Tomo 1

Reconstruo Tomogrfica em TC e em
Medicina Nuclear
Conceito de projeco e sinograma
Mtodos de retroprojeco filtrada
Noo de retroprojeco
Filtragem no domnio espacial e no
domnio das frequncias
A Transformada de Fourier
Teorema da seco central
Mtodos iterativos
Curso de Engenharia Biomdica IST
Prof. Lus Freire 2008/09
01
Reconstruo Tomogrfica em TC e MN
1 Introduo
As tcnicas tomogrficas TC e de Medicina Nuclear
(TCES Tomografia Computadorizada de Emisso
Simples e TEP Tomografia de Emisso de
Positres) permitem obter imagens segundo cortes
axiais (tomos do grego tomo, que significa seco).
A TC uma modalidade de imagem mdica baseada na
determinao dos coeficientes de atenuao da
radiao X, a qual produzida exteriormente ao objecto
que se pretende estudar.
Imagens de transmisso.
02
1 Introduo
J nas modalidades de imagiologia mdica da Medicina
Nuclear, a fonte de radiao interna ao prprio
indivduo. Neste caso, pretende-se determinar a
distribuio espacial de molculas marcadas com
istopos radioactivos (radioistopos).
Imagens de emisso.
Na base da obteno de imagens tomogrficas, esto
princpios, de natureza conceptual ou matemtica, que
necessrio compreender.
03
1 Introduo
Fonte e imagens: as fontes de radiao podem ser
internas ou externas ao paciente.
Externa (RX) Interna (TCES)
Transmisso (RX) Emisso (TCES)
04
1 Introduo
As imagens so ento referidas como imagens de
transmisso ou de emisso:
Externa (TC) Interna (TEP)
Transmisso (TC) Emisso (TEP)
05
1 Introduo
Externa Interna
Transmisso (TC) Emisso (TEP)
06
Imagens:
http://www.griffwason.com/gw_images/
1 Introduo
Representao do objecto: pode ser projectiva (RX) ou
tomogrfica (TC, TCES, TEP, IRM):
07
1 Introduo
Projectiva Tomogrfica
08
Imagens:http://www.med.harvard.edu/JPNM/TF95_96/Sept26/ChestCT.GIF/
2 Conceito de projeco e sinograma
O princpio da reconstruo tomogrfica foi apresentado
em 1917, por Johann Radon, um matemtico austraco,
que demonstrou que um objecto (3-D) poderia ser
reconstrudo a partir de mltiplas projeces (2-D)
obtidas segundo ngulos diferentes.
A descoberta de Radon s pde, todavia, ser
implementada no final da dcada de 60, com a melhoria
das capacidades de clculo dos computadores da
poca. A aplicao imagiologia s ocorreu na dcada
de 70, quando Hounsfield e Cormack apresentaram o
primeiro aparelho de TC.
09
Na base da reconstruo tomogrfica est o conceito de
projeco, que idntico ao conceito de incidncia.
Considere que obtm vrias radiografias em torno de
uma pessoa (i.e., segundo vrios ngulos). Se os
ngulos variarem de 10 em 10, obteremos ento 36
radiografias, para os ngulos 0, 10, 20, ..., 350.
Considere agora que para cada uma das 36
radiografias, selecciona apenas as sub-
regies compreendidas entre as linhas
vermelhas mostradas na figura direita.
neste caso, ficamos com 36 projeces
1-D, as quais constituiro um sinograma.
10
270
180 0
90
0
90
180
270
Alinhando todas as
projeces ao longo de
uma matriz, obtemos um
sinograma. No sinograma,
cada linha corresponde
projeco 1-D obtida para
um determinado ngulo,
enquanto cada coluna
indica a distncia medida
em relao ao centro da
imagem. Chama-se
sinograma porque uma
estrutura quente aparece
como uma funo seno.
r
2
, u=225
r
1
, u=45
Au=180
u
r
1
r
2
14
Imagens: Toga e Mazziotta, Human Brain Mapping,1996
15
Sinograma do miocrdio, correspondente
slice indicada direita. Imagem da
direita reconstruda atravs do mtodo de
FBP (filtered back-projection). possvel
observar a grande quantidade de
artefactos presentes na imagem da
direita.
3 Mtodos de retroprojeco filtrada
Noo de retroprojeco:
A reconstruo tomogrfica pode ser atravs de
mtodos de retroprojeco filtrada, vulgarmente
designados FBP, do ingls filtered back-projection.
Veremos neste ponto em que consiste a retroprojeco,
chamando, no entanto, a ateno para o facto da
retroprojeco, por si s, no ser suficiente para obter
imagens tomogrficas de boa qualidade. Como
veremos, necessrio filtrar as projeces antes da
retroprojeco, o que ser explicado mais adiante.
16
Vejamos agora como se processa efectivamente a
retroprojeco. Para cada pixel da imagem de
coordenadas linha-coluna [m, n], a contribuio da
projeco obtida segundo o ngulo |, medido em
relao vertical, calculada determinando o valor de r
(distncia ao centro da projeco), atravs da
expresso:
Note que o ponto r calculado em
relao ao centro da projeco que
retroprojecta sempre para o centro
da imagem. Neste caso, as coorde-
nadas m e n podem ser negativas.
18
| | sin cos m n r + =
Vejamos ento as coordenadas (linha-coluna) dos
diversos pontos:
19
Exerccio 3.01:
Verifique a concordncia da expresso anterior para
|=0, |=90, |=180 e |=270.
Note agora que sendo a projeco dada por uma
varivel discreta, improvvel que para qualquer ngulo
| diferente de 0, 90, 180 e 270 o valor de r seja um
inteiro. Neste caso, o valor da retroprojeco, v(r), para
o pixel [m, n], com coordenadas [m+0,5 , n+0,5],
calculado por interpolao da projeco. Existem
diversos mtodos de interpolao escolha, sendo os
mais usuais o de vizinho mais prximo ou o linear.
20
No caso da interpolao por vizinho mais prximo, o
valor da retroprojeco, para o pixel [m, n], dado por:
em que round() corresponde funo arredondamento
e p varivel (discreta) projeco obtida segundo um
ngulo |.
No caso de interpolao linear, o valor da retroprojeco
para o pixel [m, n], seria dado por:
em que trunc() corresponde funo de truncagem.
21
| |
)) 5 , 0 ( 5 , 0 ]( 5 , 0 1 ) 5 , 0 ( [
)) 5 , 0 ( 1 ) 5 , 0 ( ( 5 , 0 ) 5 , 0 (
+ + + + +
+ + + + + =
r r r p
r r r p v
trunc trunc
trunc trunc
|
|
| | 5 , 0 ) 5 , 0 ( ) ( + = r p r v round
|
Exemplos da funo trunc:
trunc(0,8)=0; trunc(2,2)=2;
trunc(-0,4)=-1; trunc(-1,7)=-2
Exerccio 3.02:
Considere um sinograma dado pela matriz representada
direita e acima. Calcule a contribuio da
retroprojeco no pixel a[1,5 ,-2,5], por interpolao de
vizinho mais prximo e linear, para as projeces |=0,
|=10 e |=20.
22
Depois de apreendido o conceito de retroprojeco,
necessrio perceber o conceito de filtragem. Com efeito,
para se produzir uma imagem tomogrfica, no basta
retroprojectar as sucessivas projeces nas direces
perpendiculares s direces em que estas foram
obtidas. Caso o fizssemos, obteramos, no final, uma
imagem tomogrfica de baixssima resoluo espacial,
sem qualquer valor de diagnstico.
Atente no exemplo da figura seguinte; poder ver que
caso no se proceda filtragem das projeces, a
imagem final tem uma resoluo espacial muito baixa.
23
24
Projeces Retroprojeco Resultado final
Projeces
filtradas
Retroprojeco
filtrada
Projeces
No est surpreendido(a)? Vejamos ento no caso de
imagens reais, reconstrudas com e sem filtragem das
mesmas projeces.
Como pode ver, a ausncia de filtragem das projeces
faz com que a imagem reconstruda perca resoluo
espacial e com que fique muito brilhante no centro,
devido s propriedades aditivas da retroprojeco.
25
Imagens: amath.colorado.edu/courses/4380/2004fall/FB.ppt
Mas ento, o que a filtragem? Neste caso, consiste em
retirar ou minimizar certas frequncias espaciais que
esto presentes nas projeces, as quais so
responsveis pela degradao da resoluo espacial da
imagem tomogrfica.
Para percebermos correctamente este conceito,
deveremos familiarizarmo-nos com o trabalho de Jean
Baptiste Joseph, Baro de Fourier, que em 1807
mostrou que qualquer sinal peridico podia ser
representado atravs da soma ponderada de sinusides
harmnicas. Duas sinusides dizem-se harmnicas se a
frequncia de uma mltipla da frequncia da outra.
26
No entanto, o trabalho de Fourier no se limitou s
funes peridicas. Com efeito, ele demonstrou ainda
que qualquer funo no-peridica com rea finita, podia
ser descrita atravs do integral ponderado de senos e/ou
cosenos com diferentes frequncias. Neste caso, falamos
de Transformadas de Fourier, cuja utilidade prtica
consideravelmente superior das Sries de Fourier.
O formalismo matemtico introduzido pela Transformada
de Fourier poderoso na anlise de sinais. Tal como nas
Sries de Fourier, o valor de cada componente final
resultante dessa anlise indica a amplitude que cada
seno ou coseno deve ter na reconstruo final do sinal.
27
Assim, em termos matemticos, a TF calculada atravs
da seguinte expresso:
sendo a transformada inversa dada pela expresso:
( ) ( )
}
= dt e t f k F
kt j t 2
28
( ) ( )
}

= dk e k F t f
kt j t 2
No entanto, estas expresses so puramente
conceptuais, o que invalida a sua implementao por
computadores. Neste caso, utiliza-se a Transformada de
Fourier Discreta (DFT) e a Transformada de Fourier
Discreta Inversa (IDFT), as quais so aplicadas a sinais
discretos no-peridicos, mas considerados peridicos:
1 ,..., 0 ,
1
0
2
= =
=
|
.
|
\
|
N k e f F
N
n
N
kn
j
n k
t
29
1 ,..., 0 ,
1
1
0
2
= =

=
|
.
|
\
|
N n e F
N
f
N
k
N
kn
j
k n
t
O que quer dizer considerados peridicos? Considere
um sinal discreto no-peridico:
Tal como se disse atrs, se o sinal no-peridico, o seu
espectro de Fourier contnuo. No entanto, podemos
considerar que este sinal peridico, se o
representarmos da seguinte forma:
30
Neste caso, o espectro de Fourier do sinal tambm
discreto, logo calculvel por um computador. Relembre
ainda as seguintes propriedades:
31
N k k K n n
F F f f
+ +
= = ;
Em jeito de sumrio, importa relembrar as ideias-chave:
Qualquer sinal prtico pode ser decomposto ou reconstrudo a
partir de um conjunto de senos e cosenos com amplitudes e
frequncias apropriadas;
Se o sinal for par, isso quer dizer que ele contm apenas
cosenos; se impar, apenas senos;
Se o sinal for peridico, as suas componentes esto relacionadas
harmonicamente. Logo, o espectro de Fourier discreto;
No caso de sinais no-peridicos, os senos e cosenos no so
harmnicos, pelo que o correspondente espectro contnuo;
32
Se retirarmos do espectro
de Fourier as componentes
mais elevadas (afastadas da
componente DC - central), e
reconstruirmos o sinal,
obteremos um sinal mais
suave (com pior resoluo
espacial), tal como se
mostra direita para um
sinal 2D (imagem).
33
De igual modo, se for
retirada a componente DC,
obtm-se um sinal (imagem
2D) na qual s se vem
alguns contornos, tal como
se indica na figura ao lado.
Note que nestes espectros,
a componente DC aparece
no centro do espectro e no
na origem, devido s
propriedades de simetria
mencionadas anteriormente.
34
Veja ainda o que acontece
no caso de diminuirmos o
peso das componentes
centrais do espectro de
Fourier, tal como se mostra
direita. Neste caso, o sinal
reconstrudo (imagem 2D)
apresenta maior resoluo
espacial.
este o princpio da
filtragem das projeces no
mtodo FBP.
35
A manipulao do espao de Fourier permite ainda, por
exemplo, efectuar certas operaes muito interessantes
sobre sinais (e sobre imagens), nomeadamente sobre
imagens mdicas, como a eliminao ou a minimizao
de rudo, o alisamento ou o reforo de contornos
(smoothing e sharpening), a compresso de dados ou a
identificao das caractersticas geomtricas principais.
Estas tcnicas sero abordadas nos captulos 5 e 6.
36
Tambm o nmero de projeces influencia a qualidade
da imagem tomogrfica final. Neste caso, sabemos que
quantas mais projeces, melhor ser a qualidade final
da imagem.
37
4 projeces 16 projeces 128 projeces
R
e
t
r
o
p
r
o
j
e
c
o
R
e
t
r
o
p
r
o
j
e
c
o
f
i
l
t
r
a
d
a
Objecto
Imagens: http://www.erc.msstate.edu/~zhanping/Research/CTRecon/
RaysRecon/RaysRecon.htm/
38
Imagens: http://www.erc.msstate.edu/~zhanping/Research/CTRecon/
RaysRecon/RaysRecon.htm/
n=8 n=16
n=32
n=64 n=128 n=256
Filtragem das projeces:
Vamos finalmente ver em que consiste a filtragem das
projeces no mtodo de reconstruo tomogrfica por
retroprojeco filtrada. Considere que obteve a
projeco (dada por uma varivel discreta, no-
peridica), indicada na figura seguinte (N=16).
39
Em vez de retroprojectarmos esta
projeco (e as restantes, pois j vimos
que isso conduz a imagens com baixa
resoluo espacial e muito brilhantes no
centro rever slide 3.25), vamos obter a
transformada discreta de Fourier desta
projeco (e das restantes). Para a
projeco apresentada no slide anterior, os
coeficientes de Fourier so indicados
direita (repare na simetria existente para
os valores reais e imaginrios). Repare
ainda que na DFT, no h diviso por N.
40
47.000 0.000
-27.959 0.224
0.414 -4.242
3.231 3.154
3.000 0.000
-1.917 3.154
-2.414 -4.242
6.645 0.224
-9.000 0.000
6.645 -0.224
-2.414 4.242
-1.917 -3.154
3.000 0.000
3.231 -3.154
0.414 4.242
-27.959 -0.224
Antes de prosseguirmos, vamos fazer s
uma alterao na representao dos
coeficientes de Fourier. Em vez dos
coeficientes f
0
a f
15
, consideremos os
coeficientes f
-8
a f
7
. Como pode verificar,
o mesmo que passar as ltimas 8 colunas
da tabela anterior para o incio.
41
-9.000 0.000
6.645 -0.224
-2.414 4.242
-1.917 -3.154
3.000 0.000
3.231 -3.154
0.414 4.242
-27.959 -0.224
47.000 0.000
-27.959 0.224
0.414 -4.242
3.231 3.154
3.000 0.000
-1.917 3.154
-2.414 -4.242
6.645 0.224
Em seguida, vamos modificar o peso de cada
componente f
k
do espectro de Fourier, multiplicando o
espectro por um filtro de rampa, que indicado a seguir.
42
O resultado vai ser o espectro seguinte (apresenta-se
em baixo o espectro original, para comparao).
43
-9.000 0.000
5.814 -0.196
-1.811 3.182
-1.198 -1.971
1.500 0.000
1.212 -1.183
0.104 1.061
-3.495 -0.028
0.000 0.000
-3.495 0.028
0.104 -1.061
1.212 1.183
1.500 0.000
-1.198 1.971
-1.811 -3.182
5.814 0.196
Em seguida, calcula-se a IDFT do espectro filtrado,
de maneira a obtermos a projeco filtrada. Assim,
em vez de retroprojectarmos a projeco inicial,
deveramos retroprojectar a projeco que
indicada abaixo (repare na diferena de escalas).
Repetindo o mesmo procedimento para as
restantes projeces, obter-se-ia uma imagem de
boa qualidade.
44
-0.019
-0.014
-0.023
-0.052
-0.005
0.085
-0.081
0.153
-0.055
0.059
0.038
0.054
-0.015
0.011
-0.045
-0.014
Para alm da retroprojeco filtrada poder ser feita no
espao de Fourier, ela pode tambm ser realizada no
espao directo (da projeco) sem nunca calcular
Transformadas de Fourier. No entanto, tal nunca feito,
pois muito mais lento do ponto de vista computacional.
45
Projeces filtradas
Retroprojeco
filtrada
Projeces Projeces
Enquanto que no espao de Fourier, a transformada de
Fourier da projeco multiplicada pelo filtro, no espao
directo, a projeco teria de ser convoluda com a
Transformada de Fourier do filtro. No caso de um filtro
de rampa, a respectiva transformada de Fourier
corresponde funo indicada abaixo.
46
De notar que quando se diz uma imagem de boa
qualidade, isso no significa uma imagem de excelente
qualidade, uma vez que o filtro de rampa est longe de
ser o filtro ideal. Tal deve-se ao facto deste filtro
amplificar grandemente o rudo.
Por esse motivo, foram propostos outros filtros, como os
de Hamming, Hann, Butterworth, Chebyshev, Parzen.
Algumas das correspondentes expresses so
indicadas em seguida:
47
A questo da amplificao do rudo pelo filtro de rampa
deve-se ao facto de que quanto mais afastada est uma
componente da componente DC, maior a sua
ponderao. Como j vimos, estas componentes so
responsveis pelos detalhes mais finos do sinal, mas
tambm do rudo de alta-frequncia.
48
( )
( )
( )
p
k
k
k
k
N k
F
N k F
N k F
N k F
2
1
1
: h Butterwort
cos 5 , 0 5 , 0 : Hann
cos 46 , 0 54 , 0 : Hamming
/ : Rampa
+
=
+ =
+ =
=
t
t
Chama-se ainda a ateno para outra hiptese de
realizao da retroprojeco filtrada, a qual
compreendida atravs do Teorema da Seco Central.
Este teorema diz que a transformada de Fourier de uma
projeco corresponde aos valores que o espao de
Fourier (2D) tomaria ao longo dos pontos situados
perpendicularmente direco em que a projeco foi
obtida, passando pelo centro da imagem. Veja a figura
seguinte:
49
Assim, fazendo a Transformada de Fourier de todas as
projeces, obtm-se os pontos do espao de Fourier tal
como os indicados esquematicamente na figura seguinte
(para 6 projeces).
50
Neste caso, a imagem tomogrfica no seria obtida por
retroprojeco, mas aplicando a IDFT 2D ao espao de
Fourier, depois deste ser interpolado para uma matriz
quadrada.
51
4 Mtodos iterativos
Mtodos de reconstruo aritmtica:
Os mtodos de reconstruo aritmtica, vulgarmente
designados por ART, englobam os mtodos EM
(Expectation Maximization), entre os quais se destacam
o mtodo MLEM (Maximum Likelihood EM) e OSEM
(Ordered Subset EM). O princpio destes mtodos de
reconstruo consiste em comparar as projeces reais
com as projeces obtidas a partir do objecto medida
que este vai sendo reconstrudo. Vejamos ento o
seguinte exemplo:
52
3. Reconstruo Tomogrfica em TC e MN
4 Mtodos iterativos
53
Adaptado de Bruyant, P.P., Analytic and iterative reconstruction algorithms
in SPECT. J Nucl Med, 2002. 43(10): p. 1343.
Problema: Estimativa inicial: Valores Corrigidos:
Actualizao:
Valores corrigidos:
Actualizao: Valores corrigidos:
Imagem Final
4 Mtodos iterativos
A vantagem dos mtodos iterativos prende-se com a
obteno de imagens com melhor resoluo espacial do
que aquela que seria obtida com um mtodo de
retroprojeco filtrada. No entanto, estes mtodos so
computacionalmente mais lentos e podem no convergir
para a soluo desejada. Para alm disso, mtodos
recentes de FBP relanaram o interesse por este tipo de
abordagem reconstruo de imagens tomogrficas, ao
conseguirem melhorar significativamente a resoluo
espacial das imagens obtidas.
54
4 Mtodos iterativos
Vejamos ento o seguinte exemplo, que compara duas
imagens de rendering obtidas a partir das
correspondentes imagens tomogrficas.
55

Tomo 1

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