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Faculdade: Faculdade de Cincias da Universidade de Lisboa

Departamento: Departamento de Qumica e Bioqumica


Da autoria de Joo Coelho, com a colaborao de Madalena Pinto,
Margarida Quaresma, Leonor Rodrigues, Leonor Abrantes, Slvia
Azevedo, Ins Cabrita, Diogo Reis
1

ndice
As clulas e as fundaes da bioqumica ...................................................................................3
A clula .................................................................................................................................3
A gua como solvente e reagente .........................................................................................5
Aminocidos, Pptidos e Protenas ........................................................................................... 7
Aminocidos nas protenas ...................................................................................................7
Pptidos e protenas ........................................................................................................... 12
Enzimas .................................................................................................................................. 37
Cintica enzimtica ............................................................................................................. 41
Cintica Qumica ................................................................................................................. 42
Cinticas dos estados iniciais............................................................................................... 43
Inibio da Actividade Enzimtica........................................................................................ 49
Fosforilao de protenas .................................................................................................... 55
Folding de protenas e doena humana: ..............................................................................56
Glcidos .................................................................................................................................. 61
Oses como agentes redutores: ............................................................................................64
Disidos .............................................................................................................................. 65
Polisidos............................................................................................................................67
Lpidos .................................................................................................................................... 72
Membranas biolgicas ........................................................................................................ 79
Protenas membranas ......................................................................................................... 80
Modelo do mosaico fluido ...................................................................................................81
Outros lpidos...................................................................................................................... 82
Nucletidos e cidos nucleicos ................................................................................................ 85
Qumica dos cidos nucleicos .............................................................................................. 89
Transcrio ......................................................................................................................... 99
Traduo e sntese proteica .............................................................................................. 102
Sntese Proteica ................................................................................................................ 103
Ribossoma ........................................................................................................................ 104
tRNA ................................................................................................................................. 105
Metabolismo ........................................................................................................................ 112
Gliclise ............................................................................................................................ 114

Bioqumica I
As clulas e as fundaes da bioqumica

O que caracteriza um organismo vivo?


1. Elevado grau de complexidade e organizao a nvel microscpico.
2. Capacidade de extrair, transformar e utilizar energia a partir do meio ambiente.
3. Capacidade de reproduo.
4. Mecanismo para sentir e responder a alteraes exteriores.
5. Funes definidas para cada componente e regulao das interaces.

A clula

Ncleo: organito mais comum, delimitado por membrana dupla, comunica


com o citoplasma atravs de poros, contm praticamente toda o DNA, possui
nuclolo que contm copias de DNA ribossomal e a zona em que se
constituem os ribossomas.
Retculo Endoplasmtico: sntese de lpidos e protenas.
Complexo de Golgi: secreo e modificaes ps-traducionais.
Citoesqueleto: possui microtbulos (tubulina), filamentos intermdios
(queratina) e microfilamentos (actina).
Membrana plasmtica: separao do meio intra do extracelular, bicamada
lipdica.
Lisossoma: comum nas clulas animais (nas vegetais equivale aos vacuolos),
o sistema digestivo da clula, contm enzimas hidrolticas. A lubertao
descontrolada destas enzimas pode levar morte celular (o pH pode no
descer muito devido ao sistema tampo existente nas clulas).
Mitocndrias: fbrica de energia da clula, tamanho semelhante ao de uma
bactria, forma varivel, membrana dupla (a interna forma cristas).
Cloroplastos: membrana dupla, possui clorofila (cor verde), onde ocorre a
fotossntese.

Vias metablicas locais:


Eucariotas
o Fotossintese cloroplastos.
o Gliclise e Fermentao citoplasma.
o Oxidao do piruvato, Cadeia respiratria e Ciclo do cido ctrico
Mitocndrias.
Procariotas
o Gliclise, Fermentao e Ciclo do cido ctrico citoplasma.
o Oxidao do piruvato e cadeia respiratria Folheto interno da
membrana plasmtica.

Elementos e ligaes qumicas nas biomolculas


O, C, N, H 95%
+ P, S 98%

Grupos qumicos nas biomolculas

Configuraes Ismeros geomtricos


Os enzimas tm especificidade para ismeros geomtricos especficos.

Molculas Quirais (R e S)
o Possuem o C ligado a quatro
substituintes diferentes o
carbono apresenta-se como
centro quiral.
o Cada molcula quiral possui
dois enantimeros (imagem
um do outro no espelho).

Molculas Quirais (L e D)
o Compara-se a molcula que se pretende
classificar com a classificao do
gliceraldedo

A maior parte dos AA esto em configurao L (com o grupo amina esquerda e o


carboxilo para cima nas projeces de Fischer). No entanto, AAs de algumas paredes
bacterianas encontram-se em configurao D, j que existe uma enzima especfica
para este enantimero.
As oses encontram-se todas em conformao D.

Conformao de ligao simples C-C por projeces de Newman.


Anti: + estvel, substituintes mais afastados.
Gauche: - Estvel, substituintes demasiado juntos.

A gua como solvente e reagente

A gua possui uma natureza dipolar.


Permite a dissoluo fcil de solutos polares, por estabelecimento de novas ligaes
soluto-H2O que so energeticamente mais favorveis que as interaces H2O- H2O.
capaz de formar ligaes de hidrognio: no estado liquido, cada H2O encontra-se
ligada a 3,4 outras H2O; no gelo cada H2O liga-se a 4 molculas de H2O.
O gelo torna-se menos denso que a gua lquida.
A gua tambm forma ligaes de hidrognio com solutos polares, entre um H ligado a
um tomo relativamente electronegativo mais um 2 tomo relativamente
electronegativo.

Estas ligaes so importantes na estabilizao da estrutura de pptidos e bases


azotadas
A direccionalidade da ligao de hidrognio condiciona a sua fora:

Convm, portanto, haver direccionalidade entre os trs tomos envolvidos na ligao


(entre os dois Os e o H no caso de cima).
A entropia aumenta quando substncias cristalinas se dissolvem a dissoluo leva a
uma maior desorganizao.
Para a dissoluo de NaCl G = H - TS
Hidratao dos componentes do sal, as cargas so parcialmente neutralizadas,
interaces electrostticas so enfraquecidas
Gases apolares so praticamente insolveis em gua: quando no ocorre a dissoluo
em H2O implica um aumento de entropia; as molculas de H2 O organizam-se em
gaiola volta do soluto apolar e esta organizao leva a uma diminuio de entropia,
o que implica que G0 -> no espontneo
Capaz de favorecer a formao do complexo Enzima-Substrato:
o 1: Enzima isolado + Substrato isolado H2 O organiza-se volta de cada um.
o 2: Ligao E-S libertao de algumas H2O aumento da desorganizao
(processo favorvel).
A H2O possui um papel importante em algumas biomolculas como a hemoglobulina e
o citocromo f.
A gua como reagente: Reaces de condensao eliminao de H2O (requer
energia); Reaces de hidrlise incorporao de H 2O (liberta energia).

Aminocidos, Pptidos e Protenas

Funo das protenas


o Enzimas (catlise) Catalisam praticamente todas as reaces celulares (Ex:
hidrlise de ligaes covalentes - triptofano sintetase, pepsina, etc.).
o Protenas estruturais Asseguram suporte mecnico s clulas e tecidos (Ex:
compostos da MEC, citoesqueleto colagnio, elastina, tubulina, actina).
o Protenas de transporte Transportam pequenas molculas/ies (Ex:
hemoglobulina, BSA).
o Protenas motoras Produzem movimento nas clulas e tecidos (Ex: miosina,
quinesina, dinena).
o Protenas de reserva Armazenam nutrientes essenciais (Ex: ferritina,
albumina, casena).
o Protenas de sinalizao Responsveis pela sinalizao clula-clula (Ex:
hormonas, neurotransmissores, factores de crescimento).
o Receptores celulares Detectam sinais na membrana e transmitem clula
(Ex: rodopsina, receptor de CoA, receptor de insulina).
o Protenas de regulao gnica Ligam-se ao DNA para ligar/desligar a
expresso dos genes (Ex: receptor da lactose).
o Protenas de proteco Activas na defesa celular ou de um organismo (Ex:
anticorpos, protenas de coagulao, toxinas).
o Funes especficas Altamente variveis (Ex: GFP, protenas-cola).

Aminocidos nas protenas

A numerao dos carbonos num aminocido faz-se a partir do carbono do grupo


carbonilo e segue para a cadeia R. Exemplo:

Com a excepo da glicina (que possui R=H), todos os aminocidos so opticamente


activos, possuindo enantimeros:
o Enantimeros L/D

Os aminocidos podem ser classificados de acordo com o seu grupo R.


o Critrios: Tamanho, Polaridade, Carga, Acidez/Basicidade, Reactividade
Qumica

1. Aminocidos apolares alifticos

Alanina, valina, leucina e isoleucina tendem a aglomerar-se contribuindo para a


estabilizao da estrutura proteica por interaces hidrfobas.
Glicina estrutura mais simples, demasiado pequeno para contribuir para o efeito
hidrfobo.
Metionina um dos 2 AA com enxofre.
Prolina tem flexibilidade estrutural reduzida devido ligao do grupo N cadeia R.

2. Aminocidos com cadeias laterais aromticas

Relativamente apolares.
O OH da tirosina pode estabelecer ligaes de hidrognio em alguns enzimas.
Absorvem preferencialmente a 280 nm, facto este usado para os mtodos de
doseamento de protenas (fenilalanina absorve menos que os outros dois aa).

3. Aminocidos com cadeias laterais polares sem carga

Hidroflicas.
Serina e treonina tm polaridade devido ao OH.
Cistena possui SH.
Asparagina e glutamina possuem NH2.

4. Aminocidos com cadeias laterais com carga positiva/ bsicos

Podem servir como dadores/receptores de protes em reaces catalisadas por


enzimas

5. Aminocidos com cadeias laterais com carga negativa/ cidos

Os AAs carregados ocorrem geralmente na periferia da protena. No entanto, tambm


se podem encontrar no interior desta, estabelecendo ligaes com outro AA
carregado. Mutaes podem levar repulso de cargas, destabilizando a estrutura da
protena.

AAs pouco comuns tambm possuem importantes funes:


o Para alm de 20 AA standard, as protenas podem conter outros AA
derivados de algum AA standard que sofreu modificao ps-traducional
quando incorporado na protena.
o Exemplos:
4-hidroxiprolina (paredes celulares, colagnio)
5-hidroxilisina (colagnio)
6-N-metilisina (miosina)
-carboxiglutamato (protrombina, protenas que ligam Ca2+)
Desmosina (derivada de 4 lisinas encontra-se na elastina)
Selenocistena introduzido durante sntese em oposio a
modificao ps-traducional (contm Se, selnio em vez de S, enxofre;
raro)

Algumas modificaes ps-traducionais reversveis, como a fosforilao, esto


envolvidas na regulao da actividade proteica (metilao tambm um exemplo).
Alguns AAs modificados no se encontram presentes nas protenas. Ex: ornitina
(intermedirio na biossntese da arginina) e citrulina (envolvida no ciclo da ureia).

Propriedades cido-base dos aminocidos ponto isoelctrico e curvas de titulao


Quando um aminocido mantido numa soluo aquosa a pH neutro, no
possuindo uma cadeia R ionizvel, este aminocido encontra-se na forma de um
zwitterio (io hbrido) como io dipolar, tendo a possibilidade para actuar como
cido ou como base anfteros.
Os aminocidos tm curvas de titulao caractersticas. Ex: Ionizao da Glicina
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Curva de titulao da Glicina

Zonas tampo: para estes valores de pH, o sistema funciona como um tampo;
Correspondem aos valores de pKa dos terminais carboxilo e amina.

Para cadeias R ionizveis:

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Para o clculo do PI necessrio considerar que os valores de pKa utilizados so os


que correspondem carga -1 e +1, j que com pH=pI, o AA no apresenta carga.
Para efeitos de electroforese, baseado na separao de AA com base na carga, o valor
de PI torna-se um dado importante, pois consoante o pH do meio os AA vo dirigir-se
para o ctodo ou para o nodo. Esta tcnica depende ainda do tamanho/massa, da
forma e da carga do AA.

Pptidos e protenas

Formao da ligao peptdica.

12 20 aminocidos oligopptidos
+ 20 aminocidos polipptidos

12

Nomenclatura:
Ao considerar-se o pptido serina-glicina-tirosina-alanina-leucina , l-se do
terminal amina para o carboxilo: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu, SGYAL,
serilgliciltirosilalanilleucina.
Os pptidos podem ser distinguidos pelo comportamento ionizvel.

Os grupos envolvidos na ligao peptdica nunca esto envolvidos na ionizao


(perdem esse poder quando formam a ligao). Os nicos grupos ionizados so os
terminais amina e carboxilo e as cadeias laterais.
Os aminocidos com cadeiras laterais ionizveis so: Tyr, Cys, Lys, His, Arg, Asp,
Glu.

Pptidos de interesse
Aspartame (adoante artificial).
Hormonas TRH (hormona da libertao da tirotropina, forma-se no hipotlamo a
partir de Glu-His-Pro), oxitocina, bradicinina, insulina, glucagina, corticotropia).
Venenos amanitina, antibiticos.

Monmeros protenas constitudas por uma nica cadeia peptdica.


Oligmeros, Multmeros protenas com mais de uma cadeia; as vrias cadeias
encontram-se ligadas no covalentemente. As unidades constituintes so
designadas protmeros.
Apoprotena + grupo prosttico (parte no proteica) = haloprotena (protena
conjugada e funcional).

Mtodos de purificao de protenas


As fontes de protenas a purificar so geralmente tecidos ou clulas microbianas. A
este material necessrio extrair o seu contedo celular atravs de ruptura e
possvel centrifugao. Chama-se homogenato/extracto celular sopa que se
encontra no interior das clulas aps ruptura das membranas. Esta ruptura tem de
ser controlado com, por ex, solues tampo, inibidores de proteases, inibidores
de desnaturao de protenas, etc.
Os passos da centrifugao prendem-se com sucessivas centrifugaes com
maiores rpms. Entre as vrias centrifugaes unicamente centrifugado o
sobrenadante, extraindo-se o pellet (centrifugao diferencial).
Aps este passo pode forar-se a precipitao das protenas. Para isto pode variarse o pH da soluo, a fora inica, usar solventes orgnicos ou ainda polmeros
orgnicos. Isto vai levar a uma agregao das protenas, o que leva precipitao

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proteica. Este processo tem como vantagem diminuir o volume de extracto celular,
o que leva a um aumento da concentrao da amostra.
Salting in - usando concentraes baixas de sais pequenos: os anies e caties vo
conseguir ligar-se a zonas carregadas das protenas diminuio da interaco
entre cadeias polipeptdicas aumento da solubilidade.
Salting out usando concentraes altas de sais de grandes dimenses
(geralmente (NH4)2SO4): os ies formados, ao serem solvatados, roubam a esfera
de solvatao/hidratao das protenas protenas agregam-se atravs das zonas
hidrfobas precipitao.
o Este processo depende do nmero e do tipo de AAs na protena.
o O sulfato de amnia usado em concentraes altas para protenas mais
pequenas e concentraes baixas para protenas maiores.
o O salting-out geralmente realizado a 4C; no envolve desnaturao
(provvel inactivao) de protenas e envolve agregao reversvel.
O ajustamento do valor de pH de uma soluo para o valor de PI da protena pode
contribuir para a sua precipitao selectiva:
o PI pH - - repulso
o pI = pH + - agregao e precipitao

Mtodos cromatogrficos

Cromatografia de troca inica (carga)


Matriz: possui ligados resina grupos carregados.
1. Cromatografia de permuta catinica fase estacionria com carga negativa, os AAs
carregados negativamente eluem mais depressa.
2. Cromatografia de permuta aninica fase estacionria com carga positiva, os AAs
carregados positivamente eluem mais depressa.
o

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Cromatografia de excluso molecular (tamanho/forma)


Matriz: polmeros com ligaes cruzadas formam poros, esferas e
cavidades.
1. As protenas mais pequenas eluem mais devagar -> tm a capacidade de entrar nas
esferas, atrasando a sua eluio.
2. Protenas maiores eluem mais depressa -> no entram nas esferas, fazendo um
caminho mais rpido por entre estas.
o

Cromatografia de afinidade (actividade biolgica)


Matriz: possui ligados ao polmero ligandos
1. As protenas de interesse ligam-se aos ligandos, ficando retidas na matriz. As que no
se ligam (contaminantes) eluem mais depressa.
2. Para eluir as protenas de interesse junta-se um sal com uma concentrao elevada ou
ento mais soluo de ligando. O sal restabelece a interaco das protenas ao ligando:
mvel. O ligando compete com os ligandos da matriz pela ligao s protenas,
libertando-as da matriz.
o

o
o

Em purificao pode jogar-se com diferentes mtodos.


Para avaliao da purificao de uma amostra pode recorrer-se a vrias
electroforenses. Cada pista do gel corresponde a uma das fases do
procedimento.
Note-se que a minimizao dos passos de um processo de purificao
contribui em muito para o aumento do rendimento deste mesmo processo.

Mtodos de fragmentao e sequenciao de protenas


Mtodos de Sanger e Edman
Mtodos especficos para fragmentar cadeias longas
Espectrometria de massa
Relao sequncia estrutura funo

Objectivo da sequenciao de um polipptido:


1. Compreender os mecanismos moleculares subjacentes funo
desempenhada por cada protena
2. Estabelecer relaes filogenticas entre organismos
3. Identificar mutaes responsveis por doenas genticas

Sequenciao de um polipptido pequeno:

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o
o
o

Para o mtodo de Edman:


O pptido com n-1 aminocidos reentra no ciclo.
Tambm identifica o N terminal.

Sequenciao de pptidos grandes


o Para polipptidos maiores a estratgia de sequenciao passa por quebrar
este pptido noutros mais pequenos.
1. Separar e purificar cada uma das cadeias polipeptdicas que constituem a
protena.
2. Reduzir ligao persulfureto intracadeia.
3. Determinar a composio em resduos de aminocidos de cada cadeia
polipeptdica.
4. Identificar os resduos do N e C terminal.
5. Clivar cada cadeia em segmentos mais pequenos e determinar a sua
sequncia pelo mtodo de Edman.
6. Repetir 5. usando o mtodo de clivagem diferente.
7. Sobrepor os vrios segmentos obtidos quando se usaram mtodos de
clivagem diferentes, determinando a sequncia de aminocidos na cadeia
original.
8. Localizar a posio das pontes persulfureto no polipptido.

Passo 2
Oxidao de um resduo de cistena com cido perfrmico.
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Passo 3
Por hidrlise cida: HCl 6M, 110C, 24h/ 48h/ 72h
Neste processo Trp destrudo.
Torna-se dificil a distino entre Asp/ Asn e Gln/ Glu

Passo 4
Identificao do N-terminal:
Mtodo de Sanger.
Identificao do C-terminal:
Levada a cabo pela degradao da ligao peptdica do
ltimo AA com o penltimo pelo carboxipeptidase.

Passo 5
Certos reagentes reconecem AAs especficos e clivam a ligao
peptdica. Exemplo da actuao da tripsina:
Cliva: Lys, Arg (C)

Espectrometria de massa
1. Evaporar e ionizar as molculas sob vcuo, criando ies na fase gasosa (fase +
difcil no pode ocorrer degradao das biomolculas).
2. Separar os ies tendo por base a sua razo m/2.
o

Reduo com DTT ou -mercaptoetanol, formando resduos de


cistena de seguida acetilao com iodoacetato, prevenindo
reformao das ligaes.

Um mtodo alternativo o de conhecer a sequncia de um gene e a partir da


extrair a sequncia de AA de um pptido.
o Nodificaes ps-traducionais e existncia de, por exemplo, ligaes
persulfureto no so indicadas por este mtodo.
A determinao da sequncia de uma protena no permite conhecer a 100% a sua
estrutura, j que existe sempre uma certa flexibilidade nesta = Protenas
polimrficas.

Protenas homlogas
o Desempenham a mesma funo.
o Apresentam, em geral, uma grande semelhana nas suas sequncias.
o Protenas com estruturas idnticas no tm necessariamente funo
idnticas.
Exemplo de evoluo divergente (protenas com funes
diferentes podem partilhar uma origem evolucionria comum
distante) -lactalbumina/ lisozima.
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A funo de uma protena no permite conhecer directamente a


sua estrutura.
Exemplo de evoluo convergente subtilisina/ quimiotripsina

Sntese qumica de pptidos


o Faz-se atravs da tcnica da matriz slida de Merrifield; tem como problema a
interaco de cadeias laterais que no se deviam combinar.
o Estas reaces indesejadas so impedidas atravs da introduo de grupos
protectores.
o Existe uma matriz slida que garante a separao da protena a crescer dos
AAs livres.
o O crescimento da cadeia do terminal C para o N.
o Protege-se o grupo amina juntado-o ao Fmoc.

Proteco de grupos amina


1) Liga-se o AA 1 protegido a um grupo reactivo da coluna
2) Remove-se proteco com base diluda
3) AA 2 com Fmoc activado com DDC, para que se possa ligar ao AA 1
4) N do AA 1 ataca o grupo activado do AA 2
5) Remove-se Fmoc (base diluda)
6) Hidrlise da ligao resina (com HF)

Nveis de estrutura das protenas


1 . Sequncia de resduos de AAs
2 . Geometria local
3 . Cadeia polipeptdica enrolada
4 . Arranjo das subunidades

Ligao peptdica:
o Devido a efeitos de ressonncia existe um plano que contm os 6 tomos que
estabelecem a ligao peptdica.

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Devido ao possvel carcter duplo da ligao C-N, esta no sofre rotao


livre.

ngulos de rotao:
N-C
C-C

nem todos os ngulos so possveis


(devido a impedimentos esteroqumicos)

O grfico de Ramachandraw d a estabilidade da ligao para os vrios e .


o No caso da glicina, por ser mais pequena existem mais ngulos permitidos.
o No caso da prolina, pelo facto do N-terminal estar ligado ao R, so permitidos
menos ngulos.

Nvel secundrio de estrutura


o Hlice
o Conformao (folhas)

1) Hlice
o Eixo imaginrio no seu centro.
o Hlice direita.
o Ligao H intracadeia
Carbonilo resduo i
Aminaresduo i+4
o 3, 6 resduos/ volta.
o 5, 4 entre resduos no mesmo local da
volta.
o 57 ; 47
o ngulo: 100
o As hlices podem ser anfipticas tendo
faces polares e outras apolares.
o Os grupos R esto localizados para o
exterior da hlice minimizao de
impedimentos estereoqumicos.
o As hlices no so ocas (considerando o
raio de Van der Walls).
o Pode haver destabilizao da hlice com
base na:
1 . Repulso/ atraco de AA
carregados

o carbonilo e a amina
do mesmo AA

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2 . Dimenso de Rs
3 . Interaco entre Rs
A prolina e a Gly no favorecem as hlices
Prolina rompe a hlice (formando um kink)
Gly confere demasiada rotao
Nos terminais das hlices existem interaces dos resduos dos terminais do
segmento helicoidal com o dipolo da hlice
Terminal carbonilo resduos positivos
Terminal amina resduos negativos

2) Conformao

o
o
o
o

o
o

Existe interaco entre cadeias laterais (ligaes de H).


Conformao de cada cadeia em zigue-zague.
Rs para cima e para baixo.
Anti-paralela ; paralela.
NC
N C
CN
N C
Pode ocorrer entre glbulos protecos de protenas diferentes (de estrutura
quaternria) pode levar a graves doenas devido interaco entre
protenas (interaco que no deveria acontecer).
Mais comuns no interior da protena.
Anti-paralela mais rgida/ estvel que a paralela ligao de H mais
direccionadas.

2.1) Dobras
o Elementos de ligao.
o Tipo I Pro como 2 resduo.
o Tipo II Gly como 3 resduo.
o Ligaes de H garantem a dobra entre o 1 e o 4 AA da dobra; os 2 do meio
no fazem ligao para a dobra.
o Os restantes AAs com propenso para a ligao de H fazem-nos com o
solvente.
o Em termos de isomeria, 6% das Pro encontra-se na configurao cis, que
garante a dobra (note-se que 99,95% das ligaes, excluindo a da Pro,
encontram-se na trans).

20

Nvel tercirio de estrutura


o Arranjo tridimensional dos AAs numa protena.
o A conformao de uma protena o arranjo nativo (mnimo de energia livre de
Gibbs) dos tomos dessa mesma protena.
o Configurao conformao.
o Existem mltiplos estados conformacionais necessrios para estabelecer
interces com outras molculas, funo, regulao.
o Protenas fibrosas
Cadeia polipptidica organizada em longas faixas/ folhas, geralmente de
estrutura mais simples, e geralmente , com apenas um tipo de estrutura
secundria.
Funo de estrutura
Insolveis (maior parte)
o Protenas globulares
Cadeia polipeptdica organizada numa forma esfrica/ globular; mais do
que um tipo de estrutura secundria.
Funo reguladora (entre outras)
Solveis em H2O

1) Protenas fibrosas
-queratina
Colagnio
Fibrona

-Queratina
o Encontrada no cabelo, penas, unhas, chifres, l, pele, etc. (no entanto s
encontrada em animais).
o Pertencem famlia dos filamentos intermdios.
o Hlice direita.
o 2 hlices encontram-se enroladas (enrolamento esquerdo), gnero corda, com
orientao paralela (com os seus terminais do mesmo lado).
o Este enrolamento garante o aumento da rigidez.
o principalmente constituda por AA hidrfobos que se aglomeram na
estrutura.
o Existem ligaes covalentes a fortificar a protena (por exemplo: ligaes
persulfureto nos cross-links).
o 18% dos AA no corno de rinoceronte so Cys.
o No caso do cabelo:
A reduo das ligaes persulfureto leva formao de 2 resduos de
Cys (presentes na -queratina).
Procede-se ao enrolamento do cabelo.
Oxida-se as Cys formao de novas ligaes persulfureto.

21

Colagnio

o
o
o
o
o
o
o

o
o

o
o

Tambm envolvido em dar fora.


Encontrado em tecido conjuntivo, como tendes, cartilagens, matriz ssea,
crnea ocular, etc.
A hlice presente no colagnio nica (sendo semelhante hlice ) e os seus
ngulos so =-51 e =153.
Hlice esquerda, com 3 AA por volta.
3 cadeias (hlice ; cada cadeia 100 res aa) enroladas como corda. O
enrolamento direito.
Possui poucos AAs essenciais dieta humana.
Estrutura bsica Gly-X-Y
X frequentemente Pro
garantem a acentuada
Y frequentemente 4-hidroxiprolina (4-HyPro)
dobra da cadeia
As 3 cadeias de colagnio enroladas so denominadas, no seu conjunto, por
tropocolagnio.
Existe cross-link garantido por AA (ex: Lys, HyLys) nas posies X e Y. Existem
portanto vrios tipos diferentes de cross-link (intra/intermoleculares)
resistncia traco varivel.
O diferente arranjo/associao supramolecular leva a diferentes propriedades,
contradas em stios diferentes.
O aumento de cross-links (com o envelhecimento do tecido conjuntivo)
garante uma maior rigidez e maior quebra fcil.
Escorbuto
Doena causada pela falta de vitamina C.
Causa degenerao do tecido conjuntivo.
22

Quase todos os animais produzem cido ascrbico (essencial


para a hidroxilao da Pro e Lys no colagnio) exepto o
Homem.

Fibrona (a protena da seda)


o Cadeias polipptidicas predominantemente em folhas .
o Rica em Ala e Gly permite o empacotamento das folhas (antiparalelas).
o Ligaes de H entre os grupos das ligaes peptdicas.
estabilizao
o Interaces de van der Walls entre folhas (camadas)
da estrutura
o Seda no estica/ no elstica folhas j esto distendidas textura suave,
o Seda flexvel estrutura mantida por interaces fracas
filamentos
flexveis

2) Protenas globulares

Mioglobina
Citocromo c
Ribonuclease
Lisozima
o

A principal fora matriz para o folding de protenas acaba por ser o efeito
hidrfobo, no qual AA hidrfobos se matm no centro da protena e os
hidrfilos se mantm na sua periferia.
Com o folding fica a existir uma menor rea superficial acessvel ao
solvente; para alm disso forma-se um n mais elevado de pontes de
hidrognio.
Existe, depois do folding um empacotamento mesmo eficiente dos tomos
no interior da protena. Quaisquer cavidades resultam de defeitos de
empacotamento e garantem a flexibilidade da protena.
A proximidade dos tomos leva a que as foras predominantes e de maior
importncia so as de curto alcance, as de van der Walls.

Mioglobina
o Presente do msculo (armazena O2 ).
o 153 res aa + grupo heme.

23

o
o
o
o
o
o
o
o

Possui uma protoporfirina frrica (ferro ligado a 4N no mesmo plano; + 1N


para cima- da histidina; + O2 para baixo).
8 segmentos em hlice (70%) + dobras .
Grupo heme (enterrado no meio da protena) possu resduos hidrfobos (Leu,
Ile, Val, Phe).
O grupo heme (por estar no meio da protena) protege o Fe2+ da oxidao para
Fe3+ no se ligaria ao O2.
uma protena intracelular.
Todas as ligaes peptdicas esto na configurao trans planar.
A mioglobina 4 Pro 3 presentes na dobra .
Outras dobras com resduos polares.

Citocromo C
o Componete da cadeia transportadora de electres do mitocndrio.
o Protena hmica.
o 104 res AAs.
o 40% helices .
o Sem folhas .

Lisozima
o Abundante na clara de ovo, lgrimas humanas, saliva.
o Agente bactericida (hidrlise das paredes celulares bacterianas).
o 129 res aa.
o 40% hlices .
o Algumas folhas .
o Com cavidade para substrato.
o 4 ligaes S-S extracelular precisa destas ligaes para no sofrer
desnaturao.
o Enzima extracelular.

Ribonuclease
o Enzima pancretico e activo no intestino delgado.
o 124 res aas.
o Poucas hlices .
o Muitas folhas .
o 4 ligaes S-S.

Nestas protenas as ligaes persulfureto ou ligaes ao grupo heme servem para


estabilizar a sua estrutura (devido ao seu reduzido tamanho no tm suficientes
interaces no covalentes para se estabilizarem a si prprias).
Para protenas globulares grandes h justaposio de mltiplos elementos de nvel
secundrio de estrutura.

24

Loops
Longos segmentos de resduos de aa que no apresentam uma estrutura regular.
Presentes na superfcie das protenas.
Centros de:
1. Reconhecimento entre protenas.
2. Ligao de ligandos.
3. Ligao a membranas.
Como no contribuem muito para a estabilizao global da protena, toleram
melhor a ocorrncia de mutaes permite a evoluo de novas funes.

Motivo estrutural/Estruturas supersecundria


o Arranjo espacial caracterstico de vrias estruturas secundrias.

Motivo hlice-loop-hlice
o Ligao ao DNA/clcio.

Motivo em gancho
o 2 ou mais conformaes adjacentes ligadas entre si por loop curto.
o Inibidor da tripsina do bovino/ erabutoxina do veneno da cobra.

Motivo chave-grega

Motivo loop --
o 2 conformaes adjacentes ligadas entre si por uma hlice que vai do
terminal C da conformao 1 at ao terminal N da conformao 2.

Motivos complexos
o Exemplo: arranjo do motivo loop -- de modo a que as folhas formem
um barril motivo particulamente estvel e comum, presente em muitas
enzimas (local de ligao do cofactor ou substrato ao enzima).

Padres de folding de vrias protenas


1. A contribuio das interaces hidrfobas para a estabilidade de uma protena
muito elevada.
25

2. A proteco dos grupos R hidrfobos do contacto com o solvente requer, em


geral, 2 nveis de estrutura secundria (ex: loop --).
3. Quando ocorrem simultaneamente numa protena, as hlices e as folhas
esto, geralmente, em diferentes camadas estruturais.
4. Segmentos adjacentes na sequncia de AAs esto geralmente prximos entre
si na estrutura folded, sendo que tambm poder haver proximidade entre
AAs mais distantes na estrutura primria.
5. As ligaes entre os elementos da estrutura secundria no formam ns, nem
ligaes cruzadas.

6. As conformaes so mais estveis quando os segmentos individuais esto


ligeiramente torcidos para a direita.

Cruzamento direita entre folhas Cruzamento esquerda (raro)

Domnios
o Segmentos dentro da cadeia polipeptdica que podem adquirir a sua
conformao correcta independentemente do resto da cadeia.
o Diferentes domnios tm diferentes funes dentro da protena.
o O nmero de folds dos domnios no ilimitado.
o Estes so usados repetidamente, numa combinao diferente, dando origem
grande variedade de protenas.
o A protena pode ser descrita com base nos domnios que a constituem e pelo
modo como estes se ligam/ interactuam entre si.
o Muitas protenas so constitudas de forma modular a partir de 2 ou mais
domnios.

Classificao estrutural das protenas de acordo com os seus elementos de estrutura


secundria
Tem como vantagens:
1. Critrios para facilitar a organizao das bases de dados.
2. Estabelecimentos de relaes evolutivas entre as protenas.

Classes:
o S estrutura
o S estrutura
o / (segmentos esto alternados)
26

+ (segmentos segregados)

S estrutura
Citocrmo b562
Hormona do crescimento humano
Mioglobina

S estrutura
Barris: protena que liga retinol
Sandwichs: fold das imunoglobulinas pelo motivo da chave grega

/
Presente em 10% dos enzimas
Local de ligao para um cofactor ou substrato

+
GFP
Enzima da conjugao da ubiquitina

Nvel quaternrio de estrutura


o Muitas protenas so constitudas por mais do que uma cadeia polipeptdica
o Funo reguladora
A ligao de pequenas molculas por afectar a interaco entre
subunidades, alterando a actividade da protena como um todo.
o Funes distintas
Uma subunidade tem como funo a catlise e outra a regulao.
o Funes estruturais
Protenas fibrosas ou protenas do revestimento dos vrus.
27

Outras funes
Grande complexo proteco envolvido na sntese proteca (ribossoma).

A associao entre vrias unidades pode ocorrer:


1. Complementariedade espacial
2. Pontes salinas por interaco de carga
3. Interaces hidrfocas aumentos da quantidade de H2O desorganizada
4. Ligaes de H
5. Pontes persulfureto

Conceitos do nvel quaternrio


Homodmero: a2
Heterodmero: ab
Heterotetrmero: a2b2
Heteropentmero: a2bcd
A Hemoglobina tanto pode ser considerada um tetrmero a2b2, como
um dmero de dmeros, ou ainda como o dmero (ab)2.
1 subunidade com 1 local de ligao pode apenas formar dmeros.
1 subunidade com 2 locais de ligao pode tanto formar hlices como
pode formar anis.

Limite para a dimenso de protenas


Maior dimenso maior complexidade funcional.
Factores limitantes para o aumento da dimenso:
1. Capacidade codificante do DNA uma estrutura de grandes dimenses
formada a partir de uma nica (ou apenas algumas) unidade(s)
repetitiva(s) requer muito pouca informao gentica.
2. Preciso do processo de traduo
a. Baixa frequncia de erro 1/10000 res AA.
b. Quanto maior a protena, maior a probabilidade de ocorrncia
de um erro.

Vantagens funcionais e estruturais do nvel de estrutura quaternrio


Estabilidade
Diminuio da razo rea superficial/ volume acessvel ao
solvente.
Economia gentica e eficincia
Eliminao de erros na sntese proteica.
Formao de novos centros catalticos
Regulao da actividade
Interaces cooperativas entre as subunidades.
Rapidez do folding
H vrios domnios que adquirem o folding correcto mais
lentamente quando esto presentes na mesma cadeia
polipeptdica do que quando isolados.
28

Note-se que h associao de vrias unidades sntese de


unidades pequenas diminuio de erros na sntese.

Funes das protenas


Capacidade das protenas se ligarem a outras molculas
Anticorpos
o Ligam-se a vrus e bactrias, activando defesas celulares
Enzimas
o Ligam-se aos substratos e catalisam as reaces entre eles
Actina
o Liga-se a outras actinas, formando filamentos
o

Ligandos
Qualquer substncia que se liga reversivelmente a uma protena (io, molculas
pequenas, macromolculas).
Ligaes no covalentes e em grande nmero

Centros de ligao a ligandos


Os centros de ligao a ligandos so geralmente encontrados em fendas/
cavidades formadas por um arranjo especfico de AAs.
Existe complementaridade entre o ligando e o centro de reaco
1. Tamanho
2. Forma
3. Carga
4. Carcter hidrfobo/ hidrfilo

Anticorpos/imunoglobinas
Classe de protenas produzidas pelo sistema imunitrio (linfcitos B) que
funcionam como um mecanismo de defesa do nosso organismo.
Cada mecanismo interactua como uma e s uma molcula estranha ao organismo.
29

Enorme diversidade de anticorpos.


Cada anticorpo liga-se a uma molcula alvo, designada por antignio.
A regio do antignio reconhecida pelo anticorpo designa-se por eptope ou
determinante antignico.
A ligao do antignio ao anticorpo leva sua inactivao ou marcao para
posterior degradao.
A grande diversidade funcional dos anticorpos deve-se aos diferentes locais de
ligao do antignio.

O papana (enzima) actua nas ligaes assinaladas com


e leva
formao dos fragmentos Fab (ab por antigen-binding) e Fc (c pela
facilidade em cristalizar).

A flexibilidade da estrutura terciria permite a uma protena adaptarse ao seu ligando ligao mais forte.

Desnaturao das protenas e folding

A sequncia terica de uma protena determinada pela sua sequncia de AAs. o


efeito hidrfobo o que mais contribui para o folding proteico. Existem vrias
maneiras e caminhos para uma protena chegar ao seu estado folded.
Algumas das teorias de folding so:
1. Modelo do ncleo de condensao: interaco entre AAs -> formao de
estruturas secundrias locais -> colapso hidrfobo.
2. Modelo do colapso hidrfobo: colapso hidrfobo -> formao de estrutura
secundria.

Interaces fracas na estabilizao da conformao de uma protena:


1. Interaces de Van der Walls
2. Ligaes de hidrognio
30

3.
4.
5.
6.

Interaces electrostticas
Interaces com molculas de H2O
Efeito hidrfobo
Entropia conformacional

Aps ocorrer o folding, ainda se podem formar ligaes persulfureto e ligaes a ies
metlicos.
Note-se ainda que os estados nativos das protenas no so completamente estveis.
Nos processos de desnaturao ocorre cooperatividade. Isto faz com que, aps
determinado valor, a percentagem de protenas desnaturadas cresa mais depressa:
o Esta cooperatividade prende-se com o facto de, aps uma protena estar
desnaturada, esta nova conformao destabiliza outras protenas ainda folded,
forando a sua desnaturao.
Pelo facto de a energia de Gibbs no estado folded ser relativamente perto de zero,
uma alterao no meio no qual a protena se encontra inserida, leva facilmente ao
unfolding (desnaturao).

Efeitos desnaturantes
1. Aumento da temperatura aumento da vibrao quebra de interaces fracas
(Ex: ligaes de H), j que estas necessitam de direccionalidade. No caso de
mecanismos termfilos, a no desnaturao de protenas a temperaturas elevadas
deve-se a uma maior resistncia das cadeias.
2. Desnaturao por solutos interaco do soluto com grupos que se encontram a
estabelecer ligaes, afectando interaces fracas. Por exemplo, a ureia perturba
as interaces hidrfobas estveis, libertando o pptido da sua conformao
folded.
3. pH altera a carga global de AAs destabiliza interaces electrostticas
4. Solventes orgnicos perturbam as interaces hidrfobas que constituem o
cone estvel das protenas
5. Detergentes perturbam as interaces hidrfobas que constituem o cone
estvel das protenas. No caso do SDS desnatura e liga-se volta das protenas,
formando um gnero de micelas, como detergente que .

A desnaturao no implica quebra de ligaes constantes tal pode no entanto


ocorrer recorrendo a cidos fortes (~6M) e temperaturas altas (~110C).
Pode ocorrer renaturao de protenas, j que a sequncia de AAs de uma protena
contm toda a informao necessria ao folding.
Paradoxo de Levianthal o tempo de folding no corresponde ao esperado, j que
existe apenas uma estrutura nativa o processo no pode ser ao calhas.

31

Folding in vivo
Auxiliado por chaperones facilitam o folding correcto, fornecem microambientes
no qual o folding pode ocorrer, previne a agregao proteica (em cadeias em
sntese mais cadeias parcialmente desnaturadas).
Tambm podem estar envolvidas no re-arranjo de ligaes persulfureto no
nativas (PPI).
Se houver alguma protena com folding incorrecto, ocorre uma das seguintes
opes:
1. Degradao no citoplasma pelo complexo enzimtico proteossoma, com
reciclagem dos AAs.
2. Agregao doena.

Equilbrio da ligao ligando-protena


P + L PL
Constante de equilbrio (associao):

Menores valores de Kd implicam Maior afinidade e vice-versa. O Kd pode ser definido


como a concentrao de ligando na qual metade dos centros de ligao disponveis
esto ocupados.

Protenas que ligam o oxignio


1. Mioglobina
Armazena O2 nos msculos. O O2 liga-se a um grupo
heme.
Grupo heme estrutura orgnica em anel ao qual de liga um io de Fe (II). Este
io possui n de coordenao 6. Liga-se a 4 azotos (do anel), a uma molcula
de O2 e a um resduo de histidina.
O facto de existirem protenas que transportam o oxignio deve-se ao facto de
este ser pouco solvel em soluo aquosa.
32

A mioglobina constituda por 8 hlices , identificadas de A a H.


O grupo heme encontra-se enterrado entre as hlices E e F impede a
oxidao de Fe2+ a Fe3+, o que iria impossibilitar a ligao do O2.
O resduo de His ao qual o Fe2+ se liga o F8 (hlice F, AA 8)
O Fe tambm se pode ligar a CO e NO.
Tanto a existncia de Fe livre no plasma como O2 pode ter efeitos nocivos. O
Fe ligar-se-ia ao O2 formando radicais prejudiciais (ROS).
a flexibilidade da mioglobina que permite ao O2 chegar ao centro de ligao.
Com as vrias conformaes resultantes desta flexibilidade criam-se
caminhos para o O2 viajar.
A ligao da mioglobina com o CO diminuda pelo facto de no haver tanta
estabilidade na protena com CO.

Mioglobina + CO

Mioglobina + O2

Para o caso da mioglobina/hemoglobina, geralmente usa-se:

2. Hemoglobina
Faz o transporte de O2 pelo sangue. Tem uma sensibilidade elevada a
pequenas variaes na [O2], devido existncia de vrias subunidades.
33

Protena tetramrica, com 4 grupos heme.


No adulto: 2 cadeias e 2 cadeias , cada uma muito semelhante a
mioglobina.
Identificao das hlices igual a Mb. No entanto, no caso da Hb, esta no
possui hlice D pequena).
O grupo heme encontra-se na mesma entre as hlices E e F.
Forte ligao entre 1 1 (e 22 ). Mais fraca entre 21 e 1 2.
Pode ser considerada um tetrmero (1 12 2) ou um dmero ()2.
Possui 2 estados predominantes:
T tenso mais estvel na ausncia de O2 . Com pares inicos caractersticos,
principalmente entre 21 e 12. Na presena de O2, o par desliza em
relao ao outro, rodando tambm formam-se novos pares inicos.
R relaxado afinidade para ligar o O2.

Outra diferena estrutural entre T e R que:


o T possui anel porfirnico ligeiramente dobrado
o R possui anel porfirnico mais planar.

A hemoglobina liga o oxignio cooperativamente:


o Protenas com muita afinidade para O2 no o largariam nos tecidos
o Protenas com pouca afinidade no o capturariam nos tecidos.

A Hb resolve o problema passando de um estado de menor afinidade (estado T) para


um estado de maior afinidade (estado R) medida que se ligam mais molculas de O2.
Protenas com 1 centro de ligao curva hiperblica (as ligaes de cada ligando so
independentes).
Na Hb a ligao de um O2 Hb no estado T induz uma alterao nas outras
subunidades, facilitando a ligao do O2.
O 4 O2 a ligar-se j se liga Hb no estado R curva
sigmide.

Tem de ocorrer transferncia eficaz de O2 da Hb para a


Mb.
34

Aps a fixao o ferro desloca-se conformao planar arrasta His F8 arrasta


cadeia 8 toda a estrutura altera-se os tomos aproximam-se.

Existem dois modelos para a transio T R:


1. Modelo de Monod-Wyman-Changeux (MWC) modelo de transio concertada
Ou todas as subunidades esto tensas ou relaxadas (existindo equilbrio).

2. Modelo de Koshland-Nmethy-Filmer (KNF) modelo sequencial


Existe passagem progressiva de subunidades T em R

Hb tambm transporta H+. Os eritrcitos possuem estruturas (2,3-bisfosfoglicosato


efector alostreo) que influenciam a ligao do O2 Hb, facto pelo qual a Hb purificada
liga menos oxignio que a presente no sangue.
A diminuio do pH do meio diminui a ligao de O2 Hb (Pso cresce) -> efeito de
Bohr.
Pelo facto de na Anemia Falciforme haver formao de fibras pouco flexveis, no
ocorre a mudana conformacional habitual aps a fixao de O2.

Alosteria e cooperatividade
o Propriedade das protenas poderem existir em dois estados estruturais com
actividade diferente. O equilbrio entre estados estacionrios modulado pela
ligao de ligandos.
o Interaces entre dois centros de uma protena de tal modo que o que acontece
num centro repercute-se nas propriedades do segmento.

35

o
o
o

Moduladores molculas que induzem alteraes conformacionais nas protenas,


interconvertendo-as entre formais mais ou menos activas.
Efeito homotrpico modelador = ligando normal da protena.
Efeito heterotrpico modelaror ligando normal da protena.

Equao de Hill

Em altitudes elevadas (menos po2), a [BPG] sobe, aumentando o Pso.


A ligao do 2,3-BPG estabiliza a Hb na sua conformao desoxi (estado T),
favorecendo a dissociao do O2 .
Quando o O2 est ligado, o centro de ligao da Hb ao BPG desaparece.
O O2 e o BPG so efectores alostreos exclusivos da Hb, embora os seus centros de
ligao sejam distintos na Hb.
Hb fetal: 2 Hb fetal tem menor afinidade para BPG, logo fixa melhor o O2
Hb adulta: 22

Anemia falciforme
o Substituio de um glutamato (hidroflico) pela colina (hidrfoba).
o Forma protuberncia polimerizao formao de fibras menos
flexibilidade pouca tendncia para alterao conformacional.

36

Enzimas

A maior parte so protenas.


Alguns enzimas requerem cofactores:
Coenzimas
Ies metlicos
Coenzimas
o Molculas orgnicas complexas ou organometlicas que transferem tomos
especficos ou grupos funcionais para o substrato.
o So frequentemente derivados de vitaminas ou contm vitaminas na sua
estrutura.
o Substrato especializado regenerado noutra reaco (com outro enzima).
Um coenzima ou io metlico ligado muito fortemente ao enzima chamado grupo
prosttico.
HOLOENZIMA = APOPROTENA/APOENZIMA + GRUPO PROSTTICO
Parte proteica do enzima/ protena

A diviso de enzimas por classes prende-se com a reaco que vo catalisar


6 classes:
1. Oxidorredutases reaco de redox (em geral designados por desidrogerases ou
redutases; alguns podem ainda ser designados por oxidases e oxigerases).
2. Transferases reaces de transferncia de tomos ou grupos qumicos.
3. Hidrolases reaces de hidrlise (poderiam ser considerados um subgrupo dos
transferases).
4. Liases reaces de eliminao no hidrolticas nem oxidaticas, isto , a lise de
substrato com formao de ligao dupla. Na reaco inversa um liase cataliza a
adio de um substrato a uma ligao dupla de outro substrato. Nesta situao
comum designar o liase por sintase).
5. Isomerases reaces de isomerizao.
6. Ligases (sintetases) reaces de formao de ligaes entre 2 substratos
acopoladas hidrlise de uma ligao num composto com elevada energia de
Gibbs (ex: ATP).

A designao sistemtica de um enzima feita da seguinte maneira:


EC _ . _ . _ . _ .

classe

subclasse

sub-subclasse

n da srie na respectiva sub-subclasse

37

Exemplo: Hexocinase
EC 2 . 7 . 1 . 2

transferase

transfere grupos
contendo fosfato

grupo aceitador: OH

molcula aceitadora: glucose

Como funcionam os enzimas?


o Aceleram as reaces sem interferir no seu equilbrio.
Com ou sem enzima a [P] final vai ser igual.
o E + S ES EP E + P
compostos intermdios
o As reaces catalisadas por enzimas apresentam:
1. Especificidade derivada das caractersticas do centro activo.
a. Fenda ou cavidade na estrutura 3D (microambiente nico;
excluso de H2O).
b. Representa apenas uma pequena ligao ao S
i. Formao de mltiplas ligaes fracas
ii. Tamanho
iii. Forma
iv. Carga
v. Carcter hidrfobo/ hidrfilo

A ideia de que se forma um complexo ES prende-se com o facto de haver saturao do


enzima quando se aumenta a [S]. Este complexo (estado de transio) um complexo
com elevada energia.
No centro activo d-se geralmente o emparelhamento de grupos hidrfobos/
hidrfilos na formao do ES.
Para a formao do ES o substrato tem de se ver livre da sua esfera de hidratao.
O resto do enzima (grande parte) serve geralmente para manter os grupos que
formam o centro activo na sua posio adequada note-se que, AAs que constituam,
lado a lado, o centro activo no so necessariamente vizinhos na estrutura primria:

Folding

38

Para alm disto o resto do enzima serve para ligaes a


cofactores/inibidores/efectores.
Tambm poder haver, nestes locais, ligaes a membranas.
A constituio em AA do centro activo determina o tipo de substrato:
Exemplo:
o Quimotripsina (centro activo com resduos hidrfobos)
S com resduos hidrfobos (Phe, Tyr, Trp, Met)
o Tripsina (centro activo com aspartato - carregado negativamente)
S com resduos carregados positivamente (Arg, Lys)
o Elastase (centro activo pequeno)
S com resduos pequenos (Ala, Ser)
Estudos de mutagnese dirigida auxiliam na compreenso de que AAs fazem parte do
centro activo.
o Modelos para a formao do complexo ES
1. Chave/ fechadura (Fisher)

2. Encaixe induzido/ ajuste (Koshland) mais realista

Eficincia cataltica
Go = RT ln K eq
se G 0 reaco exegnia
substrato transforma-se no produto e no
o contrrio
se G 0 reaco endergnia

39

A velocidade com que S

P relaciona-se com a energia de Gibbs:


K=A
(taxa de reaco)

Os enzimas diminuem a energia de activao:

O centro activo tem de ser complementar ao estado de transio e no ao substrato:

Princpios da catlise enzimtica:


1. Aproximao e orientao dos S
2. Excluso de H2O
3. Estabilizao do estado de transio
4. Transferncia de grupos (catlise covalente)

Teorias sobre o porqu da catlise:


1. Grupos funcionais catalticos do enzima podem formar ligaes covalentes
transientes com o substrato, activando-o.
a. Estas ligaes vo diminuir a energia de activao j que fornecem um
caminho de reaco diferente.

40

2. Interaces no-covalentes muita da energia requerida para baixar energias de


activao derivada da interaces fracas entre o substrato e o enzima (o que
distingue enzimas dos catalisadores habituais a formao de um complexo ES
especfico). A formao das interaces fracas resulta na libertao de pequenas
quantidades de energia estabilizando a interaco. Assim:
a. Interaes fracas entre o enzima e o substrato so optimizadas no estado de
transio.

Regulao
1) Condies reaccionais suaves
2) No h formao de produtos secundrios
o Interaces de vrios enzimas para um fim comum

Nem todos os enzimas so obrigatoriamente protenas


o Ribozimas
Molculas de RNA catalticas.
Envolvidos no processamento ps-transcripcional das molculas de
RNA.
A sua eficincia cataltica no to grande como a dos enzimas
proteicos.
o Abzimas
Anticorpos catalticos.
Os antignios so os anlogos ao estado de transio.
Os anticorpos que ligam os anlogos do estado de transio muito
fortemente (tight binding) so capazes de acelerar as reaces de
hidrlise dos respectivos steres ou carbonatos de um factor 103 104.

Cintica enzimtica

Reaco de 1 ordem irreversvel

k constante de velocidade de 1 ordem (s-1)


velocidade vai depender da concentrao inicial de
substrato

Reaces de 2 ordem irreversveis

2A

P
2

41

k constante de velocidade de 2 ordem (M-1s-1)

A+B

k constante de velocidade de 2 ordem (M-1s-1)

Cintica Qumica

Ordem O:

Ordem 1:

Ordem 2:
2

No entanto, na cintica enzimtica:

ES

passo de
ligao

E+P

passo
cataltico

42

Cinticas dos estados iniciais

Em vez de se considerar uma velocidade, considera-se uma velocidade inicial, V0:

Com a representao habitual da funo que nos d a [P] ou de substrato, em


funo do tempo; v0 o declive na curva quando
.

Hiptese do equilbrio rpido:

Enzima combina-se com o substrato num passo rpido e reversvel


1. Complexo ES origina E + P num passo mais lento, no entanto irreversvel
a. Neste caso a 2 reaco o passo limitante, logo

Vmx = K2[E]t

v0 = K2[E]

V0 =

() * $
%)' $

[E]t = [E] + [ES]

"

[S]t = [S] + [ES]


V0 = K2

%&' $

V0 =

() * $

Num ensaio tpico:

%)' $

[E]t nM

Equao de Michaelis-Menten:
[S]t >>> [E]t

[S]t [S]

Hiptese do estado estacionrio:


E+S

ES

E+P

Quando [S]t >>> 103 [E]t , a velocidade inicial reflecte um estado estacionrio no
qual [ES] aproximadamente constante.
43

Havendo manuteno do complexo [ES] como uma constante, ento daqui se tira que
a taxa de formao e degradao do complexo igual:
K1[E][S]

K 1[ES] + K2[ES]

Formao de ES

Consumo de ES

K1 ([E]t [ES])[S] = (K1 + K2)[E]


K1 [E]t[S] = [K1[S] + (K-1 + K2)[ES]
[ES] =

%+ #

%+ $ ' !% +' %,"

V0 = K2[E]
%+%, #

V0 = %+ $ ' %
V0 =

%, #
$ '

+'%,
$

-./-0
-.

Equao de Michaelis-Menten:
V0 =

() * $
%)' $

Funo da equao de Michaelis-Menten:

44

Casos limite:
o
o
o

[S] <<< Km Vo = %)

Reaco de 1 ordem
[S] >>> Km V0 = V
Reaco de ordem zero

Mesmo para mecanismos com maior complexidade cintica micheliana continua a


aplicar-se.
+

Km [S] para qual V0 =

A velocidade limite (V) dada por V = Kcat.

Km depende de pH, foras inicas, substrato, etc.


No entanto para uma mesma reaco nas mesmas condies o Km tornase constante
Em termos celulares geralmente traduz a ordem de grandeza da [S] na
clula
Se K2 <<< K -1, Km = constante de dissociao
Neste caso Km torna-se um bom indicador da afinidade do enzima
ao substrato.
o Km alto weak-binding
o Km baixo strong-binding
Vmx (V)
o Depende da [E]t
o Se [S] >>> Km Vo V = Kcat[E]t

Actividade enzimtica nmero de moles de S consumido / produto formado, por


unidade de tempo, quando [S] >>> Km ([S] saturante) em determinadas condies (pH,
temperatura, etc).
A.E. = V x volume reaccional

Kcat (constante cataltica, nmero de turnover nmero de moles) de substrato


quando [S] >>> Km, por mole de enzima.
45

Kcat =

n de turnover = Kcat = K2

V0 para o seu clculo experimental:


o varia-se a [S]
o em casos de multisubstrato: baixa-se apenas a concentrao de um dos substratos,
os outros so mantidos constantes
o a reaco tem de ser irreversvel
o [S] >>> [E]t - = constante

A reaco catalisada por enzimas pode comear a estagnar se:


o Houver menos substrato.
o Ocorrncia de reaco inversa.
o Inibio do enzima pelo produto.
o Inactivao (desnaturao gradual do enzima).

%23

Constante de especificidade 1
o
o
o
o

%)

Constante que multicada por [S].[E] permite conhecer Vo (quando [S] <<< Km).
O seu limite superior o valor de K1.
Os enzimas atingem a perfeio cataltica quando atingem os valores mximos
da constante de especifidade.
Nestes casos (em que tambm K2 >>> K -1) existe geralmente, no centro activo
cargas opostas ao do substrato, havendo portanto ligaes electrostticas.

Transformaes lineares da equao Michaelis-Menten


1. Mtodo de Lineweaver-Burk
2. Mtodo de Hanes/ Hanes-Woolf
3. Mtodo de Eadie-Hofstee
4. Mtodo linear directo
5. Regresso no-linear

1) Mtodo de Lineweaver-Burk (tambm conhecido como duplo recproco)


Calcula-se V0 e [S] obtm-se vrios produtos regresso linear obtm-se m e b
o
o

m-

%)

b-(

Desvantagens:
o Com o clculo do inverso altera-se por completo a distribuio dos erros
experimentais, j que a recta de calibrao toma como certos esses
valores dispares.

46

2) Mtodo de Hanes/Hanes-Woolf
Multiplica-se a equao de Lineweaver por [S]:
o

(5

%)
(

! "

(5

%)

1 4

3) Mtodo de Eadie-Hofstee
Multiplica-se a equao de Lineweaver por V:
o

(5

%)
$

(5
$

Os problemas com os erros associados aos inversos pode ser resolvido usando um
maior n de replicados para valores de Vo baixos.
O mtodo de Eadie-Hofstee til quando se querem detectar desvios equao
de Michaelis-Menten (obm-se curvas cncavas ou comvexas): o facto de Vo
aparecer em ambas as coordenadas implica que o erro de Vo afecte ambas as
coordenadas.
Este mtodo tem a particularidade de revelar qualquer desvio, em particular se for
sistemtico.

4) Mtodo linear directo

(5

y = mx + b

Equao de Michaelis-Menten rearranjando V =

Aps a determinao experimental de Vo e S, estes passam a ser tratados como


constantes.
O clculo de V e Km o par que satisfaz todos os resultados.
Devido aos erros experimentais raramente se obtm um nico ponto de
interseco.
A escolha dos valores certos para V e Km so dados pela mediana dos vrios
pontos de interseco.
o Esta escolha leva habitual excluso dos valores experimentais que se
afastam do devido (outliers).

47

5) Regresso no-linear
o Determinao da equao de Michaelis-Menten pelo mtodo do mnimo dos
quadrados
Enzimas que no obedecem cintica Michaeliana:
o Enzimas alostreos
Com curvas sigmoides

Reaco multisubstrato
o Vrios molculas de substrato ligam-se ao enzima.
o Uso de cintica Michaeliana para determinao do Km de cada S
2 mtodos:
o Sequencial: ligao de 2 substratos ao enzima.
Formao do complexo ternrio.
o No-sequencial: liga-se 1 a um substrato (ping-pong).
Este sai, liga-se o 2 substrato ao enzima.
o Channeling consiste na ligao de um substrato a um centro activo do
enzima o produto desta reaco vai ser o substrato de uma nova reaco da
mesma via metablica. Este produto passa por canais do enzima para um 2
centro activo, onde sa o susbtrato da 2 reaco.
o O mtodo sequencial pode ocorrer:
Ao acaso (no interessando a ordem de entrada de substrato).
De forma ordenada (onde tm de existir 2 centros de ligao).
o Cintica para reaco multisubstrato: (variando S1 e mantendo constante o S2).

o A interseco das
vrias linhas indica a formao de um
complexo tercirio (modo
sequencial)

48

Linhas paralelas indicam o


sistema ping-pong (no
sequencial).

Influncia do meio na actividade enzimtica


1. pH
a. Os enzimas possuem um valor (ou uma gama de valores) de pH no qual a
sua actividade ptima valores mais altos ou mais baixos fazem
decrescer a sua actividade.
b. Estes valores podem fornecer pistas sobre que resduos de aminocidos
constituem o enzima, j que os aminocidos funcionam como cidos e
bases fracas (exemplo: uma alterao na actividade com o pH 7,0
costuma indicara presena de His).
c. Em alguns microambientes enzimticos uma carga positiva perto de uma
Lys pode baixar o seu valor de pKa; uma carga negativa pode aument-lo.
i. exemplo: no acetoacetato descarboxilase um resduo de Lys tem
pKa = 6,6 sendo que o seu valor habitual de pKa = 10,5.
2. Temperatura
a. Os enzimas tambm possuem uma gama de temperaturas ptimas
i. Temperaturas muito baixas inactivam-os.
ii. Temperaturas altas podem acelerar a reaco por aumento Ec; no
entanto tambm podem comear a desnaturar o enzima.

Inibio da Actividade Enzimtica

A desnaturao de um enzima no considerada inibio, j que a perda da actividade


consequncia da perda da estrutura. Os inibidores so compostos que diminuem a
velocidade de uma reaco enzimtica.
O proto H+ pode ser considerado inibidor, j que o pH tem influncia na actividade
enzimtica.
Existem dois tipos principais de inibio:

49

Reversvel estabelecimento de ligaes fracas entre o inibidor e o enzima, a


actividade enzimtica recuperada pela diminuio da concentrao de
inibidor.
o Irreversvel o inibidor liga-se covalentemente no centro activo da enzima,
impedindo a catlise.
Permite o esclarecimento acerca dos mecanismos das reaces enzimticas e
elucidao das vias metablicas; desenvolvimento de agentes farmacuticos.
o

1) Inibio Reversvel
I.
Inibio competitiva
Tipo de inibio mais comum; o inibidor compete com o substrato pelo centro
activo do enzima; os inibidores so geralmente semelhantes ao substrato; com
inibidor competitivo:

II.

Inibio anti-competitiva
O inibidor s se liga ao enzima quando este se encontra ligado ao substrato, num
sitio diferente do centro activo.

50

Vmx vai descer a concentraes muito altas de [S] Vo= Vmax/ cresce.
Km cresce, j que [S] para igual Vo=1/2 Vmx vai aumentar.

III.

Inibio mista
O inibidor liga-se a um centro de ligao distinto do centro activo, quer o enzima
tenha ou no ligado o substrato.

IV.

Inibio no competitiva
Raramente encontrada experimentalmente. Ocorre quando =.
Neste caso:

51

Efeito dos inibidores reversveis:

Sem inibidor
Competitivo
Anti-competitivo
Misto

V
V
V
v/
v/

Km
Km
Km
Km/
Km/

V/Km
V/Km
1/Km (diminui)
V/Km
V/Km (diminui)

2) Inibio irreversvel
O inibidor
1. Liga-se covalentemente ao enzima, no desligando.
2. No covalentemente, mas de forma no estvel.
3. Destruindo um grupo funcional do c.a. do enzima, inactivando-o.

A actividade do enzima vai progressivamente diminuindo at ser nula.


Metais pesados so exemplo de inibidores irreversveis. A purificao do enzima pode
ser feita com EDTA que complexa os metais pesados, purificando o meio.
Tipos de inibidores irreversveis:
1. Reagentes com especificidade de grupo.
2. Marcadores de afinidade.
3. Inibidores suicida.
1. Reagentes com especificidade de grupo.
Podem ser usados para elucidar sobre os grupos funcionais presentes no
centro activo do enzima (EX: DIPF implica resduos de serina. No entanto
pode no ser totalmente especifico a existncia de resduos de Ser
noutras zonas do enzima pode levar no-inactivao.

52

2. Marcadores de afinidade.
Apresentam semelhana estrutural
elevada com o substrato e ligam-se
covalentemente aos resduos do c.a.
(mais especifico que molculas com
especificidade de grupo.

3. Inibidores suicidas
Ligam-se ao enzima, sofrem reaco de catlise produto formado
(intermedirio) torna-se extremamente reactivo inactivao do enzima
de forma covalente. Deste modo, o enzima contribui para a sua prpria
inactivao irreversvel.

3.1. Antibiticos de penicilina:

Possuem um espectro de aco muito variado; o seu tempo de meiavida suficientemente alto para actuarem como se pretende;
53

Actuam a nvel do transpeptidase (que catalisa as lig cruzadas nos


peptidoglicanos) sem crosslinks, com o aumento da presso
osmotica, rebentamento; este enzima possui um resduo de serina que
vai romper o anel -lactmico da penicilina (anel de 4 membros muito
instvel) forma-se um complexa estvel com o enzima inactivado;
A resistncia de algumas bactrias penicilina prende-se com a
existncia do -lactamase bacteriano este enzima degrada o anel lactmico comum a todos os tipos de penicilina;
Uma estratgia entre isto a sntese de inibidores do -lactamase.

Regulao da Actividade Enzimtica


A actividade celular regulada para se conseguir um equilbrio
dinmico/homeostase. No h gastos suprfluos de energia nem consumo
desnecessrio de substratos. Existe coordenao espacial e temporal da actividade
enzimtica.
A compartimentalizao celular torna-se muito importante para a regulao -> os
enzimas envolvidos em reaces de anabolismo e catabolismo celular, geralmente
encontram-se em diferentes compartimentos celulares.
A actividade do enzima regulada directamente por molculas especificas que
com eles interatuam.
Nas vias metablicas complexas existem mltiplos postos de controlo exercidos
por diferentes produtos finais, cada um dos quais regula a sua sntese (inibio por
feedback um enzima inibido por um produto mais avanado da via que
catalisa).

Enzimas Alostricos
Molculas reguladoras com estrutura diferente da do substrato prev a
existncia de centros de ligao reguladores diferentes dos centros activos. Estes
centros, no entanto, tm a capacidade de comunicar com o c.a.
A ligao de molculas reguladoras leva a uma alterao conformacional.
Existe, portanto, um centro alostreo:
1. Ou na subunidade cataltica.
2. Ou numa subunidade reguladora que influencia a cataltica.
Ex: o aspartato possui 6 unidades catalticas e 6 reguladoras.
Colando modulador = substrato homotrpico substrato heterotrpico.
A cintica dos enzimas alostreos representada por uma curva sigmide.

Enzimas heterotrpicos:
1. Sistema K no h mudana de Vmx,, mas h decrscimo de K0,5.
54

2. Sistema V incremento de Vmx com pouca mudana de K0,5.


o A mudana de comportamento deve-se ao tipo de modulador alguns so
moduladores de inactivao, outros de activao, outros mistos.

Modificaes covalentes reversveis


Fosforilao (Tyr, Serm tHr, His) pelos cinases (fosfatoses desfosforilam).
Adenilisao (Tyr) adio de adenina.
Acetilao (Lys, terminais amina).
Ubiquitinao (Lys).
ADP-ribosilao (Arg, Gln, Cys).
Metilao (Glu).

Fosforilao de protenas

A adio de fosfato (que traz consigo carga negativa) leva geralmente alterao
conformacional da protena.
Os fosfatos so adicionados a grupos OH. A fosforilao ocorre como resposta a um
sinal exterior.
Geralmente existe um par cinase/fosfatase para cada protena no grupo de protenas.
Os processos de fosforilao e desfosforilao so quase sempre cclicos
A degradao do glicognio no msculo esqueltico e no fgado regulada pela
quantidade relativa de duas formas de enzima:
o Fosforilase A mais activa
o Fosforilase B menos activa
Alguns enzimas so sintetizados na sua forma inactiva e a sua activao prende-se com
a ciso de ligaes no enzima inactivo. o caso das proteases a sua inactivao
prende-se com a ligao do enzima a inibidores com pequenos valores de Kd
ligao muito forte.
Os enzimas inactivos chamam-se:
1. Zimognio
2. Proproteina
3. Proenzima
As cascatas de amplificao enzimticas so frequentemente empregues pelos
sistemas bioqumicos para se obter uma resposta rpida, sendo o sinal amplificado a
cada passo, usada na:
1. Digesto de protenas no intestino: activao de vrios proteases com
especificidade para alguns AAs.
2. Coagulao Sangunea A trombina catalisa a hidrlise de 4 ligaes
peptdicas Arg-Gly no fibrognio, libertando-se 4 fibrinopeptidos formao
de ligaes amida entre monmeros de fibrina estabilizao do cogulo.

55

Folding de protenas e doena humana:


Uma protena pode apresentar conformaes espaciais diferentes do estado nativo. Estes
estados conformacionais correspondem a mnimos energticos no funil de folding.
A estrutura das protenas flexvel e dinmica:
Sem que haja alterao da estrutura primria, existe alterao da estrutura secundria
e terciria.
A mudana na estrutura terciria, geralmente implica mudana de funo.
Protenas misfolded podem assim se encontrar devido a:
1) Mutao (formas familiares).
2) Erro no processo de folding (espordico).
Geralmente ocorre o seu reconhecimento e posterior degradao:
1) Chaperones.
2) Sistema ubiquitina-proteossoma.
Mecanismos para ganho de doena conformacional (como o misfolding causa doena):
1) Ganho de toxicidade:
A protena misfolded tem uma nova funo txica.
Doenas neurodegenerativas (Alzheimer, Parkinson, Huntington).
56

Caracterizam-se pela acumulao de protenas misfolded associadas tambm


formao de agregados (amilides).

2) Perda de funo: A protena no atinge a sua localizao correcta na clula ou no


funcional ou degradada prematuramente.
3) Acumulao:

Os agregados so muitas vezes convertidos em estruturas em fibrilha. As fibras


no so txicas mas so insolveis.
A acumulao pode causar danos aos tecidos (amiloidoses).

Amiloidoses:
Existe uma protena numa conformao activa, por exemplo: rica em hlices . Uma
mudana conformacional leva ao enriquecimento da estrutura em folhas (estrutura
misfolded associada doena). Este processo lento (sintomas tardios), O processo
pode ser acelerado com a presena de uma mutao.
A formao de fibras amilides deve-se geralmente interaco entre folhas
insolveis perpendiculares ao eixo da fibra. A fibra no ramificada.

Doena de Alzheimer:
Doena neurodegenerativa progressiva.
Deve-se deposio extracelular de -amilide (A-).
A formao de - amilide (A-) requer uma sequncia de eventos proteolticos pelas
e - secretases numa zona hidrfoba da protena precursora de amilide (APP).

57

Potenciamento do grau de adeso celular de substratos;


Promoo do crescimento;
Propriedades de neuroproteco;
Contm uma regio de resduos hidrfobos (junto ao terminal c)
que funciona como ncora em membranas celulares internas ->
clivagem protelica desta zona -> protena solubiliza -> forma-se
uma cadeia polipeptdica suficientemente comprida para
clivagem pela e -secretase -> formao do A- ->A-
polimeriza por nucleao.

Uma protena tau tem influncia na doena de Alzheimer -> a sua forma fosforilada
nas dendrites potencia a toxicidade dos agregados de -amilide.

Doena de Parkinson:

Neurodegenerao progressiva associada demncia.


Forma espordica mais comum que a familiar (mutaes no gene que codifica para a
-sinuclena).
Mais de 90% dos casos esto associados formao de agregados de -sinuclena.

Protena com 140 resduos de aminocidos.


Abundante no citoplasma de neurnios.
Protena intrinsecamente desestruturada.
Localizada nos terminais pr-sinpticos do SNC.
Mutaes pontuais ou factores ambientais promovem
a agregao.

A - sinuclena inibe o tirosina hidroxilase com papel na sntese da dopamina


(neurotransmissor).
Um dos tratamentos envolve a administrao de L-Dopa (precurssor da dopamina, j
sintetizado depois da aco do tirosina hidroxilase, levando assim formao da
dopamina no sofrendo da aco da - sinuclena).

Encefalopatias espongiformes:

BSE encefalopatia espongiforme bovina.


Kuru e Creuzfeldt-Jakob em humano.
Aparecimento de depsitos vacuolares de agregados proteicos.
Depsitos intracelulares em processos pr e ps-sinpticos nos neurnios.
Percebe-se que o agente infeccioso no tem material gentico (pouco comum)
uma protena- prio (proteinaceous infectious only).

58

Existe converso estrutural da forma celular da protena PrP. (PrPc) na forma


conformacional, infecciosa. (PrPSc) a qual resistente a protases e contm
predominantemente folha na sua estrutura.

Expanso das poliglutaminas:

Grupo de doenas caracterizadas por agregao de protenas com mesmo mecanismo


bsico. Ex: Doena de Huntigton, atrofia muscular espinobulbar, atrofia
espinhocerebelar, atrofia dentatorubral-palidoluisiana.
Uma protena funcional contm uma zona com repetio de resduos de glutamina
(codo CAG).
A expanso destas repeties na zona codificante de vrios genes, tem consequncias
patolgicas.
Ocorre processamento proteoltico da zona com a expanso -> agregao -> toxicidade
celular(Alterao na transcrio; Alteraes metablicas; Deficincia no proteassoma,
Alterao na resposta ao stress).

Fibrose Qustica:
Doena autossmica recessiva letal mais comum na populao caucasiana.

1)
2)
3)

Fentipo clnico:
Pele ([Cl-]>60 mmol/L)
Pulmes (infeces recorrentes)
Fgado
59

4) Pncreas (insuficincia enzimtica 85%)


(estado de m nutrio)
(diabetes melitos)
5) Intestino delgado
6) Sistema reprodutor (infertilidade masculina)
(ausncia congnita dos vasos deferentes)
Protena CFTR no funcional:

Transportador ABC com vrios domnios caractersticos.


Quando no funcional altera a permeabilidade ao Cl - -> alterao da
composio do muco -> obstruo dos brnquios -> infeces bacterianas
recorrentes.

Classes de mutao:
I.
Ausncia da sntese
II.
Trfego deficiente
III.
Regulao deficiente
IV.
Alterao da condutncia
V.
Reduo na sntese

MADD (deficincia mltipla em desidrogenases acil-CoA):


Influncia num passo essencial na via de degradao (-oxidao) dos cidos gordos.
Diferentes mutaes originam diferentes fentipos.
Mutao na ETF/ETF:Q oxirredutase provocam:

Flavoprotenas de transferncia de electres


1) Defeitos no folding e/ou estabilidade conformacional da protena.
2) Alteraes na actividade enzimtica e interaces com o cofactor FAD ou
os desidrogenases de acil-CoA.

Hipercolesterolmia familiar:
Mutao nos receptores das LDL.

60

Glcidos

Biomolculas mais abundantes na Terra, derivadas da fotossntese.


Alguns sidos (amido, sacarose) so essenciais na dieta.
Em organismos no fotossintticos, a oxidao a principal fonte de energia.
Alguns, insolveis, so estruturais e protectores nas paredes das clulas bacterianas,
nas plantas, nos tecidos conjuntivos dos animais.
Polisidos so lubrificantes em articulaes e participam no reconhecimento e adeso
de clulas.
Polisidos complexos ligam-se covalentemente a protenas e lpidos actuando como
sinais que determinam a localizao intracelular ou o destino metablico desses
hbridos (glicoconjugados).
Quimicamente so polihidroxialdedos ou polihidroxicetonas.
Por vezes tm forma (CH2O)n ; alguns contm ainda N, P e S.

Monossacardeos/oses:
Uma nica polihidroxicetona (aldedo).
D-glucose mais abundante (tambm chamada de dextrose).
Com 4 carbonos tendem a formar ciclos.

Oligossacardeos/Oligsidos:
Cadeias curtas de monossacridos unidas por ligaes glicosdicas.
Os dissacridos so os mais abundantes. Ex: Sacarose.
Nas clulas, os oligossacridos com 3 ou mais oses geralmente no ocorrem
individualmente encontram-se ligados a molculas no-glicosdicas
(lpidos/protenas) englicoconjugados.

Polissacridos/Polisidos:
Cadeias com 20 ou mais oses.
Existem sob a forma: - Linear: celulose.
Ramificada: glicognio.

Polmeros de D-glucose

Ligaes diferentes propriedades e papel


biolgico diferentes

Oses:

Slidos cristalinos incolores.

61

Solveis em H2O.
Alguns com sabor doce.
Cadeia no ramificada.
Ligao C-C, C-O, C=O, C-H, O-H.
Com a excepo da dihidroxicetona todas as oses tm certas quirais.
O mais simples o gliceraldedo, com um centro quiral e dois enantimeros:

A classificao de oses em enantimeros D ou L prende-se com a classificao do


carbono quiral mais longe do grupo carbonilo da molcula.
A quase totalidade das oses encontra-se na forma do seu enantimero D.
Oses que diferem apenas na estereometria em foco de um carbono so epmeros:
o D-manose + D-glusose (C-2)
o D-glucose + D-galactose (C-4)
A numerao dos carbonos faz-se a partir do carbono com o grupo carbonilo.

62

Formas cclicas:

Na ciclizao da glusose:
o Reaco do hidroxilo em C-5 com a funo aldedo em C-1.
o Um novo carbono assimtrico em C-1 dois estereoismeros e .
o Anmeros -> diferem apenas no carbono da ciclizao (carbono anomrico).
o Anel de 6 membros piranose.
o A classificao em ou prende-se com se o grupo OH no carbono
anomrico est na mesma posio do grupo OH do carbono mais longe.

63

o
o
o

Os anis de 6 membros recebem a denominao de piranose por


semelhana ao pirano.
Os de 5 membros recebem a denominao de furanose por
semelhana ao furano.
A interconverso das 2 formas e em soluo aquosa denomina-se
mutarrotao.

Existem vrios derivados da glucose com importncia biolgica. Por exemplo:


o -D-glucosina
o N-acetil--D-glusosamina
o cido N-acetilmurmico

A necessidade de fosforilar a glucose prende-se com o facto de, com a nova carga
negativa a glucose no possua membrana sai da clula.

Oses como agentes redutores:

Oxidao do grupo carbonilo a carboxilo Reduo de ies Fe3+ ou Cu2+


Os eritrcitos permitem a entrada da glucose. Esta glucose pode reagir com a Hb
(glicao). Reaco no enzimtica.
o Esta reaco no enzimtica causa problemas associados a nveis elevados de
glucose no sangue.

64

Disidos

Estabelecimento de ligao O-glicosdica entre duas oses Ocorre com a reaco


do grupo OH de uma ose com o carbono anomrico de outra.
Representa a formao de um acetal a partir de um hemiacetal e de um lcool.
As ligaes glucosdicas so rpidas, hidrolisadas por catlise cida, mas resistem a
hidrlise bsica.
As ligaes N-glucosdicas estabelecem a ligao entre um tomo de azoto (de por
exemplo: uma protena ou um cido nucleico) e o carbono anomrico.
Ocorre oxidao dos glcidos pelos ies cobre na forma linear.
Quando o carbono anomrico est envolvido na ligao este no lineariza. O
disido no redutor. (O carbono anomrico o responsvel pela capacidade
redutora).
o Maltose Redutora
o Lactose Redutora
o Sacarose No redutora

Nomenclatura de disidos:
O nome descreve o disido com a extremidade no redutora esquerda.
Indicar:
1) A configurao ( ou ) do carbono anomrico que junta a ose mais
esquerda segunda ose.
2) O nome do resduo de ose no redutor (inserindo a designao forano ou
pirano)
3) Entre parntesis quais os tomos do carbono envolvidos na reaco.
4) O nome do segundo resduo.
5) Na mesma sequncia, caso haja mais do que dois resduos.

65

Maltose
D glucopiranosil (1 4) D glucopiranose.
Glc ( 1 4) Glc

Como abreviaturas tambm se podem denominar glcidos (assim como smbolos com
cores).
Ex: Arabinose Ara
Frutose Fru
Galactose Gal
Glucose Glc
Manose Man

Disidos mais comuns

Lactose
o D galactopiranosil (1 4) D glucopiranose
o Gal (1 4) Glc
o Disido redutor.
o Existe no leite.

Sacarose
o Fru (2 1) Glc --- Glc (1 2) Fru
o No redutor.
o Formado por plantas e no por animais.
o Intermedirio na fotossntese.

Trealose
o Glc (1 1) Glc
o Constituinte maioritrio na hemolinfa, servindo para
acumulao de energia.

Na nomenclatura a designao ou prende-se com a orientao do carbono


anomrico na ligao. No caso da glucose ambos os carbonos anomricos esto a estabelecer
a ligao existem (no caso) 1 e 1 e a ordem com que se colocam as oses no importa.

66

Polisidos
Heteropolisidos
Mais do que um tipo de ose
Parte estrutural (suporte extracelular)

homopolisidos
S um tipo de ose
Armazenamento; alguns estruturais

Em termos de comprimento da cadeia dos polisidos, este controlado por regulao


efectuada nos enzimas que actuam sobre a sntese destes polisidos.

1)
2)
3)
4)

Homopolisidos de armazenamento
Amido
Glicognio
Dextranos
Inulinas

1) Amido:
Cadeias longas no ramificadas de resduos de D-glucose com ligao (14)
Contm dois tipos de polmeros de Glc (amilose e amilopectina)
Amilose: cadeia no ramificada de resduos de D-glucose ligados por (14);
uma extremidade redutora.
Amilopectina: altamente ramificada; ligao (14); as ramificaes ocorrem
de 24-30 resduos em 24-30 resduos e so (16); uma extremidade
redutora; muitas que no o so.
As extremidades redutoras so as que so removidas enzimaticamente
quando o amido mobilizado para a produo de energia.
Estrutura helicoidal entre os dois polisidos.

2) Glicognio
Principal polissacrido de armazenamentos nos animais.
Estrutura semelhante da amilopectina mas mais compacta (ramificao (
(16)) a cada 8-12 resduos).
Especialmente abundante no fgado (7% de massa seca) e no msculo
esqueltico.
Uma nica extremidade redutora (um glicognio com n ramificaes tem n+1
no redutoras).
A degradao em glucose feita nas extremidades no redutoras.
Armazena-se na forma de glicognio e no de glucose j que:
67

[glucognio]hepatcito = 0,01 M equivale a [glucose]hepatcito = 0,4 M como


[glucose]extracelular = 5 mM glucose saia da clula ou entrada de H 2O
rebentamento.

3) Dextranos
Polisidos bacterianos e de leveduras.
Poli-D-glucose em ligao (16) e ramos em (13), (14) ou (12).
Existem na placa bacteriana dentria.
Faz parte da matriz slida usada em cromatografia de excluso molecular
(baseada no tamanho das macromolculas)

4) Inulinas
Polisido de armazenamento em vegetais (sobretudo nas razes).
Poli-D-frutose em ligao (21) e um resduo de D-glucose terminal.

Homopolisidos de estrutura
1) Celulose
2) Quitina
1) Celulose
Insolvel em H2O ligaes de hidrognio intracadeia.
Parede celular de plantas (caules, troncos e mais partes lenhosas).
H semelhana com a amilose linear, sem ramificao.
Diferente da amilose todos os resduos se encontram na folha .
Ligao (14) isto leva a que a celulose no possa ser degradada
enzimaticamente.
o O glicognio e o amido ingeridos so digeridos pelos amilases e
glicosidases (com ligao (14)).
Trmitas conseguem digerir celulose devido unicamente presena de
microorganismos com os quais se encontram em simbiose.
o

Possuem celulase capaz de degradar a celulose e ligao (14).

2) Quitina
Linear, composto por resduos de N-acetilglucosamina em (14).
Tambm no pode ser digerida por vertebrados.
Esqueleto duro de muitos artrpodes.

68

Folding de homopolisidos
1) Ligaes covalente (osdicas) entre oses nvel primrio.
2) Estabilizao por interaes fracas intra e intermoleculares: ligaes de hidrognio
com especial papel devido quantidade de grupos OH.
Existe rotao em torno da ligao C-O na ligao glucosdica, havendo no
entando posies proibidas.
Continuam a haver ngulos caractersticos e , anlogos aos da ligao
peptdica.
o Na amilose os ngulos de so de tal ordem que existem seis resduos
por volta o centro das voltas tem o tamanho apropriado para
-

acomodar ies I3 e I5 , formando um complexo azul.


Na celulose a estrutura mais estvel a linear, com todos os grupos OH envolvidos em ligaes de hidrognio com ligaes de hidrognio
com cadeias justapostas fibra com grande fora tensora, ausncia de
H2O.

Heteropolisidos estruturais
1) Peptidoglicanos
2) Agar
3) Glicosaminoglicanos

1) Pptidoglicanos
Presentes nas paredes celulares bacterianas.
Polmero de NAG (N-acetilglucosamina) e NAM (cido N-acetilmurmico) com
(14).
Fazem ligao com pequenos pptidos que servem de cross-link entre cadeias
de NAG+NAM previne inchamento e lise celular ligaes cruzadas so
hidrolizadas pelo lizosima e so impedidas de se formarem pela penicilina que
actua no transpeptidase, capaz de formar estes cross-links.

2) Agar

Mistura de heteropolissacridos sulfatados de D-galactose e L-galactose.


(14).
Estrutura em gel com H2O usado para electroforese de cidos nucleicos.

3) Glicosaminoglicanos
Famlia de polmeros lineares formados por repeties de resduos de
disidos.
o 1 ose (obrigatria) NAG ou NAM
69

o 2 ose cido acetilmuramico


Alguns grupos OH- esto esterificados com sulfato carga negativa fixa
caties metlicos formando gel (presente por exemplo nas articulaes.
Fazem parte da MEC (em conjunto com algumas protenas) suporte poroso
para difuso de nutrientes e O2.
Os mais curtos e que se encontram ligados covalentemente a protenas tm o
nome de proteoglicanos.
o Exs: 4 sulfato de condroitina (20-60 resduos)
o Sulfato de queratano (~25 resduos)
o Heparina (15-90 resduos)

Glicoconjungados (transduo de sinal e reconhecimento extracelular)


1) Proteoglicanos (zona glicidica > zona proteica).
Macromolculas da superfcie ou matriz celular.
Cadeias de glucosaminoglicanos sulfatados ligados covalentemente a
protenas da membrana ou secretadas.
2) Glicoprotenas (vrias pequenas cadeias osdicas ligam-se a protenas)
Cadeias de oligsidos de complexidade varivel ligadas
convalentemente a protenas.
Presentes na face externa da membrana plasmtica, na MEC.
Intracelularmente encontram-se no CG, nos grnulos/vesculas de
secreo e nos lisossomas.
3) Glicolpidos (determinantes de grupos sanguneos).
Esfingolpidos da membrana, em que as cabeas polares so lpidos.
No crebro e nos neurnios existem em maior concentrao.

1) Proteoglicanos
Macromolculas da superfcie celular os matriz extracelular com uma ou mais
cadeias de glicosaminoglicanos ligados covalentemente a uma protena da
membrana ou secretada.
O glicosaminoglicano muito maior que o resduo proteico e o centro principal
de funo.
Existe no tecido conjuntivo (cartilagem).
Proteoglicanos na membrana.
o ncora peptdica e presena de sulfato de condroitina.
o ncora lipdica.

2) Glicoprotenas
Associao covalente de um ou mais oligsidos (de complexidade varivel) a uma
protena
70

Os oligsidos so fonte de variabilidade (ao contrrio dos glicosaminoglicanos)


locais de reconhecimento e especificidade de ligao do mais informao s
protenas
O-glicosilao ligadas a um grupo OH de Ser ou Thr
N-glicosilao num grupo NH2 de Asn
Encontram-se:
o Na face externa da membrana plasmtica
o Na matriz extracelular
o No sangue
o Em organitos especializados (CG, grnulos de secreo, lisossomas)

3) Glicolpidos
Lipidos da membrana cujas cabeas hidrfilas so oligsidos
Funo semelhante s glicoproteinas (reconhecimento)
As zonas glicdicas de alguns esfingolipidos determinam o grupo sanguneo:

Grupo comum --- R

R0
antignio O
R GalNAc
antignio A
R Gal antignio B

Lectinas
Protenas ubquas que usam glcidos com elevada capacidade de especificidade.
Envolvidas nos processos de reconhecimento e na sinalizao e adeso celular e no
targeting intracelular de protenas recm sintetizadas.
Alguns agentes patognicos microbianos possuem lectinas que medeiam a adeso
bacteriana s clulas do hospedeiro.

71

Lpidos

Insolveis em H2O (so apolares ou fracamente polares)


Solveis em solventes orgnicos
steres de cidos gordos (definio no absoluta)

Reaco de cidos gordos + lcool

Funo:
o Armazenamento Triacilgliceris
o Estrutura membranar Fosfolpidos/ Esfingolpidos/ colesterol
o Regulao hormonas
Em baixa concentrao:

Receptores especficos;
Cascatas de amplificao.

cidos gordos:
Constituintes fundamentais dos lpidos
cidos carboxlicos com longas cadeias de carbono
Cadeias em geral lineares com n par (mais comum devido ao Acetil-CoA) ou
mpar de carbonos
Em alguns casos existem anis de 3 carbonos, grupos metilo e grupos hidroxilo
Existem mais comummente cadeias com n par de carbonos devido sua
prpria sntese (pelo Acetil-CoA)
As ligaes duplas de cidos gordos polinsaturados raramente so conjugadas,
mas sim separadas por um grupo metileno.

-CH=CH-CH=CH-

-CH=CH-CH2-CH=CH-

Por regra as ligaes duplas esto na forma cis.


As ligaes duplas esto habitualmente entre os C9-C10 e, no caso de serem
mltiplas, tambm em C12 e C15.

Nomenclatura de cidos gordos:


o Sufixos: Anoico -> saturado
Enoico -> insaturado

72

cido hexadecanoico

16 : 0
N de duplas

16 Carbonos

Saturado

cidos cis-9-octadecenoico

N de carbonos
18 : 1 (9)

Duplas no carbono 9
N de duplas

18 Carbonos

Insaturado

N de carbonos
20 : 4 (5,8,4,11)

cido araquidnico

A numerao dos tomos de C feita a partir do grupo carboxilo (C1) at


ao grupo metilo terminal (Cn).
A cidos gordos polinsaturados (PUFA) atribuda a letra ao grupo CH3
no final da cadeia e a posio das duplas indicada em relao ao C.

Ex: cidos gordos -3 (mega-3)

-3

O Homem tem a necessidade, mas no consegue, sintetizar um PUFA -3


importante para a sua nutrio, tendo de o obter a partir da alimentao. Este
PUFA (ALA; 18 : 3 (9,12,15)) ainda capaz de intervir na sntese de outros 2 PUFAs
importantes para o funcionamento celular.
Empacotamento dos cidos gordos:
o
As ligaes saturadas tm flexibilidade mxima
(rotao livre em torno de ligaes simples).
O seu grau de empacotamento mximo,
formando uma rede cristalina quase
perfeita.

o
A presena de uma ligao dupla do tipo cis
introduz uma dobra na molcula de cidos gordos -> o empacotamento
torna-se menos eficiente.
o
Estas diferenas nos empacotamentos
influenciam as propriedades fsicas dos cidos gordos (nomeadamente o
ponto de fuso)

73

Cadeias maiores mais polarizabilidade mais


interaco maior ponto de fuso.
Existncia de duplas menor empacotamento
menor ponto de fuso

Ocorrncia de cidos gordos in vivo.


o Vertebrados os cidos gordos livres (no
esterificados, com o grupo carboxilo livre) circulam na
corrente sangunea ligadas no-covalentemente
albumina srica (transportador proteico).
o No entanto os cidos gordos esto, em regra, presentes
no plasma sanguneo principal, como steres ou amidas
como no possuem o carboxilo desprotonado (como
nos cidos gordos livres) so ainda menos solveis que
os cidos gordos livres.
Auto-organizao dos compostos anfipticos.
o O efeito hidrfobo leva formao de micelas.
o Associao de molculas apolares libertao de
molculas de H2O entropia aumenta processo
favorvel.

Lpidos de reserva - triacilgliceris


Lpidos mais simples formados por 3 molculas de cidos gordos esterificadas
na mesma molcula de glicerol.
Triacilgliceris simples:
o As 3 molculas de cidos gordos so iguais
Triacilgliceris mistos:
o Pelo menos 2 molculas de cidos gordos so diferentes
Nos vertebrados clulas especializadas (adipcitos) -> os adipcitos contm
lpases, enzimas que catalisam a hidrlise de Triacilgliceris armazenados.
Esta hidrlise tanto catalisada por enzimas, como por hidrlise bsica
(saponificao) ou cida.
A acumulao de Triacilgliceris d-se no tecido adiposo (cavidade abdominal e
debaixo da pele).
Tm como funo:
o Reserva de energia.
o Isolamento trmico.

74

Nas baleias, quando estas viajam para baixas profundidades, a densidade


da gua tem de ser igual dos Triacilgliceris estes congelam,
aumentando a sua densidade baleia no gasta energia a manter-se a
grandes profundidades.

Disponibilidade dos Triacilgliceris nos alimentos


o
Quando alimentos ricos em lpidos so expostos durante demasiado
tempo ao oxignio comea a haver oxidao das ligaes duplas nas
cadeias insaturadas dos cidos gordos formao de aldedos e cidos
carboxlicos de cadeia mais pequena.
o
Para evitar isto, estas molculas so parcialmente hidrogenadas
ligaes cis so hidrogenadas.
Efeito nocivo algumas cis so convertidas em trans
envolvidas em problemas cardiovasculares.

Ceras
steres de longas cadeias (C14 a C36) de cidos gordos saturados/insaturados
com alcois de cadeia longa (C16 at C80).
Ponto de fuso geralmente mais altos que os triacilgliceris.
So a principal fonte de armazenamento de energia no plncton.
Esto presentes nas folhas de algumas plantas, nas penas dos pssaros, na pele
de alguns animais tm propriedades impermeveis.

Lpidos estruturais nas membranas biolgicas


Estrutura bsica da membrana.
o Bicamada lipdica que serve de barreira passagem de ies e
molculas polares.
o Os lpidos membranares so anfipticos.

Cinco
lpidos
membranares
principais:
1) Glicerofosfolpidos
75

A regio hidrfoba composta por duas cadeias de cidos gordos unidas


por um glicerol. O glicerol tambm se encontra ligado a um grupo polar
carregado (ligao fosfodiester).
Os glicerofosfolpidos formam vesculas.
Tm temperaturas de transio caractersticas,
havendo cooperatividade na transio da fase gel
fluida.
O aumento da quantidade de ligaes duplas
diminui este valor da temperatura de transio
de fase.
As clulas regulam a sua composio lipdica de
modo a que as membranas biolgicas se
mantenham fluidas sob diferentes condies de crescimento existe
maior quantidade de insaturados quando as temperaturas de crescimento
so mais baixas
Os fosfolpidos tanto podem ser renovados pela adio de lisofosfolipases
como hidrolisados pela adio de fosfolipases
- A1
- A2
-C
A1 e A2 - actuam na ligao do glicerol com cidos gordos. C actua na
ligao do glicerol com fosfato.
Exemplos de Fosfolipases: originam diacilglicerol + trifosfato de inositol
mensageiros secundrios.
Os venenos de serpente contm grandes quantidades de fosfolipases A2
a sua actuao origina lisofosfolipases que actuam como detergentes na
membrana dos eritrcitos causando a sua lise.
Podem ocorrer ligaes ter em glicerofosfolipidos:
o Particularmente no tecido cardaco (plasmalogneos ligao
dupla em C1=C2).
o Outros exemplos de lpidos de steres so os factores de activao
das plaquetas potentes sinalizadores moleculares. Libertados
pelos basfilos para estimular a agregao das plaquetas e a
libertao de serotonina (um vasoconstrictor); o acetato usado em
C2 confere maior solubilidade em gua tornando possvel que esta
molcula actue como mensageiro solvel.
o Tambm se encontram presentes no fgado, pulmes

2) Galactolpidos + sulfolpidos 1 ou 2 resduos de galactose esto ligados ao C3


do 1-2-diacilglicerol.
Localizados na membrana interna dos tilacides.

76

No contm/ contm pouco fosfato nutriente limitante no solo o


fosfato substitudo por enxofre (que possui cargas negativas,
semelhana do fosfato).
Estes lpidos que contm enxofre chamam-se sulfolpidos possuem um
resduo sulfonado de glucose na posio C3 do 1-2-diacilglicerol.
As archaeobacterias contm lpidos membranares nicos:
o Vivem em nichos ecolgicos sob condies extremas
temperaturas elevadas, pH baixo, elevada fora inica.
o Os seus lpidos membranares contm longas cadeias (C32)
ramificadas.
o Ligadas ao glicerol por ligao ter estveis perante a hidrlise a
pH baixo.
o Na sua forma totalmente estendida tm o dobro do comprimento
de fosfolpidos e esfingolipidos conseguindo atravessar toda a
membrana.
o Nas duas extremidades possuem uma molcula de glicerol, o que
lhes confere polaridade.

3) Esfingolpidos
Cabea polar e duas caudas apolares.
No contm glicerol mas sim esfingolina como unidade base (a esfingolina
um lcool insaturado com 15 carbonos e 1 grupo amina).
Os carbonos 2 e 3 so semelhantes ao glicerol.
3 classes de esfingolipidos (todos so derivados da ceramida com OH no C1 e
com cido gordo ligado ao NH2 do C2).

Esfingomielina
o Contm fosfocolina ou fosfoetanolamina na cabea polar (C1).
o Semelhantes s fosfotildicolinas nas suas propriedades; arranjo
tridimensional e pelo facto de no terem carga na sua cabea.
o So um componente abundante nas membranas plasmticas
de clulas animais em particular na bainha de mielina que
rodeia e isola os axnios de alguns neurnios.

Glicoesfingolipidos
o Abundantes na membrana exterior.
o Possuem um ou mais oses ligadas ao OH no C1 da ceramida.
o No contm fosfato.
1) Cerebrsidos tm um nico glcido ligado ceramida.
Os que contm galactose so encontrados na membrana
77

plasmtica de clulas nervosas. Os que contm glucose, na


membrana de celulas no nervosas.
2) Globsidos mais de uma ose ligada ao OH da ceramida
Ambos so chamados glicolpidos neutros j que no
possuem carga a pH=7.

Ganglisidos
o As suas cabeas polares possuem oligossacridos ligados ao
OH da ceramida por um resduo de glucose.
o Estes possuem um ou mais resduos de cido silico.

Papel biolgico dos esfingolpidos


o Abundantes nas membranas.
o Centros de reconhecimento de molculas.
o A parte glicdica de alguns esfingolpidos determina o tipo de sangue
de cada indivduo a presena ou ausncia de determinado tipo
glucosiltransferase (A ou B) determina o tipo sanguneo este
enzima responsvel pela introduo das oses que determinam o tipo
sanguneo.
o Falhas no metabolismo de esfingolpidos podem levar a graves
problemas mentais ou mesmo morte.

Degradao de enfingolpidos e fosfolpidos


o Para cada ligao hidrolisvel num glicerofosfolpido existe um enzima
especfico no lisossoma.
o Os ganglisidos so degradados por um conjunto de enzimas
lisossomais que catalisam a remoo, passo-a-passo, de unidades de
glcido, originando no fim, a ceramida.
o Uma mutao em qualquer destes enzimas pode levar acumulao
de ganglisidos na clula, com graves consequncias mentais.

4) Esterides

Com ncleo caracterstico 4 anis (3 com 6 carbonos e 1


com 5 carbonos). Este ncleo e praticamente planar, no
permitindo rotao em torno das ligaes C-C.
Percursores de uma grande variedade de produtos com
actividades biolgicas especficas:
o cidos biliares
o Hormonas sexuais
78

Vitamina D

Esteris
o Esterides com OH no C3 do ncleo.
o Cadeia aliftica no C17.
Colesterol
o Molculas anfipticas.
o A sua planaridade e rigidez permite controlar a fluidez das
membranas plasmticas das clulas animais obriga a que a
cadeia acil dos fosfolpidos (entre outros) tome uma estrutura
mais alongada.
o Tambm tem funo em termos de permeabilidade (o
aumento de colesterol causa a diminuio da permeabilidade).
O tipo de esterol presente nas membranas plasmticas depende
do tipo de organismo.
Bactrias no conseguem sintetizar esteris, podendo no entanto
incorporar esteris exgenos na sua membrana.

Membranas biolgicas

Funo:
o Compartimentalizao
o Comunicao entre o meio externo e o interior da clula.
o Comunicao clula-clula.
o Forma celular e mobilidade.
o Composio e arquitectura.

A sua constituio proteica e lipdica varia de organismo para organismo e de clula


para clula.
Nas bactrias, por exemplo, existe uma elevada quantidade de protenas. Este facto
prende-se com a falta de compartimentalizao celular.
Por exemplo, existe uma maior quantidade de lpidos carregados negativamente na
camada interna e vice-versa.
A fosfatidilserina (geralmente na face interna) quando se encontra na camada externa
causa a apoptose celular.
A passagem de lpidos de uma face para a outra tem de ser catalisada por enzimas,
consumindo-se energia, j que cabeas polares tm de atravessar uma zona apolar
(difuso transversal).
O movimento lateral de fosfolpidos ocorre com velocidade elevada e no necessita de
catlise.

79

Protenas membranas

Perifricas/extrnsecas.
Integrais/intrnsecas.
Com ncoras lipdicas.
Anfitrpicas.

Purificao de protenas perifricas


Associadas membrana por
ligaes electrostticas e
ligaes de hidrognio.
Podem
ser
removidas
interferindo com as ligaes
electrostticas ou com as
ligaes de hidrognio.
o NaCl (1 M)
o EDTA
o Ureia
o Tampes com pH cido ou bsico
Tambm se podem encontrar associadadas com os domnios hidrfilos de
protenas integrais ou com a cabea polar de lpidos membranares.

Purificao de protenas integrais


Firmemente associadas com a bicamada lipdica.
Removidas com compostos que interferem com as interaces hidrfobas:
o Detergentes
o Solventes orgnicos
o Agentes desnaturantes

ncoras lipdicas
Algumas protenas membranares possuem um ou mais lpidos ligados a si
covalentemente.
Estes lpidos garantem uma ncora hidrfoba que se insere na bicamada e
mantm a protena na superfcie da membrana.
A ancoragem pode ser fraca e em alguns casos reversvel.

Protenas anfitrpicas
Encontram-se tanto no citosol como ligadas membrana.

80

A sua afinidade membrana resulta, em alguns casos, das interaces no


covalentes com protenas ou lpidos membranares, ou ainda da ligao
covalente de um ou mais lpidos protena.

Protenas integrais
Classes:
o Feixes de hlices
o Barris
Presentes na membrana externa de Gram negativo.
Porinas: permitem a passagem de solutos polares.
Por norma as regies hidrfobas da protena encontram-se a atravessar a
membrana.
Resduos de aminocidos aromticos (Trp, Tyr, Phe) encontram-se na fronteira
entre os lpidos e o meio aquoso as cadeias laterais actuam
simultaneamente com a fase lipdica e aquosa.
Resduos carregados negativamente encontram-se geralmente em contacto
com a fase aquosa.

Modelo do mosaico fluido

Estrutura dinmica as protenas difundem-se livremente no plano lateral da


membrana.
Existncia de assimetria transversal de lpidos e protenas.
Existncia de heterogeneidade lateral presena de domnios laterais nas
membranas com composio lipdica e proteica diferenciada (jangadas lipdicas).
Importncia do citosqueleto e do glicoclice resduos de glcidos ligados a
protenas ou a lpidos que revestem a membrana e se ligam matriz extracelular.
Presena de ondulaes/curvatura nas membranas.
Variao da espessura da bicamada perto das protenas integrais.

81

Jangadas lipdicas (rafts)


Glicoesfingolpidos com cadeias longas formam agregados transientes com
estabilidade e compatibilidade elevada devido aco do ncleo aromtico do
colesterol.
Esto presentes na membrana externa, tm espessura superior ao resto da
membrana e so mais fluidos; tambm mais difcil a sua dissociao com
detergentes inicos.
Estas zonas so enriquecidas em protenas ancoradas com GPI e protenas
ancoradas via dois ou mais grupos acilo.
Tm papel na sinalizao.

Outros lpidos

Geralmente em quantidades vestigiais.


Com papel no metabolismo.
Funes:
o Sinalizao:
1. Mensageiros intracelulares.
2. Hormonas.
o Cofactores enzimticos
1. Cadeia transportadora de electres em mitocndrios e
cloroplastos.
2. Processos de transferncia de resduos glicdicos.
o Pigmentos
1. Lpidos com sistemas de ligaes duplas conjugadas.

Eicosanides
Derivados de cidos gordos que actuam como hormonas parcrinas (aco a
curta distncia).
Envolvidos em processos como a funo reprodutora, inflamao, febre, dor
associada a um trauma ou doena, etc.
Derivados do cido araquidnico 20:4 (5, 8, 11, 14) produzido por hidrlise de
fosfolpidos de membrana em resposta a sinais externos.
A degradao dos fosfolpidos assegurada pelo fosfolipase A2.

Classes:
1) Prostaglandinas
o Regulam a sntese de cAMP (mensageiro secundrio)
2) Tromboxanos
o Produzidos pelas plaquetas
o Induzem a constrio dos vasos sanguneos e a agregao das
plaquetas.

82

3) Leucotrienos
o Responsveis por choques anafilticos.

Hormonas esterides
Derivados oxidados dos esteris.
Possuem o ncleo esterol mas no a cadeia aliftica ligada ao anel D, pelo que
so compostos mais polares.
So transportadas na corrente sangunea (ligadas a protenas) desde o seu
local de produo at ao rgo alvo.
Ligam-se a receptores no ncleo, desencadeando alteraes ao nvel da
expresso gnica e, logo, no metabolismo.
Exemplos:
o Andrognios
o Estrognios
o Glucocorticides
o Mineralocorticides.

Vitaminas
D
o
o

A
o
o
o

Retinol.
Obtida a partir do -caroteno.
Percursos do cido retinico pigmento visual presente na retina dos
vertebrados e que est envolvido na resposta luz.

Grupo de lpidos que contm anel aromtico substitudo e uma longa


cadeia lateral isoprenide.
Poderosos antioxidantes.

Regula a absoro de Ca2+ no intestino bem como os nveis de Ca2+ nos


ossos e nos rins.
Deficincia raquitismo.

K
o

Cofactor na produo de protrombina activa (essencial no processo de


coagulao).

Transportadores electrnicos
Transportadores electrnicos isoprenides envolvidos nas reaces de
oxidao-reduo que conduzem sntese de ATP.
Ubiquinona (ou coenzima Q) mitocndrios.
83

Plastoquinona cloroplastos.

Pigmentos
Longos sistemas de ligaes duplas conjugadas responsveis pela absoro de
radiao na regio visvel do espectro electromagntico, o que lhes confere a
sua cor caracterstica.
Esto presentes nas plantas e nas penas dos pssaros.

84

Nucletidos e cidos nucleicos

Funo:
o DNA armazenamento e transmisso da informao biolgica.
o RNA rRNA composio dos ribossomas
mRNA intermedirio da informao gentica
tRNA

molculas
adaptadoras envolvidas
na sntese proteica
Nucletido: pentose [(desoxir)ribose] +
base azotada (prica ou pirimdica) +
fosfato.
Nuclesido: pentose + base azotada.
A ligao da base pentose d-se no C1
da pentose (ligao tipo ) com o azoto 1
das bases pirimidicas ou o azoto 9 das
bases pricas.
A ligao da pentose com o fosfato no
carbono 5 e uma ligao ster.
Os carbonos das bases so numerados de 1 a ; os das pentoses so
numerados com 1, 2, 3, etc.
Pode ocorrer (raramente) uracilo no DNA e timina no RNA a grande distino
entre o RNA e o DNA pois a pentose.
A diferena entre as bases a presena de um grupo OH no carbono 2 na
ribose e a presena de um s um H no 2 da desoxirribose.
4 dos 5 tomos da pentose esto no mesmo plano o C2 ou o C3 ou esto
endo (na mesma posio do C5) ou exo (fora do plano/posio do C5).
Pirimdicas planas.
importante para a estrutura terciria
Pricas quase planas.
Nvel primrio de estrutura do DNA e do RNA.
o O grupo fosfato na posio 5 liga-se ao grupo OH do C3 ligao
fosfodister.
o O back-bone tanto do DNA como do RNA hidrfilo grupos OH das
pentoses formam ligaes de H como a gua.
o O grupo fosfato tem pka 0 ionizado a pH=7 ligao a protenas
bsicas (histonas), caties (Mg2+) e poliaminas (espermina).
o Conveno de escrita de 5 para 3.
o O RNA rapidamente hidrolisado (na ligao fosfodister) em condies
alcalinas, ao contrrio do DNA (no possui OH no C2).

Bases nucleotdicas:
o Bases fracas.
o Absorvem na zona do UV (260nm) devido ao carcter parcial das ligaes
duplas.

85

o
o
o

So capazes de tautomerizar em funo do pH do meio.


Hidrfobas empacotam com ligaes de H A=T, C G mais difcil
abrir o DNA com uma maior concentrao de C G.
Bases para dentro da hlice devido ao efeito hidrfobo.

Estrutura do DNA
Nvel primrio cadeia de poli(desoxir)ribonucletidos (sequncia de bases e
ligaes covalentes).
Nvel secundrio qualquer estrutura regular e estvel formada por todos ou
alguns resduos de nucletidos num cido nucleico.
Nivel tercirio folding (complexo) de cromossomas na cromatina
(eucariotas) ou nos nucleides (bactria).
Dupla hlice:
o O anel da desoxirribose est na conformao endo.
o Hlices anti-paralelas.

Estrutura 3D do DNA
Molcula muito flexvel
Rotao em torno do esqueleto ose-fosfato
Flutuao trmica consegue produzir dobragem, esticagem e
desemparelhamento.
Rotao entre as ligaes do esqueleto pentose-fosfato.
Tambm existe rotao em torno da ligao da pentose base.
Devido a constrangimentos estereoqumicos , as purinas esto
restritas s conformaes syn e anti; as pirimidinas esto
restritas s anti.

86

Existem 3 tipos de estrutura helicoidal:


o
Hlice Direita
Hlice Esquerda

o
o

A -> mais carga e compactada (no encontrada in


vivo)
B -> mais estvel
Z > mais distendida

A ocorre em meios com pouca gua.


Z encontrado em algumas bactrias e eucariotas; pode ter um papel importante
na expresso de alguns seres ou em recombinao gnica.

Outras estruturas no DNA:


Sequncias AAAAAA
Palindromas -> sequncias de DNA de dupla cadeia com
simetria dupla.
Repetio em espelho.

Palindromas

Repetio em espelho

Alguns palindromas so autocomplementares

87

Podem ocorrer emparelhamentos triplex e tetraplex, geralmente mais estveis a pH


baixo com protonao das bases. Exemplo:

DNA-H: podem ocorrer zonas com tripla hlice que produzem uma dobra no DNA.
Estas zonas so geralmente zonas de ligao a protenas.
So regies particularmente envolvidas na regulao da expresso gnica.

DNA

Transcrio

RNA

Estrutura do RNA
O RNA comeou a ser pensado como o intermedirio entre protenas e
DNA porque:
1. Existe tanto no ncleo como no citosol.
2. O aumento na sntese proteica aumento na sintese de RNA
aumento da taxa de turnover.

88

RNA monocistrnico (mRNA em eucariotas) cada mRNA leva a


mensagem de um s gene policistrnico( mais do que um gene).
mRNA em procariotas

Os mRNAs transcritos so sempre maiores que o necessrio para a sntese


de polipptidos que codificam as outras zonas servem, por exemplo:
para zonas de ligao a enzimas.

Em regra o RNA (principal, o obtido a partir da transcrio) existe em


cadeias simples, em hlice direita facto garantido pelo
emparelhamento das bases. A interaco entre purinas maior j que
possuem uma raiz estrutural.
o
o
o
o
o
o

Sequncias autocomplementares podem estabilizar as molculas


(ou determinadas regies).
As regras e emparelhamento so iguais s do DNA.
Pode emparelhar com zonas complementares de DNA ou RNA.
Pode ocorrer emparelhamento G=U.
O RNA no possui estrutura secundria estvel.
As estruturas tercirias so complexas e nicas

Em condies complementares predomina a forma A (dupla hlice) ou hlice Z


em condies extremas de salinidade ou temperatura.

Outras estruturas no RNA:


Loop interno
Hairpin

Qumica dos cidos nucleicos


Desnaturao reversvel do DNA
O DNA viscoso a pH = 7 e a uma temperatura de 25C. Variaes no pH e na
temperatura levam desnaturao (o processo contrrio tem o nome de
renaturao annealing).
No processo de desnaturao as duas cadeiras separam-se clivagem das
ligaes de hidrognio; as ligaes covalentes no so afectadas.
O DNA desnaturado apresenta hipercromicidade absorve melhor a radiao
nos UV; quando se encontra na sua forma em cadeia dupla apresenta
hipocromicidade deixa de absorver to bem nos UV (as bases j no esto
isoladas).
89

O ponto de fuso tanto maior quando maior for a concentrao de G+C.


o Depende ainda do pH e da fora inica (maior fora inica, mais fcil a
desnaturao.
Pode ocorrer desnaturao parcial do DNA que comea em zonas mais ricas
em A=T permite desemparelhamento do DNA.

Transformaes no enzimticas no DNA


Desaminao das bases (por exemplo de citosina a uracilo razo possvel
para o DNA no ter uracilo este era reconhecido como estranho
correco do erro.
Hidrlise da ligao -N-glicosdica
o Ocorre mais frequentemente em purinas.
Efeito da radiao
o Luz UV induz a condensao de grupos etileno para formar um anel de
ciclobutano.
o Formao de dmeros de pirimidinas entre bases adjacentes.
o Formao de dmeros de timina na mesma cadeia induz dobra no
DNA.
Agentes qumicos
o Agentes de desaminao (particularmente cido nitroso ou compostos
que possam ser metabolizados a cido nitroso (ou nitritos)).
o Agentes alquilantes
Levam por exemplo metilao.
Leso oxidativa
o Aps irradiao ou metabolismo aerbio, surgem espcies reactivas de
oxignio (ROS).
o A clula possui sistemas de destruio das espcies reactivas de
oxignio como o catalase e o superxido dismutase que convertem
ROS em espcies ().
Metilaes enzimticas
o Transformaes enzimticas mais comuns.
o Metilao das bases.
o A e C metiladas mais frequentemente que G e T.
o E.coli marca o seu prprio DNA metilando-o destri DNA no
marcado.
o Os DNA-metilases usam o S-adenosilmetionina como dador.
o Nos eucariotas cerca de 5% de resduos de C so metilados evita a
migrao dos transposes.
Estes so sequncias de DNA capazes de se movimentar de
uma regio do genoma para outra.

90

Como sequenciar um cido nucleico:


o Estratgia bsica semelhante das protenas.
1) Degradao especifica e fraccionamento de polinucletido de interesse
em fragmentos com tamanho suficientemente pequeno para serem
sequenciados.
2) Sequenciao dos fragmentos individuais.
3) Ordenamento dos fragmentos (atravs da repetio do procedimento com
estratgias de degradao diferentes).
o Tanto nos mtodos de Sanger como de Maxam-Gillbert o principio geral o de
reduzir o DNA a quatro conjuntos de fragmentos marcados.
o So obtidos fragmentos marcados radioactivamente na extremidade 5.
o Os seus tamanhos relativos permitem a determinao da sequncia.
o Adicionam-se didesoxirribonucletidos que se vo ligar a uma cadeia molde
o acaso leva a que se formem os vrios fragmentos com diferentes tamanhos.
o O primer (ou um dos nucletidos) fluorescente.
o O DNA a sequenciar o molde (template).
o Quando os didesoxirribonucletidos se ligam a outro nucletido, param a
sntese.
o Actualmente usam-se ddNTS fluorescentes automatizao do mtodo de
Sanger.

Sntese qumica do DNA


o Levada a cabo com o crescimento da cadeia ligada a uma matriz slida.
o O oligonucletido sintetizado de forma cclica e repetida (um nucletido por
passo).
1) Nucletido preso ao suporte de slica pelo 3; C5 protegido com DMT;
outros grupos reactivos tambm so protegidos.
2) DMT removido, lavando-se a coluna com cido.
3) Prximo nucletido tem C3 protegido reaco com C5 e C3 suporte
protector eliminado.
4) A ligao fosfito oxidade com iodo para que se forme a ligao
fosfodister.
Repetir os passos de 2) a 4)
5) Remoo dos restantes grupos protectores.
6) Oligonucletido separado da matriz e purificado.
91

A sntese de RNA mais complexa deve-se necessidade de proteger o OH no C2.

Nucletidos funcionais
1) Transportadores de energia
o O fosfato ligado covalentemente ao C5 de um ribonucletido pode ter
mais um ou dois fosfatos ligados a si (fosfatos , , ).
o A hidrlise destas ligaes fornece bastante energia.
o O maior exemplo a adenosina trifosfato (ATP).
o Pode tambm ocorrer na forma de GTP, UTP e CTP.
o As ligaes entre fosfatos so fosfoanidrido.
o A ligao do fosfato com o C5 da ribose so ligaes ster.
2) Componentes de cofactores enzimticos
o A adenosina tem um papel muito importante.
o Os cofactores enzimticos aos quais ela se liga no apresentam
semelhana estrutural, exceptuando a sua presena.
o A adenosina no participa directamente na reaco mas a sua remoo faz
com que a taxa desta diminua acentuadamente.
o A remoo do nucletido de adenosina no 3-difosfato do acetoacetil-coA
reduz a sua reactividade como substrato para o -cetoacil-coA transferase
num factor de 10%.
o Embora se desconhea o papel certo da adenosina esta pode ter efeitos na
potenciao da ligao do substrato ao enzima.
3) Mensageiros qumicos
o Geralmente o segundo mensageiro na sinalizao celular um nucletido.
o O mais comum o 3, 5-monofosfato cclico de adenosina, cAMP.
o O cAMP formado a partir do ATP numa reaco catalisada pelo adenilil
ciclase.
o O cAMP regulador em quase todas as clulas excepto nas vegetais.
o Outros exemplos: cGMP, ppGPP (produzido em bactrias aquando da falta
de a.a. impede a sntese proteica desnecessria).
92

Tcnica do DNA recombinante


Endonucleases hidrolisam DNA no meio da cadeia
Exonucleases hidrolisam DNA a partir da extremidade
o
Bases da clonagem de DNA:
1) Hidrolisar o DNA em locais especficos (endonucleases de restrio).
2) Seleccionar uma pequena molcula de DNA com capacidade de
autoreplicao - vector de clonagem (plasmdeo, DNA viral).
3) Juntar convalentemente os dois fragmentos de DNA (DNA ligases) obtemse um DNA recombinante.
4) Levar o DNA recombinante do tubo de ensaio para a clula (maquinaria
enzimtica para replicao).
5) Seleccionar ou identificar as clulas hospedeiras que comtm o DNA
recombinante.

Vantagens da clonagem de DNA em E.coli


1) O seu metabolismo de DNA bem conhecido.
2) Caracterizados muitos vectores de clonagem naturais associados a E.coli
(plasmdeos e bacterifagos).
3) Disponibilidade de tcnicas para mover de forma expedita o DNA.
o
Particularmente importante para a tcnica de DNA recombinante o
conjunto de enzimas que se escolhe.
1) No podem reconhecer o prprio DNA
2) No necessitam de ATP
3) Hidrolisam o DNA na sequencia que reconhecem
o
Dois principais tipos de enzimas
1) Endonucleases de restrio reconhecem e hidrolisam o DNA em
zonas especficas, gerando um conjunto de fragmentos de DNA
mais pequenos
93

2) DNA ligases ligam as molculas de DNA, unindo-as.


1) Endonucleases de restrio
Tipo I, II, III I e III so geralmente maiores; so complementares
com endonucleases e metilases (impedem a hidrolise do DNA do
prprio)
Tipo II no necessita de ATP e so mais pequenas
Alguns endonucleases criam sticky ends e outros blunt ends
Aps a formao destes fragmentos o DNA do vector hidrolisado
na mesma zona e com o auxilio das DNA ligases forma-se o vector
com o gene de interesse

o Vectores
1) Plasmdeos
2) Bacterifagos
3) Cromossomas artificiais bacterianos

1) Plasmdeos
Molculas circulares de DNA que se replicam separadamente do resto do
cromossoma bacteriano.
Podem ser inseridas em bactrias por um processo chamado transformao
Como nem todas as bactrias fazem o uptake do plasmdeo inserido, este
normalmente possui tambm um gene com resistncia a um antibitico (ou
outra substancia necessria ao crescimento bacteriano em determinadas
condies) s as bactrias com o plasmdeo resistem a ambientes
antibiticos. Este gene chamado mercador selectivo.

94

2) Bacterifagos
Usados para molculas maiores de DNA.
Cerca de 1/3 do genoma do fago no essencial, podendo ser substitudo.
Introduzem-se no fago 3 pedaos de DNA: 2 essenciais e 1 filler o filler
(que se encontra entre os 2 essenciais) depois ignorado, juntando-se e
inserindo-se entre os 2 essenciais DNA foreign para que o DNA possa ter
tamanho suficiente. Com estes pedaos de DNA, os fagos so colocados em
contacto com um extracto bacteriano.

3) Cromossomas artificiais bacterianos (BACs)


Plasmdeos usados para clonagem de segmentos muito longos.
Possuem resistncia a antibiticos e um ori que mantm o plasmdeo com 1
ou 2 cpias por clula.
95

As bactrias que recebem o plasmdeo so tratadas de modo a que as suas


paredes percam estrutura, permitindo o uptake da grande molcula de DNA
de interesse.

PCR (polymerase chain reaction)


2 oligonucletidos sintticos so preparados (primers).
As cadeias de DNA so separadas (95C).
Adicionam-se os primers (arrefecendo).
Adicionar um DNA polimerase estvel a temperaturas elevadas (ex: Taq
polimerase) que sintetiza a cadeia recorrendo aos primers ligados s cadeias
simples e recorrendo a dNTPs do meio (5 3).
Repetindo os passos consegue-se amplificar uma parte da cadeia.
Com endonucleases extrai-se o gene de interesse que foi replicado.

Replicao de DNA
o Dogma central da biologia molecular (alguns vrus podem fugir a este dogma)

96

o Gene poro do cromossoma que determina ou afecta propriedades


fenotpicas
o O DNA sofre de super-enrolamento (super-coiling)
o A replicao do DNA semi-conservativa
cada cadeia de DNA serve de molde para a sntese da
nova cadeia produzindo duas novas molculas de
DNA (cada uma com uma cadeia nova e uma antiga)
o Esta hiptese foi proposta por Watson e Crick
e provada pelos trabalhos de Meselson e Stahl

Clulas de E. Coli cresceram


15
em meio contendo N durante vrias geraes

O DNA foi extrado e


centrifugado em grandiente de densidade

As clulas so lavadas e
passam a crescer com 14N
o
o

As duas cadeias de DNA so replicadas em simultneo


Em E. Coli a replicao do seu cromossoma circular origina uma estrutura em

o As zonas onde comea a replicao (origem) so geralmente ricas em A=T.


o Os garfos de replicao originam-se sempre no mesmo local.
o Quando se d a separao das cadeias para que ocorra a replicao as zonas
contguas tm de se enrolar ainda mais.
o Cadeia molde lida pelo RNA; cadeia condificante a que no lida.
o A nova cadeia de DNA sintetizada de 53 assim a cadeia molde lida de 3
5.
o Como ambas as cadeias so lidas da mesma maneira a sntese semidescontinua uma cadeia sintetizada continuamente, a outra aos bocados
(fragmentos de Okazaki).
o O DNA degradado por nucleases (endo e exo).
o O DNA sintetizado por DNA polimerases.
Transferncia de um grupo fosforilo reaco entre o 3-OH na
extremidade da cadeia a ser sintetizada e o tomo de fsforo do 5

97

trifosfato de desoxinucletido a ser adicionado. Existe assim a libertao de


um pirofosfato inorgnico (PPi).
A garantia de que 2 fosfatos so libertados e que o acido nuclico tem a
orientao para entrar na cadeia deve-se constituio do centro activo do
DNA polimerase que possui trs resduos de Asp + 2 Mg2+ que so capazes
de orientar os fosfatos.
Para alm disso os pares A=T e C G tm geometria semelhante e um
centro activo com um destes nucletidos geralmente acomoda-se ao seu
par.
Se for adicionado um nucletido errado inibido o local onde entrariam
novos nucletidos. Existe, com esta inibio, a actividade do exonucleose
3 5, removendo o par mal emparelhado e a polimerase recomea a sua
actividade (proofreading) - esta tarefa no pode ser considerada como
sendo o contrrio da polimerizao, j que no est envolvido o
pirofosfato. A actividade de polimerizao e a de proofreading esto
associadas a diferentes centros activos do mesmo enzima.
A polimerizao envolve a sntese inicial de um primer de RNA depois
removido; na cadeia atrasada h um RNA primer por fragmento de Okasaki.
Existem pelo menos cinco tipos de DNA polimerases.

o Sistema DNA replicase

A replicao de DNA envolve muitos enzimas e factores proteicos.


1) Helicases separao das duas cadeias para que cada uma possa
servir de molde (com energia do ATP).
2) Topoisomerase aliviam o stress topolgico derivado do
enrolamento, quando se separa a cadeia dupla.
3) Primases sintetizam os primers de RNA necessrios ao incio da
sntese; em E.Coli estes primers so removidos pelo DNA polimerase I.
4) DNA liases ligao das molculas aps remoo dos primers.

Fases de replicao
1) Iniciao
2) Elongao
3) Terminao
1. Iniciao
Reconhecimento da origem de replicao (zona bem conservada rica em A=T).
Ligao do DNAA (complexo proteico).
Desnaturao da dupla hlice.
Ligao do DNAb e do DNAc para manter a desnaturao.

98

2. Elongao

Sntese de cadeias lder e atrasada.


Interveno de DNA helicases, topoisomerases e SSB (para estabilizao de cadeias
j separadas).
Sntese do primer de RNA (10-60 nt) pelo primase.
A sntese das cadeias levada a cabo por um dmero assimtrico de DNA
polimerase III.

3. Terminao
Em E. Coli os dois garfos de reparao eventualmente encontram-se num local
com 20 bp chamado Ter .
Os ter servem de locais de ligao para a protena Tus o complexo Ter Tus
perde o primeiro garfo de reparao que chegar a si impede que um garfo
comece a repetir de mais caso um outro se atrase (por exemplo com processos de
proof reading).
As duas molculas de DNA resultantes esto interligadas (catenanos).
Os catenanos so separados pelo topoisomerase IV.

A replicao em eucariotas semelhante mas mais complexa:


o Os cromossomas eucariotas so maiores.
o A velocidade dos garfos de reparao cerca de 20 x mais baixa que a observada
em E. coli.
o Cada cromossoma tem vrias origens de replicao.
o A terminao da replicao envolve a sntese de estruturas especficas no final de
cada cromossoma telmeros.

Transcrio

Rna
o
o
o
o

Desempenha as suas funes em cadeias simples.


Diversidade estrutural muito superior do DNA.
Armazenamneto e transmisso de informao gentica; catlise
(ribozimas).
O processo de transcrio (converso da informao contida no DNA
para o RNA) semelhante para os 3 tipos mais comuns de RNA.

Semelhanas entre transcrio e replicao


o D se de 5 para 3.
o Necessidade de um molde para sntese.
o Diviso dos processos em 3 fases.

99

Diferenas entre transcrio e replicao


o A transcrio selectiva.
o Apenas uma das cadeias de DNA serve de molde.
o No necessita de um primer iniciador.
o Na transcrio o processo de ligao mais complexo ligao de enzimas ao
DNA iniciao da sntese.

RNA polimerase

Necessita de:
o
o
o
o

o
o
o
o
o
o
o

o
o

Cadeia molde de DNA


5- trifosfatos de ribonuclesidos (ATP, GTP, CTP, UTP)
Mg 2+ e Zn 2+
Funciona de maneira semelhante ao DNA polimerase, elongando a cadeia
de RNA pela adio sucessiva na extremidade C3 ( com OH, sendo que
este funciona como nuclefilo, atacando o fsfoto do triofosfato
ribonuclefilo
Ocorre a libertao de PPi (pirofosfato inorgnico)
A cadeia molde lida de 3 5
A transcrio no comea com primers mas sim com promotores
O primeiro trifosfato ribonucletido no perde um pirofosfato
Forma-se uma bolha de transcrio impedindo a sntese de uma cadeia de
RNA complementar cadeia de DNA errada (a bola tem 17 bp)
Forma-se um duplex DNA-RNA com cerca de 8 bp)
Como o DNA tem forma helicoidal a rotao normal que o DNA teria
impedida por barreiras estruturais; como resultado, o RNA polimerase gera
ondas de superenrolamento positivas frente da bolha de transcrio e
ondas de superenrolamento negativo atrs estes so alinhados por
topoisomerases
A cadeia codificante acaba por ficar com a mesma sequncia que o RNA
sintetizado, excepto no par T/U
Nota : positivo hlice direita, negativo - hlice esquerda

O RNA polimerase em E. Coli composto por 5 principais subunidades (2) e uma


subunidade varivel que varia em termos de tamanho.
Este enzima no possui proof reading 3-5 levando por isso a uma maior taxa de erros
tambm devido ao facto de se sintetizarem vrias cpias de RNA para o mesmo gene.
Acontece por vezes o processo contrrio ao proofreading, no entanto note-se que os
erros no RNA no so to graves como so do DNA, j que este ltimo uma molcula
eterna.
A sntese de RNA comea no promotor: o promotor uma sequncia no DNA ao qual o
RNA polimerase se liga.

100

Revelaram-se, em E. Coli, sequncias semelhantes nas posies 10 e 35 (o local onde


comea o RNA) . Estes locais servem para interaco com a desde 70 (tamanho)
o 10 (5) TATAAT (3) Na cadeia codificante e no na molde!
o 35 (5) TTGACA (3)
o A alterao destas sequncias no promotor compromete a iniciao da
transcrio

O incio da transcrio a fase da transcrio mais regulada e tem duas fases


principais:
1. Ligao
2. Iniciao
1) Ligao
o O polimerase, dirigido pela sua subunidade , liga-se ao
promotor , forma-se um complexo fechado (no qual o DNA
est intacto) e um aberto (onde o DNA est intacto e
parcialmente aberto, perto da posio -10).
2) Iniciao

Inicia-se a transcrio dentro do complexo, levando a uma


alterao conformacional no mesmo. Esta alterao seguida
do movimento do complexo de transcrio, afastando-se do
promotor. Quando o polimerase a entrar na fase de
elongao; a subunidade dissocia-se.
o Na fase de elongao o centro activo o polimerase encontra-se no intervalo
entre as subunidades e .
o A protena WsA liga-se ao polimerase competitivamente com a subunidade .
Assim que a transcrio acaba a NusA desliga-se do polimerase, ligando a
gama - inicia-se nova transcrio ciclos gama
o A transcrio regulada a vrios nveis
A regulao ocorre sobretudo na iniciao:
1) Diferenas nas sequncias promotoras
2) Ligao de protenas perto ou longe do promotor
Nota: as protenas podem ser activadores (ex: CRP) ou repressores (ex:
repressor lac)
Terminao
o Ou dependente ou independente do factor proteico p
o P independentes leva formao de uma regio no RNA em hairpin;
sequncias altamente preservadas de 3 aas na cadeia molde junto da
extremidade - polimerase para
o P dependentes protena p liga-se a uma zona rica em Ca e enzima de 5-3 at
encontrar o complexo de transcrio, obtendo o RNA sintetizado
o

101

RNA polimerase em eucariotas


o Os eucariotas tm 3 RNA polimerases (I, II e III)
o I responsvel pela sntese de um precursor de RNA ribossomal 185,5,55;285
o II- principal responsvel pela sntese de mRNA e outros RNA especializados
o III- sntese de tRNA, rRNA 55; outros RNAs especializados.

Processamento de RNA
o Os mRNAs em eucariotas so modificados pela adio de um resduo de 7
metilguanosina na 5 e uma cauda de polia na 3 preveno em relao
aco de exonucleases
o No existe proteco em procariotas j que aps a sua transcrio estes so
quase imediatamente traduzidos no existe compartimentao celular.
o Os mRNAs sintetizados contm intres, removidos por splicing (complexo RNA
protena snRNPs
o rRNAs e tRNAs so formados por hidrlise de molculas maiores (pelos
nucleases)
o A eliminao de intres prende-se com a presena de sequncias especficas
no seu incio e no seu fim
Sntese de DNA/RNA depende de RNA:
Pelo transcriptase reverso (presente nalguns vrus)
O transcriptase reverso permite a sntese de cDNA a um molde
de RNA

Traduo e sntese proteica

Codo de iniciao AUG


Codo de finalizao UAA; UAG; AGA

Caractersticas do cdigo gentico


1) O cdigo universal (apesar de pequenos desvios na mitocndria e em
organismos unicelulares)
2) O cdigo degenerado mas no ambguo
o Cada aa representado por mais do que um codo mas cada
codo s codifica 1 aa.

Hiptese de Wobble
o Quando vrios codes tm mesmo aa a diferena entre eles geralmente o 3
ribonucletido na posio 3
o O tRNA emparelha com o mRNA atravs de uma sequncia de 3 bases
anticodo. A primeira base do codo emparelha com a terceira base do anti codo.
o Se fossem seguidas as regras de emparelhamento de watson e cricK deveria existir
um tRNA para cada codo no o caso!
o Os anticodes de alguns tRNas contm o nucletido inosinato (coma base
hipoxantina)
102

o
o

Este inosinato tem a capacidade de formar ligao com A, U e G, se bem que estas
ligaes sejam mais fracas que as previstas por Watson e Crick.
Assim, a primeira base de um anti-codo forma uma ligao baloiante (wobble)
coma terceira base do codo

o Hiptese de wobble:
1) As duas primeiras bases do codo formam emparelhamentos fortes Watson-Crick
2) A primeira posio do anti-codo determina o nmero de codes reconhecidos
pelo tRNA. Se aa da primeira posio se encontar:
a) C;A emparelhamento especfico, s um codo reconhecido
b) U; G emparelhamento menos especfico e dois codes podem ser
reconhecidos
c) I podem ser reconhecidos 3 codes

3) Quando um aa especificado por diferentes codes, os codes que diferem em


qualquer das 2 primeiras bases requerem diferentes tRNAs
4) Um mnimo de 31 tRNAs so necessrios para reconhecer os 61 codes (31 para
aas mais um para iniciar)
Nota: como o terceiro codo est ligado levemente correspondente base do
anticodo a taxa de sntese proteica maior j que h uma rpida dissociao
do tRNA

Sntese Proteica

5 passos:
1) Activao de aas
2) Iniciao
3) Elongao
4) Transcrio e reciclagem ribossomal
5) Folding e processamento ps-traducional
1) Activao de aas
a) O grupo carboxilo dos aas tem de ser activado para facilitar a formao de
ligao peptdica
b) Tem de ser criada uma ligao entre cada novo aa e a informao que o
codifica ao nvel do mRNA
o Ambos os requisitos so conseguidos ligando o aa a um tRNA no
primeiro passo da sntese proteica (no citosol) cada aa encontra-se
ligado covalentemente a um tRNA especfico custa de ATP, e usando
enzimas dependentes de Mg 2+ (aminoacil tRNA sintetases)
103

Quando os tRNAs se encontram ligados ao seu aa estes dizem-se


carregados

O RNA mensageiro liga-se subunidade ribossomal mais pequena e ao


aminoacil tRNA iniciador. Liga-se depois subunidade maior para a
formao do complexo de iniciao o aminoacil tRNA emparelha
com o codo AUG.
Este processo necessita de ATP e promovido por protenas citoslicas
chamadas factores de iniciao (IF)

2) Iniciao

3) Elongao
o

o
o

O pptido vai sendo formado pela ligao covalente entre os vrios aas,
cada um dos quais levado at ao ribossoma correctamente posicionado
graas ao seu tRNA que emparelha com o codo certo de mRNA.
A elongao necessita de outras protenas citoslicas (factores de
elongao)
A ligao de cada aminoacil tRNA e o movimento do ribossoma so
processos facilitados pela hidrlise do ATP

4) Terminao e reciclagem ribossomal


o

A terminao da sntese identificada pelos codes de terminao no


mRNA o pptido solta-se do ribossoma (factores de libertao) e o
ribossoma reciclado para outra sntese

5) Folding e processamento ps-traducional


o

Antes ou depois do folding, o pptido pode sofrer processamento


enzimtico, incluindo a remoo de 1 ou mais aas (geralmente do terminal
amina) ; adio de grupos funcionais; clivagem proteoltica; ligao a
oligossacridos ou grupos prostticos

Ribossoma

Contm cerca de 65% de RNA e 35% de protenas


Em E. Coli- 2 subunidades (30s + 50s)
Combinadas 70S
o Ambas as subunidades contm dezenas de protenas ribossomais mais
uma grande molcula de rRNA
o Na subunidade de 50 S (maior ) os RNAs 55 e 23S formam o core
104

o
o
o

No existem protenas na proximidade (18A) do c. a. (centro activo?)


comprova a actividade cataltica do ribossoma
As duas subunidades irregulares encaizam, formando um tnel por onde o
mRNA passa aquando da movimentao do ribossoma
O ribossoma bacteriana contm: 50 S + 30 S
55 rRNA +
23S rRNA +
36
protenas

J o ribossoma eucarionte: 50S =

16S
rRNA+ 21
protenas

60S

5S + 28S + 5,8 S +
aproximadamente
49 protenas

40S
18S +
aproximadamente
33 protenas

tRNA

Relativamente pequenos
Uma cadeia de RNA num folding 3D (73 93 nucletidos)
8 ou mais bases ou acares so modificadas (ex. metilao)
A maior parte possui um guanilato (pG) na extremidade 5 e tem a sequncia CCA na
extremidade 3.
Estrutura em trevo de 4 folhas devido s ligaes de H
Os mais longos possuem um 5 brao
2 das bases tm papel crucial na funo adaptadora: braa do aa (leva um aa
esterificado pelo grupo carboxilo no 2 ou 3 do tRNA) bastante afastados
Brao do anticodo antes o anticodo (7 nucletidos desemparelhados)
- Brao D contm nucletido pouco comum dihidrouridina)
- Brao T

C - contm ribotimidina (T) pseudouridina (

); com residuidade.

Nota: braos d e t.. importantes para a estrutura 3D do tRNA

105

1) Activao dos aas


No citosol o aminoacil- tRNA sintetase esterifica um dos 20 aas aos seus tRNA
correspondente (cada enzima apresenta especificidade). Esta especificidade
prende-se com as diferentes estruturas de cada tRNA. Os vrios
aminoacil.tRNAs sintetases so divididos em 2 classes (I e II) - I (uma
subunidade) e II ( mais do que uma unidade (normal, dimrica)
A ligao do aa ao tRNA ocorre em 2 passos do enzima:
a. Um intermedirio ligado ao enzima aminoacil adenilato (aminoacil
anP) formado.
b. O grupo aminoacil transferido do aminoacil anP para o tRNA
correspondente
O resultado uma ligao ster entre o aa e o tRNA. O pirofosfato formado
hidrolisado garantindo o fornecimento de energia.
Como no ocorre verificao se o aa est ligado ao tRNA certo no ribossoma,
este procedimento tem de ser feito nesta fase, ocorrendo proofreading por
parte do aminoacil-tRNA sintetase.. Assim, o enzima tem 3 pontos de controlo:
a. ligao do aa ao enzima e sntese do aminoacil anP
b. 2 centro activo do enzima o substrato acessvel hidrolisado
c. hidrlise do aminoacil tRNA incorrecto

Interaco entre o aminoacil-tRNA sintetase e o tRNA: um segundo cdigo gentico.


o Um enzima tem de ser especfico no s para 1 aa mas tambm para um certo
tRNA
o A interaco entre o RNA e o tRNA considerada um 2 cdigo gentico
o Alguns nucletidos variam (na mesma posio) de tRNA para tRNA
concentrados no brao do aa e no brao do do anticodo, entre outras zonas.
o Por exemplo, no caso do tRNA este reconhecido pelo aminoacil- tRNA
sintetase especfico devido unicamente a um emparelhamento G=U
106

2) Iniciao da sntese
Comeam no terminal amina vo sendo adicionados resduos
sucessivamente ao terminal carboxilo
Assim, o o codo de iniciao AUG especifica um resduo de metionina no
terminal amina (caso esta metionina no seja hidrolisada, ps
traducionalmente)
Embora a metionina s tenha um codo (AUG) todos os organismos tm 2
tRNAs por metionina (1 para quando AUG o codo de iniciao e outro
quando a metionina tem posio no meio da cadeia)
Em bactrias os dois tipos de tRNA para a metionina so designadas por tRNA
Fnet (para iniciao) e tRNA met
O aa incorporado no tRNA Fmet o N- formilmetionina
A formao deste complexo serve os seguintes passos:
a) Metionina ligada ao tRNA Fmet pelo Met tRNA sintetase
b) Um transformilase transfere um grupo formil do N10
formiltetrahidrofolato para o terminal amina da metionina
O transformilase mais especcifico que o metionina tRNA
sintetase especifico para metionizao ligadas ao tRNA
Fmet
A adio do grupo formil permite a entrada da Fmet no meio
da cadeia
Para alm disso, s o Fmet tRNA F met que tem a
capacidade para se ligar a um local no ribossoma especfico
para a iniciaoda sintese

Em eucariotas no existe Fmet, mas continua a haver um tRNA


especializado para o meio da cadeia:
Elementos necessrios iniciao:
o Subunidade ribossomal 30S
o mRNA
o Fmet tRNA Fmet
o Factores de iniciao (IF 1 , IF 2 , IF 3)
o GTP
o Subunidade ribossomal 50S
o Mg 2+

107

Formao do complexo de iniciao


o 1 - subunidade 30S liga-se a If 1 e If 3 previne a combinao
prematura de 30S com 50S.
o O 5 (AUG) guiado at sua posio correcta pela sequncia de
Shine-Dalgarmo do mRNA esta sequncia emparelha com o rRNA
perto de 3 da 16S do 30 S. esta interaco posiciona a 5 (AUG) no
stio certo do 30S (esta 5(AUG) distinguida das outras AUG pela sua
proximidade sequncia 5D

Os ribossomas bacterianos tm 3 locais para ligar o tRNA:


o A (aminoacil)
o P (peptidil)
o E (exit)
A e P ligam a aminoacil tRNAs : E liga-se a tRNAs descarregados
Os stios A, P e E so criados pela combinao de 30 S com 50 S

O 5 (AUG) posicionado na posio P (nico stio onde se consegue ligar o F met tRNA
F met, sendo este o nico aminoacil RNA que se liga primeiro ao stio P . Esses outros
ligam-se primeiro ao A. O IF 1 impede a ligao do F met tRNA F met no local A
2 o complexo com 30S + If 3 mRNA unido pelo IF 2 ligado a ATP e pelo Fmet tRNA
Fmet emparelhanmento do anticodo com o codo.
3 este complexo liga-se com 50S ao memso tempo que o ATP libertado do IF 2 e
hidrolisado em ADP+ Pi , e todos os 3 IFs saiam agora do complexo
Est assim formado o complexo de iniciao: a ligao correcta do Fmet tRNA F met ao
local P no complexo ribossomal 70S assegurada:
1) Pela interaco codo- anticodo com o AUG no stio p do mRNA
2) Interaco entre sequncia de Shine- Dalgarmo no mRNA e o RNA 16S
3) Interaco entre o local P e o F met tRNA F met

108

A traduo em eucariotas tem algumas diferenas, sendo que a maior parte delas est
na iniciao, onde existem pelo menos 9 IFs; pode dar-se aligao entre as 5 e a 3 do
mRNA pelas PAB (poly a binding protenas); existem factores de iniciao (eIF4A) com
funo de velocidade destruindo a estrutura secundria do mRNA (o que no ocorre
em procariotas, as tradues seguidas de transcries no h compartimentao
celular).

3) Elongao

Necessita de:
o O complexo de iniciao descrito acima.
o Aminoacil-tRNAs.
o Um conjunto de 3 factores de elongao (EF-Tu, EF-Ts, EF-G).
o GTP.

A elongao tem trs passos:


1) Ligao do aminoacil-tRNA:
o O aminoacil-tRNA liga-se a um complexo EF-Tu ligado ao GTP aminoaciltRNA-EF-Tu-GTP que se liga ao stio A GTP hidrolisado e o complexo EFTu-GDP libertado. A sua regenerao envolve o factor EF-Ts.
2) Formao da ligao peptdica:
o Transferncia do N-Formilmetionil do tRNA para o grupo amina do segundo
aminocido, agora no local A. (o grupo -amina actua como nuclefilo para
formar a ligao) forma-se um dipeptidil-tRNA no stio A (o tRNA fica
descarregado) os tRNAs mudam-se para uma posio hbrida; esta reaco
catalisada pela subunidade 23S do ribossoma.
3) Translocao:
o Movimentao do ribossoma num codo em direco a 3-mRNA o tRNA
dipeptidil fica no stio P; o tRNA descarregado passa para E, onde libertado
para o citosol.
o O movimento do ribossoma ao longo do mRNA necessita de EF-G (mais
conhecido como translocase) e a energia dada por outra molcula de GTP.
o A ligao ster entre o tRNA e o grupo carboxilo do aminocido activa o
carboxilo para o ataque nucleoflico.

Elongao em eucariotas:
o 3 factores de elongao citoslicos (eEF1 EF-Tu; eEF1 - EF-Ts; eEF2 EFG)
o No possui stio E o tRNA so directamente do stio P.

109

Proofreading no ribossoma
Dissociao de aminoacil-tRNAs incorrectos.
Grande parte de energia gasta na sntese deve-se garantia da fidelidade do
processo.
o Note-se que a energia fornecida menor necessria para a formao
da ligao peptdica.

4) Terminao

Sinalizada pea presena de um dos trs codes stop (UAA; UAG; UGA)
Em bactrias quando um codo de terminao ocupa o local A, trs factores de
terminao/factores de libertao RF-1, RF-2, RF-3, contribuem para:
o Hidrlise da ligao terminal peptidil-tRNA;
o Libertao da protena livre e do tRNA agora descarregado do stio P;
o Dissociao do ribossoma 70S em 30S e em 50S (feita provavelmentepelo RF3)
RF-1: reconhece UAG e UAA
RF-2: reconhece UGA e UAA
Estes ligam-se ao codo stop e induzem o peptidiltransferase a
transferir o pptido para uma molcula de H2O em vez de para outro
aminocido.
Os RFs tm domnios que imitam a estrutura do tRNA.
Em eucariotas um nico RF reconhece os trs codes stop.
o Polissomas Agregados de 10 a 100 ribossomas ligados mesma molcula de
mRNA.
Sntese simultnea de vrias cadeias polipeptdicas a partir do mesmo
mRNA.

5) Folding e processamento ps-traducional

Modificao do terminal N e C.
o O grupo fornilo e o resduo de metionina so removidos.
o Acetilao do grupo amina em N (eucariotas)
Perda da sequncia de sinal.
o Sequncia que se encontra no incio do pptido para que este chegue sua
localizao celular removida por peptidades.
Adio de grupos prostticos.
Formao de ligaes persulfureto (proteco contra a desnaturao principalmente
por protenas extracelulares).
Fosforilao enzimtica de AA (ocorre nos OH Thr, Tyr, Ser).
Carboxilao de Glu (comum na protrombina usa Ca2+).
Metilao de Lys e Glu.
Ligao de resduos osdicos.
110

Adio de grupos isoprenilo (crtica para a insero da protena na membrana ocorre


com SH da Lys).

Inibio da sntese proteica


Puromicina
o Estrutura semelhante extremidade 3 do tRNA inibindo-o de se ligar
ao stio A produz-se peptidil-puromicina.
o A translocao do ribossoma bloqueada.
Tetraciclina
o Impede o local A.
Cloranfenicol
o Impede a transferncia do peptidilo
o No afecta a sntese citoslica em eucariotas.
Cicloheximida
o Bloqueia a actividade de peptidiltransferases (s em eucariotas).
Estreptomicina
o Baixa concentrao induz erros na leitura do cdigo gentico.
o Alta concentrao inibe a iniciao.
Toxina diftrica
o Inibe eEF2.
Ricina
o Inactiva a subunidade 60S em eucariotas.

111

Metabolismo
o

Objectivos
Obter energia qumica
Converter molculas dos nutrientes em molculas caractersticas das
clulas
Polimerizar os percursores monomricos
Sintetizar e degradar biomolculas necessrias para funes celulares
especializadas
No metabolismo, a escolha de vrios passos numa via serve para por
exemplo, oxidar a glucose prende-se com o facto de que no 1 processo
existem vrias pequenas Eact; se a reaco fosse realizada como um todo
existiria uma grande Eact nica
Vias metablicas srie de reaces consecutivas, catalisadas
enzimaticamente e reguladas de forma articulada
um percursos A convertido num produto final F atravs de
uma srie de intermedirios B, C, D, E (metabolitos)
A organizao dos enzimas nas vias metablicas feita de modo a que se
possa separar de alguma forma reacoes de anabolismo e catabolismo
(tambem com o auxilio, em eucariontes, de compartimentao celular). Para
alem disso costuma existir um complexo de enzimas. Neste costume existir
chaneling do produto, para um segundo enzima, onde P1=S2

Tipos de vias metablicas


Catabolismo convergente
Anabolismo divergente
Ciclo anfiblico

112

Caractersticas das vias metablicas


1) Irreversveis
2) Cada uma tem um passo irreversvel
3) As vias anablicas e catablicas tm de divergir pelo menos em um passo
(a activao de uma via acompanhada, regra geral, pela inibio
recproca de outra)
4) Todas as vias so reguladas (feedback + e -)
5) As vias metablicas nas clulas eucariotas ocorrem em localizaes subcelulares da clula
6) Nos organismos multicelulares, a compartimentao metablica ainda
realizada ao nvel dos tecidos e rgos

Bioenergtica e termodinmica (condies padro)

113

Espontaneidade de uma reaco

Ocorre soma dos G0 quando se acopolam reaces

Gliclise
o
o

A quebra da hexocarbonada glucose em duas molculas tricarbonadas de piruvato


Ocorre em dez passos, divididos em duas fases: endergnica (gasto de ATP) e
exergnica (formao de ATP e NADH)

1) Fosforilao da glucose
A glucose activada com a sua fosforilao em C6
O ATP dona o fosfato forma-se glucose 6-fosfato
Reaco irreversvel, catalisada pelo hexocinase
Tambm precisa de Mg2+ o verdadeiro substrato do hexocinase o
MgATP2+ e no o ATP4 O Mg2+ tira carga negativa ao fosfato este fica mais susceptvel a ataque
nucleoflico do OH da glucose

114

O hexocinase sofre encaixe induzido quando se liga glucose 2 domnios


do enzima aproximam-se aproxima o ATP da glucose + protege o
microambiente enzimtico de H2O que poderia hidrolisar as ligaes
fosfoanidrido do ATP

2) Converso a 6-fosfato de frutose


O enzima fosfohexose isomerase catalisa a isomerizao reversvel da
glucose-6-P a frutose-6-P
O arranjo do carbonilo no C1 e do hidroxilo no C2 necessrio nos dois
prximos passos
Como ambas as formas so parecidas G0 0 reaco reversvel
Isomeriza-se uma aldose a cetose

3) Fosforilao a 1,6-bisP-frutose
A fosfofrutose cinase (PFK-1) catalisa a transferncia de um fosforilo do
ATP para a frutose-6-P
Reaco essencial/irreversvel
1,6-bisP-frutase s tem como destino a gluclise (ao contrrio da
glucose-6-P + frutose-6-P)
O PFK1 um dos enzimas de regulao mais complexos activao em
[ATP] baixa.

115

4)

Hidrlise do 1,6-bisP-frutose
O enzima frutose 1,6-bisfosfato aldolase (aldolase) catalisa a condensao aldlica
reversvel
A frutose 1,6-bisP-frutose clivada em 2 trioses fosfatadas (gliceraldeido 3-fosfato
e fosfato de dihidroxiacetona)
Como existe pouco produto e este pouco consumido existe uma certa tendncia
para a irreversibilidade

5) Interconverso de trioses
O fosfato de dihidroxiacetona rpida e reversivelmente convertido a
gliceraldeido 3-P pelo quinto enzima da via glicoltica triose fosfato isomerase

Final da fase preparatria da Gliclise

6) Oxidao a 1,3-bisP-glicerato
Oxidao do 3-P-gliceraldedo a 1,3-bisP-glicerato catalisada pelo 3-P-gliceraldedo
desidrogenase
A oxidao do aldedo forma um cido carboxlico anidrido com alto potencial
energtico na sua hidrlise

116

7) Transferncia de grupo fosforilo


Este grupo fosforilo transferido para o ADP
Catalisada pelo fosfoglicerato cinase
Transferncia de um fosforilo altamente energtico desde o grupo carboxilo para o
ADP -> ATP + 3-P-glicerato

8) Converso a 2-P-glicerato
O enzima fosfoglicerato mutase catalisa a mudana reversvel do grupo fosforilo de
C-2 para C-3 no glicerato
Mg2+ essencial
A reaco ocorreu em dois passos:
o Um grupo fosforilo ligado a uma His do mutase transferida para o OH do
glicerato -> 2,3-bisfosfatoglicerato
o O fosforilo do C-3 transferido para o mesmo resduo de His

9) Desidratao a fosfoenolpirulato
O enolase promove a remoo reversvel de um H2O do 2-P-glicerato, formando-se
fosfoenolpirulato
A perda de H2O leva redistribuio de energia no substrato, aumentando
significativamente a energia que resultar da hidrlise do grupo fosforilo.

117

10) Transferncia de grupo fosforilo


O fosforilo passa para o ADP, catalisada pelo pirulato cinase, que necessita de K+ e
Mg2+ ou Mn2+
Forma-se pirulato na sua forma enlica e depois rapidamente tautomerizada
para a sua forma ceto
Com variao de energia livre muito negativas G0=-31,4Kj.mol-1

118

Reaco global: glucose + 2ADP + 2AND+ + 2Pi -> 2pirulato + 2NADH + 2H+ + 2ATP +
2H20
G0=-85Kj.mol-1 (muita energia ainda contida no pirulato)

O pirulato ou serve para:


o Fermentao alcolica (etanol + CO2)
o Aerobiose (CO2 + H2O)
o Anaerobiose (lactato) -> fermentao lctea -> regenerao NAD+

Importncia da fosforilao:
o Todos os intermedirios glicolticos so fosforilados:
1) No h transportadores para derivadas fosforilados das oses-> a
clula no gasta energia na manuteno dos intermedirios no seu
interior
2) Os grupos fosforilo so componentes essenciais da conservao
enzimtica de energia metablica -> a funo de intermedirios
fosforilados de elevado contedo energtico (1,3-bisP-glicerato e
PEP) essencial para sntese de ATP
3) A energia de ligao dos grupos P ao centro activo das enzimas
baixa a energia de activao e aumenta a especificidadecomplexas Mg2+ desempenham papel importante.

Em anaerobiose gasta-se muito mais glucose para obter a mesma energia efeito
de Pasteur.

119