Alinhar a molcula com o eixo Z:

1-Desenhar a molcula no ChemDraw Ultra 12.0, copiar a estrutura

selecionada e colar no
Chem3D Pro 12.0.

2-No Chem3D Pro 12.0 clicar na seta de cursor no lado esquerdo com o
boto direito, na tabela de opes aparece como primeira opo Toolbars,
mas clicar na opo que est quase no fim: Atom Property Table, da
aparece uma tabela que eu posso selecionar mais de uma tomo
simultaneamente, escolher dois tomos dos extremos das molculas.

3-Ir em: Structure .....Model Position.....Aligh Model with the Z axis

4-Ento salvar a estrutura alinhada ao eixo z, com: File ....Save as...

Ok.