Velocidade de traduo varia ao longo do comprimento do mRNA Uma das primeiras questes levantadas quando considerado o possvel efeito

da utilizao de alterao do cdon como isso pode impactar na taxa em que um mRNA traduzido. A noo que a taxa de traduo pode mudar em diferentes regies com um nico mRNA, e assim facilitar os processos como um quadro de leitura (frame-shiftinhg) ou o enovelamento de polipeptdeos nascentes, tem sido discutido na literatura h algum tempo a recentemente ganhou suporte experimental (Siller et al., 2010; Zhang et al., 2009). Para obter uma viso mais global das taxas de traduo, Tuller e colaboradores primeiro estimaram a eficincia com que cada cdon individualmente traduzido em um determinado gene, baseado na disponibilidade predita do tRNA correspondente. Abordagens similares tm sido aplicadas antes em mdias de genes individuais, mas nunca cdon por cdon ao longo de um transcriptoma todo. Para refinar mais a anlise, Tuller et al. tambm fatoraram em traduo ou no de um cdon requerido com uma perfeita combinao cdon-anticdon (mais eficiente) ou uma interao cdonanticdon oscilante (menos eficiente). O ajustamento final comparado com estudos anteriores foi para tirar vantagem de recentes avanos tecnolgicos para medir pools de tRNA celular global (Zaborske et al., 2009) e usar estes valores para calcular a disponibilidade de tRNA. Para leveduras cultivadas em meio rico, houve uma forte correlao entre a abundncia de tRNA real e nmero de cpias do gene em tRNA. Essa descoberta permitiu que os autores extrapolassem seus estudos a organismos alm das leveduras. Uma observao a se fazer que enquanto a correlao entre nmero de cpias e abundncia de tRNA vale sob algumas condies, existem outros estados celulares onde isso pode no refletir a ligao dos tRNAs com seus aminocidos apropriados (Dittmar et al., 2005; Elf et al., 2003). Quando todos esses fatores so levados em considerao, padres conservados comeam a surgir dentro do transcriptoma de um organismo nico, bem como entre espcies. A descoberta mais bvia que a velocidade da traduo predita a ser devagar durante os primeiros 30 a 50 cdons (a rampa) e ento aumentar a um nvel plat para o restanto do gene (Figura 1A). O suporte para esse modelo vem da correlao notvel entre perfis de densidade ribossomal ao longo dos mRNAs previsto computacionalmente e os observados experimentalmente (Ingolia et al., 2009). A clara exceo a esta regra o segundo cdon, que predito a ser traduzido a uma taxa mais alta que os adjacentes, promovendo assim a liberao rpida e reciclagem do tRNA iniciador. Que propsito poderia ter essa rampa na traduo? O retardamento da elongao na traduo imediatamente depois da iniciao poderia efetivamente gerar mais uniformidade espacial entre os ribossomos mais abaixo no mRNA, que deveria prevenir o congestionamento ribossomal e promover eficincia na sntese de protena. A rampa predominantemente associada com a alta expresso de genes, consistente com um papel para a rampa em aumentar o rendimento do produto em meio trfego pesado de ribossomos. Os engarrafamentos na traduo e tambm na transcrio (Ehrenberg et al., 2010), podem diminuir a processabilidade e aumentar a estagnao e terminao, proporcionando precedncia para a ideia de que a rampa aumenta a eficincia global da sntese de protenas. Embora essa hiptese seja atrativa, continua a ser testada experimentalmente. Outro papel potencial para a rampa envolve o enovelamento da protena. A extenso da rampa corresponde extraordinariamente bem ao comprimento necessrio para o polipeptdeo encher o tnel de sada do ribossomo (Ban et al., 2000), ento a cadeia polipeptdica nascente deveria emergir do ribossomo, enaquanto faz a transio do estgio (rampa)

lento para a fase de alongamento rpido. Isso levanta a possibilidade de que a rampa pode de alguma maneira facilitar interaes entre o polipeptdeo emergente e as protenas chaperonas, aumentando assim a frao de produto corretamente enovelado. Vale a pena tambm investigar essa idia experimentalmente. A importncia da rampa pode explicar porque a expresso de genes estrangeiros algumas vezes falha a funo da rampa poderia diminuir ou desaparecer em sistemas heterlogos devido a alteraes na disponibilidade de tRNA (Tuller et al., 2010). A necessidade para compensar a ausncia de rampas que diminui a velocidade de traduo pode contribuir tanto para anedticas "curas" para aumentar a produo de protena externa (ex. Diminuindo a temperatura de elongamento) e mais abordagens recodificao baseadas (Siller et al., 2010). Isso tambm pode ajudar a explicar o porqu da superexpresso de tRNAs raros, outra estratgia comum para melhorar a produo de protenas estrangeiras, nem sempre funciona e pode at ser contraproducente. Em alguns casos, cdons raros podem de fato ser problemticos como a escassez de tRNA correspondente pode conduzir a uma terminao prematura; em outros exemplos superexpresso excessiva de uma baixa abundncia de tRNA poderia mudar significantemente a eficincia da traduo de certos cdons, interrompendo assim a rampa para o detrimento da sntese de protenas. Embora os efeitos da rampa nas primeiras etapas de elongao possa de fato ajudar a ajustar a traduo, importante ter em mente que a taxa de rendimento do produto para um dado mRNA estritamente regulada pela taxa de iniciao. Kudla et al. (2009) recentemente examinou o efeito da substituio de cdons sinnimos na eficincia da traduo de um gene que codifica a protena verde fluorescente em E. Coli. Eles descobriram que a seqncia que inicia um gene influencia fortemente a traduo e que o nvel de expresso era inversamente correlacionado com a estrutura secundria prevista do mRNA. Esses dados so consistentes com outros estudos apontando a importncia da estrutura do mRNA no controle do incio da traduo (de Smit and van Duin, 2003; Studer and Joseph, 2006). medida que as regies definidas por Kudla et al. e Tuller et al. se sobrepem, a seqncia nesta regio pode controlar a iniciao e/ou elongamento precoce, dependendo do gene em particular.

Figura 1. RNA mensageiro

Figura 1. Seqncias de RNA mensageiro definem o limite de velocidade. Existem trs vezes mais cdons que aminocidos, o que significa que vrios aminocidos podem ser codificados por vrios cdons sinnimos e protenas idnticas podem ser feitas a partir de sequncias de mRNA muito diferentes. A escolha do cdon no randmica, mas altamente selecionada entre uma ampla gama de organismos para otimizar a produo de protena. (A) Para muitos genes, cdons reconhecidos pela baixa abundncia de tRNAs so superexpressos na primeira parte do gene. Esse pradro sugere que os ribossomos traduzem mais lentamente ao longo dos primeiros 50 cdons (fase de rampa) e, em seguida traduzem o restante do mRNA em plena velocidade. (B) O arranjo de cdons sinnimos ao longo de um gene influencia a velocidade de traduo. mostrado um exemplo simples em que dois cdons diferentes (representado por diferentes tons de azul) codificam o mesmo aminocido. Quando os cdons idnticos so consecutivamente dispostos ao longo do mRNA (autocorrelacionado), a traduo mais rpida do que quando so dispostos alternativamente (anticorrelated).

Identificamos um perfil universalmente conservado de eficincia da traduo ao longo dos mRNAs calculado com base na adaptao entre as seqncias de codificao e o pool de tRNA. Neste perfil, os primeiros 30 a 50 cdons so, em mdia, traduzidos com baixa eficincia. Adicionalmente, em eucariotos, os ltimos 50 cdons mostram a maior eficincia sobre a sequncia completa de codificao. O perfil capaz de predizer precisamente a densidade ribossomal posio-dependente em genes de levedura. Estes dados sugerem que a velocidade de traduo e, como sua consequncia, a densidade ribossomal so codificadas por sequncias de codificao e o pool de tRNA. Sugerimos que a rampa lenta no incio de mRNAs serve como uma fase tardia da iniciao da traduo, formando um meio timo e robusto para reduzir engarrafamentos ribossomais, minimizando assim o custo de expresso da protena.