AULA 1: ÁCIDOS NUCLEICOS

• Ácidos nucleicos: formado por uma cadeia de nucleotídeos

• Nucleotídeos: açúcar(pentose) + base nitrogenada+ fosfato
o Base é ligada ao açúcar no C-1´ e o fosfato se conecta pelo C-5´
• Nucleosídeo: é um nucleotídeo sem o fosfato
• Composição do DNA (desoxirribunucleotídeos):

o
▪ Seu açúcar/pentose é chamado de desoxirribose, por não possui OH no C2´
▪ Bases nitrogenadas: A, T, G, C
• Composição do RNA (Ribonucleotídeos):

o
▪ Sua pentose é chamada de ribose, e possui OH no C-2´
▪ Bases: A, U, G e C
• CONFIGURAÇÃO:
o Endo: C-2´ está na mesma direção (plano) que o C-5´ --> predomina no DNA
o Endo: C-3´ está na mesma direção (plano) que o C-5´--> Predomina no RNA
o Exo seria quando o átomo está em um plano diferente do C-5

• Bases nitrogenadas do DNA possuem ligações simples e duplas alternadas

o Purinas: adenina e guanina --> dois anéis
o Pirimidinas: timina, uracila e citosina
• REGRA CHARGAFF: quantidade de A=T, quantidade de G=C
o Se em um DNA tem 50 T, 30G, qual a quantidade de adeninas e citosinas e o nº total
de bases nitrogenadas. R: Tem 50A e 30G, total: 160
• MODELO ESTRUTURAL:
o as pentoses e os fosfatos contornam externamente --> fazem corrimão
o Bases nitrogenadas ficam para dentro
o Ligação entre nucleotídeos = ligação fosfodiéster --> ligação covalente onde o C5´-
fosfato do nucleotídeo se liga ao C3´-Hidroxila do nucleotídeo adjacente
▪ Auxilia na estabilidade do DNA
▪ O fosfato é o conector
o Ocorre uma interação hidrofóbica entre as bases nitrogenadas --> elas se escondem
na parte de dentro da estrutura do DNA por serem hidrofóbicas, assim, evitam
contato com a água, e estabilizam o DNA
o Fitas são antiparalelas: mais favorável energeticamente por causa da geometria dos
seus componentes
o Ela é torcida para direita
o HIDRÓLISE RNA: RNA é hidrolisado rapidamente em soluções alcalinas, por conta de
possuir OH no C-2´
▪ Ocorre quebra das lig.fosfodiéster devido ao íon hidroxila presente na
solução alcalina
▪ DNA não sofre facilmente a hidrolise, pois não possui C-2´ com OH, logo, é
mais estável
o EMPARELHAMENTO DAS BASES: plano dos seus anéis ficam em paralelo, como uma
pilha de moedas (uma em cima da outra, empilhadas), desse modo elas se
estabilizam e diminui o contato delas com a água, já que as bases nitrogenadas são
hidrofóbicas
o Ligação fosfodiéster interage com Mg+2, pois o fosfato possui carga
o PADRÃO DE LIG DE HIDROGÊNIO:
▪ Os tautômeros são responsáveis pelo padrão (formas isômeras das bases se
diferem apenas na localização do hidrogênio e ligação dupla), assim, cada
base combina com a aquela que melhor sustenta o DNA
▪ A – T e fazem 2 pontes de H
▪ G – U Fazem 3 pontes de H
• DESNATURAÇÃO DO DNA
o Desnaturação = fusão (melting) --> ocorre quando a Temp. está extrema, o que
rompe as ligações de hidrogênio, e consequentemente faz o DNA se desenrolar e
formar 2 fitas simples
o Renaturação = anelamento --> temp. volta ao normal e as fitas pareiam novamente
o Para desnaturar um DNA que possui mais bases pareadas do tipo G – C precisa de
uma temperatura maior
o Durante a desnaturação ocorre a temperatura Melting, onde metade está
desnaturado e a outra metade está pareada
▪ Depende da relação A-T e G-C, pois a temp. de Melting é maior quanto mais
G-C tiver
o As bases absorvem luz UV em 260 nm e quando estão despareadas elas aumentam
sua absorção --> efeito hipercrômio
AULA 2: REPLICAÇÃO DNA

INFORMAÇÕES BÁSICAS SOBRE ELA:

• É semiconservativa: a nova molécula de DNA formada possui uma fita parental (usada para
molde) e outra fita que é nova (complementar ao molde)
• Semidescontínua: ocorre uma parte descontínua --> cadeia atrasada, onde a síntese da nova
fita ocorre por fragmentos de Okazaki. Outra parte é contínua --> fita líder
• Adição de nucleotídeos novos ocorre no sentido 5´-3´
• Replicação sempre inicia em sequências específicas --> origem --> primers
• O pareamento de bases e o antiparalelismo deve ser respeitado
• REPLISSOMO: proteínas envolvidas na replicação do DNA = forquilha de replicação
• DNA POLIMERASE: realiza a replicação/síntese --> adiciona nucleotídeos trifosfatados
(usadas para fazer os nucleotídeos) na extremidade 3´OH livre e catalisa ligação fosfodiéster
e sintetiza no sentido 5´-3´
o MAS, uma das fitas moldes não tem a extremidade 3´OH livre (fita parental é no
sentido 5´-3´), por causa disso ela ocorre no sentido oposto da fita com 3´OH livre
(fita parental é sentido 3´-5´), e é chamada de descontínua, por ser uma síntese por
fragmento de okazaki
o O que a polimerase precisa para começar a síntese? De uma extremidade 3´OH livre
e de um iniciador (primer)
o Polimerase possui uma atividade exonuclease: quando acontece de ela errar o
pareamento das bases ela volta para trás (sentido 3´-5´), cliva (quebra) e remove o
nucleotídeo envolvido, depois volta a sua síntese normal
o Tem tipos de polimerase, na E.coli tem 5 tipos
▪ Polimerase I faz o retiramento dos primers e preenche as lacunas
(fragmentos Okazaki)
▪ Polimerase III faz a síntese/replicação
▪ II, IV e V fazem o reparo do DNA e move a forquilha de replicação para os
locais que tem dano no DNA
• DNA PRIMASE: Sintetiza primers
• PRIMERS: iniciadores, fazem uma sequência de ribonucleotídeos (RNA) para ser o ponto
onde o DNA POLIMERASE vai iniciar o adicionado das bases complementares
o No final essas bases de RNA são removidas e substituídas por bases de DNA
• DNA HELICASE: Quebra ligações de hidrogênio entre as bases nitrogenadas --> abre a fita
como um zíper
• TOPOISOMERASES: Alteram a estrutura tridimensional do DNA (topologia)-->
torção/enrolamento das fitas
• SSB: Lig à fita simples --> elas têm alta afinidade com as fitas simples de DNA (ocorrem logo
após que a helicase quebra ou entre os fragmentos de Okazaki), elas evitam que a região em
que se ligaram sofra torção, assim, induzem o DNA a ficar na conformação ideal para que a
replicação ocorra
• DNA LIGASE: Liga os fragmentos e forma fita

ÍNICIO

• Replicação inicia na origem e pode ocorrer em uma direção ou ambas

o Se for uma direção a partir da origem ela é unidirecional
 o Se for nas duas a partir da origem ela é bidirecional, duas forquilhas iniciam em
pontos diferentes e vão para sentidos opostos
o Se tiver mais de uma origem a forquilha de replicação começa em momentos
diferentes e quando duas forquilhas de replicação se encontram ocorre fusão da
bolha de replicação
• Ocorre a abertura das fitas --> DNA helicase
• Quando são desenroladas surge a região forquilha de replicação
• DNA polimerase sintetiza bases complementares
• SSB se liga nos locais de fita simples
• SÍNTESE DA CONTÍNUA: tem apenas um primer e vai no sentido da forquilha de replicação
• SÍNTESE DA DESCONTÍNUA: por ter que iniciar em uma fita sem 3´OH livre ela vai no sentido
contrário da forquilha de replicação e da contínua, sendo feita por fragmentos de okazaki e
precisando de vários SSB e PRIMERS
• DNA Ligase faz sua função
• No fim a DNA POLIMERASE I retira os primers e completa com as bases necessárias

DNA POLIMERASE I da E.coli

• Parte carboxiterminal tem polimerase e exonuclease

• Parte aminoterminal tem ação exonuclease
• Quando ela é clivada (quebrada) gera duas partes: uma menor (formada apenas pela
exonuclease do aminoterminal) e uma parte maior (com a exonuclease + polimerase do
carboxiterminal)
• Os dedos das mãos fazem correto posicionamento das bases nitrogenadas da fita molde no
sítio ativo
DNA POLIMERASE 3 da E.coli

• Tem várias subunidades --> halo enzima

o Alfa (α): polimeriza
o épsilon 𝜀 : corrige erro
o Gama (𝛾 ): lig DNA polimerase ao DNA da fita descontínua
o Beta 𝛽 : garante possessividade (ficar ligado ao DNA por + tempo) --> como se fosse
um grampo ao redor do DNA para fixá-lo
o Chi, psi e delta (Χ, Ψ, 𝛿 ): braçadeira, e a delta permite deslizamento da beta e sua
ligação
AULA: TRANSCRISÃO

SOBRE A TRANSCRISÃO:

• síntese de RNA mensageiro a partir do DNA

o Nos eucariotos esse processo acontece no núcleo e ocorre a síntese do pré-RNAm,
que precisa sofrer mudanças para virar RNAm maduro
o Nos procariotos a síntese é feita no citoplasma e gera um RNA maduro, pronto para
ser traduzido
• Processo processivo: acontece de forma contínua
• RNA mensageiro: leva a informação para produção de peptídeos (sequência de aminoácidos)
no processo de tradução
• RNA POLIMERASE:
o Separam a fita dupla do DNA, gerando as fitas simples e mantendo elas separadas
o Faz a síntese do RNA pelo DNA molde
o Adiciona ribonucleotídeos sequencialmente para formar a cadeia crescente de
RNAm
o Sentido da síntese é 5´-3´, logo, usa a fita simples de DNA sentido 3´-5´
• RNA POLIMERASE DA E.coli

o
o Essa bactéria possui apenas uma polimerase
o Chamada de 𝛼1𝛼2𝛽𝛽´𝜔𝜎 = RNA polimerase holoenzima
o Ela precisa ter esse fator sigma para conseguir identificar o promotor e se ligar nele
o Após ela se ligar no promotor ela se dissocia do restante, pois se ela continuar ligada
a RNA polimerase não consegue se locomover pela fita
• FITAS DO DNA
o Chamada de codificadora, não-molde e de senso é a fita no sentido 5´-3
▪ Codificadora, pois, a única coisa que muda dela com o RNAm formado é a
substituição das T por U
o Chamada de anti-senso e de fita molde é aquela no sentido 3´-5´
▪ Essa é a usada para a síntese

o
▪ A 1ª fita (em verde) é a senso/não-molde/codificadora
▪ A 2ª fita é a anti-senso/molde
▪ 3ª fita é o RNAm formado
 • PROMOTOR: Sequência específica de DNA que mostra o início da transcrição
o Nas bactérias o promotor está na região -10 e -35
o Essa numeração é dada considerando o primeiro nucleotídeo do DNA, que é usado
para virar RNA

o
▪ Na imagem região -35 e –10 (em vermelho) são promotores
▪ +1 é o ponto de partida --> início da transcrição --> sítio de início da
transcrição
▪ Na linha vermelha está a sequência de RNAm gerada

o
▪ Fator sigma da RNA polimerase reconhece região -10 e –35 devido a
sequência consenso
▪ Sequência consenso é uma sequência com um padrão de nucleotídeos
▪ Elemento UP é um elemento regulador que estimula transcrição
• TRANSCRIÇÃO se divide em 3 passos
o Início
o Alongamento da cadeia
o Término
o Após o término a RNA polimerase pode se ligar novamente a outro promotor e
iniciar nova transcrição, sendo assim, a transcrição é um processo cíclico

INÍCIO EM PROCARIOTOS

• Promotores sinalizam onde a RNA polimerase Holoenzima deve se ligar na fita molde DNA
para formar a bolha de transcrição (complexo de transcrição) e iniciar a síntese de RNAm

ALONGAMENTO DA CADEIA

• Ocorre a síntese --> adiciona os ribonucleotídeos complementares à fita molde DNA

• Ex: fita molde 3´ AATTGGGCCCTA 5´
 Fita RNAm 5´ UUAACCCGGGAU 3´

TÉRMINO

• Complexo de transcrição é dissociado da fita molde de DNA em respostas a sinais específicos

• Terminação grampo: ocorre região onde tem pareamento entre as próprias bases do RNA,
esse grampo que é formado impede a RNA polimerase de se movimentar

o
• Término dependente de RHO --> modelo alostérico
o É uma proteína que se liga ao RNA nascente (que está sendo sintetizado) que faz ele
se desassociar da RNA polimerase --> pois desestabiliza o complexo de transcrição

TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS

• Tem 3 polimerases principais: I, II e III

o Cada uma delas se liga a um promotor específico e diferente
• Ocorre no núcleo das células
• Tem regiões regulatórias
o Enhancers = aumentam taxa de transcrição
• PROMOTOR:
o TATA BOX: Sequência no DNA contente muitas T e A --> TATAAA
▪ Esse promotor é reconhecido pela TBP que se liga a ele
o Iniciador --> TSS= Sítio de início de transcrição --> promotor principal (promotor
core)
o Promotor da RNA polimerase I

▪
o Promotor RNA polimerase II
 ▪
▪ TATA BOX --> muito T e A
▪ Inr = iniciador
▪ Promotor core: promotor principal
▪ DPE é quando não tem TATA BOX --> TATA less
o Promotor RNA polimerase III

▪
• FATORES DE TRANCRIÇÃO: Se ligam no DNA na região do promotor e controlam a
transcrição, guiam a RNA polimerase
o TFIIA
o TFIIB
o TFIID
o TBP
• O conjunto dos fatores de transcrição com RNA polimerase forma complexo pré-iniciação

INÍCIO:

• Existem vários fatores de transcrição (TF) que se ligam no DNA molde e conduzem a RNA
polimerase
• Tem formação do complexo e depois começa a síntese

ALONGAMENTO

• Síntese propriamente dita

• Movimentação da RNA polimerase

TÉRMINO

• Normalmente antes da terminação o RNA que está sendo formado é clivado/quebra em sua
porção 3´ --> sem sequência específica no RNA formado que mostra o término --> não tem
formação de grampo
• Término em RNA Polimerase I
o Tem sequência de nucleotídeos no DNA --> sítios T1 e T2, aonde algumas proteínas
vão lá se se ligam nesses sítios o que cliva o RNA nascente
• Término em RNA polimerase III
 o Tem uma sequência de DNA rica em Timina, que desestabiliza o complexo de
transcrição e a RNAp III se desliga do DNA molde usado
• Término em RNA polimerase II
o Torpedo: exonuclease 5´-3´vai em direção ao complexo de transcrição, após
clivagem do complexo poliadenilação (adiciona sequência de Adenina na
extremidade 3´ do pré-RNAm formado --> cauda poli A)
o Alostérico: a clivagem que ocorre após poliadenilação faz ocorrer alterações
conformacionais na RNApII, levando sua desestabilização
• Após essa transcrição o RNA formado não está pronto para tradução, por isso é chamado de
pré-RNAm, ele precisa ser modificado para virar RNAm maduro
o Adiciona na ponta 5´o cap5´ --> uma guanosina modificada
▪ Protege o RNAm de ser quebrado
o Na ponta do fim é adicionada cauda poli-A
▪ Gera estabilidade e protege
o Ambos ajudam o RNAm a ser transportado para citoplasma e levado ao ribossomo
o Após modificar as pontas o RNA sofre SPLICING
▪ Remove íntrons e une éxons
▪ Íntrons = parte não codificante do RNAm --> não tem info pra produzir
peptídeo, logo, é inútil
▪ Éxons= parte codificante --> útil
o Depois dessas modificações ele é RNAm maduro
AULA: TRADUÇÃO

TRADUÇÃO

• Síntese de polipeptídios: sequência de aminoácidos

o Nem toda tradução gera proteína, pois uma sequência de aa pequena não é
proteína
• Procariotos ocorre no mesmo local que a transcrição, e antes mesmo de acabar esse
processo ela já começa traduzir
• Eucariontes ocorre no citoplasma --> ribossomo
• Procariotes RNAm já está pronto para traduzir, mas em eucariontes ele é modificado para
virar RNAm maduro e depois transportado do núcleo para ribossomo
• RNAm é lido por códon--> sequência de 3 nucleotídeos que corresponde a um certo
aminoácido
o AUG marca início --> metionina
o O término é dado pelos códons: UAA, UGA, UAG --> não geram aminoácido
• RNAm é lido 5´-3´
• Quem lê é o RNA transportador
o Possui o anticódon --> pareamento com o códon--> ocorre dentro ribossomo
o Leva o aa corresponde ao códon do RNAm
• RIBOSSOMO: Composto por RNA ribossômico e proteínas (ajudam a manter conformação)
o Local onde ocorre a tradução
o Tem 2 subunidades (uma maior 50S e outra menor 30S) que englobam o RNAm,
como se fosse um hamburguer

▪
o Possui compartimentos que oferecem local para ocorrer interação entre RNAm e
RNAt --> Sítios E, P e A --> locomoção ocorre nesses sítios
o Catalisa ligação peptídica (união de aa)
• Código genético: tabela para decifrar qual aa é gerado para cada códon
o É degenerado: códons diferentes podem geram os mesmos aminoácidos: sinônimos
▪ Diminui risco de mutações
• RNA Transportador:
o Formato de trevo de 4 folhas
o Tem um RNAt para cada tipo de aa que representa
 o Tem uma enzima sintetase para cada aminoácido que reconhece exatamente o seu
RNAt e é ativada por ATP
o Enzima sintetase é a aminoacil-RNAt-sintetase
o No braço anticódon pareia com o códon
o No braço de ligação com aa tem um sítio de ligação

o
• OPERONS: Região do DNA que tem +1 gene e que vão ser transcritos em um único RNAm,
que vai gerar várias proteínas
o Logo, possui +1 códon iniciador, para identificar o iniciador correto tem sinais
o Tem duas regiões não codificadoras: extremidade 5´não codificadora e a
extremidade 3´não codificadora
• Quadro de leituras livres: prova necessidade do iniciador, pois possui 3 variações de leituras
dos códons
• Em eucariotos é o AUG que é iniciador e que gera metionina, já nos procariotos ocorre o N-
formil metionina (metionina com um grupo formil adicionado)
o E.coli tem 3 iniciadores
o Além do iniciador deve ocorrer uma sequência de Shine-Dalgamo (SD) que tem
predominância de purinas (A e G), que é complementar a uma região do ribossomo
30S
 o
• Por que tem o S após os números? Ex: subunidade 50S do ribossomo
o Pois é uma unidade que determina o tamanho das moléculas com base na
velocidade de sedimentação (partículas vão para fundo do líquido) quando são
centrifugadas
o Quanto maior o valor maior a partícula, então a subunidade 50S é maior que a 30S
• RELAÇÃO ENTRE OS RNA RIBOSSÔMICOS E CADA PROTEÍNA QUE É USADA PARA FORMAR AS
SUBUNIDADES DO RIBOSSOMO
o

▪ Em procariotos a subunidade maior é formada por tRNA 23S e 5s + L1, L2 e

L3
▪ Subunidade menor é formada por RNAt 16S + S1, S2, S3

INÍCIO DA TRADUÇÃO

• Forma complexo de tradução

o Para formar o complexo deve ocorrer identificação da SD e do iniciador e a
dissociação da subunidade 50S e 30S
• Tem vários fatores de iniciação
o IF3 --> Faz unidade 50S e 30S se dissociarem
o IF3+ IF1 --> Faz 30S se ligar ao RNAm e o códon iniciador fica no sítio P do ribossomo
(lembrando que os sítios são os locais que ocorrem interação entre RNAt e RNAm)
o IF2 --> faz tRNA fMet (carregado com N-formil metionina) se ligar ao 30S e ter
pareamento entre códon e anticódon
▪ Ao contrário dos eucariontes que o AUG gera um aminoácido metionina, o
tRNAfmet não gera aminoácido no final
 • Depois da ação desses fatores de iniciação o grupo formil é retirado: peptídeo deformilase
• Metionina é removida: metionina aminopeptidase
• Ocorre liberação dos fatores de iniciação pela hidrólise do ATP, após essa liberação as
subunidades de associam e o complexo de iniciação de tradução está formados

ELONGAMENTO DA CADEIA

• Ocorre nos sítios E, P e A

o E: exit
o P: sítio peptil
o A: aminoacil tRNA carregado --> tRNA carregando aa
• 1ª Oocorre ligação do próximo Aminoacil tRNA no sítio A, nesse sítio em o EF-tu, um fator de
elongação, e ocorre a peptidil transferase, que catalisa a formação de ligação peptídica
• 2º tem a transferência do RNA do sítio A para P, quem faz transferência é o EF-G, mas antes
dessa transferência o espaço do sítio P estava ocupado, então quem estava ocupando
espaço vai para outro lugar
• 3º quem estava ocupando lugar no P vai para o E
• 4º novo códon se posiciona no sítio A
• Resumo sítio A--> P --> E

TÉRMINO

• Vai produzindo o polipeptídeo até achar a terminação (que não produz aa)
• Quando o códon de terminação chega no sítio A os fatores de liberação (RF1 até RF4)
induzem a dissociação das subunidades e liberação do RNAm, RNAt e peptídeo formado
• TÉRMINO EM OPERONS/POLICISTRÔMIOS (vários genes no mesmo aa que gera várias prot)

o
▪ Quando os próximos iniciadores estão muito longe do término da tradução
anterior ocorre a dissociação do ribossomo (desfaz complexo) e precisa de
novo SD + iniciador

o
▪ Quando o próximo iniciador está perto ou sobreposto ao término da
tradução anterior não precisa dissociar ribossomo e não precisa de SD

DEGRADAÇÃO DO RNA

• Degradado para reutilizar ribonucleotídeos para síntese de RNAm --> transcrição

• Ação das RNAases: ribonucleases, enzimas que degradam RNA--> quebra lig. Fosfodiéster
• Dois modos que agem juntos:
 o
▪ Endonuclease age 1º e quebra o RNA internamente e gera fragmentos
▪ Exonuclease vem em seguida e remove nucleotídeos um por um,
degradando os fragmentos
• Complexo multi enzimático DEGRADOSSOMO

o
▪ Ação da helicase que desfaz estrutura secundária do RNA
▪ RNAase E = endonuclease --> quebra internamente
▪ Poliadenilação sinaliza para degradação, ao contrário nos eucariotos onde
sinaliza que o RNAm está maduro
▪ Ação da exonuclease

CHAPERONES

• Ajudam a proteína formada a ter seu dobramento correto (ter sua estrutura terciária
correta)
• Dobramento assistido
• Tipos:
o DnaK = Hsp 70
▪ Choque térmico, renatura proteínas que desnaturaram por causa da
temperatura
▪ Se liga nas partes hidrofóbicas da proteína e impossibilita interações
inadequadas
o DnaJ e GrpE
▪ regulatório
▪ Renatura

ANTIBIÓTICOS: Interferem na tradução das bactérias