Título: Reanálise de Estudo Filogenético

1. Introdução
Para a elaboração do Assignment 06 foi proposta a reanálise de algum estudo
filogenético já publicado de modo que tal reanálise fosse capaz de abordar diferentes pontos
abordados em aula. O trabalho publicado por Simões e colaboradores, em 2018, intitulado
“Visual Pigments, Ocular Filters and the Evolution of Snake Vision” trata de aspectos
genéticos e morfológicos relacionados ao sistema visual de diversas espécies de serpentes.
No que tange aos aspectos genéticos do trabalho, foram analisados os três genes de opsinas
expressos na retina da maioria das serpentes (RH1, SWS1 e LWS). Tais genes vão ser
responsáveis pela expressão das opsinas visuais (RH1, SWS1 e LWS) que, dadas
determinadas alterações de aminoácidos em sítios especificas destas proteínas, vão apresentar
diferentes valores de sensibilidade espectral.

2. Métodos
O trabalho publicado por Simões e colaboradores apresentou a análise da filogenia de
69 espécies de indivíduos pertencentes à Ordem Squamata, serpentes e não serpentes, para
cada um dos três genes de opsinas citados anteriormente. Para os propósitos deste trabalho,
entretanto, em função de limitações de tempo hábil para o processamento de todos os dados,
a reanálise foi performada apenas para o gene RH1. Foram utilizadas sequências do gene RH1
para todas as 69 espécies abordadas no trabalho de Simões. Os números de acesso para as
sequências no GenBank foram organizados em um arquivo .txt e recuperadas a partir da
ferramenta Batch Entrez. A conversão dos arquivos .gb em formato FASTA ocorreu por
intermédio da aplicação do script Phyiloconvert. Feita a conversão, os dados em FASTA fora
submetidos a buscas em POY a partir da implementação do comando search onde, ao longo
do tempo estipulado de 25 horas, foram realizadas 131 réplicas independentes, 79 iterações
em ratchet e 4114 iterações de tree fusing. Em 8111 ocasiões distintas foi obtida uma
topologia com 3230 transformações. As topologias únicas e mais curtas e seus respectivos
comprimentos de ramos foram redirecionadas para um arquivo .tre por intermédio do
comando select seguido pelo comando report (trees: (branches)). As topologias candidatas
obtidas foram submetidas, ainda, ao procedimento de Iterative Pass (IP). A implementação
do procedimento for realizada com o comando set (iterative:exact). O algoritmo de IP foi
aplicado conjugado ao algoritmo de rearranjo tree fusing visando aumentar a efetividade do
procedimento de IP. Tal conjugação se deu por meio do comando Fuse. O processo foi
realizado em cerca de 8 horas e resultou na obtenção de uma única topologia, recuperada a
partir do comando select, com 3227 transformações. O resultado das análises foi compilado
com os softwares Figtree e Inkscape e pode ser observado na Figura 01.

3. Resultados e Discussão
De maneira geral, a filogenia apresentada pelo presente trabalho é consistente com
aquela apresentada por Simões e colaboradores. Ambas as filogenias concordam com a
inserção dos indivíduos de Lampropeltis dentro da família Dipsadinae em vez de
Colubrinae (Figura 01), como usualmente sugerem outras filogenias publicadas para
serpentes. Observa-se, também, um agrupamento monofilético relacionado ao clado
Scolecophidia e não-monofilia entre as famílias Anomelepididae e Lamprophiidae
(Figura 01). Entretanto, uma exceção notável encontrada entre ambas as filogenias
sugere que o indivíduo Uta stansburiana (uma espécie de iguana) estaria mais
relacionado com serpentes como a Arizona elegans e Hypsiglena jani do que com outras
espécies de não-serpentes pertencentes à Ordem Squamata, como sugerem outras relações
filogenéticas presentes na literatura.
Figura 1 - Filogenia obtida para o gene de rodopsina RH1 por intermédio da aplicação de análises por
Homologia Dinâmica e Iterative Pass. 1. Não-serpentes pertencentes à Ordem Squamata; 2. Família
Dipsadinae. Pode-se observar, neste ponto, a presença dos indivíduos Lampropeltis californae e
Lampropeltis getula floridana aparece demarcada com as setas pretas. Ambos os indivíduos geralmente
estão presentes na família Calubrinae. 3. Família Calubrinae. 4. Monofilia apresentada entre os indivíduos
pertencentes ao clado Scolecophidia. Indicado com asteriscos estão os indivíduos pertencentes às famílias
Anomelepididae e Lamprophiidae indicando a não-monofilia observada. A seta vermelha indica a presença
da espécie Uta stansburiana que, diferente da topologia apresentada por Simões e colaboradores, aparece
deslocada dos demais indivíduos não-serpentes.