String rutaLectura1 = "D:\\DirectorioFicheros\\fichero1.

txt";
String rutaLectura2 = "D:\\DirectorioFicheros\\fichero2.txt";
try {
FileReader fichero1 = new FileReader(rutaLectura1);
FileReader fichero2 = new FileReader(rutaLectura2);
BufferedReader br1 = new BufferedReader(fichero1);
BufferedReader br2 = new BufferedReader(fichero2);
String linea1;
String linea2;
int contadorRepetidas = 0;
LinkedList<String> palabrasFichero1 = new LinkedList<>();
LinkedList<String> palabrasFichero2 = new LinkedList<>();
LinkedList<String> palabrasResultado = new LinkedList<>();
LinkedList<String> palabras = new LinkedList<>();
int contadorFichero1 = 0;
int contandorFichero2 = 0;
while ((linea1 = br1.readLine()) != null && (linea2 = br2.readLine()) !
= null) {
String[] campos1 = linea1.split("\\s+");
String[] campos2 = linea2.split("\\s+");
for (int i = 0; i < campos1.length; i++) {
for (int k = 0; k < campos2.length; k++) {
if (campos1[i].equalsIgnoreCase(campos2[k]) && !
palabras.contains(campos1[i])) {
for (int c = 0; c < campos1.length; c++) {
if (campos1[i].equalsIgnoreCase(campos1[c])) {
contadorFichero1++;
palabras.add(campos1[i]);

}
}
for (int c = 0; c < campos2.length; c++) {
if (campos2[k].equalsIgnoreCase(campos2[c])) {
contandorFichero2++;

}
}
if (contadorFichero1 > contandorFichero2) {
palabrasResultado.add(campos1[i] + ":+" +
(contadorFichero1 - contandorFichero2) + " Fichero1");
}
if (contadorFichero1 < contandorFichero2) {
palabrasResultado.add(campos1[i] + ":+" +
(contandorFichero2 - contadorFichero1) + " Fichero2");
}
if (contadorFichero1 == contandorFichero2) {
palabrasResultado.add(campos1[i] + ":" +
(contandorFichero2 - contadorFichero1));

}
contadorFichero1 = 0;
contandorFichero2 = 0;
}
}
}

}
for (String string1 : palabrasResultado) {
 System.out.println(string1);
}
} catch (Exception e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace();
}