#pacotesaseremutilizados

require(ds)
require(multcomp)
require(car)

#exemplo1
#probabilidadededoenacardacaemcesemfunodaidade
#varivel(qualitativa)incidncia(doenapresenteouausente)
incidencia=as.factor(c(rep(0,9),rep(1,1),rep(0,13),rep(1,2),rep(0,9),rep(1,3),re
p(0,10),rep(1,5),rep(0,7),rep(1,6),rep(0,3),rep(1,5),rep(0,4),rep(1,13),rep(0,2),r
ep(1,8)))
#varivel(quantitativa)idade(variandode8a15anos)
idade=c(rep(8,10),rep(9,15), rep(10,12), rep(11,15), rep(12,13), rep(13,8),
rep(14,17),rep(15,10))
#0nodoente
#1doente
#vamosobservarosdadosemumatabela
dados=data.frame(idade,incidencia)
dados

#vamostrocarossmbolos
a="Nodoente"
b="Doente"
incidencia=as.factor(c(rep(a,9),rep(b,1),rep(a,13),rep(b,2),rep(a,9),rep(b,3),rep
(a,10),rep(b,5),rep(a,7),rep(b,6),rep(a,3),rep(b,5),rep(a,4),rep(b,13),rep(a,2),re
p(b,8)))
incidencia
#paraquesejaestimadaaprobabilidadededoentedevesefazer
incidencia=relevel(incidencia,ref="Nodoente")
incidencia
#organizandotudoemumdata.frame
dados=data.frame(idade,incidencia)
dados

#tabelacomfreqnciasabsolutas
t=table(idade,incidencia)
t

#tabelacomfreqnciasrelativas
prop.table(t,1)

#tabelacomfreqnciaspercentuais
p=prop.table(t,1)*100
p
#vamosobservargraficamenteaevoluodafreqnciadedoenaem
funodaidadedoanimal
Frequncia=p[,2]
Idade=c(8:15)
plot(Frequncia~Idade,type="o",lty=2,col=2)

#ummodeloquepodeestimaraprobabilidadededoenaemfunodo
tempoomodelologstico:p=1/(1+e(a+bx1))
#noRpodeseestimarviamodeloslinearesgeneralizados(glm)atravs
dafunoglm()

#ajustandoomodelo
m1=glm(incidencia~idade,family=binomial,data=dados)
m1
#testaainclusodavarivelidade(idade)nomodelo(deveentrar,pois
p<0,05)
anova(m1,test="Chisq")
#ento,podeseconcluirqueavarivelidadeinflunciaestatisticamente
aincidnciadedoenacardacaemces

#vamosobservaremumgrfico
a1=coef(m1)[1]
b1=coef(m1)[2]
a1;b1
f1=function(x){1/(1+exp(a1b1*x))}
f1
plot(Frequncia/100~Idade,xlab="Idade(anos)",ylab="Frequnciarelativa")
curve(f1,8,15,lty=2,col=2,add=T)

#vamosestimarprobabilidades
#probabilidadedeumcocom8anosteralgumadoenacoronariana
f1(8)
#probabilidadedeumcocom8,5anosteralgumadoenacoronariana
f1(8.5)
#etc

#oddsratio(razodechances)
coef(m1)
exp(coef(m1))#odds
confint(m1)
exp(confint(m1))#intervalodeconfianadaodds
odds=data.frame(odds=exp(coef(m1)),IC=exp(confint(m1)))
odds=odds[1,]
round(odds,2)
#achancededoenacoronarianaaumentaemmdia75%acadaanode
idadedoanimal

#achancedeumanimalde10anosterumadoenacoronarianaem
relaoaumanimalde8ano:
exp(b1*(108))

#achancedeumanimalde15anosterumadoenacoronarianaem
relaoaumanimalde8ano:
exp(b1*(158))

# a chance de um animal de 9 anos ter uma doena coronariana em

relaoaumanimalde8ano:
exp(b1*(98))
#etc

#exemplo2(regressologsticamltipla)
#doenacardacaemfunodosexoedoporte(tamanho)doanimal
incidencia2=as.factor(c(rep('doente',9),rep('no
doente',41),rep('doente',13),rep('nodoente',37)))
sexo=as.factor(c(rep('macho',50),rep('fmea',50)))
tamanho=as.factor(c(rep('pequeno',1),rep('mdio',2),
rep('pequeno',16),rep('mdio',15),
rep('pequeno',1),rep('mdio',2),

rep('grande',6),
rep('grande',10),
rep('grande',10),

rep('pequeno',13),rep('mdio',12),rep('grande',12)))

dados2=data.frame(incidencia2,sexo,tamanho)
dados2

#paraquesejaestimadaaprobabilidadededoentedevesefazer
incidencia2=relevel(incidencia2,ref="nodoente")
incidencia2
tamanho=relevel(tamanho,ref="pequeno")
tamanho

#organizandotudoemumdata.frame
dados3=data.frame(incidencia2,sexo,tamanho)
dados3

#tabelacomfreqnciasabsolutas
t1=table(sexo,incidencia2)
t1
t2=table(tamanho,incidencia2)
t2
#tabelacomfreqnciaspercentuais
p1=prop.table(t1,1)*100
p1
p2=prop.table(t2,1)*100
p2
#noentranomodelo(pmaiorque0.20)
chisq.test(t1)
#entranomodelo(pmenorque0.20)
chisq.test(t2)

#ajustandoomodelo
m2=glm(incidencia2~tamanho,family=binomial,data=dados3)
m2

#testaainclusodavarivelidade(idade)nomodelo(deveentrar,pois
p<0,05)
anova(m2,test="Chisq")

#aoddsratio
exp(coef(m2))
exp(confint(m2))
odds=data.frame(odds=exp(coef(m2)),IC=exp(confint(m2)))
odds=odds[1,]
round(odds,2)

#achanceumanimaldeportegrandedoenteemrelaoaumdeporte
pequeno10.55vezesmaior(esignificativo)
#achanceumanimaldeportemdioestardoenteemrelaoaumde
portepequeno2.15vezesmaior(enosignificativo)

#modelocompleto
m3=glm(incidencia2~tamanho+sexo+tamanho*sexo,

family=binomial,

data=dados3)
m3
#quandonomodeloonmerodevariveisforsuperiora2usarafuno
Anova()dopacotecar
Anova(m3,type=3)
#valordepdoquiquadradoparaareduonadeviancedevidoaofator
tamanho
1pchisq(8.3011,2)
#ouento
step(m3)

#dadosdecontagem
Cow farm lact

scc

50

500

40

10

45

13

180

16

100

200

150

35

11

60

14

90

17

80

250

200

150

12

120

15

210

18

150

dados=read.table("clipboard",head=TRUE)

summary(dados)
dados$lact=as.factor(dados$lact)
summary(dados)
#modelo
modelo=glm(scc~farm+lact,family="quasipoisson",data=dados)
#significnciadasvariveisnomodelo
anova(modelo,test="Chisq")

#testeparacompararosefeitos
require(multcomp)
#paracompararasfazendas
y1=glht(modelo,linfct=mcp(farm="Tukey"))
summary(y1,test=adjusted("none"))
cld(y1,test=adjusted("none"))

#paracompararaslactaes
y2=glht(modelo,linfct=mcp(lact="Tukey"))
summary(y2,test=adjusted("none"))
cld(y2,test=adjusted("none"))