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Pegar estrutura no PDB Avaliar estrutura se está Gerar o arquivo “.gro”

pronta para ser (específico para o
utilizada gromacs)

• Analisar qual a • Retirar moléculas de • Escolher campo de

melhor estrutura água externas forças:
para o nosso • Ver se é um GROMOS53a6
objetivo, dentre as monômero • Escolher modelo de
disponíveis no PDB água: SPC

gmx pdb2gmx -f proteina.pdb -p topol.top -i posre.itp -o proteina.gro

Indica que estamos Saída 1:

arquivo de Saída 3:
usando o
Chama a função topologia arquivo da
GROMACS
que precisamos: Arquivo de Saída 2: tipo proteína que o
converter .pdb entrada “.pdb” de molécula gromacs lê
para .gro
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Gerar o arquivo “.gro” Criar caixa Minimizar a energia do
(específico para o dodecaédrica sistema
gromacs)

• Escolher campo de • Lembrar que a face • Primeira

forças: mais próxima da minimização (antes
GROMOS53a6 proteína deve ter de solvatar a
• Escolher modelo de distância mínima de proteína).
água: SPC 10 A. • Steepest descent

gmx editconf -f proteina.gro -c -bt dodecahedron -d 1.4 -o proteina.pbc.gro

Chama a função
Arquivo de
que precisamos: Tamanho da Saída: proteína
entrada “.gro” Tipo da caixa
editar o sistema caixa (nm) dentro da caixa

gmx grompp -f in.min0.mdp -c proteina.pbc.gro -p topol.top -o protein.passo1.tpr

Chama a função Saída: proteína na

que precisamos: Parâmetros da Arquivo de caixa e com as
Gerar o arquivo minimização Arquivo de
entrada informações de
para simular topologia
minimização
 gmx mdrun -deffnm protein.passo1

Chama a função que Chama o arquivo que

precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein.passo1.tpr -f protein.passo1.edr -o energy.passo1.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as

Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy.passo1.xvg

Programa para Arquivo a ser

visualizar os gráficos visualizado
5 6 7
Minimizar a energia Solvatar a caixa Minimizar a energia
do sistema inserindo solvente do sistema

• Primeira minimização • Nesse momento • Continuar usando

(antes de solvatar a escolhe-se o o algorítmo
proteína). modelo de água steepest descent
• Steepest descent do sistema

gmx solvate -cp protein.passo1.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o proteina.wat.gro

Chama a função
Arquivo de entrada
que precisamos: Saída: proteína
ptn minimizada na Modelo de Arquivo de
solvatar o dentro da caixa
caixa água topologia
sistema e solvatada

gmx grompp -f in.min0.mdp -c proteina.wat.gro -p topol.top -o proteina.passo2.tpr

Chama a função Saída: proteína

que precisamos: Parâmetros da Arquivo de
solvatada com as
Gerar o arquivo minimização entrada (ptn Arquivo de
informações de
para simular solvatada) topologia
minimização
 gmx mdrun -deffnm protein.passo2

Chama a função que Chama o arquivo que

precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein.passo2.tpr -f protein.passo2.edr -o energy.passo2.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as

Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy.passo2.xvg

Programa para Arquivo a ser

visualizar os gráficos visualizado
7 8 9
Minimizar a energia do Neutralizar a carga da Minimizar a energia do
sistema proteína sistema

• Continuar usando o • o genion neutraliza • Agora utilizando o

algorítmo steepest as cargas algoritmo conjugate
descent adicionando Cl- e gradient
Na+ ao sistema e
fixa a concentração
iônica naquela que
vc escolher.

gmx genion -s protein.passo2.gro -o protein.ion.gro -conc 0.15 -neutral -p topol.top

Chama a função
Arquivo de entrada Saída: proteína
que precisamos: Concentração Arquivo de
ptn solvatada c cargas
Neutralizar as salina topologia
minimizada neutralizadas
caargas

gmx grompp -f in.min1.mdp -c proteina.ion.gro -p topol.top -o proteina.passo3.tpr

Chama a função Saída: proteína

que precisamos: Parâmetros da Arquivo de
solvatada com as
Gerar o arquivo minimização entrada (ptn Arquivo de
informações de
para simular solvatada) topologia
minimização
 gmx mdrun -deffnm protein.passo3

Chama a função que Chama o arquivo que

precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein.passo3.tpr -f protein.passo3.edr -o energy.passo3.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as

Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy.passo3.xvg

Programa para Arquivo a ser

visualizar os gráficos visualizado