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Volume 33, nmero 4, 2008

Dinmica molecular: teoria e

aplicaes em planejamento de frmacos
A. M. Namba*, V. B. da Silva, C. H. T. P. da Silva
Departamento de Cincias Farmacuticas, Faculdade de Cincias Farmacuticas de Ribeiro Preto,
Universidade de So Paulo, Av. do Caf, s/n, Monte Alegre, 14040-903, Ribeiro Preto-SP, Brasil
* amnamba@[Link]

Resumo: Dinmica Molecular (DM) uma ferramenta computacional poderosa usada em Qumica
Medicinal para o planejamento racional de frmacos. DM uma extenso da Mecnica Molecular,
onde o comportamento dinmico de um sistema molecular simulado atravs da integrao
numrica das equaes de movimento. Esta tcnica tem sido usada extensivamente para auxiliar e
complementar o planejamento de novos ligantes de um alvo teraputico, bem como estimar a sua
potncia. Este artigo enfoca a teoria bsica da DM clssica e suas importantes aplicaes no
planejamento racional de potenciais compostos bioativos, particularmente compostos com atividade
anti-HIV.

Palavras-chave: dinmica molecular; campo de fora; planejamento de frmacos; atividade anti-HIV.

Introduo Com base na Mecnica Molecular (MM),

as molculas so tratadas como uma coleo de
Simulao de Dinmica Molecular (DM) tomos que pode ser descrita por foras newtoni-
uma das tcnicas computacionais mais versteis pa- anas, ou seja, so tratadas como uma coleo de
ra o estudo de macromolculas biolgicas [1-4]. No partculas mantidas unidas por foras harmnicas
planejamento racional de frmacos baseado em es- ou elsticas. Um conjunto completo dos potenci-
trutura, as simulaes de DM tm contribudo exa- ais de interao entre as partculas referido
ustivamente em diversos estgios do processo [4-6]. como campo de fora [9,10]. O campo de fora
A metodologia da DM fundamentada nos emprico, tal como conhecido como uma
princpios da Mecnica Clssica e fornece infor- funo energia potencial, permite que a energia
maes sobre o comportamento dinmico micros- potencial total do sistema, V(r), seja calculada
cpico, dependente do tempo, dos tomos individu- como a partir da estrutura tridimensional (3D) do
ais que compem o sistema [7,8]. Para se obter as sistema. V(r) descrito como a soma de vrios
propriedades macroscpicas de interesse a apli- termos de energia, incluindo os termos para to-
cao da mecnica estatstica requerida, a qual mos ligados (comprimentos e ngulos de ligao,
tem a funo de calcular propriedades observveis ngulos diedros) e os termos para tomos no-
macroscpicas (presso, energia interna, volume, ligados (interaes de van der Waals e de
temperatura, entropia, energia livre, etc), a partir de Coulomb). Um tpico campo de fora represen-
outras microscpicas. tado pela Equao 1:

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potenciais compostos pelos termos de van der

(1)
Waals e eletrosttico, representados respectiva-
onde, Vl a energia de estiramento da ligao em mente pelos potenciais de Lennard-Jones
relao a seu valor de equilbrio (ou ideal), V (potencial 6-12, Equao 5) e de Coulomb
a energia de deformao do ngulo de ligao em (Equao 6).
relao a seu valor de equilbrio, V a energia
devido toro em torno de uma ligao, VdW
(5)
representa a energia das interaes de van der
Waals e Velec representa as energias de atrao ou
repulso eletrosttica entre duas cargas.
A forma padro para representar os (6)
potenciais harmnicos devido s oscilaes dos
comprimentos e ngulos de ligao com relao Na Equao 5, ij a profundidade do
aos valores de equilbrio a utilizao da Lei de potencial entre a barreira atrativa e a repulsiva, e
Hooke, mostrada nas equaes 2 e 3: ij a distncia finita na qual o potencial inter-
partcula zero. Ambos so parmetros ajustados
(2) experimentalmente ou por clculos tericos. No
caso das interaes eletrostticas (Equao 6), qi
(3) e qj correspondem magnitude das cargas
onde l e so os comprimentos e ngulos de pontuais de cada tomo, rij a distncia entre as
ligao, respectivamente, l0 e 0 so os cargas, o a permissividade do espao livre e r a
correspondentes valores de equilbrio e kl e k as constante dieltrica relativa do meio.
constantes de fora para a restituio aos Os campos de foras existentes foram de-
respectivos valores de equilbrio. A aproximao senvolvidos de maneira independente e com todos
harmnica vlida somente para pequenas os conjuntos de parmetros especficos. Alguns
distores com relao aos valores de equilbrio. incluem outros termos para descrever especifi-
A forma funcional padro para representar camente as ligaes de hidrognio ou para acoplar
o potencial de energia para uma toro est oscilaes entre ngulos e comprimentos de ligao,
mostrada na Equao 4: com o objetivo de se obter uma melhor concordn-
cia com espectros vibracionais [9,10]. A confiabili-
dade dos resultados baseada na elaborao de um
(4)
campo de fora com parmetros bem definidos. A
escolha do campo de fora depende, em grande
onde Vn a barreira de energia para a toro, n o parte, do sistema a ser estudado e das propriedades
nmero de mximos (ou mnimos) de energia em que sero investigadas. No caso de sistemas bio-
uma toro completa, o ngulo diedro e o moleculares, os campos de fora mais utilizados so
ngulo de fase (defasagem no ngulo diedro que CHARMM [12], GROMOS [11,13], AMBER [14],
pode gerar um ponto de mnimo ou de mximo na OPLS, [15], CVFF [16], entre outros.
posio = 0) [11]. O valor de n depender do tipo
de toro considerada e, geralmente, no excede o Dinmica molecular clssica
valor 3. A simulao de DM [17-25] consiste da
Em alguns campos de fora, um quarto soluo numrica, passo a passo, da Equao de
potencial harmnico definido para manter a movimento, que pode ser descrita para um
estrutura tridimensional em um conjunto de sistema atmico simples pela Equao 7:
quatro tomos, descrevendo ainda oscilaes da
mesma. Esse potencial denominado potencial (7)
torcional imprprio.
As interaes entre pares de tomos no-
(8)
ligados covalentemente (i, j) so descritas por

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onde Fi a fora que atua sobre cada partcula do Ensemble estatstico

sistema em um instante de tempo t, e ai a acele- O conjunto de configuraes e proprieda-
rao do tomo i de massa mi. Uma vez definido o des mantidas constantes durante a integrao das
campo de fora, possvel calcular as foras que equaes de Newton e que representam o estado
atuam sobre cada tomo, calculando-se a derivada do sistema, chamado de ensemble [17]. Uma
primeira da energia potencial, obtida do campo de das primeiras opes de ensemble o micro-
fora escolhido, em relao s posies desses to- cannico ou NVE ( nmero de partculas, volume
mos (Equao 8). A Equao 8 gera diretamente a e energia total constantes durante a simulao).
acelerao da partcula. A partir desta, integrando- Outras alternativas para esse ensemble foram
se as equaes de movimento, pode-se obter as desenvolvidas, nas quais se controla separada-
velocidades, cuja integral, por sua vez, proporciona mente a temperatura, T, e a presso, P, ao invs da
a mudana de posio do tomo. Com as novas energia total (E). Dentre esses encontram-se o
posies e velocidades de cada partcula, obtm-se grand-cannico ou VT (potencial qumico, vo-
as energias potencial e cintica do sistema. lume e temperatura constantes), o cannico ou
Aplicando-se sucessivamente esse procedimento, NVT (com nmero de partculas, volume e tem-
obtm-se o que se denomina de trajetria, que peratura constantes), o isobrico-isoentapico ou
nada mais do que o conjunto de posies e NPH (com nmero de partculas, presso e
velocidades de cada partcula ao longo do tempo. entalpia constantes) e o isotrmico-isobrico ou
NPT (com nmero de partculas, presso e tem-
Integrao das equaes de movimento peratura constantes) [17,26].
A integrao das equaes de movimento
realizada atravs de algoritmos baseados nos mto- Controle da temperatura e da presso
dos das diferenas finitas, nos quais a integrao Durante as simulaes de DM o controle
dividida em pequenos intervalos de tempo (passos de T pode ser obtido atravs de um processo
de integrao) [27], t, permitindo simular os movi- conhecido como termostato de Berendsen [30],
mentos de maior freqncia do sistema, que muitas que para manter a temperatura, o sistema
vezes so as vibraes das ligaes. Um dos mto- acoplado a um banho trmico com tempertaura
dos mais utilizados em dinmica molecular para T0 fixa. Durante as simulaes as velocidades so
integrar as equaes de movimento o algoritmo de re-escalonadas a cada passo de integrao, a fim
Verlet [17,27], que utiliza as posies e aceleraes de ajustar a energia cintica do sistema at a
dos tomos no tempo t e as posies do passo ante- temperatura selecionada [30].
rior, r (t-t), para determinar as novas posies no Outros mtodos mais sofisticados como
tempo t+t, de acordo com a Equao 9: os termostatos de Nos-Hoover [31,32] e Nos-
Poincar [32] tambm so utilizados. Para o con-
(9)
trole da presso, as variveis T so substitudas
por P, e as velocidades dos tomos pelas coorde-
Este algoritmo pode ser obtido atravs da
nadas atmicas. Os barostatos mais utilizados so
expanso em srie de Taylor, inicialmente para
os de Berendsen [30] e Parrinello-Rahaman [33].
frente (Equao 10) e depois para trs (Equao
11). Somando-se as duas e isolando r (t+t),
Condies iniciais, minimizao de energia e
chega-se Equao 9.
equilibrao
Para se realizar uma simulao de DM
(10)
importante especificar as posies iniciais das
partculas que constituem o sistema. conve-
(11) niente situar inicialmente as partculas nas
posies de uma rede cristalina, o que evita
Alm do algoritmo de Verlet, existem outros sobreposio indesejada entre elas, gerando uma
algoritmos de integrao confiveis como o algorit- caixa de simulao que pode adotar diferentes
mo de Beeman [28] e o mtodo leap-frog [29]. geometrias. comprovado que os resultados das

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simulaes so praticamente independentes do Assim sendo, os primeiros passos de uma DM

tipo de geometria utilizada para as caixas de si- constituem o que se denomina de perodo de
mulao. As mais comumente usadas so a cbi- equilibrao (ou inicializao). Nesse estgio, as
ca, a paralelepipdica e a octadrica truncada. propriedades do sistema no se mantm cons-
Antes de se iniciar as simulaes de DM, tantes. O perodo de equilibrao varivel e
o sistema deve ser minimizado para eliminar depende do sistema em estudo. Geralmente, d-se
maus contatos entre os tomos. A minimizao por finalizado quando se alcana o equilbrio ter-
de energia, tambm conhecida como otimizao modinmico. A partir desse ponto pode-se ento
da geometria, uma tcnica que visa encontrar gerar as trajetrias da DM e calcular as diferentes
um conjunto de coordenadas que minimizam a propriedades para o sistema de interesse.
energia potencial do sistema de interesse. O pro-
cedimento bsico consiste em caminhar sobre a Constrangimentos (constraints) e restries
superfcie de potencial na direo em que a ener- (restraints) moleculares
gia decresce, de maneira que o sistema levado Os sistemas moleculares apresentam
a um mnimo de energia local prximo. Atravs movimentos que ocorrem em diferentes escalas
de ajustes nas posies atmicas, o processo temporais, considerando tanto as foras intermo-
relaxa as distores nas ligaes qumicas, nos leculares como as intramoleculares. Normal-
ngulos entre ligaes e nos contatos de van der mente essas ltimas so de ordem de magnitude
Waals. [7,34]. O sistema minimizado possui superior s das primeiras, de modo que os movi-
foras pequenas sobre cada tomo e serve, por- mentos vibracionais so muito mais rpidos que
tanto, como estrutura de partida para iniciar as os translacionais e rotacionais. Dessa forma os
simulaes de DM. passos de integrao devem ser aumentados,
Os algoritmos de minimizao mais implicando em um aumento substancial do tem-
conhecidos so: o mtodo steepest descent [35- po de clculo. No entanto, se os movimentos
37], o mtodo dos gradientes conjugados [38] e o mais rpidos forem congelados (subtrados do
mtodo de Newton-Raphson [39,40] clculo das interaes), constrangendo os graus
O mtodo steepest descent usa a derivada de liberdade correspondentes aos movimentos de
primeira para determinar a direo para o maior frequncia, pode-se conseguir uma maior
mnimo. Esta tcnica robusta e usada para eficincia atravs da utilizao de um passo tem-
minimizar inicialmente uma estrutura que est poral maior na integrao das equaes do movi-
longe de um ponto de mnimo. Uma minimizao mento, reduzindo consideravelmente o custo
mais eficiente pode ser obtida utilizando-se o computacional [19].
algoritmo dos gradientes conjugados ou o Berendsen e van Gunsteren verificaram que
mtodo de Newton-Raphson. A tcnica de quando se aplicam constraints aos comprimentos
gradientes conjugados utiliza informao das das ligaes em protenas, o passo temporal pode
prvias derivadas primeiras para determinar uma ser aumentado quatro vezes sem que o
direo tima da busca. O mtodo de Newton- comportamento fsico do sistema seja alterado [41].
Raphson usa tanto as derivadas primeiras quanto Existem vrios mtodos usados para
as segundas da funo. Assim, alm de utilizar as realizar constrangimentos moleculares [42]. Os
informaes do gradiente, utiliza a curvatura para mais utilizados so os algoritmos SHAKE
predizer onde a funo mudar a direo ao [17,43], RATTLE [44] e LINCS [45].
longo do gradiente.
Aps a minimizao de energia do Condies peridicas de contorno
sistema, este gradualmente aquecido para a Em simulaes de DM, os sistemas
temperatura de interesse T0, atribuindo as possuem normalmente 102-106 partculas, sendo
velocidades iniciais de todas as partculas atravs insignificante em comparao com o nmero de
de uma distribuio de Maxwell-Boltzmann. tomos contidos em sistemas macroscpicos
As condies iniciais de uma simulao de (fraes do nmero de Avogadro). Assim, nas
DM distam muito do equilbrio termodinmico. simulaes de DM o nmero relativo de

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partculas na superfcie do sistema muito maior de curto alcance, uma vez que o potencial de
do que para um sistema macroscpico, causando interao intermolecular decai rapidamente com
efeitos de superfcie indesejveis. A forma mais o aumento da distncia entre as partculas [17-
comum de minimizar os efeitos de superfcie e 19]. No entanto, para o tratamento das interaes
obter as propriedades macroscpicas a partir das de longo alcance (potencial de Coulomb), em que
trajetrias das simulaes de DM a utilizao o potencial decai com a distncia que menor do
de condies peridicas de contorno (ou fron- que r-d (d a dimensionalidade do sistema), o
teira) [18,19]. Efeitos de superfcie so elimi- truncamento abrupto do potencial produz efeitos
nados e as partculas consideradas sofrem o que, em muitos casos, comprometem severa-
efeito das foras como se estivessem no interior mente os resultados das simulaes [47]. Este
do sistema. Nesta tcnica, os tomos do sistema problema tem sido contornado com a utilizao
so colocados em uma caixa (normalmente de mtodos baseados em somas de Ewald
cbica), e a caixa original replicada em todas as [46,48], como P3M (Particle-Particle-Particle
direes do espao. Durante as simulaes, Mesh Ewald) [49], PME (Particle Mesh Ewald)
quando um tomo move-se na caixa original, sua [50] e SPME (Smoth Particle Mesh Ewald) [51],
imagem peridica, em uma das caixas imagem, que produzem trajetrias estveis, ou por
move-se da mesma maneira. Se um tomo sai da mtodos que empregam aproximao do campo
caixa original, sua imagem entra pela face oposta de reao [17,46,48].
da caixa imagem, com a mesma velocidade.
Assim, o nmero total de tomos na caixa central Dinmica molecular de sistemas solvatados
e no sistema como um todo conservado. Existem dois modelos de solvatao que
podem ser utilizados para realizar simulaes de
Conveno da imagem mnima e raio de corte DM de sistemas solvatados: o modelo de sol-
A implementao das condies peridicas vatao explcita e o modelo de solvatao implci-
de contorno requer a avaliao das foras exercidas ta. No primeiro modelo, centenas ou milhares de
sobre cada molcula por todas as demais molcu- molculas de solvente so incorporadas explicita-
las do sistema. Se um sistema contm N partculas mente ao sistema como um componente adicional
e o potencial se expressa como a soma das inter- [52]. Vrios potenciais foram desenvolvidos e
aes entre pares de partculas, ento existem ter- parametrizados para descrever as molculas de
mos para essa soma. No entanto, as interaes com gua explicitamente. Os mais utilizados so os da
as partculas das caixas imagem tambm tm que famlia TIP (Transferable Intermolecular
ser includas nessa soma. Com isso, a soma con- Potentials), desenvolvidos por Jorgensen e colabo-
star de infinitos termos e, na prtica, sua avaliao radores [53], TIP3P, TIP4P e TIP5P, os modelos de
requer a realizao de aproximaes. carga pontual, SPC e SPC/E, desenvolvidos por
Para o tratamento das interaes de curto Berendsen e colaboradores [54], e o modelo ST2
alcance, onde V ~ r6 (interaes de van der de Stillinger e Rahman [55].
Waals), emprega-se o procedimento denominado Em alguns casos, tais como sistemas de
conveno da imagem mnima [17-19,46], que protena muito grandes, torna-se necessrio a
uma conseqncia do uso das condies utilizao de modelos de solvatao implcita,
peridicas de contorno. Nesse caso, empregado que reduzem o custo computacional das
o truncamento do potencial em um raio de corte simulaes.
esfrico, geralmente da ordem de L/2 (L o Em geral, um tratamento implcito de
comprimento da clula de simulao) para evitar solvatao considera a influncia mdia do
a interao da partcula com sua prpria imagem solvente atravs da estimativa direta da energia
ou com a mesma partcula duas vezes [17]. livre de solvatao, definida como o trabalho
reversvel necessrio para transferir o soluto em
Tratamento das interaes de longo alcance uma configurao fixa do vcuo para a soluo. O
Como dito anteriormente, as interaes de mtodo de solvatao implcita no considera os
vdW podem ser tratadas apenas como interaes graus de liberdade do solvente explicitamente,

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mas o trata como um meio contnuo. Mtodos Esta tcnica incorpora flexibilidade de ambos,
empricos, tais como o modelo de rea superficial ligante e receptor, melhorando suas interaes e
acessvel ao solvente (SASA) [56,57], muitas reforando a complementaridade entre eles [4].
vezes constituem formas simples e rpidas de Alm disso, a habilidade de incorporar molculas
avaliao da energia de solvatao com uma de solvente nas simulaes de sistemas receptor-
preciso comparvel aos modelos tericos. Na ligante muito importante para o entendimento
abordagem SASA, a energia livre de solvatao do do papel da gua e seus efeitos sobre a estabili-
soluto expressa como a soma das contribuies dade de complexos protena-inibidor [4].
atmicas, ponderada pelas suas reas expostas ao Cavallari e colaboradores [84] realizaram
solvente. A contribuio de cada tomo simulaes de DM para estudar a estabilidade da
quantificada por um coeficiente de superfcie, o enzima protease do HIV-1 (HIV-1 PR) em
qual reflete a hidrofobicidade ou hidrofilicidade do soluo aquosa em diferentes estados de enovela-
tipo de tomo em questo [56,57]. mento, contendo diferentes contedos de hlices
O modelo de solvatao contnuo tem se e folhas (13 e 25%, respectivamente). O
destacado para descrever a solvatao eletros- campo de fora CHARMM foi utilizado junta-
ttica. Nesta abordagem o soluto considerado mente com o modelo de solvatao TIP3P em sis-
como uma cavidade embebida em um meio tema NVT em longas trajetrias de 6 ns de simu-
dieltrico. A correspondente energia livre de sol- laes para cada um dos trs estados da enzima.
vatao eletrosttica pode ser calculada rigo- Interaes de longo alcance foram calculadas
rosamente atravs das solues da Equao de usando o procedimento SPME e um banho trmi-
Poisson-Boltzmann (PB) [58,59], ou aproxi- co Nos-Hover, a 300 K. As mudanas confor-
madamente pelo uso do modelo generalizado de macionais da protena observadas durante as si-
Born (GB) [60,61]. mulaes de DM foram descritas atravs dos
Em estudos de associao de macro- desvios quadrticos mdios (RMDS, equao 12)
molculas biolgicas com ligantes, o modelo de e as flutuaes da estrutrura mdia da protena
solvatao implcita de Born generalizado (GB) foram expressas em termos de flutuaes dos
o mais aplicado devido ao seu menor custo com- desvios quadrticos mdios atmicos (RMFS,
putacional [62-65] equao 13).
A combinao GB/SA tem sido reco-
nhecida como uma excelente escolha para o trata-
mento implcito de solvatao em simulaes (12)
biomoleculares [66]. Diversas otimizaes dos
mtodos de solvatao implcita tm sido reali-
zadas [67-70] e encontram-se implementados em onde ri (t) e ri (0) so as coordenadas do i-simo
tomo no tempo t e 0, respectivamente, e N o
diversos pacotes de programas de modelagem
nmero de tomos no domnio de interesse
molecular como CHARMM [12], AMBER [71] e
(geralmente C ou tomos da cadeia principal).
XPLOR [72]. Adicionalmente, continuam os
esforos de pesquisa para a parametrizao destes
modelos com diferentes solventes [73-78].
(13)

Aplicao da dinmica molecular no planeja- onde ri ( j ) so as coordenadas do i-simo tomo

mento de frmacos no passo de tempo j, ri , suas posies mdias e
o tempo de simulaes, expresso como o
Simulaes de DM tm sido rotinei- nmero total de passos de tempo (time steps)
ramente utilizadas para investigar a estrutura e coletados.
funo de biomolculas e seus respectivos com- Os resultados mostraram boa estabilidade
plexos, e interaes no processo de planejamento das estruturas em soluo aquosa. As confor-
de frmacos assistido por computador [79-83]. maes obtidas nas simulaes de DM para a

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protease foram complexadas com uma variedade resultados mostraram que as energias livres de
de ligantes atravs de tcnicas de docking, ligao preditas pelo mtodo LIE foram hbeis
gerando importantes informaes sobre os modos em propor o correto modo de ligao, depois
de ligao de pequenas molculas nos diferentes validado, alm das energias livres relativas
estados de enovelamento da enzima. obtidas mostrarem boa correlao com os dados
Docking molecular combinado com simu- experimentais obtidos previamente.
laes de DM e clculos de energia livre de ligao Simulaes de DM tambm foram reali-
(mtodo LIE, Linear Interaction Energy [85-89]) zadas por Hu e colaboradores em estudos sobre a
foi realizado por Carlsson e colaboradores [90] interao do inibidor EBR28 com o domnio cen-
para predizer os modos de ligao e estimar as tral da enzima integrase do HIV-1 (HIV-1 IN) nas
energias livres de ligao de 43 inibidores no- suas formas monomrica e dimrica [82]. Quatro
nucleosdeos da enzima transcriptase reversa do simulaes de DM foram realizadas independente-
HIV-1. A energia livre de ligao foi estimada mente com um modelo de solvatao explcito
atravs da Equao 14, onde os s denotam que as (TIP3P) e campo de fora AMBER para os dois
diferenas entre as energias para os estados ligados sistemas: monmero - complexo monme-
e livres tm sido consideradas. U lvdw
s e U lelet
s so ro/EBR28 (obtido atravs de docking molecular), e
obtidos das simulaes de DM e representam os dmero - complexo dmero/EBR28 (obtido atravs
valores mdios das energias de van der Waals e de docking molecular). Condies peridicas de
eletrosttica, respectivamente, para o ligante contorno, raio de corte de 0,8 nm e cutoff de 1,2
solvatado. nm para todas as interaes no-ligadas foram
empregadas em cada simulao. Uma longa tra-
(14) jetria de 1900 ps de simulao no restringida foi
realizada para cada sistema. Os grficos da energia
As simulaes de DM para os estados potencial e do desvio mdio quadrtico (RMSD)
ligado e livre para cada inibidor foram realizadas em funo do tempo de simulao de cada sistema
pelos autores com o pacote de programas Q, evidenciaram uma alta estabilidade de todos os sis-
utilizando modelo de solvatao explcita (TIP3P) temas em gua, a 300K. Atravs das simulaes de
e o campo de fora OPLS. O algoritmo SHAKE DM associadas aos estudos de docking, os autores
foi utilizado para restringir todos os comprimentos conseguiram propor os modos de ligao do
de ligao, juntamente com um cutoff de 10 . inibidor EBR28 com o domnio central na forma
Interaes de longo alcance foram tratadas com monomrica e dimrica, identificando as regies
aproximao do campo de reao local. Trajetrias chave de interao das protenas.
de 500 ps de simulao foram obtidas com o Adicionalmente, clculos de energia livre
sistema NVT. Os resultados indicaram boa de ligao entre o monmero do domnio central
correlao com os valores de energias livres de da HIV-1 IN com uma srie de peptdeos
ligao experimentais para 39 dos 43 inibidores mutantes foram tambm realizados. Snapshots
estudados, sugerindo que a metodologia utilizada das simulaes foram extrados das trajetrias
bastante promissora em estudos de planejamento para o clculo da energia livre de ligao segundo
de frmacos baseado em estrutura. a equao 15:
De maneira similar, Nervall e
(15)
colaboradores utilizaram, em trabalho recente
[91], as simulaes de DM como ferramenta para onde Gbind a energia livre de ligao e EMM
clculos de energia livre de ligao de complexos representa a soma das energias da mecnica
obtidos pelo mtodo de docking flexvel molecular no vcuo, a qual pode ser assim repar-
empregando duas estruturas cristalogrficas da tida: eletrosttica, van der Waals e interna. Gsol
enzima transcriptase reversa do HIV-1 como a energia livre de solvatao, que inclui a ener-
receptor e 34 inibidores derivados de gia livre de solvatao polar calculada com o
benzilpiridinonas. Trajetrias de 650 ps de modelo de Born Generalizado (GB) e a parte no-
simulao foram obtidas no sistema NVT, e os polar obtida com o modelo de rea superficial

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acessvel ao solvente (SASA). Finalmente, TS estabilidade de um potencial inibidor, anlogo

a entropia do soluto. Os valores de energia livre nucleosdeo, da enzima transcriptase reversa do
de ligao, assim calculados, mostraram alta cor- vrus HIV-1 (HIV-1 TR). Trajetrias de 1,5 ns de
relao com resultados experimentais previa- simulaes foram obtidas com o mdulo discover
mente obtidos, e um plausvel mecanismo de do pacote de programas Insight II. O campo de
inibio foi proposto, fornecendo valiosas infor- fora CVFF foi utilizado no sistema NVT. Baixos
maes para o planejamento de frmacos anti- valores de RMSD (~0,08 ) para o complexo,
HIV, principalmente pequenos peptdeos. observados durante todo o tempo de simulao,
Cheng e colaboradores [92] realizaram indicaram alta estabilidade do novo potencial
simulaes de DM do monmero da enzima pro- inibidor no interior do stio ativo da enzima,
tease do vrus HIV-1 (HIV-1 PR) em gua, em sugerindo que a molcula proposta um
diversas temperaturas. Uma vez que o stio catalti- promissor inibidor em potencial para essa enzima
co formado pelas duas subunidades da enzima, e para a quimioterapia anti-retroviral.
Cheng e colaboradores estudaram a dinmica do Lee e colaboradores [94] realizaram simu-
monmero com o intuito de obter insights sobre o laes de DM da enzima protease do HIV-1 com-
mecanismo de dimerizao da enzima. As simu- plexada com lcool difenlico C60 (prottipo do
laes foram realizadas com o pacote de progra- lcool derivado do fulereno C60) em trs estados
mas GROMACS, utilizando-se o campo de fora de protonao (desprotonado, monoprotonado e
GROMACS e condies peridicas de contorno. A diprotonado) de dois resduos catalticos,
protena foi solvatada com o modelo de gua SPC. Asp25(A) e Asp25(B), situados na cavidade da
Os comprimentos de ligao foram restringidos enzima. Trajetrias de 1200 ps de simulao de
com o algoritmo LINCS. Um cutoff de 0,9 nm foi DM foram obtidas com o pacote de programas
utilizado e as interaes eletrostticas foram calcu- AMBER v.7.0 e campo de fora AMBER
ladas utilizando o algoritmo PME. O tempo de (parm99). Os complexos foram solvatados em
simulao foi de 2,0 fs, a 300K. Adicionalmente, camadas de at 10 a partir da superfcie molec-
trajetrias da ordem de ns de simulaes foram ular. O sistema NPT foi tratado sob condies
tambm obtidas, variando-se a temperatura (300, peridicas de contorno a 1 atm de presso e tem-
330 e 350 K). Uma anlise dos desvios mdios peratura de 298 K. Um cutoff de 12 foi aplica-
quadrticos revelou que a estrutura secundria do do para interaes no-ligadas, com o mtodo
monmero se manteve estvel durante todas as PME. O algoritmo de Berendsen foi empregado a
simulaes, nas diferentes temperaturas, com 298 K. Outras anlises foram realizadas pelos
exceo dos N- e C- terminais, os quais mostraram autores, com as quais foi possvel investigar a
flutuaes, sendo essas mais intensas durante as estabilidade e a anlise conformacional dos com-
simulaes a 350 K. Durante as simulaes a 300 plexos, utilizando-se para tanto os grficos de
e 330K, foi observada a formao de uma folha desvios quadrticos mdios (RMSD) vs tempo de
entre os N- e C- terminais no final das simulaes, simulao, os movimentos internos de ngulos
o que refletiu em uma estabilidade nos grficos de torcionais do inibidor (atravs do monitoramento
RMSD em funo do tempo de simulao. A partir dos valores de ngulos torcionais especficos), a
dos resultados obtidos, os autores puderam con- localizao do inibidor dentro da cavidade, a
cluir que pequenas molculas orgnicas ou rotao do inibidor ao redor de seu prprio eixo
pequenos peptdeos podem se ligar aos domnios (atravs do monitoramento das distncias de to-
terminais do monmero, estabilizando a estrutura mos especficos no stio ativo), as ligaes de
secundria e, dessa forma, interferir no modo de hidrognio que foram formadas entre o inibidor e
dimerizao da protease. Os resultados forneceram os resduos de cido asprtico do stio ativo da
novas perspectivas sobre o mecanismo de dimer- enzima (considerando como critrio: distncia
izao da HIV-PR, sugerindo novos modelos de entre doador e aceptor de hidrognio menor que 4
inibidores de dimerizao. e ngulo entre doador/aceptor/tomo H menor
Da Silva e colaboradores [93] utilizaram que 60). Adicionalmente, sabendo-se que o
simulaes de DM para investigar a dinmica e a mecanismo cataltico da protease possivelmente

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uma combinao entre ligaes favorveis do Concluses

inibidor com a enzima e o papel das molculas de
gua no stio cataltico, os autores realizaram o Existem muitos exemplos onde as simu-
monitoramento das posies e orientaes das laes de DM tm mostrado papel importante no
molculas de gua, utilizando funes de dis- planejamento de novos frmacos. Em estudos
tribuio radiais tomo-tomo, , centradas no i- sobre dinmica e estrutura de sistemas biolgi-
simo tomo. Os autores concluram que o stio cos, essa tcnica aponta o efeito que acarreta
ativo da protease de HIV-1, quando complexado pequenas mudanas conformacionais sobre o li-
com o lcool difenlico C60 , encontra-se no seu gante ou stio de ligao, facilitando a otimizao
estado diprotonado. de candidatos a frmacos ou racionalizando o
Os resultados forneceram informaes efeito de uma dada mutao. Simulaes incluin-
importantes sobre as mudanas conformacionais da do enzimas-alvo do vrus HIV-1, passveis de
enzima e do receptor, bem como da estabilidade interveno farmacolgica, bem como seus
dos complexos (RMSD variando de 1,4 a 2,2 ), inibidores, mostram-se bastante teis no planeja-
permitindo identificar o melhor estado de proton- mento de candidatos a frmacos anti-retrovirais.
ao do complexo (estado diprotonado). Alm A combinao de DM com outras tcnicas, como
disso, os dados estruturais sobre a ligao e orien- docking molecular e clculos de energia livre de
tao do prottipo de inibidor C60 na cavidade da ligao, so essenciais para o entendimento das
enzima e os dados de solvatao obtidos das simu- interaes ligante-receptor, direcionando o plane-
laes de DM (estabilidade da ligao gua-enzi- jamento racional de novos e potencias inibidores
ma: di- < mono- < desprotonado), forneceram (ou ligantes de um alvo teraputico).
valiosas informaes para a descoberta de novos e
mais eficientes candidatos a frmacos em terapia Recebido em 18 de junho de 2008
anti-HIV. Aceito em 14 de outubro de 2008

A. M. Namba,V. B. da Silva, C. H. T. P. da Silva. Molecular dynamics: theory and applications

in drug design

Abstract: Molecular dynamics (MD) is a powerful computational tool used for rational drug design in
medicinal chemistry. MD is an extension of Molecular Mechanics, where the dynamic behavior of a
molecular system is simulated through numerical integration of the equations of motion. This approach
has been extensively used to aid and complement the design of novel ligands to a therapeutic target as
well as to estimate their potency. Our review focuses on the basic theory of classical MD and their
important applications in rational drug design of potential bioactive compounds, particularly anti-HIV
compounds.

Keywords: molecular dynamics; force field; drug design; anti-HIV activity.

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