Estrutura Gnica e Definio de Termos

Gene: toda a seqncia de cido nuclico que necessria para a sntese de um polipeptdeo funcional ou molcula de RNA. Promotor: a seqncia mnima necessria do DNA que reconhecida pela RNA polimerase para que a transcrio se inicie corretamente. Faz parte do gene. Elementos Reguladores em Cis: elementos que regulam a iniciao da transcrio. Unidade de Transcrio : segmento de DNA que codifica a seqncia no transcrito primrio.
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Estrutura Gnica e Definio de Termos (2)

Transcrio: processo de formao de RNA a partir de uma fita molde de DNA. Traduo: processo de formao de uma protena nos ribossomos usando o RNAm para determinar a seqncia de aminocidos. Splicing: Corte seletivo do transcrito primrio. Exon: segmento do DNA que transcrito em RNA e traduzido em protena. Intron: Segmento de DNA que transcrito para o RNA, mas cortado antes da traduo.
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EXPRESSO GNICA
A expresso gnica o processo em que a informao contida em um determinado gene decodificada em uma protena. Regulao da expresso gnica em qualquer uma das etapas do processo pode levar a uma expresso gnica diferencial.

Objetivos da regulao da expresso gnica Bactrias:

o controle da expresso gnica serve principalmente para permitir que as clulas se ajustem s mudanas nutricionais no ambiente, de forma que o seu crescimento e diviso sejam otimizados.

Organismos multicelulares:
a expresso gnica controlada regula um programa gentico fundamental para o desenvolvimento embrionrio e a diferenciao.
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Como uma clula controla quais protenas que ela fabrica?

Controlando quando e como um determinado gene transcrito; Controlando como um transcrito primrio de RNA sofre o splicing ou processado; Selecionando quais RNAm so traduzidos; Ativando ou inativando seletivamente as protenas depois da sua sntese.
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Pontos de controle da expresso gnica em eucariotos

Expresso gnica em bactrias

Lac operon de E. coli

Operon
Sries de genes que codificam para produtos especficos e os elementos reguladores que controlam esses genes

Lac operon
Segmento de DNA necessrio para a produo de enzimas responsveis pelo metabolismo da lactose

Lac operon
Operador
segmento do DNA no qual se liga uma protena inibidora que bloqueia a transcrio.

Promoter
segmento do DNA reconhecido pela RNA polimerase e que promove a transcrio.

Genes estruturais
Genes que codificam para polipeptdeos especficos
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Lac operon
Genes estruturais para o metabolismo da lactose so expressos apenas quando a lactose est presente no meio de incubao da bactria. Como o operon controla a expresso dos genes?
Represso Ativao
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Represso
Quando a lactose est ausente
Um protena repressora liga-se ao DNA na seqncia do operador
Impede a ligao da RNA polymerase ao DNA No ocorre transcrio das enzimas que metabolizam lactose

O controle da transcrio devido ao gene regulador que codifica para a produo da protena repressora
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Ativao
Incio da transcrio ocorre com a retirada da protena repressora Quando a lactose est presente
Lactose liga-se protena repressora no operador
A protena repressora desliga-se do DNA RNA polimerase pode iniciar a transcrio dos genes estruturais

Lactose o indutor, pois sua presena resulta na induo da expresso dos genes
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Expresso Gnica em Eucariotos

Genomas so muito maiores em eucariotos do que em procariotos DNA dos eucariotos est localizado em vrios cromossomos ao invs de um nico cromossomos circular dos procariotos. Os eukariotos so geralmente multicelulares
Diferentes tipos clulas precisam produzir diferentes protenas
Nem todos os genes sero expressos em todas as clulas

No so encontrados operons nos eucariotos.

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Expresso gnica diferencial

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Morfognese: plantas vs. animais

Animais: Movimentos de clulas e tecidos so necessrios no desenvolvimento embrionrio para chegar forma final do organismo. Continuidade do desenvolvimento nos adultos restrito diferenciao de clulas continuamente repostas ao longo da vida. Plantas: Morfognese e crescimento ao longo de toda a vida da planta; Meristemas apicais mantm-se com caractersticas embrionria, responsveis pelo contnuo crescimento das plantas.
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Expresso gnica diferencial

As diferenas entre clulas advm das diferena na expresso gnica (genes ligados e desligados), e no da diferena nos genomas. Evidncias: Equivalncia Genmica : todas as clulas de um organismo tem os mesmos genes. Totipotncia: clulas podem manter o potencial zigtico para formar todas partes do organismo maduro (clulas vegetais; clonagem) Determinao: restrio do potencial de desenvolvimento, resultando na limitao das possibilidades de desenvolvimento de cada clula medida que o embrio se desenvolve; alterao nos RNAm transcritos.
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Determinao Diferenciao
Determinao: medida que o embrio se desenvolve, o destino possvel de cada clula torna-se mais limitado. Diferenciao: especializao das clulas depende do controle da expresso gnica Induo: a habilidade de um grupo de clulas embrionrias em influenciar o desenvolvimento de outro; determinantes citoplsmicos que regulam a expresso gnica Genes hometicos : genes que controlam o plano corporal global atravs do controle do destino de desenvolvimento de grupos de clulas
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Diferenas na Iniciao da Transcrio em Eucariotos e Bactrias (1)

RNA-polimerase:
Bactrias contm um nico tipo de RNA-polimerase, Clulas eucariticas apresentam trs tipos
RNA-polimerase I, RNA-polimerase II e RNA-polimerase III.

Incio da transcrio:
A RNA-polimerase bacteriana capaz de iniciar a transcrio sem o auxlio de protenas adicionais. As RNA-polimerases eucariticas precisam da ajuda de vrias protenas: os fatores gerais de transcrio.
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Diferenas na Iniciao da Transcrio em Eucariotos e Bactrias (2)

Seqncias reguladoras :
Em eucariotos, podem estar localizadas no DNA a milhares de pares de nucleotdeos distante do promotor Em bactrias os genes so freqentemente controlados por uma nica seqncia regulatria, tipicamente localizada prxima ao promotor.

A iniciao da transcrio em eucariotos deve levar em considerao a compactao do DNA nos nucleossomos e as formas mais compactas da estrutura da cromatina.
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As Trs RNA-Polimerases das Clulas Eucariticas

RNA-polimerase I - transcreve os genes para rRNA. RNA-polimerase II - transcreve todos os genes que codificam protenas, mais alguns genes que codificam pequenos RNAs (p.ex., aqueles presentes nos spliceossomos). RNA-polimerase III transcreve os genes de tRNAs, rRNA 5S e genes para pequenos RNAs estruturais.
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Fatores Gerais de Transcrio

Os fatores gerais de transcrio so responsveis pelo posicionamento correto da RNA-polimerase no promotor, ajudam na separao das fitas de DNA para permitir o incio da transcrio, e liberam a RNApolimerase do promotor quando a transcrio se inicia.
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Etapas na formao do complexo de iniciao da transcrio em eucariotos

TFIID liga-se a regio TATA, possibilitando a ligao de TFIIB. A seguir ligam-se o TFIIF e RNApolimerase II. TFIIE, TFIIH e TFIIJ ento se juntam ao complexo. TFIIH usa ATP para fosforilar a RNA-polimerase II, mudando a sua conformao de forma que a RNA-polimerase liberada do complexo e capaz de iniciar a transcrio.

Fatores de Transcrio Seletivos

Os promotores isolados so geralmente ineficientes. Fatores de transcrio seletivos que se ligam regio upstream e a enhancers aumentam a iniciao. Em alguns casos, protenas adicionais (mediadores, coativadores) so requeridos para estimular a transcrio. Protenas que se ligam a seqncias de enhancer devem atuar de forma semelhante quelas que se ligam prximas ao promotor. O DNA entre o enhancer e o promotor forma uma ala para permitir que as protenas ativadoras ligadas ao enhancer faam contato com as protenas ligadas ao promotor. as protenas reguladoras da expresso gnica (repressores e ativadores) podem influenciar a iniciao da transcrio, mesmo quando esto ligadas no DNA a milhares de pares de nucleotdeos distante do promotor.
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Fatores de Transcrio Seletivos

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Domnios Funcionais dos Fatores de Transcrio Seletivos

Domnio de ligao ao DNA - liga a protena no stio de ligao do DNA. Seqncias de localizao nuclear requeridas para transporte para dentro do ncleo. Domnio de ativao transcricional - realiza o contato com os fatores gerais de transcrio. Regio de dimerizao requerido para formar homo- ou heterodmeros com outras protenas. Domnio de ligao de ligante necessrio para ligao de composto que pode funcionar como ativador do fator.
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Motivos de ligao nos fatores de transcrio

Homeodomnio consiste de trs -hlices adjacentes. A maior parte do contato com as bases do DNA feita pela hlice 3. Exemplos: protenas Hox e outras protenas reguladoras do desenvolvimento. Dedo de zinco (Zinc finger) - Esse motivo constituido de uma -hlice e uma folha pregueada unidas por um on zinco. Exemplos: receptores de hormnios esterides, Sp1. Regio bsica e zper de leucina (ou bZip) A regio bsica serve para o contato com o DNA e o zper de leucina serve para a formao do dmero. Exemplos: Fos, Jun (complexos Fos-Jun teriam funo central na mediao de resposta nuclear a sinais na superfcie celular) Hlice-ala-hlice Contm um motivo estrutural muito semelhante a bzip, exceto que uma ala no helicoidal separa as duas -hlices em cada monmero. Exemplo: MyoD (fator regulador importante na determinao e diferenciao de msculo).
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Zipper de leucina

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Genes Eucariticos So Regulados por Combinao de Protenas

A maioria das protenas reguladoras de genes

atuam como parte de um comit de protenas reguladoras, todas essenciais para a expresso de um determinado gene na clula correta, em reposta a uma dada condio, no tempo certo e no nvel requerido. O termo controle combinatorial refere-se a forma como grupos de protenas trabalham juntas para determinar a expresso de um nico gene.
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Ao de fatores de transcrio gerais e seletivos

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Uma nica Protena Pode Coordenar a Expresso de Diferentes Genes

Embora o controle da expresso gnica em eucariotos seja combinatorial, o efeito de uma nica protena reguladora pode ser decisiva para ligar e desligar, simplesmente completando a combinao necessria para ativar ou reprimir um gene. Exemplo: Em seres humanos, o receptor de glicocorticide. Para se ligar aos stios no DNA o receptor precisa formar um complexo com uma molcula de um hormnio esteride (p.ex. cortisol). Em resposta aos hormnios glicocorticides, as clulas do fgado aumentam a expresso de vrios genes.

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Efeito de uma nica Protena Reguladora na Diferenciao

Estudos com clulas musculares em diferenciao, em cultura, possibilitaram a identificao de protenas reguladoras importantes, expressadas somente em clulas musculares, que coordenam a expresso gnica. Quando o gene que codifica uma dessas protenas reguladoras, MyoD, introduzido em fibroblastos, eles passam a se comportar como mioblastos e fundem-se para formar clulas semelhantes s musculares.
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Um nico Gene que Codifica uma Protena Reguladora Pode Estimular a Formao de um rgo Inteiro
Estudos sobre o desenvolvimento de olho em Drosophila, camundongo e humanos mostraram que um nico gene que codifica uma protena reguladora (Ey em moscas flies e Pax6 em vertebrados) crucial para o desenvolvimento do olho. Quando expressado num tipo celular apropriado, Ey pode desencadear a formao do rgo inteiro (olho), composto de diferentes tipos de clulas, todas corretamente organizadas no espao tridimensional.
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Influncia da Estrutura da Cromatina na Transcrio em Eucariotos

A maior parte do DNA em uma clula eucaritica est complexada nos nucleossomos e a estrutura espiralada dificulta o acesso de fatores de transcrio e RNApolimerase. A iniciao da transcrio depende da remoo dos nucleossomos da regio promotora do gene.

Durante a sntese de DNA, quando os nucleossomos so substitudos, poderia haver competio entre as histonas e os fatores de transcrio (p.ex. TFIID) pelos stios promotores. A ligao e ruptura dos nucleossomos por ativadores.
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Empacotamento do DNA e expresso gnica

O empacotamento do DNA ao redor das histonas pode silenciar grandes trechos do genoma, s vezes de maneira no reversvel.

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Ruptura e Reorganizao do Nucleossomo

Complexos poderiam estar envolvidos na ruptura dos nucleossomos:

Participao de fator GAGA e fator de remodelamento de nucleossomo (nucleosome-remodeling factor, NURF) Participao de complexo SW1/SNF Existe uma boa correlao entre acetilao de histona e a atividade transcricional da cromatina.

Competio entre histonas e fatores de transcrio poderia estar envolvida no controle da expresso gnica.

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Desmontagem dos nucleossomos

Enquanto o TATA box est enovelado no nucleossomo, no se inicia a ligao dos fatores de transcrio gerais
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Regies Controladoras de Lcus (Locus Control Regions, LCRs)

Regies controladoras de lcus (LCRs) so seqncias de DNA essenciais para o estabelecimento de uma configurao aberta da cromatina. Elas so capazes de inibir a transcrio normal de reas relativamente grandes contendo vrios genes. Um dos mais bem estudados o LCR que controla a expresso tecido-especfica da famlia de -globin.

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Expresso diferencial em funo da etapa do desenvolvimento

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Splicing diferencial do transcrito primrio

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Metilao do Promotor e Inatividade Gnica

Em clulas sangneas vermelhas de humanos e galinhas, o DNA envolvido na sntese de globina est completamente (ou quase completamente) no-metilado. O gene de ovalbumina de galinha no est metilado nas clulas do oviduto, mas metilado nos outros tecidos. Nos somitos de camundongo, a demetilao de um enhancer de MyoD antecede a transcrio de MyoD e essencial para a especificao dessas clulas como precursoras de msculo.
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Um pouco de regulaao da expresso gnica nos separa dos ...

Genomas 98,5% idnticos

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