BC-0506

Comunicao e Redes
David Correa Martins Jr
david.martins@ufabc.edu.br

Apresentao
Prof. David Correa Martins Jr (CMCC)

E-mail: david.martins@ufabc.edu.br
Formao: Graduao, mestrado e doutorado em Cincia da
Computao (Instituto de Matemtica e Estatstica USP)

Estgio de doutorado de 1 ano no Texas A&M University

SBC, Bloco Delta, sala 253 (oficial)
SA, Bloco A, sala 541-2 (extra-oficial)

rea de pesquisa
Reconhecimento de padres em aplicaes de Bioinformtica e Viso
Computacional/Processamento de imagens
Atualmente com foco em problemas de Biologia Sistmica

Modelagem, simulao e inferncia de redes de regulao gnica

Priorizao de genes associados a doenas complexas atravs da

anlise de redes biolgicas (complexas)

Redes de expresso gnica, redes de protenas, redes

metablicas, ...

Roteiro da Aula
Apresentao da Disciplina
Objetivos
Ementa
Avaliao
Cronograma
Projeto
Referncias

Introduo

Sistemas Complexos
Redes Complexas
Redes no mundo real
Classificaes de redes
3

Parte 1
Apresentao da Disciplina

Apresentao

Grafo (do grego grafos: desenho, imagem):

Um grafo um conjunto de objetos chamados vrtices ou ns,
ligados por retas, chamadas arestas.
Representao:
- Pontos (Vrtices ou ns)
- Linhas (Arestas ou ligaes entre ns)

Apresentao

Grafo (do grego grafos: desenho, imagem):

Um grafo um conjunto de objetos chamados vrtices ou ns,
ligados por retas, chamadas arestas.
Representao:
- Pontos (Vrtices ou ns)
- Linhas (Arestas ou ligaes entre ns)

Apresentao

Grafo (do grego grafos: desenho, imagem):

Um grafo um conjunto de objetos chamados vrtices ou ns,
ligados por retas, chamadas arestas.
Representao:
- Pontos (Vrtices ou ns)
- Linhas (Arestas ou ligaes entre ns)

Apresentao

Os grafos so uma ferramenta muito til pois...

permitem estudar as inter-relaes entre atores que

interagem entre eles

Pessoas
Animais
Objetos (computadores, imagens, filmes)
Praticamente qualquer problema pode ser representado por um
grafo

Objetivo Geral
Conhecer e trabalhar com a rea
interdisciplinar de redes complexas (ou
cincia das redes), envolvendo conceitos,
aplicaes, relacionamentos, mtodos e
ferramentas

Objetivos Especficos
Compreender os conceitos fundamentais de redes
complexas, uma rea interdisciplinar que envolve
disciplinas como fsica, matemtica, engenharia,
computao, biologia e sociologia
Conhecer a teoria dos grafos e sua aplicao nas
redes complexas
Conhecer os principais tipos de redes, como redes
small-world e scale-free
Conhecer aplicaes dos conceitos em vrias redes
do mundo real, como redes tecnolgicas, de
informao, sociais e biolgicas
10

Ementa
Introduo e motivao: contexto e aplicaes
Teoria dos grafos
Leis de potncia
Grafos aleatrios
Redes de mundo pequeno (small world)
Redes sem escala (scale-free)
Redes de computadores, Internet e Web
Redes sociais (incluindo redes sociais online)
Redes biolgicas

11

Metodologia
Em sala de aula: aulas expositivas e discusso
Apresentao e discusso dos slides
Animaes
Demonstraes com softwares
Exerccios em sala

Fora da sala de aula

Listas de exerccios

exerccios tericos
exerccios prticos envolvendo programao, execuo de
softwares e anlise de resultados

Projeto

pesquisas de resultados cientficos, incluindo coleta de dados

gerao e anlise de resultados via programao e execuo de
softwares
12

Avaliao
Prova: 28 de julho
Projeto: 4 de agosto

50%
30%

Apresentao de seminaios (4/8 e 7/8) 1/3

Relatrio em forma de artigo
2/3

Atividades para entrega (~4 no total) 20%

Mdia Final (MF) = 0,5*Prova + 0,3*Projeto + 0,2*Listas

MF < 5:
F
5 <= MF < 6:
D
6 <= MF < 7:
C
7 <= MF < 8,5: B
8,5 <= MF < 10: A

Prova de recuperao: 11 de agosto

aberta a qualquer um que queira melhorar o conceito

substitui Mnimo{Prova ; 0,6*Projeto + 0,4*Listas}, ou seja:

se Prova < 0,6*Projeto+0,4*Listas MF = 0,5*REC + 0,3*Projeto+0,2*Listas

caso contrrio
MF = 0,5*Prova + 0,5*REC

13

Cronograma estimado de aulas

Data

Contedo

26/5

Apresentao, introduo e motivao

29/5

Introduo a teoria dos grafos: conceitos bsicos e representao

2/6

Busca em largura em grafos

Definio dos temas do projeto

9/6

Busca em profundidade em grafos

12/6

Caminhos mnimos em grafos

16/6

Lei de potncia e propriedades estruturais

23/6

Propriedades estruturais (continuao)

Entrega dos relatrios parciais do projeto

26/6

Modelos de redes: redes aleatrias e redes de mundo pequeno

30/6

Modelos de redes: redes livres de escala, vulnerabilidade e modularidade

14

Cronograma estimado de aulas

Data

Contedo

7/7

Vulnerabilidade e modularidade em grafos;

14/7

Redes de computadores; Internet e Web

21/7

Internet e Web como redes complexas

24/7

Redes sociais e redes biolgicas como redes complexas

28/7

Prova

4/8

Entrega dos projetos

Apresentao dos seminrios (1 dia)

7/8

Apresentao dos seminrios (2 dia)

11/8

Prova de recuperao

15

Material e atividades
Os slides das aulas, enunciados de atividades,
notas e outras comunicaes da disciplina sero
publicadas no Tidia:
http://tidia.ufabc.edu.br [CR-2015.2-Noite-A1]

Listas de atividades sero realizadas

individualmente
Entrega de atividades via formulrios online
(Google)
Projeto: entrega do tema, relatrio parcial,
relatrio final e slides das apresentaes no Tidia
(Seo Atividades)
16

Projeto
Tema livre, relacionando os conceitos aprendidos
na disciplina com o tema escolhido
Entregar arquivo texto contendo os integrantes do
grupo, o tema e um resumo (~250 palavras)

At 2/6 no Tidia->Seo Atividades

Relatrio parcial

Entregar arquivo PDF contendo um relatrio

descrevendo o que cada membro do grupo fez at o
momento, resultados parciais e cronograma das
prximas etapas (incluindo o que cada membro pretende
fazer)

At 23/6 no Tidia-> Seo Atividades

Projeto: entrega do relatrio final e slides das

apresentao no Tidia
At 4/8

17

Projeto
Grupos de 5 ou 6 pessoas
Relatrio final em formato de artigo de at 8
pginas (ou 9 pginas, onde a 9 pgina s pode
conter referncias)
- Formato IEEE coluna dupla, em Doc ou Latex
- Templates Doc e Latex disponveis no Tidia
- Seo Repositrio->Projeto->Templates
- Entrega em PDF

Apresentao (4/8 e 7/8)

Cada grupo ter no mximo 10 minutos para apresentar os

resultados do projeto

Previstos no mximo 5 minutos para perguntas

18

Bibliografia Bsica
Redes complexas:

Barabasi, A.L. Linked: How Everything Is Connected to

Everything Else and What It Means for Business,
Science and Everyday Life, - 2003
PT: Linked: A Nova Cincia dos networks: Como tudo est conectado a
tudo e o que isso significa para os negcios, relaes sociais e cincia 2009.

Grafos e algoritmos:

T. H. Comen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest, C. Stein.

Introduction to Algorithms. The MIT Press. 3rd Edition.
2009.
PT: Introduo a algoritmos - 2009.

Redes de computadores:

J. F. Kurose, K. W. Ross. Computer Networking: A TopDown Approach. Addison-Wesley. 5th Edition. 2010.
PT: Redes de computadores e a internet - 2010.

19

Bibliografia Complementar
Newman, M., The Structure and Function of Complex
Networks, Siam Review, Vol. 45, No 2, pp.167256,
2003.
Watts, D. J., Six Degrees: The Science of a Connected
Age, Norton & Company, 2003.
Boccalettia, S. et al., "Complex networks: Structure and
dynamics", Physics Reports 424, pp. 175 308, 2006.
Albert, R., Barabasi, A.-L., Statistical mechanics of
complex networks, Reviews of Modern Physics, Vol. 74,
2002.
Costa, L. F. et al., Characterization of Complex
Networks: A Survey of measurements, Europhysics
Letters, 85, 2009.
20

Parte 2:
Introduo e Motivao

21

Sistemas Complexos
Sistemas complexos no so simplesmente
sistemas grandes ou complicados
Aparentemente no existe uma definio
consensual sobre o que so sistemas complexos,
mas existem algumas caractersticas comuns
apresentadas por tais sistemas, que a maioria dos
pesquisadores concorda

22

Sistemas Complexos: Definies

Um sistema composto de um grande nmero de
entidades, processos ou agentes que interagem
entre si, cuja compreenso necessita do
desenvolvimento de novas tcnicas, como
modelos no lineares e simulao computacional
l

[Advances in Complex Systems Journal]

Um sistema que pode ser analisado atravs de

seus muitos componentes interrelacionados, onde
o comportamento de cada um depende do
comportamento dos outros
23

Sistemas Complexos: Definies

Um sistema que envolve um grande nmero de
agentes que interagem, cujo comportamento
agregado no linear, ou seja, no pode ser
derivado da soma dos comportamentos dos
componentes individuais
Um sistema composto de partes
interconectadas que como um todo apresenta uma
ou mais propriedades (comportamentos) que no
so bvios a partir das propriedades das partes
individuais

24

Sistemas Complexos: Exemplos

Alguns exemplos

Colnias de formigas
Economias humanas
Estruturas sociais
Sistemas nervosos
Clulas e seres vivos em geral
Infraestruturas de energia e comunicaes
Internet

Muitos sistemas que interessam os serem

humanos so sistemas complexos
25

Sistemas Complexos:
Algumas Caractersticas
Redes dinmicas

O dinamismo das ligaes entre os componentes de

um sistema complexo importante

Sistemas complexos podem ser aninhados

Economia feita de organizaes, que so feitas de

pessoas, que so feitas de clulas (todos complexos)

Produo de fenmenos emergentes

Algumas propriedades somente podem ser

compreendidas em um nvel mais alto, como resultado
das interao dos agentes
Ex.: colnias de formigas ou cupins

26

Sistemas Complexos:
Algumas Caractersticas
Relacionamentos so no lineares

O efeito pode no ser proporcional causa

Uma pequena perturbao pode causar um grande
efeito, um efeito proporcional ou nenhum efeito

Relacionamentos com retroalimentao (feedback

loops)
O efeito de um elemento colocado de volta como uma
entrada para o sistema

27

Redes
Uma rede um conjunto de itens (vrtices ou
ns) com conexes entre eles (arestas)

Em termos matemticos ou computacionais, redes so

chamadas de grafos

Sistemas que assumem a forma de redes existem

em grande quantidade no mundo
Redes podem ser usadas para modelar problemas
de vrias reas diferentes
Ns podem representar qualquer tipo de entidade
Arestas podem representar qualquer tipo de
relacionamento, concreto ou abstrato

28

Redes: Exemplos
Internet e World Wide Web (WWW)
Redes sociais de amigos, conhecidos ou qualquer
outro relacionamento entre indivduos
Redes organizacionais e redes de relacionamentos
entre empresas
Redes neurais
Redes metablicas
Teias alimentares
Redes de distribuio, como vasos sanguneos e
rotas postais
Redes de citaes entre artigos
29

O Estudo de Redes
O estudo das redes na forma da teoria dos
grafos um dos pilares fundamentais da
matemtica discreta

A soluo de Euler para o problema das pontes de

Knigsberg citado como o primeiro problema a ser
resolvido com redes
Euler inventou a teoria dos grafos para esse problema

Redes sociais tem sido muito estudadas

Uso de questionrios para saber quem tem um

relacionamento com quem
Questes de centralidade e conectividade
30

O Estudo de Redes
Nos ltimos anos o estudo das redes ganhou um
grande impulso
Pesquisa deixou de considerar grafos pequenos e
propriedades de vrtices ou arestas individuais
Foco nas propriedades estatsticas dos grafos

O motivo a disponibilidade de computadores e

redes de comunicao
Permitem coletar e analisar grandes quantidades de
dados em pouco tempo
Milhares, milhes ou at bilhes de vrtices
Contra dezenas ou centenas em pesquisas anteriores

31

Redes Complexas
Uma rede complexa uma rede com
caractersticas topolgicas no triviais

Caractersticas que no ocorrem em redes simples como

grafos aleatrios ou anis (ring lattices)

lattice

grafo aleatrio

Sistemas complexos naturais frequentemente

possuem topologias mais elaboradas
32

Colaborao entre Cientistas

Em uma rede pequena, possvel
obter uma interpretao visual

Exemplo pequeno de colaborao

entre cientistas

33

Colaborao entre Cientistas

Entretanto, para redes grandes....

34

Colaborao entre Cientistas

Entretanto, para redes grandes....

35

Teia alimentar (presa-predador)

36

Internet

37

Redes no Mundo Real

38

Redes no Mundo Real

Nos estudos de redes de grande porte, impossvel
realizar uma interpretao visual
Neste caso, fundamental criar ferramentas
computacionais
Idia: extrair informaes para caracterizar a
estrutura da rede

39

Motivao
Redes complexas formam a espinha dorsal dos
sistemas complexos
Cada sistema complexo uma rede de interaes entre
um grande nmero de elementos pequenos
Compreender um sistema complexo requer quebr-lo em
partes e depois remont-lo

40

Motivao
A caracterizao da topologia das redes
importante porque em geral a estrutura afeta a
funo (e vice-versa)
Exemplo: Estrutura de redes sociais

Prevenir a transmisso de doenas

Controlar a disseminao de informao (marketing,
moda, boatos, etc.)

Exemplo: Estrutura da rede eltrica e Internet

Compreender a robustez e estabilidade dos sistemas de

transmisso de energia e de dados
41

Tipos de Redes
Um conjunto de vrtices ligados por arestas o
tipo mais simples de rede

Vrtices e arestas podem ter uma grande quantidade de

atributos associados
Arestas podem ser direcionadas, representando
relaes unidirecionais

Exemplo: redes sociais

Vrtices podem representar pessoas de sexo,

nacionalidade, idade e renda diferentes
Arestas podem indicar relaes interpessoais
Pesos nas arestas podem representar o grau de
conhecimento que uma pessoa tem da outra
42

Tipos de Redes

rede no direcionada com um tipo de aresta e vrtice

rede com tipos diferentes de vrtices e arestas
rede com pesos variados nas arestas e nos vrtices
rede direcionada
43

O que a rea de redes estuda?

Propriedade estatsticas das redes

Encontrar propriedades estatsticas (ex.: tamanhos de

caminhos e distribuies de grau), que caracterizem sua
estrutura e seu comportamento
Encontrar maneiras de medir essas propriedades

Modelos de redes

Criar modelos de redes para compreender o significado

das suas propriedades

44

O que a rea de redes estuda?

Predio de comportamento dos sistemas

Prever qual comportamento os sistemas tero com base

nas propriedades estruturais medidas e nas regras
locais que governam os vrtices individuais
Exemplos: como a estrutura da rede afeta?

O trfego na Internet?
O desempenho de um mecanismo de busca na Web?
A dinmica de sistemas sociais?
A dinmica de sistemas biolgicos?

45

Redes no Mundo Real

Vrios tipos de redes tm sido estudados nos
ltimos anos
Costuma-se classificar as redes em 4 categorias,
que englobam tipos semelhantes
Outras classificaes so possveis

Categorias de redes
Redes
Redes
Redes
Redes

sociais
de informao
tecnolgicas
biolgicas

46

Redes Sociais
Uma rede social um conjunto de pessoas ou
grupos de pessoas com algum padro de contato
ou interao entre eles
Exemplos
Amizades entre indivduos
Relacionamentos comerciais entre empresas
Casamentos entre famlias
Relacionamentos sexuais (ex.: controle de DST)

47

Experimento Small World

Stanley Milgram realizou um experimento nos
anos 1960, cujo resultado gerou o famoso
problema do mundo pequeno (small world), ou seis
graus de separao
Pessoas de cidades do interior (meio oeste) dos
EUA receberam solicitaes de entregar uma
carta para uma pessoa desconhecida em Boston
Elas deviam enviar pelo correio a carta para
algum que conhecessem bem e que em sua opinio
estivesse mais prximo do destino
48

Experimento Small World

O objetivo foi avaliar a distribuio dos tamanhos
dos caminhos em uma rede de pessoas
conhecidas
A maioria das cartas foi perdida, mas cerca de
um quarto atingiu o destino
Pelo procedimento adotado, foi possvel medir a
quantidade de pessoas que participaram de cada
caminho entre origem e destino
O menor foi 3 (alguns foram da ordem de dezenas)

A mdia dos caminhos entre as pessoas foi 6

49

Experimento Small World

O resultado do experimento deu origem ao

conceito dos Seis Graus de Separao que se
tornou popular

50

Seis Graus de Separao

51

Redes Sociais: Problemas

Os estudos tradicionais em redes sociais tem
vrios problemas: impreciso, subjetividade e
amostra de tamanho pequeno
A coleta de dados , em geral, realizada atravs
de questionrios ou entrevistas
Mtodos trabalhosos, que limitam o tamanho da rede

Os dados so influenciados por aspectos

subjetivos das pessoas que respondem

Ex.: o conceito de amigo pode variar entre pessoas

As pessoas podem no dizer a verdade

Com ou sem inteno

52

Redes Sociais: Solues Atuais

Nos tempos da Internet, a obteno de dados
com alto grau de preciso tornou-se simples,
tornando disponveis dados sobre redes de
colaboraes em diferentes nveis
Existem vrios bancos de dados disponveis com
dados de vrios tipos de relacionamentos
Artistas de Hollywood e filmes em que eles
participaram
Jogadores e futebol e clubes
Pesquisadores e co-autoria de artigos

53

Redes Sociais Online

As redes sociais online so grande objeto de
estudo atualmente
Relaes estticas e dinmicas

Estticas: as relaes so explicitamente escolhidas

e/ou aprovadas pelos participantes
Ex: amigos no Facebook, contatos profissionais no LinkedIn,
seguidores no Twitter
Podem no representar relacionamentos ativos

Dinmicas: com quem voc se comunica (ex.: mensagens

no Facebook, Whatsapp, Skype, Gtalk)
Essas representam relacionamentos ativos

54

Redes Sociais Online: Dados

Obteno de dados automaticamente das redes
sociais fcil
Milhes de usurios, relacionamentos e outras
informaes podem ser recuperados

Em geral, possvel obter toda a rede de

relacionamentos das redes sociais, atravs de
programas do tipo crawler que executam
continuamente e recuperam dados

Utilizando as interfaces de programao (APIs) que elas

disponibilizam
Fazendo requisies a partir das pginas Web
55

Redes de Informao
Redes de informao so tambm chamadas de
redes de conhecimento porque uma informao
faz referncia outra, de modo que se torna
possvel navegar entre as informaes
Redes de citao de artigos

Artigos citam outros artigos

A partir disso, os pesquisadores podem conhecer outras
fontes de informao sobre um assunto
Estrutura: alguns pesquisadores publicam muito mais e
so muitos mais citados do que outros
No estilo de uma lei de potncia

56

Redes de Informao
World Wide Web (WWW)

A Web forma uma rede de informao, funcionando

como um servio da Internet

Importante: Internet e Web NO so sinnimos

Pginas contm links para outras pginas

Estrutura

Algumas pginas so extremamente mais referenciadas do que

outras (grandes portais, por exemplo)
Algumas pginas referenciam uma quantidade enorme de outras
pginas (mecanismos de busca, como o Google)
Novamente, no estilo de uma lei de potncia

Outros exemplos

Redes P2P, patentes, ...

57

Redes de Informao

rede de citaes

Web
58

Redes Tecnolgicas
Redes tecnolgicas foram construdas pelo ser
humano para a distribuio de algum servio
bsico, como eletricidade ou dados
Exemplos
Internet (no nvel de interconexo de roteadores)
Redes de energia eltrica
Rede de telefonia
Rede de distribuio postal (correios)
Sistema de aeroportos

59

Redes Tecnolgicas
Rede eltrica

Rede de transmisso de
energia de alta tenso
Interconexo entre sistemas
de transmisso (ou seja, rede)
necessria para fazer
melhor uso dos recursos
(energia)
Pode causar problemas, como
apages, quando falhas em
cascata ocorrem e se
propagam na rede
60

61

Redes Tecnolgicas: Internet

Rede de comutao de pacotes, para transmisso
de dados entre computadores remotos
Interconexo no nvel fsico, ou seja atravs de
roteadores e enlaces (links) de dados
Tambm apresenta interconexo no nvel de
Sistemas Autnomos (AS), que so agrupamentos
de redes que possuem autonomia de roteamento
Exemplos de AS: RNP, Telefonica, Embratel, etc.

62

Roteadores e Sistemas
Autnomos

roteador

AS
63

Redes Tecnolgicas: Internet

O conhecimento da topologia de interconexo da
Internet pode trazer vrios benefcios
Escalabilidade e robustez
Projeto de melhores protocolos e aplicaes

Problema

No se conhece a topologia da Internet, nem no nvel de

roteadores nem de ASs

Como a Internet no tem dono, em geral no se revela a topologia

por questes de sigilo
Somente as redes acadmicas revelam sua topologia

Todo o conhecimento da topologia obtido

atravs de inferncias

64

Mapa da Internet: Nvel AS

http://www.caida.org

65

Redes Biolgicas
Vrios sistemas biolgicos podem ser
representados como redes
Exemplos mais comuns

Redes de vias metablicas

Teias alimentares
Interaes entre protenas
Regulao gnica
Redes de neurnios
Redes vasculares

66

Redes Biolgicas
Redes de vias metablicos
Os vrtices so substncias
bioqumicas presentes nos
seres vivos, que podem ser
tanto produto como
substrato para uma reao

Arestas direcionadas de
entrada, caso uma reao
metablica conhecida atue
num dado substrato e produz
um dado resultado
67

Redes Biolgicas
Teias alimentares

Vrtices representam
espcies em um ecossistema
Arestas direcionadas da
espcie A para a espcie B
indica que A predador de
B
Ou ao contrrio, indicando a
energia que flui de B para A

68

Ferramentas computacionais
Existem diversas ferramentas computacionais
para anlise de redes disponveis livremente na
internet
Usaremos para algumas atividades as seguintes
ferramentas:
l R-project: O R uma linguagem e um ambiente para
l
l

computao estatstica (http://cran.fiocruz.br)

Gephi: uma ferramenta de visualizao interativa para
redes de sistemas complexos (https://gephi.org)
Instale as duas ferramentas no seu computador

69

Para Casa
Assistir:

http://www.youtube.com/watch?v=w-FKPJRZne4
http://www.youtube.com/watch?v=U-vqQjo1kcI
http://www.youtube.com/watch?v=jEF2fOvBVDo

70