$ sudo apt-get install make

$ sudo apt-get install gfortran

# SITE DO RCSB PDB - PROTEIN DATA BANK

http://www.rcsb.org/

# INSTALAÇÃO DO AVOGADRO (Linux)

- Ubuntu 20.04:

1) Instalação via terminal:

$ sudo apt install avogadro
$ sudo apt install openbabel

2) Rodar o Avogadro via terminal:

$ avogadro2

- Ubuntu 18.04 ou inferior:

1) Instalação via terminal:

$ sudo apt-get install avogadro-data
$ sudo apt-get install avogadro
2) Rodar o Avogadro via terminal:
$ avogadro

ALTERNATIVA: O Avogadro é um dos poucos programas que usaremos que tem para
Windows também. No Windows, ele será idêntico ao mostrado na aula no Ubuntu.

Link de download do Avogadro no Windows:

https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download

# INSTALAÇÃO DO VMD 1.9.4-64-multicore (Linux)

1) Download em:
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
(É preciso criar um login gratuitamente)

2) Extrair o arquivo e abrir o terminal dentro da pasta:

$ ./configure
$ cd src
$ sudo make install

3) Rodar o VMD via terminal:

$ vmd

# INSTALAÇÃO DO PLAYMOL (Linux)

- Ubuntu 20.04:

1) Instalação via terminal:

$ sudo apt install mlocate

$ sudo updatedb
$ git clone https://github.com/atoms-ufrj/playmol
$ cd playmol
$ make
$ sudo make install

Nessa parte, caso pergunte as “GtkSourceView candidates”, digite o número

correspondente à única opção que começar com “/usr/share...”, e em seguida
dê enter.

2) Rodar o playmol quando necessário (com o arquivo de input.mol):

$ playmol input.mol

- Ubuntu 18.04 ou inferior:

1) Instalação via terminal:

$ git clone https://github.com/atoms-ufrj/playmol
$ cd playmol
$ make
$ sudo make install

Nessa parte, caso pergunte as “GtkSourceView candidates”, digite o número

correspondente à única opção que começar com “/usr/share...”, e em seguida
dê enter.
2) Rodar o playmol quando necessário (com o arquivo de input.mol):
$ playmol input.mol

# INSTALAÇÃO DO LAMMPS (Linux)

- Versão antiga do LAMMPS

1) Instalação via terminal:

$ sudo apt-get install lammps

2) Rodar o LAMMPS quando necessário (com o arquivo de input.lmp):

$ lammps -in input.lmp (às vezes será $ lmp -in input.lmp)

- Versão daily do LAMMPS

1) Instalação via terminal:

$ sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install lammps-daily

2) Rodar o LAMMPS quando necessário (com o arquivo de input.lmp):

$ lmp_daily -in input.lmp

# INSTALAÇÃO DO CASSANDRA (Linux)

- Ubuntu 20.04

1) Download em: https://cassandra.nd.edu/index.php/download

2) Extrair o arquivo e abrir o terminal dentro da pasta:

$ cd Src
$ sudo apt install build-essential
$ sudo apt install gfortran-8 gcc-8 g++-8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-8 10 --
slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-8 --slave /usr/bin/gfortran gfortran
/usr/bin/gfortran-8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 100 --
slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-9 --slave /usr/bin/gfortran gfortran
/usr/bin/gfortran-9
$ sudo update-alternatives --config gcc
$ make -f Makefile.gfortran
$ sudo update-alternatives --config gcc

- Ubuntu 18.04 ou inferior:

1) Download em: https://cassandra.nd.edu/index.php/download

2) Extrair o arquivo e abrir o terminal dentro da pasta:

$ cd Src
$ make -f Makefile.gfortran