Atividade

Discentes: Carolina Brandão e Karina Rocha

Empregar o PockDrug para analisar os sítios druggables da 3N8V vs. 4O1Z:

A 3N8V é a estrutura da COX-1 desocupada (apoproteína) e a 4O1Z é a

estrutura da COX-1 complexada com o Meloxicam (holoproteína), de acordo com
dados analisados no PDB.

Usando critérios geométricos, o PockDrug analisa os sítios druggables das

estruturas desejadas. De acordo com os autores, sítios com probabilidade acima
de 85% são druggables.

Na análise do PockDrug, os sítios P40, P8, P3, P12, P2, P7, P0 e P4 se encaixam
nessa porcentagem.

Partindo da REA dos AINES, a Ser530 e Arg120 são selecionadas no PyMol

para visualização dos sítios frente aos aminoácidos.
Os pockets que estavam próximos aos aminoácidos conhecidos da REA são os
P0, P03, P4 e P08, mostrando que o PockDrug direciona os sítios druggables
corretamente.
P08 com a Ser530 da cadeia B

P04 com a Ser530 da cadeia A

P03 com Arg120 e Ser530 da cadeia A

P0 com Arg120 e Ser530 da cadeia B

Os P02, 03, 07, 12 e 40 apresentam valores de probabilidade acima de 85% e
podem ser utilizados para o estudo de planejamento de fármacos.
No caso da 4O1Z, que é a COX-1 complexada com o Meloxicam, os sítios
druggables são P3, P4 e P5.
Mostrando que os sítios mostrados pelo PockDrug para a COX-1 como
apoproteína são confiáveis, já que o fármaco interage em alguns dos pockets
indicados pelo programa.

4O1Z com os sítios P03, P04 e P05 em modo surface.