Variação das frequências alélicas ao longo das gerações

Migração Mutação

+ +
População
Ne

-
Selecção Deriva

1
Biologia Evolutiva - Octavio S. Paulo
O principio do Equilíbrio Hardy-Weinberg

Contexto histórico da descoberta -1908

Descobertas independentes

Hardy

Weinberg

Biologia Evolutiva - Octavio S. Paulo 2

 Frequências genotipicas
Frequências Genotipicas – proporção da população que ocorre
com um dado genótipo:

abs freq.
A1A1 500 f (A1A1) = 0.5

A1A2 300 f (A1A2) = 0.3

A2A2 200 f (A2A2) = 0.2

_________ _______

total 1000 1
Biologia Evolutiva - Octavio S. 3
Paulo
 Frequências alélicas

Frequências alélicas – proporção da população que tem um

dado alelo:

número total de cópias dos alelos (2N) = 1000*2 = 2000

Destes : A1 - (2*500)+(1*300) =1300

A2 – (2*200)+(1*300)= 700

f (A1) = p=1300/2000=0.65

f (A2) = q=700/2000=0.35

Biologia Evolutiva - Octavio S. 4

Paulo
 Probabilidade de Cruzamentos

Cruzamentos Probabilidade
possiveis

Machos × Fêmeas

A1A1 × A1A1 0.5 × 0.5 = 0.25

A1A1 × A1A2 0.5 × 0.3 = 0.15
A1A1 × A2A2 0.5 × 0.2 = 0.10
A1A2 × A1A1 0.3 × 0.5 = 0.15
A1A2 × A1A2 0.3 × 0.3 = 0.09
A1A2 × A2A2 0.3 × 0.2 = 0.06
A2A2 × A1A1 0.2 × 0.5 = 0.10
A2A2 × A1A2 0.2 × 0.3 = 0.06
A2A2 × A2A2 0.2 × 0.2 = 0.04

Biologia Evolutiva - Octavio S. 5

Paulo
 Proporção de A1A1 na geração seguinte:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A1A1 produção
Possiveis do cruzamento de A1A1
Machos × Fêmeas

A1A1 × A1A1 0.5 × 0.5 = 0.25 × 1 = 0.25

A1A1 × A1A2 0.5 × 0.3 = 0.15 × 0.5 = 0.075
A1A1 × A2A2 0.5 × 0.2 = 0.10 × 0 = 0
A1A2 × A1A1 0.3 × 0.5 = 0.15 × 0.5 = 0.075
A1A2 × A1A2 0.3 × 0.3 = 0.09 × 0.25 = 0.0225
A1A2 × A2A2 0.3 × 0.2 = 0.06 × 0 = 0
A2A2 × A1A1 0.2 × 0.5 = 0.10 × 0 = 0
A2A2 × A1A2 0.2 × 0.3 = 0.06 × 0 = 0
A2A2 × A2A2 0.2 × 0.2 = 0.04 × 0 = 0

0.4225

Biologia Evolutiva - Octavio S. 6

Paulo
 Proporção de A1A2 na geração seguinte:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A1A2 produção
Possiveis do cruzamento de A1A2
Machos × Fêmeas

A1A1 × A1A1 0.5 × 0.5 = 0.25 × 0 = 0

A1A1 × A1A2 0.5 × 0.3 = 0.15 × 0.5 = 0.075
A1A1 × A2A2 0.5 × 0.2 = 0.10 × 1 = 0.1
A1A2 × A1A1 0.3 × 0.5 = 0.15 × 0.5 = 0.075
A1A2 × A1A2 0.3 × 0.3 = 0.09 × 0.5 = 0.045
A1A2 × A2A2 0.3 × 0.2 = 0.06 × 0.5 = 0.03
A2A2 × A1A1 0.2 × 0.5 = 0.10 × 1 = 0.1
A2A2 × A1A2 0.2 × 0.3 = 0.06 × 0.5 = 0.03
A2A2 × A2A2 0.2 × 0.2 = 0.04 × 0 = 0

0.455

Biologia Evolutiva - Octavio S. 7

Paulo
 Proporção de A2A2 na geração seguinte:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A2A2 produção
Possiveis do cruzamento de A2A2
Machos × Fêmeas

A1A1 × A1A1 0.5 × 0.5 = 0.25 × 0 = 0

A1A1 × A1A2 0.5 × 0.3 = 0.15 × 0 = 0
A1A1 × A2A2 0.5 × 0.2 = 0.10 × 0 = 0
A1A2 × A1A1 0.3 × 0.5 = 0.15 × 0 = 0

A1A2 × A1A2 0.3 × 0.3 = 0.09 × 0.25 = 0.0225

A1A2 × A2A2 0.3 × 0.2 = 0.06 × 0.5 = 0.03
A2A2 × A1A1 0.2 × 0.5 = 0.10 × 0 = 0
A2A2 × A1A2 0.2 × 0.3 = 0.06 × 0.5 = 0.03
A2A2 × A2A2 0.2 × 0.2 = 0.04 × 1 = 0.04

0.1225

Biologia Evolutiva - Octavio S. 8

Paulo
 Geração 1: frequências dos genótipos

0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
A1A1 A1A2 A2A2

Wild Geração1

Wild Geração1
A1A1 0.5 0.4225
A1A2 0.3 0.455
A2A2 0.2 0.1225
Biologia Evolutiva - Octavio S. 9
Paulo
 Geração 1: frequências alélicas

Wild Geração1
0.7
0.6
A1A1 0.5 0.4225
0.5
0.4
A1A2 0.3 0.455
0.3
A2A2 0.2 0.1225 0.2
0.1
0
A1 A2

Wild Geração 1
f(A1) = (2*422.5+1*455)/2000 =0.65

f(A2) = (2*122.5+1*455)/2000 =0.35

Biologia Evolutiva - Octavio S. 10

Paulo
 Geração 2?
Hipótese 1 Hipótese 2
0.7 0.5
0.6
0.4
0.5
0.4 0.3
0.3
0.2
0.2
0.1 0.1
0 0
A1A1 A1A2 A2A2 A1A1 A1A2 A2A2
Wild Geração1 Geração 2 Wild Geração1 Geração 2
Hipótese 3 Hipótese 4
0.5 0.5

0.4 0.4

0.3 0.3

0.2 0.2

0.1 0.1

0 0
A1A1 A1A2 A2A2 A1A1 A1A2 A2A2

Wild Geração1 Geração 2 Wild Geração1 Geração 2

Biologia Evolutiva - Octavio S. 11

Paulo
 Proporção de A1A1 na geração 2:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A1A1 produção
Possiveis do cruzamento de A1A1
Machos × Fêmeas

A1A1×A1A1 0.4225 × 0.4225 = 0.17856 × 1 = 0.178506

A1A1×A1A2 0.4225 × 0.455 = 0.192238 × 0.5 = 0.096119
A1A2×A1A1 0.455 × 0.4225 = 0.192238 ×0.5 = 0.096119
A1A2×A1A2 0.455 × 0.455 = 0.207025 ×0.25 = 0.051756

0.4225

Biologia Evolutiva - Octavio S. 12

Paulo
 Proporção de A1A2 na geração 2:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A1A2 produção
Possiveis do cruzamento de A1A2
Machos × Fêmeas

A1A1 × A1A2 0.4225 × 0.455 = 0.192238 × 0.5 = 0.096119

A1A1 × A2A2 0.4225 × 0.1225 = 0.051756 × 1 = 0.051756
A1A2 × A1A1 0.455 × 0.4225 = 0.192 × 0.5 = 0.096119
A1A2 × A1A2 0.455 × 0.455 = 0.207 × 0.5 = 0.103513
A1A2 × A2A2 0.455 × 0.1225 = 0.055 × 0.5 = 0.027869
A2A2 × A1A1 0.1225 × 0.4225 = 0.05 × 1 = 0.051756
A2A2 × A1A2 0.1225 × 0.455 = 0.055 × 0.5 = 0.027869

0.455

Biologia Evolutiva - Octavio S. 13

Paulo
 Proporção de A2A2 na geração 2:
Cruzamentos Probabilidade Fracção A2A2 produção
Possiveis do cruzamento de A2A2
Machos × Fêmeas

A1A2 × A1A2 0.455 × 0.455 = 0.207025 × 0.25 = 0.051756

A1A2 × A2A2 0.455 × 0.1225 = 0.055738 × 0.5 = 0.027869
A2A2 × A1A2 0.1225 × 0.455 = 0.055738 × 0.5 = 0.027869
A2A2 × A2A2 0.1225 × 0.1225 = 0.015006 ×1 = 0.015006

0.1225

Biologia Evolutiva - Octavio S. 14

Paulo
Geração 2: frequências dos genótipos

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

0
A1A1 A1A2 A2A2

Wild Geração1 Geração 2

Wild Geração1 Geração 2

A1A1 0.5 0.4225 0.4225
A1A2 0.3 0.455 0.455
A2A2 0.2 0.1225 0.1225
Biologia Evolutiva - Octavio S. 15
Paulo
 Geração 2: frequências alélicas

Wild Geração1 Geração 2

0.8
A1A1 0.5 0.4225 0.4225
0.6
A1A2 0.3 0.455 0.455
0.4
A2A2 0.2 0.1225 0.1225
0.2
0
f(A1) = (2*422.5+1*455)/2000 =0.65 A1 A2

f(A2) = (2*122.5+1*455)/2000 =0.35 Wild Geração 1 Geração 2

Biologia Evolutiva - Octavio S. 16
Paulo
O principio do Equilibrio de Hardy-Weinberg

f(A1A1) = f(A1)2 =p2 0.4225 = 0.652

f(A1A2) = 2x f(A1) x f(A2) =2pq 0.455 =2x0.65x0.35

f(A2A2) = f(A2)2 =q2 0.1225 = 0.352

Biologia Evolutiva - Octavio S. 17

Paulo
O principio do Equilibrio de Hardy-Weinberg

Conclusão 1 – As frequências alelicas não se modificam

geração após geração

Conclusão 2 – Se as frequencias alélicas forem

respectivamente p e q as frequências dos genótipos serão:
p2 , 2pq e q2

Uma população em que se verifica a conclusão 1 e 2 diz-se em HWE

Biologia Evolutiva - Octavio S. 18

Paulo
O principio do Equilibrio de Hardy-Weinberg

Qualquer frequencia alélica pode estar em HWE

Basta uma geração de cruzamentos aleatórios para que as

frequências genótipicas de equilibrio sejam atingidas para
espécies com gerações não sobrepostas

Que uma população em HWE não evolui

Biologia Evolutiva - Octavio S. 19

Paulo
Frequências alélicas

Biologia Evolutiva - Octavio S. 20

Paulo
Punnett square

Sperm

p p2 pq

Eggs

pq q2
q

p q

Biologia Evolutiva - Octavio S. 21

Paulo
HW para 3 alelos

Biologia Evolutiva - Octavio S. 22

Paulo
 Generalizando para n alelos

f(A1A1) = f(A1)2 =p2 0.4225 = 0.652

f(A1A2) = 2x f(A1) x f(A2) =2pq 0.455 =2x0.65x0.35

f(A2A2) = f(A2)2 =q2 0.1225 = 0.352

f(A5A5) = f(A5)2

f(A8A4) = 2 x f(A8)*f(A4)

Biologia Evolutiva - Octavio S. 23

Paulo
 X-linked loci

Biologia Evolutiva - Octavio S. 24

Paulo
 X-linked loci

pm  Frequencia do alelo A nos Machos

pf  Frequencia do alelo A nas Femeas

pm  p f
'

p f  (1 / 2)( p m  p f )
'

Biologia Evolutiva - Octavio S. 25

Paulo
 X-linked loci

pm  p f  (2 / 3) p f (1 / 3) pm Frequencia em equilibrio

p f  pm  (1 / 2)( p f  pm )
' '

Diferença na frequencia do alelo é reduzida a metade em cada geração

Biologia Evolutiva - Octavio S. 26

Paulo
 X-linked loci
Gerações Femeas Machos equilibrio
1 0.8 0.2 0.6
2 0.5 0.8 0.6
3 0.65 0.5 0.6
4 0.575 0.65 0.6
5 0.6125 0.575 0.6
6 0.59375 0.6125 0.6

0.9

0.8

0.7

0.6

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

0
1 2 Biologia 3Evolutiva - Octavio
4 S. 5 6 27
Femeas Paulo
Machos equilibrio
 2 loci
P11  p1q1
P12  p1q2
P21  p2 q1
P22  p2 q2

Biologia Evolutiva - Octavio S. 28

Paulo
 Pressupostos do HW

1) diploid organism
2) sexual reproduction
3) generations are non-overlapping

4) mating occurs at random

5) Infinite population size – no genetic drift
6) migration = 0 (no gene flow)
7) mutation = 0
8) no selection ( equal survival and reproduction)

9) no meiotic drive (segregation distortion)

Biologia Evolutiva - Octavio S. 29
Paulo
Se a população não está em Equilibrio de
Hardy-Weinberg?

Um ou mais pressupostos estão a ser violados:

4) mating occurs at random

5) Infinite population size – no genetic drift
6) migration = 0 (no gene flow)
7) mutation = 0
8) no selection ( equal survival and reproduction)

Hipótese nula

Biologia Evolutiva - Octavio S. 30

Paulo
 Saber se existe desvio ao HWE

df=(nº alelos*(nº alelos-1))/2

Biologia Evolutiva - Octavio S. 31
Paulo
 Desvios
Ho>He excess H
(Fis negativo)
Selection favour heterozygote

Outcrossing

Migration/assymetrical migration
Ho<He deficit H
Fis positivo)

Non random mating

Selection against heterozygote

Inbreeding

Null alleles

Wahlund Biologia Evolutiva - Octavio S. 32

Paulo
De Finetti diagram

Biologia Evolutiva - Octavio S. 33

Paulo
Wahlund Effect

Biologia Evolutiva - Octavio S. 34

Paulo
 GWA

http://www.ebi.ac.uk/gwas/home
Biologia Evolutiva - Octavio S. 35
Paulo
Biologia Evolutiva - Octavio S. 36
Paulo
 GWA

Biologia Evolutiva - Octavio S. 37

Paulo
 Population association studies
Case – Control studies

Case - disease Control - Healthy

Biologia Evolutiva - Octavio S. 38

Paulo
 Population association studies

SNP2
SNP1 SNP2 SNP1

Biologia Evolutiva - Octavio S. 39

Paulo
Population association studies

Biologia Evolutiva - Octavio S. 40

Paulo
 Direct/Indirect Association

Confounding effects by population stratification or admixture

Biologia Evolutiva - Octavio S. 41
Paulo
 Population structure
Case - disease Control - Healthy

Overrepresented among case because

More frequent in subpop1

Subpopulation 1

Subpopulation 2

Biologia Evolutiva - Octavio S. 42

Paulo
 T2D

Markers were excluded if they deviated significantly from

Hardy–Weinberg equilibrium (P,0.001 in the control
samples), if they had low MAF (,0.01 in both the case and
control samples), or if they had a call rate,95% in the
case and control samples
Biologia combined
Evolutiva - Octavio S. 43
Paulo