UNIVERSIDADE FEDERAL DO ABC EN 2809 - TPICOS COMPUTACIONAIS EM MATERIAIS - LABORATRIO DINMICA MOLECULAR I INTRODUO: A estrutura cristalina (tipo de reticulado

e parmetro de rede) de um material determinada pela condio de menor energia potencial. Muitas vezes em simulaes ns no sabemos de ante-mo nem o parmetro de rede no equilbrio nem a configurao de menor energia. Neste casos necessrio realizar um conjunto de clculos chamados de "relaxao estrutural". Nestes clculos construmos um reticulado cristalino e calculamos a energia desta estrutura para diferentes par metros de rede. Analisando como a energia varia em funo do parmetro de rede em diferentes estruturas podemos determinar a configura o de equilbrio. Neste problema, ns iremos determinar o parmetro de rede de um slido de Lennard-Jones com estrutura CFC calculando a energia potencial do slido para diversos parmetros de rede. Neste problema utilizaremos "clculos estticos", isto , os tomos no iro se mover ao longo da simulao. Passo 0: compilao dos cdigos Os cdigos-fonte dos programas utilizados nesta aula esto agrupados no arquivo lab01.tar e foram desenvolvidos por Furio Ercolessi e obtidos livremente no endereo: http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/ Para abrir os arquivos digite os seguintes comandos no terminal: tar -xzvf lab01.tar.gz O programa crystal.f90 cria um arquivo de configura o com as posies dos tomos em um reticulado CFC e o programa md1.f90 o programa de MD que utilizaremos nesta aula. Para compilar estes c digos digite no terminal: gfortran -o cr stal cr stal.f90 gfortran -o md1 md1.f90 Passo 1: configurao atmica As posies dos tomos sero criadas com o auxlio do programa "crystal" e servem como entrada do programa "md1". Para executar o programa "crystal" voc deve digitar no terminal o seguinte comando: ./cr stal O "crystal" um programa interativo que far algumas perguntas para gerar as posies atmicas. Como exemplo iremos criar um arquivo de com as coordenadas dos tomos em um reticulado CFC com parmetro de rede igual a 1.3 (unidades reduzidas). Para isto utilize as seguintes opes: Lennard-Jones com raio de cut-off igual a 2.5 (em unidades reduzidas): 1 Parmetro de rede a ser utilizado: 1.3 Nmero de clulas unitrias ao longo da direo x: 4 Nmero de clulas unitrias ao longo da direo y: 4 Nmero de clulas unitrias ao longo da direo z: 4 Mximo do deslocamento das posies dos tomos: 0 Nome do arquivo que conter as posies dos tomos: a1.3.cry

Uma vez fornecidos os parmetros acima ao programa teremos um arquivo em formato texto contendo as coordenadas de posi o (x,y,z) de 256 tomos. Passo 2: clculo da energia O programa "md1" necessita de algumas informa es para efetuar os clculos. Este programa porm, no funciona de forma interativa e todas as informaes necessrias simulao devem estar gravadas em um arquivo de entrada, preparado pelo

usurio, que apresenta o seguinte formato: Linha 1: comentrio Linha 2: nome do arquivo de entrada com as coordenadas dos tomos Linha 3: nome do arquivo de sada Linha 4: nmero de passos de integrao Linha 5: valor do passo de integrao Linha 6: densidade do sistema O volume da caixa alterado no incio do clculo para satisfazer a densidade desejada. O valor ZERO deixa a caixa inalterada (essa a escolha mais comum) Linha 7: tipo de simulao Um nmero negativo (por exemplo 1) indica um simula o com energia constante (evoluo livre). Essa uma escolha comum, sendo usada para obter informaes dinmicas do sistema. Um valor nulo (0) ou positivo indica a temperatura T (em unidades reduzidas) a ser utilizada no clculo com temperatura constante. Essa a maneira utilizada pelo cdigo para alterar a temperatura do sistema. O arquivo "a13.in" (j fornecido) um exemplo de arquivo de entrada do programa "md1": !roblema 01" a # 1.$ a1$.cr a1$.md1 1 0.00$% 0 -1 De acordo com o exemplo acima, a simulao utilizar as posies dos tomos contidas no arquivo "a13.cry" geradas previamente (linha 2) e escrever os resultados no arquivo "a13.md1" (linha 3). Os c lculos sero realizados ao longo de 1 passo de integra o (linha 4) com comprimento de 0.0032 (linha 5) com a mesma densidade (linha 6) e com energia constante (linha 7). Para a realizao da simulao digite o seguinte comando: ./md1 & a1$.in Voc dever ver na tela um resultado semelhante quele mostrado abaixo: ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ()1: a minimal molecular d namics program !roblema 01" a # 1.$ *nput sample: a1.$.cr +onl positions read from file, -utput sample: a1.$.md1 .umber of steps: 1" time step: 0.00$%" total time: 0.00$% .umber of atoms: %/0 1ox size: /.%00000 /.%00000 /.%00000" 2olume: 130.004 )ensit : 1.4%000/ +unchanged, 5ree evolution run. 6tep ----1 7emperature -----------0.000000 0.000000 8inetic -----------0.000000 0.000000 !otential -----------%0.0499:% %0.0499:% 7otal 9nerg -----------%0.0499:% %0.0499:% !ressure -----------$13.0/9$90 $13.0/9$90

' ' (eans

O programa "md1" fornece, a cada passo de tempo, os valores instant neos de temperatura, energia cintica, energia potencial, energia total e presso e, ao final da simulao, os valores mdios destas grandezas.

Obs: Para salvar os resultados mostrados na tela em um arquivo, rode o programa md1 com o seguinte comando: ./md1 & a1.$.in ; a1$.log Os resultados sero gravados no arquivo "a13.log" PROBLEMA 01 Utilize o programa "crystal" para gerar amostras com diferentes par metros de rede (variando entre 1.3 a 1.9). Para esse problema utilize 4 unidades de clulas unitrias para cada direo (x,y e z) e escolha o deslocamento mximo como zero. Para cada parmetro de rede, execute o programa md1 com apenas 1 passo de integra o (nosso objetivo obter a energia potencial para cada parmetro de rede). Utilize os exemplos e informa es fornecidas nos passos 1 e 2 descritos acima para a execu o dos programas "crystal" e "md1". Calcule a energia potencial (E) do slido de Lennard Jones variando o parmetro de rede (a) entre 1.4 e 1.9 e trace o grfico de energia versus parmetro de rede. Qual o valor do parmetro de rede de equilbrio para este slido? Qual o valor da energia de coeso? Compare a energia de coeso terica deste slido com o resultado que voc obteve e discuta estes resultados. Determine uma expresso para a energia de um slido de Lennard Jones com estrutura CFC em fun o do parmetro de rede. Compare a curva de energia terica com os resultados obtidos na simulao e discuta os resultados. PROBLEMA 02: O objetivo deste exerccio verificar o efeito do nmero de tomos nos resultados do clculo (anlise de convergncia). Utilize o programa "crystal" para gerar amostras com parmetro de rede determinado no problema anterior mas utilizando agora diferentes tamanhos para a clula CFC (1x1x1, 2x2x2, ... ,7x7x7). Use o mesmo deslocamento m ximo em todas as amostras (por exemplo 0.01). Para o arquivo de input utilize o modelo abaixo: !roblema 0% cells.cr cells.md1 1000 0.00$% 0 -1 A diferena entre o exemplo acima e o arquivo de input do problema anterior o nmero de passos de integrao. Trace o grfico da temperatura, energia cintica, potencial e presso em funo do nmero total de tomos (ou volume da clula). Baseado nestes resultados qual o tamanho do sistema que voc selecionaria para a simulao? PROBLEMA 03: O objetivo deste exerccio verificar o efeito do passo de integrao. Utilize o programa "cristal" para gerar uma amostra com o parmetro de rede obtido no problema 01, com tamanho determinado no problema 02 e deslocamento inicial de 0.01. Altere o arquivo de input do programa "md1" (linha 5) e realize diferentes simula es com os seguintes passos de integrao: 0.002 ; 0.005 ; 0.01 ; 0.05 Para que possamos comparar os resultados necessrio que as simulaes sejam realizadas com o mesmo TEMPO TOTAL. O tempo total obtido multiplicando-se o nmero total de passos com o passo de integra o (NSTEPS*TIME_STEP). Escolha o nmero total de passos (linha 4 do arquivo de entrada) de forma a obter o mesmo TEMPO TOTAL (digamos 200 unidades de tempo) para todos os clculos. Trace o grfico dos valores instantneos da temperatura, energias cintica, potencial e total e a presso em funo do tempo (step*TIME_STEP). De que modo a escolha do passo de integra o afeta a dinmica desses sistemas?