v​enerd​!

UNIVERSIDAD​E ​FED​ERAL ​DE ​SA​NTA ​MARIA

​ ​DE ​CIE​NCIA​S ​RURAI​S
CENT​RO
DEP​ARTA​MENTO ​DE ​ZOO​TECNI​A ​LABORATOR​IO ​DE
MELHO​RAMENTO ​ANI​M​AL

UTILI​ZAÇ
​ ÃO ​DO ​MTDFREML PA​RA ​CÁLCULO​S
DE ​MÉDIAS​, D​ ESVIOS PAD
​ R​ÕES ​E ​DEP​'​S

Arione ​Boligon

S​ANTA ​MARI​A
 2004
UTILIZAÇÃO ​D​O ​MTDFREML

PARA ​COM​EÇAR​:
- ​No ​DOS​, ​na ​pasta ​onde ​estão ​os
arquivos

MTDF​NRM ​(​suída ​no 5

​ 6​)

→ ​Perguntará ​o ​modelo
animal​:

SIRE ​DAN ​TYPE​.​.​.​.​.​.​.​.​.​.​0 ​(q

​ uando ​não ​tem ​informações
sobre ​os ​avós​) ​SIRE ​DAN ​TYPE​.​.​.​..​.​.​.​.​.​1 ​(​quando ​tem
informações ​sobre ​os ​avós​)
→ ​Máx​. ​animal ​ID ​in p
​ edigree ​file​? ​(​número
máximo ​do ​animal​) ​999999999

→ ​Min​. ​animal ​ID ​in ​ped​i​gree ​file​? ​(​número

mínimo ​do ​animal​) ​0 ​(​sempre​)

→ ​File ​name ​.​.​. ​pedigree file​? ​(​nome ​do

arquivo ​para ​análise​) ​.​.​. ​SAS

→ ​Write ​ped​i​gree ​file​.​.​. ​inbreending coefficients​? ​(​coeficiente

de ​consanguinidade​) ​0 (​ ​no​) ​1 (​ ​yes​) ​Para ​cálculos ​de ​DEP​'​s
→ ​No​. ​Integer ​fields ​in ​fixed ​.​.​. ​I​UN ​33​?
(​número ​de ​inteiros​) ​3 ​(​animal​, ​pai ​e ​mãe​)

→ ​Position ​in ​vector ​of ​animal ​ID​? ​(​posição ​do

animal​)

→ ​Position ​in ​vector ​of ​sire ​(​or ​sire ​of

 sire​)​? ​(​posição ​do ​pai​)

→ ​Position ​in ​vector ​of ​DAN ​(​or ​MGS ​of ​sire​)​? ​(​posição ​da
mãe​) 3​

→ ​Enter ​n° ​of ​genetic ​groups ​to ​procede ​animal ​ID​'​s​? ​(​n​° ​de
grupos ​genéticos​) ​Se ​não ​tiver ​grupos ​genéticos ​colocar ​zero ​(​1 ​é
mais ​usado ​para ​linhagens de ​aves​)

OBS​: ​para ​preencher ​o ​MTDFPREP​, ​anotar ​a ​partir ​do ​MKDF56 ​ou

diretamente ​no ​MTDFNRM ​o ​no d​ e ​animais ​diferentes ​(​no ​of ​diferent ​animals​)
MTDFPREP ​(s​ aída ​no ​66​)
→ ​Enter ​de ​name ​of ​data file ​(n
​ ome
do ​arquivo​) ​.​.​.​.​SAS

→ ​Descritions ​for ​this ​analisys

(​descrição ​da ​análise​) ​Descrição ​(​enter​) ​*
(​enter​)

→ ​No ​of ​integer ​variables ​per ​Record ​in ​file ​IUN33​? ​(​no ​variáveis ​com ​valores
inteiros ​ou ​sem ​virgula​)
ex​: ​11

→ ​No ​of ​integer ​variables ​per ​Record ​in ​file ​IUN33​? ​(​no ​variáveis ​com ​valores
​
reais ​ou ​com ​virgula​) ​ex​: 7

→ ​No ​of ​traits ​in ​analisys​? ​(​no ​de ​características ​em

análise​) ​ex​: ​2 ​(​PN ​e ​PD ​- ​dependerá ​do ​modelo ​utilizado​)

TRA​IT ​1

→ ​Name ​for ​trait ​1​? ​(​nome ​da

característica ​1​) ​ex​: ​peso ​nascer

→ ​Posiction ​of ​observed ​trait ​PESO ​NASCER ​in ​real ​variable ​string ​of ​length ​7​?
(​posição ​da ​caracteristica ​dentro ​dos ​reais​)
 ​ o
→ ​Value ​in ​data ​file ​to ​indicate ​.​.​. ​trait ​PESO ​NASCER​? ​(0 ​ r ​999999​)
(​número ​que ​indica ​dados ​perdidos​)

→ ​Fixed effect ​part ​for ​trait ​1 ​PESO ​NASCER​? ​(​número ​do ​covariáveis ​para ​peso ​ao ​nascer​)

→ ​Name ​for ​covariate

número ​1​? ​IDADE ​MÃE
PARTO

→ ​Position ​of ​covariate ​IDADE ​MAE ​PARTO ​in ​variable

string ​of ​legth ​7​?
.
.

→ ​No ​of ​regression ​coefficiente ​for ​IDADE ​MAE

PARTO​? ​2 ​(​linear ​e ​quadrática​)

→ ​No ​for ​fixed ​effect ​for ​trait 1

​ ​PESO ​NASCER​? ​(​número ​de ​efeitos ​fixos ​para ​peso ​ao
nascer​) ​ex​: ​2 ​(​sexo ​e ​estação ​de ​nascimento​)
→ ​Name ​.​.​. ​effect ​no
1​? ​SEXO

→ ​Position ​of ​.​.​. ​length

11​?

→ ​Write ​record ​fixed ​effects ​for s​ exo

to ​unit ​66​? ​1 ​(​yes​)

→ ​Name ​.​.​. ​effects ​n° ​2​?

ESTAÇÃO ​DE
NASCIMENTO
→ ​Position ​of ​fixed ​.​..
 length ​11​?
6

→ ​Write ​record ​fixed ​effects ​for ​sexo ​to ​unit ​66​? ​(​saída
no ​66​) ​1 ​(​yes​)

Randon ​effect ​part ​for ​trait ​1 ​PESO ​NASCER ​each ​trait ​has ​no ​animal ​effect

→ ​Position ​of ​animal ​effect ​for ​trait ​1 ​PESO ​NASCER ​in ​integer
variable ​string ​of ​length ​11​? ​(​posição ​do ​animal ​nos ​inteiros​)

→ ​No ​of ​animal ​in ​A​-​1 ​matrix​? ​528

(​saída ​no ​MTDFNRM ​ou ​MTDF56​)

→ ​Want ​to ​write ​out ​cód ​for s​ econd ​animal e

​ ffect​? ​(​se ​há ​um ​efeito ​de ​um ​segundo a
​ nimal
em ​análise ​- ​no ​caso ​deste ​exemplo ​é ​EFEITO ​MATERNO​) ​0 ​(n ​ o​) ​I ​(yes​)

→ ​Name ​for ​second ​animal

effect​? ​EFEITO ​MATERNO

→ ​Posição ​dentro ​dos ​inteiros q

​ ue ​exerce ​o ​segundo ​efeito ​sobre
​ o ​of ​uncorrelated ​...​?
o ​animal ​em ​análise​? ​3 ​(​mãe​) ​→
N
colocar ​pl​ant​. ​pamamine​.​.
T​RAIT ​2

→ ​Name ​for ​trait ​2​? ​(​nome ​da ​característica

2​) ​ex​: ​peso ​desmame

→ ​Posiction ​of ​observed trait ​PESO ​DESMAME ​in ​real ​variable ​string ​of
length ​7​? ​(​posição ​da ​característica ​dentro ​dos ​reais​)

→ ​Value ​in ​data ​file ​to ​indicate ​.​.​. ​trait ​PESO ​DESMAME​? ​(​0 ​or ​999999​) ​(​número
que ​indica ​dados ​perdidos​)
 → ​Fixed ​effect ​part ​for ​trait ​1 ​PESO ​DESMAME​? ​(​número ​do ​covariáveis ​para ​peso ​ao
nascer​)

→ ​Name ​for ​covariate

número ​1​? ​IDADE ​MÃE ​PARTO

→ ​Position ​of ​covariate ​IDADE ​MAE ​PARTO ​in ​variable ​string ​of ​legth
7​?

→ No ​of ​regression ​coefficiente ​for ​IDADE ​MAE

PARTO​? ​2 ​(​linear ​e ​quadrática​)

→ ​Name ​for ​covariate

número ​2​? ​IDADE ​DESMAME

→ ​Position ​of ​covariate ​IDADE ​MAE ​PARTO ​in ​variable

string ​of ​legth ​7​?

→ ​No ​of ​regression ​coefficiente ​for ​IDADE

MAE ​PARTO​? ​2 ​(​linear ​e ​quadrática​)

→ ​Name ​for ​covariate

número ​3​? ​PESO ​AO ​NASCER

→ Position ​of ​covariate ​PESO ​AO ​NASCER ​in ​variable ​string ​of ​legth ​7?

→ ​No ​of ​regression ​coefficiente ​for ​IDADE

MAE ​PARTO​? ​2 ​(​linear ​e ​quadrática​)

→ ​N° ​for ​fixed ​effect ​for ​trait ​2 ​PESO ​DESMAME​? ​(​número ​de ​efeitos ​fixos ​para ​peso
ao ​desmame​) ​ex​: ​2 ​(​sexo ​e ​estação ​de ​nascimento​)
→ ​Name ​.​.​. ​effect ​no
1​? ​SEXO
 → ​Position
of
length
11​?

→ ​Write ​record ​fixed ​effects ​for s​ exo ​to ​unit ​66​?

i ​(​yes​)

→ ​Name ​.​.​. ​effects ​n° ​2​?

ESTAÇÃO ​DE ​NASCIMENTO

→ ​Position ​of ​fixed ​.​.​. ​length

11​? 6​

→ ​Write ​record ​fixed ​effects ​for ​sexo to ​unit​: ​66​?

(​saida ​no ​66​) ​1 ​(​yes​)

Randon ​effect ​part ​for ​trait ​2 ​PESO ​DESMAME ​each ​trait has ​no ​animal
effect

→ ​Position ​of ​animal ​effect ​for ​trait ​2 ​PESO ​DESMAME ​in ​integer ​variable ​string ​of
length ​11​? ​(​posição ​do ​animal ​nos i​ nteiros​)

→ ​No ​of ​animal ​in ​A​-​l ​matrix​? ​528

(​saida ​no ​MTDFNRM ​ou ​MTDF56​)

→ ​Want ​to ​write ​out ​cód ​for ​second ​animal ​effect​? ​(​se ​há ​um ​efeito ​de ​um ​segundo
animal ​em ​análise ​-​- ​no ​caso ​deste ​exemplo ​é ​EFEITO ​MATERNO​) ​0 ​(​no​) ​I ​(​yes​)

→ ​Name ​for ​second ​animal

effect​? ​EFEITO ​MATERNO

→ ​Posição ​dentro ​dos ​inteiros ​que ​exerce ​o ​segundo ​efeito ​sobre ​o

animal ​em ​análise​? ​3 ​(​mãe​)
→ ​No ​of
uncorrelated ​... ​?
0

→ ​Deseja ​rodar ​o
MTDFRUN​? ​1 ​(​yes​)
M​IDFRUN ​(​saída ​no
76)​
→ ​Propriedade ​3 ​(​titulo​)
(​enter​) ​* ​(​enter​)

→ ​0 ​(​start ​end ​restard​)

+ ​1 ​(​interate ​for ​variance

component​)

→ ​0 ​(​contrait ​of ​analisys​)

→ ​0
(​MME​)

→ ​Matrizes ​(​completar​)
1 ​valor ​2 ​valor

10 ​valor ​0 ​0​.​0 ​(​se ​não ​finalizar

não ​roda​)

Verificar ​se ​está ​correto​, ​ou ​então ​reinserir ​os

valores

→ ​0 ​(​non
zero​)

→ ​Soluction ​for ​c
variates ​1 ​(yes​)
 → ​Original ​data ​codes ​.​.​. ​soluction​?
0 ​(​no​)

→ ​Soluctions ​for ​animal

effects​? ​1 ​(​yes​)

→ ​Sugestão ​de
LOG​? ​1​.​D​-​6

→ ​N° de ​voltas
iniciais​?

→ ​Fim ​(​irá ​rodar ​a ​primeira

volta​)

​ ​(​Anotar
→ ​Edit ​MTDF​76
o ​LOG​)
→ ​Edit ​MTDF4 ​(​trocar ​o ​no ​de
voltas ​e ​salvar ​com ​4​.​1​)
Rodar ​novamente ​com ​o ​comando​:

MTDFRUN​<​MTDF4​.​1

Se ​usar ​o ​arquivo ​run​.​bat ​salvar ​como

MTDF4

​ ED
CÁLCULO D ​ E​P'​ ​s (​ ​saída ​no M
​ TDF72)​
Iniciar ​como
MTDFRUN
 → ​Type ​coments
(​título​)

→ ​Type ​of
analisys​? ​1

→ ​Option ​or
this ​run​? ​4 ​(​MME​)

→ ​Do ​you ​want ​.​.​. ​fixed

effects​?

→ ​Do ​you ​want ​.​.​.

SOLUCTIONS​?

→ ​.​.​. ​for ​animal

effects​?

Esperar ​rodar ​(​pode ​levar

algum ​tempo​)
→ ​Calculate block ​of
inverse​?

→ ​Calculate ​variance ​of ​a ​contrast​?

→ ​Calculate ​PEV ​for ​consecutive ​animals ​and ​traits​?

→ ​Enter ​eon​. ​no ​for ​first ​trait ​of ​FIRST ​animal ​wanted ​(​tirado
do ​MTDF66​)
Olhar ​na ​linha​: ​"​Order ​of
MME​'
Exemplo​:
TOWS
- ​animal ​effects ​-
2​nd ​animal ​effect
7 ​(​first​) ​276
275 ​544 ​(​last​)

→ ​Enter ​eqn​. ​n° ​for ​first ​trait ​of ​TRST​-​animal ​wanted ​(​tirado ​do
MTDF66​) ​5​44

→ ​First ​trait​? ​(​primeira

característica​) ​1 ​(​sempre ​será ​1​)

→ ​Last ​trait​? ​(​última ​característica​) ​2 ​(​pois ​só ​há ​duas

características ​sendo ​avaliadas ​sendo ​avaliadas ​neste ​caso​)

Ex​: ​(​2 característica ​e ​l ​efeito ​materno​, ​a ​'​last ​trait​' ​seria ​3​)

Fica ​parado ​um ​tempo ​e

roda

→ ​Calculate ​expectations​?

→ ​First parameter
number​? ​1 ​(​sempre ​é ​1​)

→ ​Last ​parameter ​number​? ​(​varia ​de ​acordo

com ​o ​first​) ​6 ​(​repete ​o ​último ​valor ​do ​first​)

→ First ​soluction
number​? ​1 ​(​sempre
1​)

→ ​Last ​parameter ​number​? ​(​varia ​de ​acordo

com ​o ​first​) ​40 ​(​repete ​o ​último ​valor ​do ​first​)
→ ​Want ​another ​set ​of ​expectations​?

SI​ST​E​MA ​PARA ​RENUMERA

​ ÇÃ​O ​SEQUENC​IA
​ L ​DE A
​ ​NIMAIS
​ AV ​- U
FC ​ NESP /​ ​JABOTICAB​AL
​

Sortiar ​animais ​por ​ano ​de ​nascimento​;

Dados​: ​nome ​do ​arquivo ​onde ​estão ​os ​dados ​para ​renumerar​; ​Resultados​:
nome ​do ​arquivo ​onde ​vão ​sa​ir ​os ​animais ​renumerad​os ​(​t​o​do ​arquivo​)​;
Pedigree​: ​nome ​d​o ​arquivo ​onde ​vã​o ​s​air ​os ​animais ​renumerados
(​somente ​animal ​original ​e ​renumerado​)​;

Animal​: ​100000 ​Mãe​: ​20000 ​Pai​: ​1

Fazer ​PROC ​FREQ ​para ​determinar ​o ​número ​de ​animais​, ​pai ​e ​mãe ​diferentes ​que
compõem ​o ​arquivo​.

Nome

(​c​a​sas ​onde ​começa​) ​início ​tamanho

7
Animal ​Pai ​Mãe ​Resto
13
19

Pressione ​ENTRE ​e ​Esc ​para ​renumerar