Quando se fala em ecossistemas e biomas, tratamos de conjuntos.
Embora distintos nos seus elementos e abrangncia, podem se
sobrepor, interceder e se completar. Um ecossistema um conjunto formado pelas interaes entre componentes biticos, como os organismos vivos: plantas, animais e micrbios, e os componentes abiticos, elementos qumicos e fsicos, como o ar, a gua, o solo e minerais. Estes componentes interagem atravs das transferncias de energia dos organismos vivos entre si e entre estes e os demais elementos de seu ambiente. Como so definidos pela rede de interaes entre organismos, e entre os organismos e seu ambiente, ecossistemas podem ter qualquer tamanho. Como difcil determinar os limites de um ecossistema, convenciona-se adotar distines para a compreenso e possibilidade de investigao cientfica. Assim, temos, inicialmente, uma separao entre os meios aquticos e terrestres. Ento, ecossistemas aquticos sero os lagos, naturais ou artificiais (represas), os mangues, os rios, mares e oceanos. Os ecossistemas terrestres sero as florestas, as dunas, os desertos, as tundras, as montanhas, as pradarias e pastagens. O bioma, na definio do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatstica (IBGE) o "conjunto de vida (vegetal e animal) definida pelo agrupamento de tipos de vegetao contguos e identificveis em escala regional, com condies geoclimticas similares e histria compartilhada de mudanas, resultando em uma diversidade biolgica prpria". Em outras palavras, ele pode ser definido como uma grande rea de vida formada por um complexo de ecossistemas com caractersticas homogneas.
Muitas vezes, o termo "bioma" utilizado como sinnimo de
"ecossistema" mas, diferente do ecossistema, classificao de bioma interessa mais o meio fsico (a fisionomia da rea, principalmente da vegetao) que as interaes que nele ocorrem. O perfil do local e a dimenso tambm importam na classificao: um ecossistema qualquer s ser considerado um bioma se suas dimenses forem de grande escala. Por exemplo, existe o bioma da Mata Atlntica e, dentro dele, ecossistemas como a floresta ombrfila densa, a mata de araucria, os campos de altitude, a restinga e os manguezais. Um bioma definido por um tipo principal de vegetao (embora num mesmo bioma possam existir diversos tipos de vegetao) e tambm de animais tpicos, embora estes no influam tanto na definio. Os biomas brasileiros so a Amaznia, o Cerrado, Caatinga, Mata Atlntica, o Pampa e o Pantanal.