Nutrigendmica e nutrigenética Patricia Silva Jacob ® Monica Yamada ® Tatiane Mieko de Meneses Fujii Maria Carolina Borges ® Marcelo Macedo Rogero. Irropugdo G sequenciamento genético representoa um marco no campo das pesquisas relacionadas aos ests de saidel doen inclusive no imbito nutricional. Desse modo, em 1999, 0 teemo “genémica nutricional” foi citado pela pri- meica vez na literatura cientifica, englobando a nutrigend- rica ea nutrigenéiiea, que envolvem a importante relagio entre os componentes da dieta €0s genes. Sendo ércas rclativamente recenies © que estao em constante progresso,a nutrigendmica ea nutrigenétiea apre- centam grands potencial na redusao do riseo eno tratamento de doengas, podendo revolucionar o diagndstico ea terapeu- tica nutricional Neste capitulo serdo abordados eonceitos basicos ferentes 4 biologia molecular e serio feitas consideragzes esseneiais no que concemne & gendmice nutricional, O ove E 0 GENOMA? © temo genomarefere-se a0 conhecimento da sequéncia completa do DNA (écido desoxitribomucleice) de um orge- nismo, ou seja, da sequéncia de nucleotideos responséveis pela determinagao da informagio genética. A informagio cuntidany BINA poosibilita a sfnteae de miles Ue provetnas, cujo evento celular inicia-se com a etapa denominaca trans- crigZo, que resulta na sfntese do RNA (écido ribomtcieicn ‘mensageiro) €, posieriomente, 0 RNAm é traduzido (etapa de tradugao), promovendo asintese de protefnas, que, por sua vez, desempenhardo funges celulares.. A ideia de sequenciar 0 mucleottideos do genome humano surgi na década de 1980, em um encontro de discussdo cientfica nos Estados Unidos. No entanto, foi apenas em 1990 que © PGH (Projeto Genoma Humano) fo oficialmente inieiado nos Estados Unidos, que contou com 0-auxilio.de mais cinco paises para executd-lo (Ale- manha, Japa, Inglaterra, Canad e Franga). O PGH teve investimento de tres bilhoes de délares e prazo miximo de 15 anos para conclusia. No ano de 2001, 08 primeiros resultados seferentes ao mapeamento genético humane foram publicados. Entretanto; os dados relatados ainda estavam incompletos, visto que representavam corea de 90% de todo 0 genoma, Desse modo, tot apenas no ano de 2004 que 0 sequensiamento completo (aproximadamen- te 99,7%) foi divulgado. A sequéncia atual do genoma humano contém 3.2 bilhdes de nucleotideos ¢ cerca de 25,000 genes, sendo que 0 tamanho médio de um gene & «de 27.000 pares de nucleotideos. No que concente & por- centagem de DNA na forma de &xons (sequéncias que co- dificam proteinas), essa representa apenas 1,5% de toda a sequeéncia do DNA. Quais so € QUAL 0 PAPEL os Actos NUCLEICOs? 0s fcidos nucleieos sao representados pelo DNA pelo KINA (icido nbonucleico). 0 DNA € 0 RNA sto formtdos. por stas subunidades, os nueleotideos, que apresentam trés componentes principais: bases nitrogenadas, pentoses (de- soairribose para DNA e ribose para RNA) ¢ grupos fosfato. ‘As bases nitrogenadas podem ser classificadas em purinices, € pirimidinicas. Os dcidos nucleicas contém duas bases pu-392 Nurnicdo: Funpamentos E AsPECtOs ATUAIS rinicas, A (adenina) € G (guanina), € duas bases pirimidii- cas, C(citosina) e T (timing), para o DNA, C (citosina) & U (uracila), para o RNA. O.DNA & responsivel pelo armazenamento do'cécigo enético ¢ pela transmissao da informagdo genética de uma ccélula a outra. Tal informagdo est contida na sequéncia li- near de nucleotidéos do DNA, que consiste em uma dupla hélice formada por duas fas complementares entre si, uni- {das por pontes de hicrogénio entre os pares de base A To C-G,em que A sempre forma par com T, por meio de duss ppontes de hidrogenio, 20 passo que C sempre forma par com G, por meio de ts pontes de hidrogénio. Essa especi de no pareamento €0 fator que garante que as fitas de DNA, sejam complementares. Dessa maneira, sempre que houver ‘Aem uma fita, haverd T na posigio correspondente da outa fita, e sempre que houver C em uma fita, haverd G na outra (Fig. 24.1), ORNA, por outro lado, € formido por uma fita simples « desempenha ampla gama de fungdes na eélula (Fig: 24.1), Hi diversas classes de RNA, sendo as principais: 1) RNAm, carreador da informagio contida nos genes a0s ribossomos, 2) RNAr (RNA ribosomal), componente dos ribossomos, dorganela na qual oeorrs aaintese protcica,©3) RNAL {RNA transportador), que se liga a aminodcidos e atua em sua in- ‘corporagio em caceias polipeptidicas, respeitando a infor- ‘magio contide no RNAm. Ha ainda outras classes de RNA em células eucatiGiicas, como os pequencs RNA nucteares (6nRNA ou small nuclear), nucleolares (snoRNA ou smal! ‘ucleolar), miRNA (microRNA) ¢ RNA pequeno de inter feréncia (SIRNA ou small interfering) Quat o siatiricano DE exPnessAo céwica? _S-__-—E aa De forma simples, o termo expresséo genica compreen- de todas as etapas que culminam na sintese de uma determi nada proteina. Ness sentido, algumas etapas esto envol das na expresso de um determinado gene: + ModiticagGes na estrutura da eromatina; + reconliecimentoe igacan da envies RNA palienarace I coms fita de DNA; + iniciagdo e extensdo do processo de transcrigio; + término da transcrigao; + processamento ou splicing do RNAm; + transporte do RNAm do ncleo para o eitoplasma; ¢ + wadugio do RNAm em proteina. A figura 24.2 explica as ctapas da expresso genica des- eritas. O provesso ¢ iniciado a partir do afrouxamento de pro- teinas (designadas histonas) em relago & ita de DNA. Essas proteinas so rieas nos aminodeidos arginina e lisina, que conferem carga erica postiva,cuja caracteristica favorece 2 ligagao das histonas ay DNA, que possui carga nogativa Qua « Hyazao entre hlstonas e LNA Se torna trace, aero matina relaxa e permite que-afita de DNA sea lc, No que conceme a regulacao da expresso p@nica, des taca-se 0 papel relevante da regido promotora, que antece- de o sflio de inicio de transcrigao de um gene. Na regio ‘promotora, encontram-se as regides consenso, que facilitam © econhecimento © a ligagiio dos faiores de transcrigéo e, Posteriormente, da RNA polimerase IL Giupo fosiato ee yes debace | Pontes de hickogéno t ave nivonena Paceaos Describe ‘wa tose Grupo fesiore DNA RNASe ae TTT NutRIGENOMICA E NUTRIGENETICA 393 Histonas ¢ Ceti. Afrouxamento das histonas ¥ Remoielamento da ‘cromatina pss » ee) Fon [TOR] ie Hie Regiao de codificagso_ » Feiao de ] Mequinaria ribosomal ANAL Citopiasma @ : [Meo FRA prooessoe tradugée 4} vedus proteina > Depradagao do RNA A transerigdo envolve quatro etapas: reconhecimento, inieiagtio, extensdo ¢ terminagao. A partir do reconbecimen- to de regides conserso,como TATA box e CAAT box, pelos fatores de transcrigéo, iniclarse a transcrigao, eujo proceso cenvolve a letra da fita de DNA & a incorporario de nucle- oifdeos em reagao cataligada pele RNA polimerase I, 0 que resulta na sintese do RNAm. © RNAm recém-formado € instévels por isso, meea- nismos de protegio contra degradagao do RNAm, como a digo de 7-metilguanosina (CAP) na regito 5’ do DNAe ‘da cauda poli A (apresenta cerca de cem a 250 adeninas) na regio 3° do DNA, propiciam estabilidade ao RNAm Posteriormente, o RNAm softe provessamento ou splicing, que Se trata da tetirada dos trechos contendo fntrons e re- ‘organizagio dos éxons presentes no gene. Cabe destacar ue 0s trechos designadlos éxons correspondem as regibes ccodificantes, enquanto introns correspondem as regides néo ceodificantes do gene, Dependendo da sequéncia de reonga- nizagao dos éxons, diferentes protefnas so produzidas. Tal fato permite a compreensio da razdo pela qual temos, em ‘media, 25 mil genes € cem mil protefnas formadas. Na etapa de tradugdo do RNAm, ele & transporte- do do micleo da eétula para 6 citoplasma, onde a su- bunidede ribosomal 408 se une ao RNAm e recrut 0 RNAt, Posieriormente, ocorre @ undo dese: complexo & estrutura da subunidade ribossomal 60S. o que resulta na formago da maquinaria ribosomal. O RNAm possui os ‘cddons para aminodcidos especificos e,com 0 auxilio do RNAt, que possui os antieddons, 0 processo de sfntese proteica ¢ inieiado, No moniento em que cada antieddon se une ao seu respectivo cédon, hé a incorporacdo de um determinado aminodcido, por meio de ligagdes peptidi- ‘cas, & proteina que esta sendo sintetlzada, Arregalagio da expresso gnice pode sertealizad tan- to por elementos em posigdo cis, que estao localizados ro proprio gene, como em regido consenso TATA box (com- posta por timina e aderina), quanto por elementos et posi- 0 trans, que nio fazem parte da estrutura do gens, como,394 Nuraigao: Fonpamentos x Aseicros Atuais por exomplo, fatores de transcrigo, Cabe ressaltar que os fatores de transcricdo euxiliam a ligago da enzima que in- corpora nucleotideos, RNA polimecase Hl, a fita de DNA. Caso a etapa de reconhecimento seja prejudivada, influen- ciard negativamente 9 info da transcricao, Aliada a isso, 2 presenga de proteinas repressoras ou a auséncia das ativado. as também influencia a taxa de transcrigio Quws so as prinoinals AUTcnagdes aenéricas OBSERVADAS NO GENOMA? Existem poucas variagiis na sequéneia do genoma hu- ‘mano entre os individuos, sendo 99.9% da sequeneia de seus Benes id2nticos. Apenas 0.1% do genom tem variagses que produzem tanto diferencas no fenétipo (p. ex. estatura, peso ¢ cor de pele ¢ de catelo), quanto na suscetibilidade 4 doencas. AS variagdes na sequéncia de nucleotideos, em grande parte, ocorrem om apenas um tnico par de bases € so designadas polimorfismos de nucleotideo tinieo ou SNP (single nucleotide polymorphism Para uma variagio ser considerada. um SNP. ela deve corer em aevmenos 1% da populagiio, condo que SNP res- pondem por cerca de 9076 de todas a variagoes penctices ‘em humaros. A presenga de SNP pode acaretar alteras dda estrutura ¢ da funcionalidade da proteing sintetizada, se a substituigdo da base ocorrer em regides codificadoras do DNA, Do mesmo modo, alteragdes ocorridas na re Promotora do gene podem modifcar a atividade premotora, afetando » etapa de transcrigZ0 génica, de forma positiva ou negativa. Contudo, os SNPS nem sempre prejudicam a estrutura ea Fungo de proteinas, visto que a substituigio de uma base (adenina,timina, guanina ou citosina) nao implica ecessariamente-a alteragio do aminoaeido codificado oa a alteragio da furcionalidade da proteina, Atualmente, foram identificados 12 miles de SNP sy gsuomst humano, Sendo que alguns apresentam conse- 4quéacias nutricionais importantes. Um SNP bem coahecids ¢ relevante para a nutrigio encontra-se no genie que codifica enzima MTHER (metilenotetraidrofolato redutase). ssa enzima catalisaa conversio do S,10-metilenotetraidrofelato pare S-metiketraidrofolato, a principal forma circulante de foiato, que atua como doador de grupos metil para reme- tilaglo da homocistefna em metionina. A presenga do SNP (C67TT no gene da MTHFR, que resulta na substituigao do aminofcido valina pela alanina, esté associada 8 redugdo a atividade enzimética, levando & hipe:-homocisteinemi {Que constitu fator de risco para doengas cardiovasculares & efeitos do tbo neural. A suplementaga com fcido félico ajuda a restaurar 0s efeitos negativos resultantes desse poli- moriismo, Desse modo, toma-se importante compreender as alteragdes genéticas ou os SNPs associados & nutrigao, pois essas variabilidades genéticas fazem com que individuos te nha diferentes necessidades nutricionais e respondam de forma distinta 20s fatores dietéticos e ambientais, represen- {ando maior ou menor suscetibilidade as doengas, QUAL 0 PAPEL D0 FATOR DE TRANSCRIGAO NA REGULACAO DA EXPRESSAO GENICA? Os FTs (fatores de transcric&o) sAo protetnas que pos- suer papel central na expressio géniea, sendo divididos gem duas classes distintas. A primeira classe contempla os FTs gerais. que. junto coma RNA polimerase, fazem parte do aparato basal de transerigio, suficiente para iniciar © rocesso de transcrigao. A segunda classe de Fs refere-se a proteinas regulatirias da transcrigl, que (€m 2 capaci dade de regular a expressdo dos genes de forma positiva ‘ou negativa Ecstinia-se que haja de duas a tits mil diferentes prote- {nas regulatcrias da transcrigdo em células de mamiferos. This proteinas possuem duas porgées bem earacterstias: tum dominio que se tiga a sequencias espectticas do DNA e ‘outro domfnio que tem potencial de ativagao da expresso ginica. Os FTs ligam-se a sequsneias consenso na regizo promotora do gene e, de forma direta ou incirera (media- dda por proteinas coativedoras), entram em cantata com 0 mediador do aparato de transcrigio basal e afetann a taxa dle transerigao do gene. Esses FTS também podem atuar em regiées chamadas de enhancer, que, muitas vezes, encon- wam-se distantes dos genes (Fig. 24.3), Cabe ressatar que eexistem também FT especfficas que atnam inibindo a trans- crigao génica. O ave SAo RecePTOREs NUCLEARES? Os receptores aucleares representa fatores de Itanscriga0, que podem ser regulados por ligantes, ¢ mo- dulam positiva ou negativamente a expressiio génica. Conforme pode ser observado na tabela 24.1, a super- familia dos receptores nucleares contém 48. diferentes tipos de receptores. Esses farores de transcrigiio esto envolvidos na regulagao de diversos processos no orga ismo, como: reprodugio, desenvolvimento embrioné- io, metabolismo, inflamago, apoptose ete. Dentre os eceptores nucleares, constata-se que alguns possuem hormnios como ligantes especificos, dentre cles 0 hor- indnio tireoidiano, 9 estradiol, progesterona,a testoste- 1ona,0 cortisol e a aldosterona ou mesmo formas biolo- sgicamente ativas das vitaminas Ae D. Em contraste, ou» tras reveptores nucleares ligam-se a lipidios provindos da dicta, como fcidos graxos e oxistersis. Além disso, cxistem receptores mnucleares, conhiecidos como Oriiios, que ndo tém nenhum tipo de ligante natural identifieado até 0 presente momento, Os receptores micleares'cia ilatadoe de tre dominios Principais (Fig. 24.4). A regio aminoterminal (também coahecida com dominio A/B) contsm a funeao I de ati- vagdo independente do ligante (AF-1), que é responsvel, por exemplo, pela fosforilagao de-fatores: de transcrigio, como 0 PPAR (receptor ativado por proliferadores de pe- roxissomos), Outra regio conbecida € o dominio de liga-Nurricendmica x nuteiGenética 395 ENHANCER —Protoia ativadora oe 7 EGO t Tee PROMOTORA pcieina atvadora ca trarserga0 rain ART ‘Gio central (DBD) ou dominio C, que promove a ligagio do fator de transerigo ao elemonto de resposta na regio promotora do gere-alvo. A regito LBD (Gominio terminal de ligagio ao ligante) € responsével pela especificidade da ligante pela etivaso da ligagao do faior de transcrigdo a0 elemento de resposta, fatos esses que promovem o aumen- to da expresso do gene-slvo. (O PPAR € um receptor nuclear que apresenta trés isoti- ‘pos identficados: 0 PPAR-c,6 PPAR i/8 e o PPAR. Jun tamente com 0 RXR (receptor X retinoide) — que ¢ ativado ppelo 9-cis écido retinoico -, os PPAR formam heterodime- ros e, pela sua ligagio a uma regio especiica do DNA, sdenominada PPRE (elemento de resposta a0 proliferador de pperoxissomos), ativam @ transcrigio de diversos genes que ‘coxificam proteinas relacionadas, por exemplo, 20 metabo- lism lipidico, eo balango energstico, & inflamagao e & ho meostase da glicase. Quando os PPARS ligam-se a agonis corre uma alteragio conformacional, que favorece sua ligagdo a proteinas designadas coativadoras transcricionais, Por outro lado, quando ligaéos a antagonistas, & alteragio ‘conformacional favorece sua ligagdo a protetnas designadas ccomrepressoras. Outro receptor nuclear muito citado na literatura'é 0 DR (receptor de vitamina D). Descoberto em 1974, esse receptor, juntamente com o RXR, forma um heterodiimero, que se liga 20 VDRE (elemento tesponsivo & vitamin D) io DNA e, quando na presenca de agonistas, iga-se a coati vvadores, promovendo a transcrigio de genes-alvo,0s quais, por sua vez, so essenciais para o metabolismo 6sse0, assim como para o crescimento, a diferenciagao ¢ a atividade fun- ional de diversas eéhulas, incluindoas do sistema imune, da pele edo pincreas.396 Nournicio: FunpameNTos § Asprctos Atuais Nome Abreviagao | Ligante Fiaceptor do hormbric da tieoide TRa Hornénio da treaide TAB Horménio da treoide: Rieceptor do acico retiibico Fano Reid retinoice RAR. Acido retingice RAR, Acido retinaico Aleceptor alivado por proliferadores Ge peronissorhos PPAR Acides graxes, lausetriono B4, fibratos PPAR Acidos graxos PEARY Reicios graios & prostaglandinas J2 Erba reverso Reverba ‘Gite Raverbp Grtéo Receptor G1f20 relacionado ao Gedo reiinoica ROR. Colestercl colestori sulfato: ORD Acico reunoico RORY ‘éido retinoico Receptor x heptico ie ‘Onisterdis, TOO1S17, GW39C5 Exe Onisterbis, TO901317, GINSIE, Receptor K para 0 famasoide Ria, ‘cidios bitares @ fexaramina FA Lanostercl Receptor de vitamina D wor 1.26 of hidron vitoming DSc dodo Mocdhon | Recentcr X de pregnaro. Px Renobidtiog ¢ pregnenalona 16x carbonitla Receptor androstano constitutive CAR, Xenobidtices © fonobarbital Fator nuclear humane & HNFA-a ‘O40 NFAY ‘Orfao Receptor X retinoid Axfea ‘ado retincico FORA ‘Fesdo rtinoico, ROY Haid retineico Receptor do testiculo Td ‘ride Tha ride Ties, TH Oris Receptor nuclear fotorracestor espectfica PNA: 6 Fator | de trenscrigdo de promotor upstrear” de ovalbumina | COUPTAL ‘Grido de galinhes ‘COUPTEI, ria ‘Gone 2 rolacionado ae COA EAR ‘Oro ‘Receptor de estiogénio Ea EstradioL i, tamsxifono, raloxifene ERD Estradiol 7p e varios compastos sintétioos Receptor relacionadd ao receptor dé estregenia EAR Orta ERR Dictilsstibestial e OW tamoxifen ERR Distilestibestiol e 40H tamoxteno Fieveptor de gicocorticoides Gh Conisel, dexametasona 6 RUAGE Receptor de mineraincerticoide wi Aidosterona e espironolactona Receptor de progesterone PR Progesterona, acetato de medroxiprogesteronae RUAEB Receptor androaénico aR Testosterone © tulad Fetor 8 induzdo pelo feior de Grescimento neural NGFB Orfaio Fator | rélacionado 0 Nur NUR Oro Receptor 1 érf%0 derivado deneurénios NORA Ortao ewe eswwroldogonico SET Grfio Proteina 1 Komblaga ao receptor hepatico (BHT Orfo Fator nuclear de células gorminatives ‘GCNF, Gita Gone 1 ds tegido erica DSS —Hipopasiaecrenal congerita | AKT Oifao ie cramoasomno X Associodo heteradimérico cure SHP Orfeo Fonte: edaptada de Gronemeyer eta, 2004.