Introdução à Bioquímica

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Macromoléculas Biológicas
Peptídeos e Proteínas



 Como detectar e quantificar biomoléculas em solução ?

A maioria das biomoléculas absorvem luz a um comprimento de

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onda característico.
Introdução à Bioquímica Espectro electromagnético (frequência, ν e comprimento de onda, λ )

c c - velocidade da luz no vácuo, 3.00x108 m/s

f = f - frequência, Hz
λ λ - comprimento de onda , m

Introdução à Bioquímica Espectro electromagnético (frequência, ν e comprimento de onda, λ )

 Lei de Lambert-Beer
Johann Heinrich Lambert (1728-1777), August Beer (1825-1863)
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Escolha de λ

Transmitância
(valor entre 0 e 1)

Transmitância (%)

Introdução à Bioquímica Lei de Lambert-Beer

Beer em 1852 observou a relação existente entre a transmitância e a

concentração do meio onde passa o feixe de luz. Uma certa solução absorve a
luz proporcionalmente à concentração molecular do soluto que nela se encontra,
isto é:
A intensidade de um feixe de luz monocromático decresce exponencialmente à
medida que a concentração do soluto aumenta aritmeticamente.

Transmitância

Absorvância

ATENÇÃO:
Absorção, absorver ≠ Absorvância
T e A dependem de λ

Introdução à Bioquímica Lei de Lambert-Beer

Se a luz passa através de uma solução sem absorção, a absorvância é

zero, logo a transmitância é 100%.
Introdução à Bioquímica
Transmitância versus Absorvância
 Lei de Lambert-Beer
A cor dos objetos devida a duas causas:
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• reflex o
• absor o

Um objeto da cor branca, porque todos os λ s o refletidos.

Um objeto negro, porque, praticamente, todos os λ s o absorvidos.

Um papel transparente, vermelho, recebe todos os λ da luz branca, mas

reflete e transmite somente o vermelho, sendo o restante absorvido.

Se uma solu o absorve na faixa de 435-480 nm, que corresponde

radia o azul, a sua cor (cor complementar) ser o amarelo; a sensa o
visual do amarelo ser dada pelo conjunto de todos os outros
componentes da luz branca, que n o foram absorvidos.
ç
ã
ç
ã
ã

é
é
ç
ã
é
á
ã

ã
á
ã

ç

ã
à
 Lei de Lambert-Beer
A absorção da luz é tanto maior quanto mais concentrada for a solução por ela
atravessada.
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A solução 20 g/L absorve

o dobro da solução 10g/L

10 g/L 20 g/L

A solução contida na cuvette com 3 cm

absorve mais luz do que a contida na
cuvette de 1 cm.

1 cm 3 cm
 Lei de Lambert-Beer

Percurso óptico
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Percurso óptico
Concentração

Absorvância ao cdo λ Absortividade molar ao cdo λ

 Absortividade molar (coeficiente de extinção molar) ε
A absortividade molar (ε)
É também designada de coeficiente de extinção molar
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É uma grandeza característica da espécie absorvente

É uma medida de quão forte é a absorção dessa espécie
A sua magnitude depende do comprimento de onda da radiação incidente

A absorvância é uma grandeza adimensional

εl

 A lei de Lambert-Beer é aditiva

Para várias substâncias e para o mesmo cdo λ:

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 Lei de Lambert-Beer
De um modo geral as cuvetes utilizadas tem 1 cm de percurso
óptico (para facilitar os cálculos).
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Na zona do visível podem ser de plástico ou de vidro, mas na zona

de UV têm que ser de quartzo.

 Linearidade da lei de Lambert-Beer

Existem desvios à linearidade devido a factores instrumentais ou

químicos, por exemplo:
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➡ Variação na absortividade molar para concentrações elevadas

devido a interacções entre moléculas
➡ Dispersão de luz devido a partículas em suspensão na amostra
➡ Fenómenos de fluorescência/fosforescência da amostra
➡ Mudanças no índice de refracção para concentrações elevadas
da amostra
➡ Mudanças num possível equilíbrio químico das espécies em
solução
➡ Radiação não monocromática
➡ Luz parasita

 Lei de Lambert-Beer - Recomendações

• É um bom princípio medir sempre absorvâncias para valores inferiores a 1
• Caso seja necessário testar a linearidade podem ser utilizados padrões da
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substância a analisar ou outros

• Manter as soluções límpidas (sem partículas em suspensão)
• Manter as células limpas e sem condensação (atenção à temperatura da
amostra)
• Para medidas de absorvâncias a cdo inferiores a 350 nm devem ser
utilizadas células de quartzo (pois o vidro absorve a radiação UV).

 Trabalho prático - Quantificação do ferro

2Fe3+ + 2NH2OH + 2OH- 2Fe2+ + N2 + 4H2O

Introdução à Bioquímica

Introdução à Bioquímica Propriedades espectroscópicas de aminoácidos aromáticos

Aminoácidos aromáticos absorvem na zona UV entre 275-280 nm

 Como prever a absortividade molar de uma proteína?
A absorvância de uma proteína a 280 nm depende da
composição em Trp, Tyr e cistina (ligações dissulfureto).
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N - número de ligações S-S

N - número
 Peptídeos e proteínas

Proteínas e peptídeos são polímeros de aminoácidos.

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Formação de uma ligação peptídica - reação de condensação

A hidrólise de uma ligação peptídica é exergónica, mas ocorre muito lentamente

devido à elevada energia de activação.
t1/2 médio de uma ligação peptídica, é de 7 anos em condições intracelulares.

 Peptídeo
a) o s 4 á t o m o s d o s g r u p o s
envolvidos na ligação peptídica
(em vermelho) estão num
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mesmo plano.

b) Existe rotação em torno das

ligações com o carbono α .

c) a cadeia polipeptídica consiste

num arranjo flexível de
unidades planas, ligadas por
uma articulação, o carbono α .

Introdução à Bioquímica Um tetrapéptido

Introdução à Bioquímica Um pentapéptido

N - terminal C - terminal

Ser–Gli–Tir–Ala–Leu
(seril glicil tirosil alanil leucina)

As cadeias polipeptídicas são sempre nomeadas da extremidade

do N-Terminal para o C-terminal.

 Peptídeo biologicamente activo: aspartame, gramicidina A

Aspartame:L-aspártico, L-fenilanina
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metilada no grupo carboxílico

(adoçante, cerca de 200 x mais doce que a sacarose)

Gramicidina A — pentadecapeptídeo
produzido pelo Bacilus brevis
(antibiótico, contem alternativamente aa L e D)

 Hidrólise das ligações peptídicas

Hidrólise total: por fervura com ácido ou base forte ocorre a hidrólise
em todas as ligações peptídicas.
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Hidrólise selectiva: por acção de certas enzimas proteolíticas. A

hidrólise ocorre nas ligações peptídicas de aminoácidos específicos.
O brometo de cianogénio hidrolisa apenas ligações peptídicas cujo
carboxílico pertence a um resíduo de metionina.

Enzimas proteolíticas:
✦ tripsina - hidrolisa apenas as ligações peptídicas cujo grupo
carboxílico pertence a um resíduo de lisina ou arginina.

✦ quimotripsina - hidrolisa apenas as ligações peptídicas cujo grupo

carboxílico pertence a um resíduo de fenilalanina, triptofano ou
tirosina.

✦ pepsina - hidrolisa apenas as ligações peptídicas cujo grupo amino

pertence a um resíduo de fenilalanina, triptofano ou tirosina.

✦ termolisina - hidrolisa apenas as ligações peptídicas cujo grupo

amino pertence a um resíduo de leucina, soleucina ou valina.

Introdução à Bioquímica Ligação dissulfureto

cisteína
grupo tiol
cistina

cisteína

Há ligações dissulfureto
intrapeptídicas e
interpeptídicas
Introdução à Bioquímica pKa dos grupos ionizáveis dos aminoácidos
Introdução à Bioquímica Um tetrapéptido

Alanil glutamil glicil lisina

 Alanilglutamilglicilisina - Qual o valor de pI?

pKa(α-amino, Ala) = 9.69

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pKa (R, Glu)= 4.25

pI = ?
pKa (R, Glu)= 10.53

pKa(α-carboxílico, Lis) = 2.18

NH3+ NH3+ NH2 NH2

NH3+

COOH COO- COO-

COOH COO-

pH= 2.18 pH= 4.25 pH= 9.69 pH= 10.53

NH3+ NH3+ NH2

NH3+ NH3+
COOH COO- COO-
COO- COO-

+2 +1 0 -1 -2
LH42+ LH3+ LH2 LH- L2-
Introdução à Bioquímica Dados moleculares de algumas proteínas
Introdução à Bioquímica Composição em aminoácidos de duas proteínas
 Proteínas conjugadas
Proteínas que além de aminoácidos contêm outros componentes químicos.
Grupo prostético - componente “não aminoácido” da proteína conjugada.
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Introdução à Bioquímica Estrutura de proteínas

enzima
?

hormona ?
proteína
anticorpo ?

proteína estrutural ?

Desnaturação - mudança na estrutura da proteína que não causa

mudança na sequência de aminoácidos.
As proteínas perdem a estrutura e a função quando desnaturadas.

Introdução à Bioquímica Níveis de estrutura em proteínas

 Estrutura primária

Estrutura primária
Sequência de aminoácidos. É o nível estrutural mais simples e mais
importante, pois dele. Éderiva
Sequência de aminoácidos todo omais
o nível estrutural arranjo
simplesespacial da molécula. É
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específica para
e mais importante, cada
pois dele proteína,
deriva todo o arranjosendo geralmente determinada
espacial da
geneticamente.
molécula. É específica para cada proteína, sendo geralmente
determinada geneticamente.
MAAKNRTIKV AINGFGRIGR LVFRSLLSKA NVEVVAINDL TQPEVLAHLL
KYDSAHGELK RKITVKQNIL QIDRKKVYVF SEKDPQNLPW DEHDIDVVIE
STGRFVSEEG ASLHLKAGAK RVIISAPAKE KTIRTVVYNV NHKTISSDDK
IISAASCTTN CLAPLVHVLE KNFGIVYGTM LTVHAYTADQ RLQDAPHNDL
RRARAAAVNI VPTTTGAAKA IGLVVPEANG KLNGMSLRVP VLTGSIVELS
VVLEKSPSVE QVNQAMKRFA SASFKYCEDP IVSSDVVSSE YGSIFDSKLT
NIVEVDGMKL YKVYAWYDNE SSYVHQLVRV VSYCAKL

★A estrutura primária de uma proteína irá determinar a sua estrutura

terciária.
★A sequência de aminoácidos e a função da proteína estão intimamente
ligados.
• proteínas com funções diferentes possuem sempre sequências diferentes de
aminoácidos.
• doenças genéticas, provocadas por produção de proteínas defeituosas

 Estrutura primária
Através da análise da sequência de aminoácidos de uma proteína, pode
avaliar-se a relação evolutiva entre as espécies.
[ IB7121 ]
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 Estrutura secundária
Estrutura secundária
A estrutura secundária de uma proteína corresponde a regiões localizadas
de estrutura ordenada estabilizadas por ligações de hidrogénio entre os
[ IB7121 ]

grupos -NH e C=O da cadeia principal e em que não participam ligações de

hidrogénio envolvendo as cadeias laterais.
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Os dois tipos de estrutura secundária são a hélice α e a folha β .

hélice α folha β

 Estrutura secundária: hélice α

Arranjo tridimensional em que a cadeia
polipetídica assume conformação helicoidal ao
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redor de um eixo imaginário.

Cada volta da hélice inclui 3.6 resíduos de

aminoácidos.

Introdução à Bioquímica Estrutura secundária: hélice αα

A estrutura helicoidal é estabilizada por ligações de H (entre o grupo NH do 1º

aa e o grupo C=O do 4º aa).

Uma restrição da formação da hélice α é a presença de resíduos de prolina e de

glicina.
Na prolina, o átomo de N faz parte de um anel rígido que impede a rotação
sobre a ligação N-C α.
No caso da glicina é devido a esta apresentar uma maior flexibilidade
conformacional em relação aos outros aminoácidos. Polímeros de glicina
tendem a formar estruturas enoveladas diferentes da hélice α.

 héliceβα
secundária: folha
Estrutura secundária:

Folha β - nesta conformação, as pontes de hidrogénio podem ser

estabelecidas entre átomos de uma mesma cadeia ou entre átomos de
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cadeias polipeptídicas diferentes.

Todos os resíduos de aminoácidos participam nas ligações de hidrogénio,
formando uma estrutura planar onde as cadeias laterais se encontram
viradas para cima ou para baixo e nunca interagem umas com as outras.

Entre os 20 aminoácidos, apenas a prolina não pode fazer nenhuma

das duas estruturas, por formar uma ligação peptidica mais rígida
em torno de C

 Estrutura secundária: loops / dobras / alças

Estrutura secundária
Loops / dobras / alças :
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✦conexão entre folhas beta e hélices alfa, trechos que conectam segmentos
de estruturas secundárias.
✦Resíduos de prolina e glicina aparecem frequentemente em loops:
• glicina devido ao facto de ser pequeno e flexível
• prolina devido ao facto da ligação peptídica resultante assumir
configuração cis, uma forma susceptível de se dobrar.

Introdução à Bioquímica Estrutura secundária: loops / dobras / alças

 Estrutura terciária
Estrutura terciária
O arranjo tridimensional total de todos os átomos de uma proteína é
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chamado de estrutura terciária.

Resulta do enrolamento da hélice alfa ou da folha beta, sendo mantido por
pontes de hidrogénio e dissulfureto. Esta estrutura confere a actividade
biológica às proteínas.
Factores que influenciam a estrutura terciária:
➡interações hidrofóbicas e hidrofílicas
➡pontes de hidrogénio
➡pontes dissulfureto (a única ligação covalente)
➡ligações iónicas

 Estrutura terciária

ligação de hidrogénio
Introdução à Bioquímica

hélice α

folha β

interação hidrofóbica

ligação covalente ligação electrostática

Introdução à Bioquímica
Estrutura terciária
 Estrutura quaternária
Introdução à Bioquímica

estrutura terciária

estrutura quaternária

Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas

distintas, ou subunidades que podem ser idênticas ou diferentes. O
arranjo destas subunidades proteicas em complexos tridimensionais
constitui a estrutura quaternária.
 Proteínas fibrosas e globulares
Proteinas fibrosas
as cadeias polipetídicas estão arranjadas em longos filamentos ou folhas.
Introdução à Bioquímica

são formadas geralmente por um único tipo de estrutura secundária, e a sua

estrutura terciária é relativamente simples.

queratina

colagéneo

Proteinas globulares
podem conter vários tipos de estruturas (hélice alfa, folha beta e outros)
dobradas em forma esférica ou globular.

hemoglobina
citocromo c

Introdução à Bioquímica

sintetase de ácidos gordos catalase

calmodulin

porin colagéneo imunoglobulina G

Introdução à Bioquímica Níveis de estrutura em proteínas

Introdução à Bioquímica Filme - proteínas

https://www.youtube.com/watch?v=wvTv8TqWC48
 Prião
São proteínas patogénicas com um “folding” anormal.
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prião inócuo prião infecioso (uma hélice alfa é convertida numa folha beta)

esta proteína é extremamente resistente

à temperatura, não desnaturando com
facilidade.

O prião não tem nenhuma informação codificada em ácido nucleicos,

“replica-se” dentro do hospedeiro forçando as proteínas normais a adoptar
a nova estrutura, que se depositam na forma de agregados filamentosos
no tecido neuronal.
 Enzimas
• Todas as enzimas, com a excepção de um pequeno grupo de RNAs, são
proteínas que têm como função acelerar reacções químicas, sem alterar a
Introdução à Bioquímica

constante de equilíbrio da reacção.

Ribozima = enzima + ácido ribonucleico
• A actividade catalítica depende da integridade da conformação da proteína. A
estrutura primária, secundária, terciária e quaternária são essenciais para a
actividade catalítica.
• Aumentam a velocidade da reacção actuando como um catalisador
• algumas enzimas requerem além de aminoácidos, um ou mais iões inorgânicos
- cofactor, ou um complexo orgânico ou uma molécula metaloorgânico -
coenzima.
• Se a coenzima ou o ião metálico estiver ligado covalentemente à proteína é
designado por grupo prostético.

Apoenzima + Cofactor/Coenzima ➙ Holoenzima

(inactiva) (activa)

• Substrato. Molécula sobre a qual actua a enzima.

• Isoenzimas. Enzimas que catalisam a mesma reacção.

 Propriedades gerais das enzimas

As enzimas diferem dos catalisadores químicos em diferentes aspectos:
• Velocidades de reacção mais elevadas.
Introdução à Bioquímica

Normalmente 106 a 1012 vezes superiores às reacções não catalisadas e

são superiores em várias ordens de grandeza às reacções catalisadas
quimicamente.
• Condições de reacção mais suaves.
T<100ºC, pressão atmosférica, pH ~7,0. Contrariamente, a catálise
química ocorre muitas vezes a temperaturas e pressões elevadas e pH
extremos.
• Especificidade reaccional elevada.
Elevado grau de especificidade em relação ao(s) substrato(s) e ao(s)
produto(s) → uma reacção enzimática raramente tem produtos
secundários.
• Regulação da reacção.
A actividade enzimática é controlada não só pelo(s) substrato(s) e/ou
produto(s), bem como por outras substâncias. Os mecanismos de
regulação enzimática incluem o controlo alostérico (hemoglobina),
modificação covalente da enzima e controlo da quantidade de enzima
sintetizada.

 Nomenclatura/Classificação
Classificação internacional das
dasenzimas
enzimas
1. Oxidoredutases – enzimas que catalisam reacções de oxidação-redução.
Ex: Oxidação do etanol a aldeído pela desidrogenase do álcool:
Introdução à Bioquímica

2. Transferases – enzimas que transferem grupos funcionais entre

dadores e aceitadores.
Ex: Reacção catalisada por uma transferase do grupo amino
(aminotransferase):

 Nomenclatura/Classificação
Classificação internacional das
dasenzimas
enzimas
3. Hidrolases – enzimas que transferem grupos funcionais para a
água.
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Ex: Quebra de uma ligação peptídica:

4. Isomerases – enzimas que catalisam reacções de isomeração. Constituem

um grupo muito heterogéneo.

 Nomenclatura/Classificação
Classificação internacional das
dasenzimas
enzimas
5. Liases – Adicionam ou removem elementos da água, amónia, ou CO2.
Ex: Reacção catalisada por uma hidratase que hidrata a molécula de
Introdução à Bioquímica

fumarato a L-malato:

6. Ligases – enzimas que “ligam” moléculas à custa de grupos fosfatos.

Ex: Reacção catalisada pela carboxilase do piruvato:

 Nomenclatura das enzimas

As enzimas são classificadas com base nas reacções que catalisam:
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Nome do substrato + Sufixo ase:

Ex:
Urease ≡ hidrólise da ureia

ATP + D-glucose → ADP + D-glucose 6-fosfato hexocinase

Enzyme Commission Numbers (adoptado desde 1984)

exemplo:
Enzima tripéptido aminopeptidase: EC 3.4.11.4

EC - enzyme commission
EC 3 - hidrolase
EC 3.4 hidrolase que actua sobre as ligações peptídicas
EC 3.4.11 actua sobre o grupo amino dos aminoácidos de um polipeptídeo
EC 3.4.11.4 actua sobre o amino terminal de um tripeptídeo