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As interacções reversíveis de biomoléculas são feitas por três tipos de ligação não
covalente.
Ligações electrostáticas: um grupo carregado num substrato pode atrair um grupo com
carga oposta. A força electrostática entre cargas eléctricas é dada pela seguinte fórmula:
1 q q 1
F= . 12 2 .
4 π ε0 r εr
A atracção é maior no vácuo (ε r=1) e é mais fraca em meio aquoso (ε r=80 ). Logo a
força entre cargas eléctricas no meio aquoso (numa mesma distância) vai ser 80 vezes menor
do que no vácuo.
As pontes de hidrogénio são mais fortes do que as ligações de van der Waals, mas
muito mais fracas do que as covalentes. Uma importante característica das pontes de
hidrogénio é que elas são muito direccionais. As pontes de hidrogénio mais fortes são aquelas
em que os átomos: dador, hidrogénio e aceitador são colineares. As pontes variam entre si em
termos de energia visto dependerem dos grupos envolvidos e da orientação dos mesmos.
Ligações de van der Waals: embora mais fracas e menos especificas do que as ligações
electrostáticas e de hidrogénio, as ligações de van der Waals não são muito importantes em
sistemas biológicos. A base de uma ligação de van der Waals é que a distribuição de carga
eléctrica em torno de um átomo muda com o tempo. Num dado instante, a distribuição de
cargas não é perfeitamente simétrica. Esta assimetria transitória na carga eléctrica em torno
de um átomo favorece uma assimetria semelhante na distribuição de electrões em torno dos
átomos vizinhos. A interacção resultante entre um par de átomos aumento à medida que eles
chegam mais perto, até que estejam separados pela distância de contacto de van der Waals. A
uma distância mais curta, predominam forças de repulsão muito intensas porque as nuvens de
electrões sobrepõem-se.
Em suma,
Ligação de átomos para formação de moléculas (intra) e ente moléculas (inter).
As propriedades biologicamente importantes da água são a sua polaridade e o seu
poder de coesão.
A água é uma molécula polar. A forma da molécula é triangular e não é linear, assim há
uma distribuição assimétrica de cargas. O núcleo de oxigénio puxa os electrões para longe dos
núcleos com um balanço negativo de cargas. A molécula de água é, portanto, uma estrutura
electricamente polar.
A água é altamente coesiva. Moléculas vizinhas de água têm alta afinidade umas pelas
outras. Uma região com carga positiva numa molécula de água tende a orientar-se em
direcção a uma região com carga negativa numa das suas vizinhas. O gelo tem uma estrutura
cristalina muito regular, em que todas as suas possíveis pontes de hidrogénio são feitas. A
água liquida tem uma estrutura parcialmente ordenada em que aglomerados de moléculas
ligas por pontes de hidrogénio estão continuamente a serem formadas e quebradas. Cada
molécula faz ponte de hidrogénio com uma média de 3,4 vizinhas na água líquida em
comparação com 4 no gelo.
A polaridade e a capacidade de formação de pontes de hidrogénio da água fazem dela
uma molécula com grande poder de interacção.
Energia de Gibbs:
Quando o NaCl se junta com a água, a entropia aumenta (formação ião – dipolo). A
entropia da água diminui. A água vai-se organizar à volta deles, para a entropia diminuir.
∆ G=∆ H−T ∆ S
∆ G>0 Imiscível
Estão-se a formar iões dipolo e a quebrarem-se iões dipolo é muito complicado prever
as reacções de sais.
Azeite + água (ou hexano, molécula apolar) – tem tendência para se agrupar. À volta
de uma gota de água organiza-se e a entropia da água diminui. Com a segunda gota, as
moléculas de água vão-se organizar. Quando fica uma molécula maior a água perde menos
energia.
∆ G<0 Espontâneo
∆ G=∆ H−T ∆ S
∆ H >0 Endoenergético (quebra)
∆ G=∆ H−T ∆ S
Há algumas moléculas que vão para um lado e para o outro (aumenta a entropia). Mas
a água perde entropia. As moléculas de água em torno das moléculas de n-octano perdem
movimento de rotação, relativamente a outras moléculas de água que interagem com outras
moléculas de água.
n−octano ( aq )
K= ∆ Gº =−R TlnK
n−octano (l )
Proteínas
Funções:
Catálise enzimática
Transporte de membrana (ex: Hb transporta O 2,...)
Movimento coordenado (componente dos músculos)
Sustentação mecânica (tensão da pele é devido a uma proteína fibrosa)
Protecção imunitária (anticorpos – são proteínas especificas)
Geração e transmissão de impulsos nervosos
Controlo do crescimento e da diferenciação
N H 2).
Os estados de ionização dependem do pH.
Com os quatro grupos substituintes diferentes ligados ao C – α , os α aminoácidos são
quirais. Existem dois estereoisómeros denominados isómeros L e D. No entanto, são os
aminoácidos L que são encontrados nas proteínas.
Vinte tipos de cadeias laterais, variando em tamanho, forma, carga, capacidade de
formação de pontes de hidrogénio e reactividade química, são comummente encontrados em
proteínas. Todas as proteínas em todas as espécies, de bactérias a seres humanos, são
construídas a partir do mesmo conjunto de 20 aminoácidos. A notável gama de funções
exercidas por elas resulta da diversidade e da versatilidade desses 20 tipos de precursores.
R-alifático
R-aromático
R-álcool alifático
R-aromático
R-ácidos
Ácido Aspártico (Asp, D) Ácido glutâmico (Glu, E) Asparagina (Asn, N) Glutamina (Gln, Q)
A ligação C−N tem um carácter intermédio entre ligações simples e duplas (por
causa do equação).
H – carbonil
H – amino Na configuração trans
Grupos laterais orientadas para fora (e não para o interior porque são
hidrofílicas).
Com excepção dos 4 primeiros e os 4 últimos os aminoácidos têm os grupos
+¿¿
carbonil e amido com pontes de H intracadeia.
1 Volta – 3,6 aminoácidos
Hélice mais apertada, passo menor (grupo CO do aminoácido n forma ponte
com o grupo NH do aminoácido n+ 4 )
A folha pregueada β difere muito da héliceα . Uma cadeia peptídica numa folha
pregueada β , chamada de fita β , é quase totalmente distendida em vez de firmemente
enrolada como da α hélice. A distância axial entre os aminoácidos adjacentes é de 3,5 Å , em
contraste com os 1,5 Å da héliceα . Outra diferença é que a folha pregueada β é estabilizada
por pontes de hidrogénio entre grupos NH e CO em fitas peptídicas diferentes, enquanto nas
hélicesα as pontes de H entre grupos NH e CO são no mesmo filamento. Cadeias
+¿¿
adjacentes numa folha pregueada β podem se estender no mesmo sentido (folha β paralela
ou em sentidos opostos (folha β antiparalela).
ENOVELAMENTO E PLANEJAMENTO DE PROTEÍNAS
Os glóbulos amorfos contendo uma estrutura secundária nativa são formados bem
cedo no enrolamento.
Em suma,
Gráficos de Ramanchandran:
Hélices α
Folha pregueada β
Zonas de conformação não repetitiva
Conformação dos ângulos ∅ e φ em torno do Cα
Uma proteína no estado desdobrável, cada ligação em torno do Cα tem uma liberdade
de movimentos enorme e está sempre a variar em ângulos enormes – então, maior liberdade
rotacional maior entropia.
Quando uma proteína se desdobra é para aproximar grupos com afinidade entre si e
formam uma interacção favorável. Dentro de uma proteína: F. London, van der Waals (entre os
+¿¿
grupos com natureza apolar / hidrofóbica) e pontes de H .
No interior é eliminada a água; interacção hidrofóbica (como na formação de micélios),
não é uma estrutura muito estável.
∆ G=20,40 kJ /mol- Para uma proteína toda ∆ G=406 kJ /mol .
Para o desdobramento de proteínas:
+¿¿
- Pontes de H .
- Van der Waals.
- Algumas interacções iónicas.
- (…)
SDS – PAGE:
Aplicações possíveis: proteínas que se desconhece o peso molecular
Focagem isoeléctrica: todas as proteínas que migram têm de ter a mesma
carga. Mistura de polinfócitos (ácido no fundo base no topo)
pH igual, a carga isoeléctrica fica com carga nula.
Ponto isoeléctrico; separar proteínas com base no ponto isoeléctrico
o Focagem: é muito aperfeiçoada porque o pH pode variar 0,1.
Determinação da estrutura primária de proteínas:
Separa-se:
- Troca iónica
4) Determinação do N-terminus
Etapas de sequência de proteínas
Método de Sanger (cadeia polipeptídica, amostra de proteína, apenas com
as ligações dissulfureto quebradas e fluoriditrobenzeno EDNB)
5) Determinação do C-terminus (método enzimático)
. Proteases que hidrolisam cadeias polipeptídicas no seu interior.
Sequenciação de Edman
1) Reacção N-terminus com o reagente.
2) Ataques electrónicos
3) (forma) feniltiodantenina
A tripsina (os seus substratos são proteínas) actua em qualquer proteína, mas hidrolisa
ligações peptídicas que se situam após aminoácidos básicos Lys e Arg. Esta quebra do lado do
grupo carbonilo à direita – vai hidrolisar e vai originar duas cadeias polipeptídicas, em que o C-
terminus é a Lys ou Arg.
Conceitos de Ácido-Base:
−¿ ¿
+ ¿+O H ¿
Ionização da água: H 2 O ↔ H
K w =¿
pH=−log ¿ ¿
−7
pH= pK + log¿ ¿
1
pI = ( pK + pK )
2
1
pK=−logK =log
k
MIOGLOBINA E HEMOGLOBINA:
O heme é constituído por uma parte orgânica e um átomo de ferro. A parte orgânica,
protoporfirina, é feita de quatro anéis pirrólicos (o átomo de ferro pode formar 6 ligações).
O átomo de ferro pode estar no estado de oxidação ferroso (+2) ou no férrico (+3) e as
formas correspondentes de hemoglobina são chamadas de ferro – hemoglobina e ferri-
hemoglobina (também chamada de matahemoglobina). Somente a ferrohemoglobina, o
estado de oxidação +2, pode ligar-se ao oxigénio. O mesmo se aplica à mioglobina.
O2 (d )↔ O2 (g)
HEMOGLOBINA: α 2 β 2
O que difere a mioglobina da hemoglobina é que esta tem estrutura quaternária, tem
4 subunidades e que são iguais 2 a 2.
α não tem a haver com Cα . Muito embora a cadeia seja diferente da mioglobina, as
cadeias terciárias são muito idênticas.
Cada subunidade é muito análoga à mioglobina (porque existe o grupo heme).
Hemoglobina pode ligar até 4 ligações ao O 2 – principal diferença
153 a . a . ,a cadeiaα 151.
Equação de saturação:
Subunidades de Hb e Mb (são muito semelhantes)
Curvas de ligação do O 2 de Hb e Mb (Mb tem mais afinidade para o O 2)
Sugere que, por exemplo, para atingir 20% de saturação de O 2, temos de ir para uma
pressão de O 2 alta.
Desoxi e Hb com uma molécula de O 2, está muito para a desoxi.
| HbO2|
Mas uma vez que a primeira molécula de O 2 ligada, a curva dá um salto grande, de
20 →30 . De uma molécula de O2 para 3. A primeira ligação facilita da 2ª, 3ª e 4ª.
A ligação sucessiva de moléculas de O 2 à Hb, não é independente, têm influência entre
si – efeito cooperativo.
Quando uma molécula pode ligar mais de um ligando (iguais ou diferentes), influencia
a actividade dos outros, é o efeito cooperativo. Neste caso é positivo porque facilita a ligação
das outras. Esta é negativa se não facilitasse.
- Grande diferença da hemoglobina à mioglobina.
Porque é que a saturação da Hb é mais baixa que a da mioglobina?
A mioglobina intracelular (células musculares). Para a mioglobina ficar saturada tem de
“roubar” o O 2 à hemoglobina. Não rouba, porque o O 2 anda a passar de uns sítios para os
outros. E não há transferência directa, primeiro é dissolvido. Não influência o equilíbrio da
hemoglobina com a mioglobina, a transferência dá-se na mesma.
A PO no ar é 150 mmHg, mas nos alvéolos dos pulmões (trocas gasosas) é mais baixo.
2
Se tivesse uma proteína que liga o O 2 com um P50 com 50 mmHg (isto
hipoteticamente) teria uma relação tipo:
PO
y¿= ¿
2
, onde K ¿ d=P50
K d+ PO 2
Para a hemoglobina ela é de oitenta e tal %. Para uma pressão de 20 mmHg essa curva
ia apresentar 0,47 de saturação.
Substitui aquelas quatro por um só. Um truque para tentar chegar a qualquer coisa
quantitativa para dar um valor de cooperatividade.
Que traduza o comportamento de uma proteína 100% cooperativo.
Hb+n O 2 ↔ Hb ( O 2 )n ligaria n moléculas de O2 de uma só vez. A cooperatividade é
máxima no caso da Hb que tem quatro locais de ligação, se o n=4 (cooperatividade máxima) e
n=1 (cooperatividade mínima).
PO y PnO
y= ¿
¿ 2
⇔ = 2
K d+ PO 1− y P50
2
y
log =nlog O 2 −nlog P50
1− y
α 2 β1
β 2 α1
Quando ocorrem as alterações, estas zonas de contacto podem induzir noutras cadeias
alterações também.
Transição T – R em hemoglobina
A conformação desoxi é a designada pela forma T – tensa (com baixa afinidade para o
O 2)
Todos os grupos carboxilos terminais estão a formar pontes ou com cadeias com carga
eléctrica (Lys, L) e outras pontes, intracadeia, entre as cargas opostas de cadeias diferentes (4
pontes).
Como ele está ligado ao anel, vai provocar uma alteração conformacional na cadeia
polipeptídica (e ela está ligada a outras cadeias). Quebra 8 ligações iónicas (é muito forte)
destabiliza-as, a forma T.
A rodear o BP6 vão estar muitos grupos com cargas positivas (Lys, His, …). Está
rodeado por grupos com cargas eléctricas opostas. Quando se dá a oxigenação, o BP6 é
expulso, estas ligações têm de ser quebradas (alteração conformacional e depois é expulso).
Está no interior das hemáceas tal como a Hb. O O 2 está ligado ao grupo heme
(interage com os grupos laterais) – reversibilidade.
A concentração de C O 2 e H
+¿¿
está mais concentrada nas zonas periféricas.
Hb ( O2) y + x H +¿↔ Hb ¿¿ ¿
+¿ ¿
H
C O 2 ( d )+ H 2 O ( l ) ↔ HC O −¿+ ¿
3
Hb¿ ¿
−¿↔C O2 + H 2 O ¿
H +¿+HC O 3 ¿
Patologias:
Hemáceas normais e anemia falciforme:
Anemia falciforme é genético, existe nas populações negras, sob a
forma homozigótica. Tem baixo nível de hemoglobina no sangue. As hemáceas
são mais alongadas, que provoca uma tendência de se juntarem e formarem
coágulos que bloqueiam a circulação e que pode destruir ou alterar os tecidos.
Agregação da Hb em anemia falciforme:
Agrega ------- aglomerados ------- fibrilas (tudo por uma mutação só)
ENZIMAS
Sabemos que para a reacção ocorrer, as moléculas têm de colidir com uma certa
energia e com uma certa conformação. Na passagem de reagentes para produtos temos de
passar pelo estado intermédio (em que umas ligações se estão a formar e outras a quebrar,
tem muita energia, estado de transição).
A−B+ C ↔ A−C+ B
∆ G=0
∆ G °=−RTln K eq
KI −G ¿
¿
h
exp [ ]
RT
[ S]
E+ S ↔ ES↔ EP↔ E+ P
Leonor Michaelis e Maud Menten ( a cinética enzimática foi apresentada por estes dois
cientistas)
Nº de moles de produto por unidade de tempo – velocidade
−dS 1 d [ S]
v= × ⇔−
dt V dt
Quando nada nos é dito relativamente ao tempo, considera-se o inicial.
−d [ S ]
v o= |
dt t =0
S↔P
Para baixas concentrações observaram uma reacção mais ou menos linear. Mas à
medida que aumentava, a velocidade tendia para um valor assimptótico (máximo). Relação
hiperbólica.
v máx será progressivamente aproximado para grandes concentrações de substrato. Os
mesmos propuseram um mecanismo:
- Supondo-se que a etapa de formação de produtos é muito rápida pode-se
subentender aquela do meio.
E+ S ↔ ES↔ E+ P
Michaelis – Menten:
[ E ] t =[ E ] +[ ES]eq .2
K 1 ( [ E ] t− [ ES ] ) [ S ] =( K 1 + K 2 ) [ ES]
[ E ]+[ S ]
[ ES ] =
K 1 + K 2+[S ]
Para baixas concentrações é linear, para valores altos tende para o máximo.
v máx [ S ]
v 0=
K m +[ S ]
K m =¿ constante de Michaelis – Menten
Quando [ S ] =K m
v máx [ S ] v máx
v o= =
2[S] 2
E+ S ↔ ES↔ E+ P
Os mesmos chegaram aquilo sem K 2, mas nem sempre é verdade. O Briggs neste caso
é melhor.
O que altera?
vi mantém-se
K m aumenta.
Gráfico de Lenwaver:
Se lhe acrescentar o inibidor
[ ES ][ I ]
KI =
[ ESI ]
E+ S ↔ ES↔ E+ P
vm
[S]
α 0
v o=
Km
+[ S ]
α'
3. Inibição mista (combinação dos dois anteriores): ter uma situação em que o
inibidor se liga à enzima livre, como pode ligar à espécie intermédia ES .
E+ S ↔ ES↔ E+ P
Vem sempre (mesmo com saturação) o inibidor ligado a ES , ele actua, logo v m
vem afectado K m pode vir aumentado ou diminuído. Normalmente vem
aumentado, porque a equação que traduz a velocidade reaccional é diferente da
outra com inibição mista,
vm
[S]
α' 0
v 0=
α
K m +[ S ]
α'
1
v m diminui; aumenta
vm
1
K m aumenta; faz deslocar para a direita
km
Dentro da inibição mista, um caso particular é se α =α ' , e o K m não vem afectado,
e o v m altera. Só um é afectado.
EI + S=ESI
KI =KI '
Três tipos de inibição pura (na realidade há misturas, os dois últimos vêm-se em
enzimas com mais de um substrato)
Ex: A+ B → P+Q inibidor liga-se ao local de ligação de B.
Aplicações Práticas:
“Alguns fármacos não são mais do que inibidores”
(1) Catalisam-se glúcidos para ter ATP. Se há muito ATP, o nível energético é alto.
(2) É um composto que intervém no ciclo de Krebs. Se acumula muito citrato há mais
compostos do ciclo de Krebs que advém da glicose.
- AMP (a)
(a) É o produto da perda de ATP por grupos difosfato; quando o ATP é baixo o AMP é
alto.
Todos estes modeladores ligam-se ao mesmo sítio (local de regulador alostérico) que
altera a cinética.
Quanto maior a concentração de ATP mais moléculas se ligam ao centro activo, mas
sim, também mais moléculas se podem ligar.
Forma-se um Ester:
Ex: Fosforilase de glicogénio é uma enzima dimérica. Quando as duas serinas são
fosforiladas a fosforilase muda de conformação. Quando o nível energético é reposto há que
retirar os fosfatos.
Calmodulina: é um sensor de ¿
Elas tendem a ligar, quando há muito cálcio. Liga iões cálcio e a sua conformação
altera, e depois pode-se ligar aquelas enzimas. (enzimas que regulam o C a 2+¿¿ e calmodulina.
ATP – também envolve uma ose – é uma fonte imediata de energia celular.
O que são quimicamente?
São compostos que têm um grupo carbonil (em várias formas) e vários grupos
hidroxilo.
Pode ocorrer em oses com 5 ou 6 átomos de carbono só, porque têm estruturas
químicas que são mais estáveis.
O D-glucose quando ciclisa fica com um novo centro quiral que tem ligado a si em éter
e hidroxilo simlultaneamente.
β−D−glucopiranose 66,6 %
Não quer dizer que fique sempre assim, as moléculas estão sempre a alterar.
Projecções de Haworth
Pentoses:
Projecções de Fisher:
Pode atacar o carbonil e formar uma estrutura cíclica que tem
quantos átomos? 5. Formam-se anéis com 5 átomos.
O O 2 ataca o C1- é onde fecha.
Os nomes aqui derivam do éter cíclico furano.
Esta molécula tem a particularidade de formar anéis com 6 átomos. Se for o oxigénio
da cauda a atacar:
Hidroxilo à direita é para baixo. Não existe cauda, porque fecha no último. No outro
como fecha no 4 ainda dobrava aquele grupo.
Em solução aquosa pura esta forma é preponderante (a β ). Mas quando tem mais
coisas ligadas é a α a mais preponderante:
Se for aquele a atacar forma uma furanose. À direita do O 2, conta-se aquele que foi
atacar, que neste caso foi o C2.
Poder redutor dos açúcares (propriedade química muito importante das oses)
Têm poder redutor (para reduzir alguns agentes), às vezes é usado para
identificar / quantificar oses em solução.
Quimicamente o que acontece à ose? O grupo aldeído passa a grupo carboxilo (esta é
a mais preponderante nas aldoses) forma ácido aldónico.
Ligações n-glicosídicas
Formação de dissacarídeos
Ex: maltose (α :1 → 4 entre duas subunidades de glucose)
Nome sistemático do dissacarídeo
Ex: lactose (dissacarídeo de D-galactose e D-glucose)
Ex: sacarose (D-glucose + D-frutose)
Polissacarídeos de reserva: ex. o amido (nas plantas, células dos tubérculos, e a função
é de reserva energética, armazenada para o crescimento). O amido é formado apenas por
glucose. Há dois tipos de estrutura dentro deste – formado por cadeias de glucose muito
grandes (acaba por se tornar insolúvel em meios aquosos). Só é solúvel quando parcialmente
hidrolizado, quebrando-o em moléculas mais pequelas.
Peso molecular muito grande, 1 milhão de Da.
No mínimo estão a formar uma ponte de hidrogénio e uma cadeia linear de glucose
β 1 → 4 . Podemos ter muitas unidades de glucose numa cadeia (costuma estar na parede
celular). Cadeias de celulose dispõem-se lado a lado (40 a 60) e formam 1 fibrilo, e entre elas
pode formar pontes de hidrogénio (inter e intracadeia). Polissacarídeos que se podem misturar
com a celulose (químico vegetal).
Propriedades físicas:
Só a celulose não é muito rígida, mas a mistura com hemicelulose e ligina faz
com que seja.
A cadeia de celulose tem uma conformação estendida, pontes de hidrogénio,
que não permitem que a celulose ceda e seja distensível e que rompa com
facilidade.
É um dos principais constituintes, por exemplo, na madeira, algodão e tem
muita resistência.
É uma função sobretudo estrutural, e um pouco protectora. É o composto
mais abundante na Terra (para além da água).
Muitos outros polissacarídeos que apresentam nas suas estruturas oses derivadas (que
não aparecem nas oses propriamente ditas).
Onde numa ose aparece um hidroxilo, não ele mas 1 H
+¿¿
- desoxioses (Ex:
DNA, desoxirribose), oses L (cauda em baixo)
Oses aminadas ou osaminadas (com grupos amina), onde havia um OH tem
um N H 2. Ex: galactosamina.
As oses aminadas podem aparecer com aminas primárias ou com derivações naquele
grupo, como o acetil.
Outra derivação:
o Oses acídicas (com grupos carboxílicos) Ex: ácido glucónico (reagente
de Folin ou Benedict, este é um dos produtos às vezes formados)
É um homopolissacarídeo de n-glucosaminica.
Ligação β 1 → 4
Peptidoglicanos: estão presentes nas paredes celulares de bactérias (Gram +, Gram -).
Estrutura: formados por cadeias de ósidos que tem uma camada repetitiva de 2 oses.
Propriedades biológicas
Muitas das proteínas presentes no plasma são glicosiladas, e muitas
interacções entre células são modificadas por glicolisação. Podem variar o
tempo de vida da proteína.
Propriedades imunológicas: grupos sanguíneos: ABO
Oligossacarídeos presentes à superfície nas membranas celulares das
hemáceas.
3º tipo de Proteoglicanos:
Exemplos:
LÍPIDOS
Cis (conformação) – conformação num ácido gordo insaturado (tipo cotovelo, nas
ligações duplas)
C 16 :1(∆9 ) – ácido gordo com 16 átomos de carbono (ao todo), que tem uma ligação
dupla que está no carbono 9 – 10
Ácidos polisaturado
18 : 3( ∆9,12,25)
Gorduras alimentares.
Glicerofosfolípidos – fosfoglicéridos
Galactolípidos – carga neutra (membrana das tilacóides ou cloroplastos)