
previsão sobre o destino dessas cadeias no decorrer das gerações celulares subsequentes. Então
marcaram a primeira geração da bactéria E. Coli com um isótopo N 15 não radioativo por várias
gerações e depois com isótopo N 14 e depois mais uma geração com isótopo N 14 novamente.
Onde no final observou a presença DNA híbrido.

Segundo a previsão:

a) Após uma replicação, ambas as moléculas filhas estariam marcadas e cada uma delas
conteria metade da marcação da molécula mãe original.
b) Após duas replicações, metade das moléculas estaria marcada e, a outra metade não. A
metade marcada conteria a mesma marcação que as moléculas originais (que foram
geradas na primeira replicação).

Processo de replicação: A essência do processo de replicação é a mesma entre procariotos e


eucariotos. No entanto, como as moléculas de DNA são maiores e estão organizadas em uma estrutura
nucleoproteica complexa, algumas adaptações são necessárias. Dessa forma os eucariotos possuem um
maquinário enzimático mais complexo e no processo de replicação vão apresentar múltiplos pontos de
origem ao longo do cromossomo. Isso permite que a replicação inicie simultaneamente em todos os
cromossomos, aumentando a velocidade do processo.

A replicação tem inicio em uma origem e segue bidirecionalmente a partir delas. Esta origem é
caracterizada por uma sequência de bases específicas denominadas origem da replicação, a partir de
onde a fita a dupla fita se abre. Criando terminações opostas a origem chamada de forquilhas de
replicação, onde as fitas são desenroladas e replicadas.
A síntese do DNA prossegue sempre numa direção 5’ – 3’ e é semidescontínua. Como a
abertura da dupla fita é gradual a partir da forquilha de replicação e o sentido de leitura é
obrigatoriamente na direção 5’ – 3’, a síntese das duas fitas ocorre em sentidos opostos, não sendo
possível que elas fossem sintetizadas continuamente. Desta forma, foi descoberto que uma das fitas é
sintetizada continuamente, sendo denominada de fita líder, enquanto a outra se faz em pequenos
fragmentos, sendo chamada de fita tardia. Estes fragmentos são denominados de fragmentos de Okasaki.

Enzimas que participam do processo de replicação:

DNA A – Reconhece a origem, e que com auxílio da HU estimula a iniciação.


Helicases (DNA B) – Separa as fitas da dupla hélice do DNA usando ATP.
SBB: Proteínas que se ligam as fitas simples, impedindo que a dupla hélice se ligue novamente.
DNA Girase (Topoisomerase): A medida que a helicase abre as fitas, é criado um estresse topológico, a
ação da girase é estabilizar a fita e aliviar o estresse topológico.
DNA Primase: Cria um primer ( RNA iniciador) , para que ocorra o início da síntese.
DNA Ligase: Liga fragmentos de DNA.
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DNA Polimerase: Sintetiza uma nova fita a partir do primer adicionando nucleotídeos.
- DNA Polimerase I: Remove os primers e substitui por desoxirribonucleotídeos. Faz alongamento da
cadeia, e tem ação exonucleasica no sentido 5’-3’ e 3’-5’.
-DNA Polimerase II: Apenas adiciona desoxirribonucleotídeos sentido 5’-3’.. E tem ação exonucleasica no
sentido 3’-5’.
-DNA Polimerase III: Adiciona desoxirribonucleotídeos sentido 5’-3’. E tem ação exonucleasica no sentido
3’-5’.

Fases da Replicação:
A) Iniciação
A DNA A reconhece a origem e desnatura sucessivamente o DNA da repetição das bases. Esta reação
requer ATP e é facilitada pela HU. A DNA B( HELICASE) se liga a esta região de origem e inicia o
desenrolamento do DNA de forma bidirecional criando duas forquilhas de replicação potenciais.
Imediatamente moléculas de SSB se ligam as fitas simples, impedindo a sua renaturação. A medida que
as Helicases desenrolam o DNA é gerado um estresse topológico que é aliviado pela enzima DNA Girase.
B) Alongamento
A DNA polimerase não adiciona nucleotídeos sem haver uma extremidade OH 3’ livre, portanto é
necessário a adição de um primer para que a síntese comece. Dessa forma a enzima DNA PRIMASE
sintetiza uma primer (RNA iniciador) na origem, a partir do qual a DNA Polimerase passa a adicionar
desoxiribonucleotídeos. A síntese das duas fitas ocorre em sentidos opostos, não sendo possível que elas
fossem sintetizadas continuamente. Desta forma, uma das fitas é sintetizada continuamente, sendo
denominada de fita líder, enquanto a outra se faz em pequenos fragmentos, sendo chamada de fita tardia.
Estes fragmentos são denominados de fragmentos de Okasaki. Sempre no sentido 5’-3’.
C) Terminação

Procariotos: As duas forquilhas de replicação encontram-se do outro lado do cromossomo circular em


regiões denominadas regiões de terminação. A síntese é então terminada e ocorre a separação das
moléculas de DNA. Os NTPS do Primer são substituídos por dNTPS pela DNA polimerase I.

Eucariotos: Na fita líder, a terminação ocorre naturalmente quando ao final do molde parental.
Já na fita tardia, que está sendo sintetizada em sentido oposto. A solução envolve a síntese das partes
terminais dos cromossomos, chamadas telômeros. Os telômeros possuem várias cópias de uma
sequência consenso, as quais são adicionadas por uma enzima específica (telomerase) na fita tardia,
quando a replicação estiver próxima ao final.

Transcrição RNA

Informações gerais: A transcrição é o processo onde a RNA Polimerase usa a fita 3’ – 5’ do DNA como
molde, formando um RNA primário 5’-3’. Através da transcrição, são sintetizados todos os tipos de RNAs
da célula, ou seja, o RNA mensageiro (mRNA), o RNA ribossômico (rRNA), o RNA transportador (tRNA) e
outros RNAs menores. Todos os RNAs estão envolvidos ativamente na síntese proteica. O mRNA será
usado para transferir a informação genética do DNA às proteínas, mas os demais RNAs sintetizados têm,
por si, funções finais na célula, tanto estruturais como catalíticas.

Obs. 4: É principalmente durante a transcrição que a célula exerce o controle da expressão gênica.
Os genes não são transcritos indiscriminadamente, pois esse processo é regulado por proteínas.
Na maioria dos casos, o principal ponto de regulação da atividade de um gene é a decisão de
iniciar ou não a sua transcrição. A transcrição espelha o estado fisiológico da célula. Ela é
extremamente variável para atender a demanda fisiológica em um determinado momento.

A transcrição ocorre a partir das informações contidas nos nucleotídeos de uma molécula de
DNA. A transcrição sempre ocorre no sentido 5’-3’ (Afinal de contas este é o sentido da vida. [Piada]).
Somente uma fita do DNA será usada como molde (A fita 3’ – 5’) e a síntese respeitará todas as regras de
antiparalelismo e pareamento. Só devemos observar que no transcrito de RNA ocorre a substituição da
base T (Timina) por uma U (Uracila) quando pareado com a base A (Adenina).
A enzima protagonista do processo é a RNA Polimerase, esta apresenta uma mecânica muito
similar a síntese catalisada pela DNA Polimerase.

RNA Polimerase: Necessita de um molde de DNA, 4 ribonuclueotídeos como precursores. É formada por
subunidades que garantam que ela exerça todas as suas funções. A RNA Polimerase não possui
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atividade 3’-5’ exonucleasica revisora. Ela se liga a regiões específicas de DNA, chamadas de promoters
que vão direcionar a transcrição de segmentos de DNA (genes).

As RNAPs desempenham todas as atividades necessárias para a transcrição:


1) reconhecem e ligam-se a seqüências específicas de DNA;
2) desnaturam o DNA, expondo a seqüência de nucleotídeos a ser copiada;
3) mantêm as fitas de DNA separadas na região de síntese;
4) mantêm estável o duplex DNA:RNA na região de síntese;
5) restauram o DNA na região imediatamente posterior à da síntese; e
6) sozinhas ou com auxílio de proteínas específicas, terminam a síntese do RNA.

Procariotos tem apenas um tipo de RNA Polimerase.


Cerne da RNA Polimerase(α,β) : Garantem a capacidade de polimerização mas não de iniciação.
Fator Sigma da RNA Polimerase( Holoenzima: RNA Polimerase + Fator Sigma): É uma proteína
separada que essencial para a iniciação, pois ela reconhece o promotor e faz com que a RNA Polimerase
se encaixe corretamente nesta região.

Promoters: São sequências de consenso (-10 (‘5) TATAAT (3’) e -35 (5’) TTGACA (3’) ). A molécula de
RNA sempre vai se iniciar no par de base +1 após a sequência consenso.

Embora consigam sintetizar RNA a partir de nucleotídeos livres, as RNA polimerases sempre precisam de
proteínas acessórias, chamadas de fatores de transcrição, que auxiliem o início da transcrição. São estes
fatores que identificam ao longo de um gene as seqüências específicas no DNA que indicam o local de
início da transcrição, ou seja, a partir de qual base o gene deve ser copiado em RNA.

Eucariotos: Apresentam 3 tipos de RNA Polimerase.

A) RNAP I, que sintetiza os rRNAs


Transcreve genes da região nucleolar. Essa polimerase catalisa a síntese de apenas um tipo de RNA,
precursor dos rRNAs 18S, 5,8S e 28S. Complexo RNAP I é composto por 2 subunidades maiores (com
130 e 190 kDa) e por 4-10 subunidades menores.

B) RNA polimerase II que sintetiza mRNA


Todos os pré-mRNAs das células são sintetizados pela RNAP II, que, portanto, transcreve a maior parte
dos RNA heterogêneos nucleares (hnRNA) precursores dos mRNAs. As RNAPs II possuem duas
subunidades maiores de 215 e 139 kDa e vários componentes menores (de 6-8).

C) RNAP III, que sintetiza os tRNA, rRNA 5S, e outros RNAs


Essas polimerases catalisam a síntese de cerca de 10% do RNA da célula, do rRNA 5S, dos tRNAs, e
de outro pequenos RNAs. A enzima é a mais complexa das RNAPs, com tamanho aproximado de 700
kDa, sendo formado por cerca de 14 subunidades.

TATABOX: É a sequência (Região -30), onde os primeiros fatores de transcrição se ligam.

Elementos controladores:

Elementos promotores proximais: CAAT box, GC box, entre outros.


Enhancers: Amplificam a ativação transcricional, Enhancers podem estar até 50 kb de distância a 5' ou 3'
do promotor e podem estar em orientação oposta ao sítio de início da transcrição
Proteínas ativadoras ou repressoras da transcrição: se ligam em sítios específicos desses elementos
controladores.

Etapas Básicas:

A) Iniciação
Eucarioto:
O início da transcrição em genes que utilizam RNAP II é complexo e envolve uma cascata na qual vários
fatores de transcrição vão se ligando ao DNA. Primeiramente há ligação de um fator ao TATA Box. Essa
ligação sinaliza para que outros fatores se liguem entre si e a outros elementos do promotor. Quando
todos os fatores já estiverem em seus devidos locais, o complexo estará pronto para receber a RNAP II e
formar o chamado complexo de iniciação da transcrição. A RNAP II é responsável por abrir as fitas de
DNA, e colocar a primeira base. Essa abertura das cadeias forma a “bolha de transcrição”, estrutura que é
característica do processo. Para ativar a transcrição, outros fatores ligam-se ao Enhancers e interagem
com o complexo de iniciação da transcrição.
Procarioto:
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A Holoenzima reconhece o promotor (-10 TATAAT / -35 TTGACA) e a partir do reconhecimento que se dá
por conta do fator sigma, ela se encaixa ao promotor e inicia adição de ribonuclueotídeos. Ocorre então a
formação do “complexo fechado”. Após a ligação da RNA Polimerase, ela promove a separação da fita
dupla (Não há necessidade de ATP o processo é termodinamicamente favorável) , formando a bolha de
transcrição, compreendendo o que chamamos de “complexo aberto”.

B) Alongamento
Eucariotos:
É o aumento da cadeia de RNA para o qual outros fatores acessórios são necessários. Os fatores
utilizados no complexo de iniciação da transcrição são liberados e a RNAP II sofre alterações na sua
conformação. A “bolha de transcrição” move-se sobre o molde de DNA, abrindo o DNA à frente e
fechando atrás de si. Um duplex híbrido DNA-RNA forma-se dentro da bolha à medida que o RNA é
sintetizado. Os erros na seqüência da cadeia produzidos nesta etapa são cuidadosamente corrigidos pela
RNA polimerase. Uma peculiaridade irônica e não frequente descrita sobre a meticulosidade dessa
correção, é que a RNA Polimerase ao demorar tanto tempo corrigindo seus erros pode até esquecer de
continuar a transcrição.
Procarioto:
O Fator sigma (s) se dissocia, e a RNA Polimerase (somente o core) altera sua conformação, permitindo
ligação mais estável ao DNA e alta processividade. Fatores de alongamento (EFs) podem se ligar. A
Taxa de síntese é de aproximadamente 50 nucs/seg. A bolha de transcrição acompanha o movimento da
RNA pol. À medida que a bolha avança, a dupla-fita na região já transcrita se refaz.

C) Terminação
Eucarioto:
Muito pouco se conhece sobre o término da transcrição. Sabe-se que todas as três RNAPs terminam a
síntese em regiões consenso do DNA ricas em T. Essas regiões são “sinais” codificados pelo DNA, que
indicam onde deve ser a extremidade 3'. Esses sinais são reconhecidos por enzimas que se ligam ao
RNA, clivando-o para formar a extremidade 3', ou seja, o sítio de clivagem precede esta região consenso.
Após a clivagem, esses nucleotídeos que compunham a região consenso sinalizadora para a clivagem,
são degradados no núcleo.
Procarioto:
É o que chamamos de terminação Rho dependente. Uma proteína ligadora de RNA da Família das
Helicases reconhece e se liga (hexâmero) região rica em C no final do RNA. À custa da hidrólise e ATP,
se enrola no RNA até atingir a região de RNA-DNA dentro da bolha. Atividade helicase rompe as pontes
de hidrogênio e libera o RNA.

Processamento pós-transcricional
Os diferentes RNAs sintetizados no processo de transcrição são chamados de transcritos primários, RNA
precursor ou pré-RNA. Na maioria das vezes, esses transcritos primários não representam uma
molécula de RNA madura, ou seja, aquela cuja seqüência e estrutura correspondem à forma final
do RNA funcional. Nesses casos, esses transcritos primários precisam sofrer modificações, as quais
chamamos de processamento de RNA. O processamento de RNA inclui alterações do tipo adição,
deleção ou modificação de nucleotídeos, ou mesmo de regiões maiores do transcrito primário.

SOMENTE EM EUCARIOTOS:

A) Adição do CAP :
A primeira modificação do hnRNA ocorre em sua extremidade 5’.Um resíduo de guanina é ligado
covalentemente ao primeiro nucleotídeo do hnRNA através de uma ligação fosfato 5’-5’, com o resíduo de
guanina estando na posição inversa a dos demais nucleotídeos. Essa estrutura é chamada de CAP. O
CAP sofre, então, uma metilação na posição 7 da guanina, resultando no nucleotídeo 7-metilguanilato
(m7G). Todas essas reações são catalisadas por enzimas específicas de cada reação. O cap protege a
extremidade 5’ do transcrito da ação de exonucleases. Essas enzimas têm a propriedade de cortar ou
clivar ácidos nucléicos, consequentemente, moléculas de mRNA sem cap são rapidamente degradadas.
O cap também tem a função de facilitar o Splicing do RNA e seu transporte do núcleo para o
citoplasma. O cap tem também papel importante na síntese proteica. A reação é catalisada pela enzima
guanilil transferase

B) Poliadenilação
A maioria dos mRNAs possui uma seqüência de aproximadamente 200 resíduos de adenina na sua
extremidade 3’, que é chamada de cauda poli A. Essa cauda poli A não está codificada no DNA e não
existe nos rRNAs e tRNAs. Ela é adicionada aos hnRNAs pela enzima poli A-polimerase. Um aspecto
comum a todos pré-RNAs mensageiros é a presença da seqüência consenso AAUAAA, 11-30
nucleotídeos antes do sítio de poliadenilação (local onde deve ser adicionada a cauda poli A). Esta
seqüência, chamada de seqüência sinal para poliadenilação, é reconhecida por um fator específico, que
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“marca” o local e permite que ocorra a clivagem por uma endonuclease. A adição da cauda poli A é feita
na extremidade 3’ OH gerada pela clivagem. Depois que o mRNA poliadenilado chega ao citoplasma, a
cauda poli A vai diminuindo, com o decorrer do tempo, provavelmente devido à ação de nucleases. A
cauda poli A é uma parte importante do processamento pois facilita o transporte do mRNA para o
citoplasma e ao ser lentamente degradada, estabiliza a molécula no citoplasma. Existe também a
possibilidade da cauda poli A estar relacionada com o reconhecimento da molécula de mRNA pelo
complexo que posteriormente realizará a tradução.
Obs. 5: mRnas de Histonas não são poliadeniladas.

C) Metilação
Muitos mRNAs possuem o nitrogênio 6 dos resíduos de adenina metilado. Essa metilação ocorre apenas
nos exons, antes da retirada dos introns do hnRNA. Provavelmente, o radical metil serve para proteger as
porções do transcrito primário que precisam ser preservadas.

D) Splicing
A maioria dos transcritos primários de mRNA apresenta dois tipos de seqüências: os exons e os introns.
Exons: Porção codificadora do transcrito primário que estão presentes no RNA maduro.
Introns: Seqüências que não estão presentes no RNA maduro e, portanto, não codificam nenhum
aminoácido da proteína a ser sintetizada. Os introns precisam ser retirados para dar origem a um mRNA
funcional (ou traduzível).
Para que o Splicing ocorra corretamente, existem seqüências consenso sempre presentes localizadas
nos introns dos mRNAs. Essas seqüências têm a finalidade de sinalizar o local onde deverá ser efetuado
o splicing (chamado de sítio de Splice) ou auxiliar na sua localização, e têm características importantes:

1) Os primeiros e os últimos dois nucleotídeos da extremidade 5’ e 3’ dos introns são GU e AG,


respectivamente.
2) Há uma adenina aproximadamente 18-20 nucleotídeos upstream da extremidade 3’ do intron. Ambas
têm um papel importante no processo de Splicing. Além dessas seqüências consenso, há uma frequência
maior de algumas bases que estão próximas do sítio de Splicing, tanto no exon como no intron, e há,
também, uma tendência da região próxima à extremidade 3’ do intron ser rica em pirimidinas (U e C). Sem
essas seqüências consenso ocorre alterações no processo de Splicing.

O processo de splicing envolve a retirada de cada intron da molécula de hnRNA e união dos exons,
liberando o intron. A remoção de introns envolve a quebra de uma ligação fosfodiester na junção exon/
intron, e a formação de outra, entre as extremidades dos exons. Esse processo pode ocorrer de duas
maneiras: mediado por “spliceossomos” e auto –splicing.

Spliceossomo:
Participação de 5 snRNAs associados a proteínas, formando o spliceossomo. O spliceossomo reconhece
os sítios, promovem o splicing e a junção dos exons. Os snRNAs atuam como ribozimas (sequências de
RNA catalicamente ativas).
Auto Splicing:
Excisão de introns pode ocorrer devido à atividade catalítica do próprio RNA precursor, sendo esse
processo conhecido como auto-splicing. Neste caso, as mesmas reações descritas anteriormente
ocorrem, mas sem a ajuda de spliceossomos.

Tradução

Informações gerais: O processo de tradução requer um código genético, através do qual a informação
contida na seqüência de ácidos nucléicos é expressa para produzir uma seqüência especifica de
aminoácidos. A ligação molecular entre estes dois tipos relacionados de informação (o código de DNA
dos genes e o código de aminoácidos das proteínas) é o ácido ribonucleico (RNA).

A informação genética é estocada no DNA por meio de um código (o código genético). O código
genético, então é um dicionário que fornece a correspondência entre uma seqüência de bases
nucleotídicas e uma seqüência de aminoácidos. O código genético foi decifrado em 1953. Watson e Crick
demonstraram que o código consiste em códons, cada um composto por uma trinca de bases
nitrogenadas. Dos 64 códons (RNAm) possíveis, três indicam o fim de um gene, e são conhecidos como
códons finalizadores (ou sem sentido) porque designam o termino da tradução do mRNA neste ponto.
São o UAA, o UGA e o UAG. Os outros 61 especificam aminoácidos. Como existem apenas 20
aminoácidos essenciais, isto significa que a maioria dos aminoácidos pode ser especificada por mais de
um códon.
O código genético é, portanto, dito “redundante” (ou degenerado). Embora um determinado
aminoácido possa ser especificado por mais de um códon, cada códon só pode designar um aminoácido.
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Uma característica significativa do código genético é ser “universal”, ou seja, virtualmente todos
os organismos vivos usam os mesmos códigos de DNA para especificar aminoácidos. Uma exceção
conhecida a esta regra é a das mitocôndrias, as quais têm suas próprias moléculas de DNA extranuclear

O processo de tradução em Eucariotos ocorre no citoplasma, a informação é transcrita na


núcleo, e o RNA precisa ser transportado para o citoplasma para que ocorra a tradução. Existem três
tipos principais de RNA que participam do processo da síntese protéica: RNA ribossômico (RNAr), RNA
de transferência (RNAt) e RNA mensageiro (RNAm).

RNA ribossômico: Encontrado em associação com uma série de proteínas diferentes, como componente
dos ribossomos, as estruturas complexas que servem como sítios para a síntese de proteínas. No citosol
eucariótico.

RNA de transferência: Menor das três principais moléculas de RNA (4S),tem forma de trevo. Existe no
mínimo um tipo específico de molécula de RNAt para cada um dos 20 aminoácidos comumente
encontrados nas proteínas. Cada RNAt serve como um "adaptador", que transporta seu aminoácido
específico ao sítio de síntese de proteínas. Lá, ele reconhece o termo do código genético que especifica a
adição de seu aminoácido à cadeia peptídica em formação.

RNA mensageiro: É o tipo mais heterogêneo de RNA em termos de tamanho. O RNAm transporta a
informação genética do DNA ao citosol, onde é usado como molde para a síntese de proteínas. As
características estruturais especiais do RNAm eucariótico incluem uma longa seqüência de nucleotídeos
adenina (uma "cauda poli-A") no 3'-terminal da cadeia de RNA, mais uma "cabeça" no 5'-terminal ( cap
5’).

Processo de tradução:
A tradução é o processo pelo qual o mRNA fornece um molde para a síntese de um polipeptídio.
O mRNA é transportado do núcleo para o citoplasma, onde a seqüência de RNA é codificada, ou
traduzida, para determinar a seqüência de aminoácidos na proteína que está sendo sintetizada. O mRNA
não pode, entretanto, se ligar diretamente a aminoácidos. O RNA transportador (tRNA) fornece a ligação
molecular entre a seqüência de bases do mRNA e a seqüência de bases da proteína.
A ligação do anticódon do RNAt ao códon do RNAm segue as regras da ligação complementar e
antiparalela - isto é, o códon do RNAm é lido de 5' para 3' por um anticódon pareado em orientação
invertida (3'-5'). O RNAt tem a função de transferir os aminoácidos corretos para suas posições ao longo
do molde de mRNA, para que sejam adicionados à cadeia polipeptídica crescente. O tRNA tem um sitio
em sua ponta 3’ para a ligação de um aminoácido por uma ligação covalente. Na ponta oposta do trevo
há uma seqüência de três nucleotídeos chamada de anticódon. Esta seqüência faz um pareamento
complementar de bases com um códon apropriado no mRNA. O mRNA, portanto, especifica a seqüência
de aminoácidos agindo por meio do tRNA.
O local citoplasmático da síntese de proteínas é o ribossomo, que consiste em proteínas
enzimáticas e RNA ribossomal (mais abundante). A função do rRNA é auxiliar a ligação do mRNA e do
tRNA ao ribossomo. O ribossomo primeiramente liga-se a um sítio de iniciação na seqüência do mRNA.
Este sítio consiste de um códon especifico, AUG, que especifica o aminoácido metionina. O ribossomo
então liga o tRNA a sua superfície, de modo que possa haver pareamento entre o tRNA e o mRNA. O
ribossomo move-se ao longo da seqüência de mRNA, códon por códon, no sentido usual 5’ para 3’. O
ribossomo então desliza ao longo do mRNA a cada três bases, alinhando o códon seguinte para o
reconhecimento por outro tRNA com o próximo aminoácido. À medida que cada códon é processado, um
aminoácido é traduzido pela interação entre mRNA e tRNA.
A ligação entre o códon e o anticódon coloca o aminoácido apropriado na posição seguinte no
ribossomo para formação de uma ligação peptídica com a ponta carboxila e a cadeia polipeptídica
crescente. Neste processo, o ribossomo fornece uma enzima que catalisa a formação de ligações
peptídicas covalentes entre aminoácidos adjacentes, resultando em um polipeptídio crescente. Quando o
ribossomo chega a um códon finalizador na seqüência de mRNA, terminam a tradução e a formação de
polipeptídio. O terminal amino (NH2) do polipeptídio correspondente à ponta 5’ do filamento de mRNA, e o
terminal carboxila (COOH) corresponde à ponta 3’. Quando a síntese esta completa, o mRNA, o
ribossomo e o polipeptídio se separam um do outro. O polipeptídio é então liberado para o citoplasma. A
tradução de um mRNA processado é sempre iniciada em um códon AUG, que especifica metionina.
A metionina é, portanto, o primeiro aminoácido codificado (amino terminal) de cada cadeia
polipeptídica, embora em geral seja removido antes que a síntese da proteína esteja completa. O códon
para metionina (iniciador AUG) estabelece a matriz de leitura do mRNA.

Iniciação:
A iniciação da síntese de proteínas envolve a reunião de componentes do sistema de tradução antes que
ocorra a formação da ligação peptídica. Estes componentes incluem as duas subunidades ribossômicas,
o RNAm a ser traduzido, o aminoacil-RNAt para metionina, especificado pelo códon iniciador AUG na
FACULDADE NACIONAL DE
MEDICINA - UFRJ [ALAN ARAUJO. 2012.1 // UFRJ // BIOFÍSICA]

mensagem, o GTP (o qual fornece energia ao processo) e fatores de iniciação que facilitam a montagem
deste complexo de iniciação.
O tRNA ativa os aminoácidos, a medida que se liga a eles por meio de ligação covalente que é catalisado
pela enzima Aminoacil Sintetase. Existe uma sintetase específica para cada tipo de Aminoácido.
Alongamento:
O alongamento envolve a adição de aminoácidos à extremidade carboxila da cadeia polipeptídica em
formação. Durante o alongamento, os ribossomos movem-se do 5'-terminal ao 3'- terminal do RNAm que
está sendo traduzido. Há vários fatores de alongamento envolvidos com esse processo. A formação das
ligações peptídicas é catalisada pela peptidiltransferase. Após formar-se a ligação peptídica, o ribossomo
avança três nucleotídeos em direção ao 3'- terminal do RNAm. Isto causa a liberação do RNAt
descarregado.
Terminação:
A terminação ocorre quando um dos três códons de encerramento move-se ao sítio (Stop códon: UAA,
UAG e UGA). O fator de liberação faz a proteína recém-sintetizada ser liberada do complexo ribossômico
e causa a dissociação entre o ribossomo e o RNAm. O polipeptídio recém sintetizado pode sofrer
modificações subsequentes; as subunidades ribossômicas, o RNAm, o RNAt e fatores proteicos podem
ser reciclados e usados para sintetizar outro polipeptídio.

Procariotos:
A sequência Shine-Dalgarno é um sítio de ligação do mRNA ao ribossomo, que permite o alinhamento do
códico de iniciação AUG, e consequentemente favorece a tradução.

Processamentos da Cadeia Polipeptídica

a)Podem sofrer dobramentos para permitir maior interação de pontes de hidrogênio, Van de Waals,
iônicas e hidrofóbicas. Em geral estes dobramentos fazem com que a cadeia esteja na sua estrutura
funcional
b) Desformilização da formil metionina, retirada de resídos amino-terminais e/ou carboxi-terminais, de
forma a ativa-la.
c) Fosforilação de grupos OH por ATP, introduzindo uma carga negativa regulando a atividade de
algumas enzimas (Ativando-as ou desativando-as).
d) Podem ser metiladas, incorporar grupos prostéticos.
e) Formar pontes de dissulfetos.