var n1,n2,max,min,MDC=1,i=2;

n1 = Number(prompt("Digite o primeiro número"));

n2 = Number(prompt("Digite o segundo número"));
max = Math.max(n1,n2);
min = Math.min(n1,n2);

while(i <= min) { //Enquanto o i for menor do que o minimo, ele vai executar o loop
if (max%i == 0 && min%i == 0) { //Se ambos são divisiveis por i
max /= i; //Dividi o i por max
min /= i; //Dividi o i por min
MDC *= i; //Multiplica o valor pelo MDC
}
else { //Se não
i++; //Aumenta o valor até achar outro divisor
}
}
alert("O MDC é: " + MDC);