Aula de Bioquímica II

Tema:

O Código Genético

Prof. Dr. Júlio César Borges

Depto. de Química e Física Molecular – DQFM
Instituto de Química de São Carlos – IQSC
Universidade de São Paulo – USP
E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
O Código Genético
 Decifrado na década de 1960

Alfabeto de 4 Letras no DNA  Alfabeto de 20

Letras nas Proteínas

 O código é Redundante ou Degenerado

41 = 4 combinações possíveis
42 = 16 combinações possíveis
43 = 64 combinações possíveis

 3 Bases no DNA 
 3 Bases no mRNA 
 1 CÓDON 
 1 Aminoácido na proteína

- 61 códons  20 Aminoácidos
- 3 códons  terminação da cadeia polipeptídica
 É variável em espécies diferentes
 O Código Genético
Relação de orientação das cadeias de DNA  de mRNA  de Proteína
 O Código Genético
 Fases de leitura do mRNA
- A fase de leitura correta é informada na sequência do mRNA
 O Código Genético
- A fase de leitura correta é informada na sequência do mRNA

 Fases de leitura
-O código não é sobreposto e não
tem “pontuação”

ALI VEM MEU PAI COM MEU TIO

ALI EMM EUP AIC OMM EUT IO

ALI EMM EUX PAI COM MEU TIO

 O Código Genético
Decifrado na década de 1960
Tido como uma das mais importantes empreitadas científicas
do século 20

 Existe 1 códon de iniciação

 Existem 3 códons de terminação –

stop códons

 O arranjo na tabela não é aleatório

- XYC e XYU

- XYA e XYG

= geralmente códons para os

mesmos aminoácidos: Sinônimos

Resulta em Redundância
 Fase de leitura aberta
 Sem códons de parada na fase de leitura
- Aleatoriamente, seria 1 códon de parada a cada 20 nucleotídeos
- Inserções e deleções mudam a fase de leitura e colocam códons de parada na fase de leitura

>gi|34783338|gb|BC024242.2| Homo sapiens GrpE-like 1, mitochondrial (E. coli), mRNA (cDNA clone
MGC:33210 IMAGE:4823476), complete cds
GCTGGGTGCGTGCGCGGCGACTGCGACGGGCAGTGGCAGTCATGGCGGCTCAGTGCGTGAGGTTGGCGCGGCGCAGTCTTCCTGCTTTGGCGTTG
TCTCTCAGGCCATCTCCCCGGTTGTTGTGCACAGCCACGAAACAAAAGAACAGTGGCCAGAACCTGGAAGAGGACATGGGTCAGAGTGAACAGAA
GGCAGATCCTCCTGCTACAGAGAAGACCCTCCTGGAAGAGAAGGTCAAGTTGGAGGAACAGCTGAAGGAGACTGTGGAAAAATATAAACGAGCTT
TGGCAGACACTGAGAACTTACGGCAGAGGAGCCAGAAATTGGTGGAGGAGGCAAAATTATACGGCATTCAAGCCTTCTGCAAGGACTTGTTGGAG
GTGGCAGACGTTCTGGAGAAGGCAACACAGTGTGTTCCAAAAGAAGAAATTAAAGACGATAACCCTCACCTGAAGAACCTCTATGAGGGGCTGGT
CATGACTGAAGTCCAGATCCAGAAGGTGTTCACAAAGCATGGCTTGCTCAAGTTGAACCCTGTCGGAGCCAAGTTCGACCCTTATGAACATGAGG
CCTTGTTCCACACACCGGTTGAGGGGAAGGAGCCAGGCACAGTGGCCCTAGTTAGCAAAGTGGGGTACAAGCTGCATGGGCGCACTCTGAGACCC
GCCCTGGTGGGGGTGGTGAAGGAAGCTTAGCTGCTGTTGATGGGGTGGGTGTTTTTAAACTCACTTGATGTAACTCTCAAGGCTGGTTCATTGTT
TCTCATCTATGAGTACGTGTGACCTTTTCCCAAACCTTATTGGAAACCTTAAGTAACCAGTGGCTAAACAGAAAAGCCGGTTGCCCAACTGCATT
AATGAACTCTAATTCGGGAGTCTGTTCCCTTTTAGTGCCACGCGTTGAATAGTTCCACATACTTTCAGAAGAGCTCAGCAGGGCCCTGCCTGGTC
TCCCGAGCATCATGAGTAACGTGTCTGCTCAGACTCTGCTGACACCAAAGTATTTTAAACAAATAAAAGGTCTTGGGGAATTCTGTTTGGCTACC
TGGGCACGCCAGTCTGCACCATGTGTCCCTGCGGCGCATGAGTGACTGGCGTATTTAGCCCGTCACATTTCATTCGCTGAAGGAAAGGCAAGAGA
GTTGAAACATTTTTCTTACTTAAAAAAAATGATCTTTGTGAAGAACATAGTGAGTTCGTTTGTCTTCAGTCAACAGCGGCTGAAACTGACCACTG
AGAAATGGGTGTGGGCACTGACAGTTCTCCCCCATTATTTGGCCAGGAATTGAGCTTGGCTTGGCAAAGTTCCTTTTACCCTGTTCTGTTCATCT
AAATGCAGACATATTTAAATCATATTCAACTAGTTACTAATGACCTCAAGTTGTATTCCCTGGCAAAATGGACTTTCTCAAAATAGGACTGCACG
CTTGGTGTACTTTAAATGTTAATGTTTAATTTAAAATTTTTATTTAAGAGGATTAAAGCCCTAATGTTTATTTTCCTACAAAAAAAAAAAAAAAA
 Fase de leitura aberta
>gi|34783338|gb|BC024242.2| Homo sapiens GrpE-like 1, mitochondrial (E. coli), mRNA (cDNA
clone MGC:33210 IMAGE:4823476), complete cds
 O Código Genético
Degeneração: redundância do Código
Diferentes códons para mesma informação  mesmos aminoácidos

 A redundância do Código evita que:

1) mutações pontuais alterem
drasticamente a sequência de
aminoácidos
2) existam 44 “stop códons” que levariam
a interrupção da síntese

 Viés de códon
 A frequência do códon reflete a presença
do aminoácido codificado nas proteínas

 Alguns códons são pouco utilizados

- Não existe tRNA para um dado códon
- A quantidade do tRNA para o códon é
baixa
- Tal códon é pouco encontrado em genes
de proteínas muito expressas
 O Código Genético
Pareamento complementar Códon-Anticódon
O Aminoácido não reconhece o códon por si só!!! Ele necessita de uma molécula
adaptadora (tRNA) para reconhecer o códon por Pareamento complementar.

Anticódon
(tRNA)

Códon Anticódon
(mRNA) Representa a sequência
localizada no tRNA que
faz o pareamento
complementar com o
Códon
 O Código Genético
A redundância do Código
 O pareamento Códon-Anticódon tem alta especificidade para 1º e 2º base do códon
e tolera oscilações na 3º base no códon
 A primeira base do anti-códon - 3º base do códon - permite pareamentos variáveis.
 O código genético é degenerado porque a 1o base do anti-códon permite
complementaridade menos restritiva com a 3º base do códon

 tRNA possuem bases nitrogenadas modificadas  fora do padrão A C T U

 nucleotídeo I= Inosina  base

nitrogenada= hipoxantina
- Deaminação da Adenina
- Forma pareamento complementar com
A, U e C
 O Código Genético
A redundância do Código

Existem ~32 tRNAs para o Código

genético padrão
 O Código Genético
O Código genético é, praticamente, UNIVERSAL
 A Linguagem do código genético é, praticamente, a mesma em todos os organismos.
- Denota a presença de um ancestral comum

 É possível expressar proteínas de forma heteróloga

- Existem pequenas
variações no código
genético no DNA
mitocondrial e de
alguns protozoários,
fungos e bactérias.

- Variações pós-
divergência evolutiva a
partir do ancestral
comum.
 tRNAs
Os tRNAs funcionam como adaptadores
 moléculas de RNA fita simples que transportam um AA correspondente a um códon
- Interpretam a informação e transportam o AA correspondente ativado
- São 32 tipos de tRNAs para os 20 aminoácidos padrão
 73 a 93 pb  24-31 kDa
- Tamanho e forma similar para encaixar no Ribossoma
 tRNA
Os tRNAs são moléculas adaptadores
- Todos os tRNA possuem enovelamento de L  Adaptável ao Ribossoma
- Alça DHU e alça TΨC  papel estrutural para o enovelamento  formam a curva do L
 possuem um loop em fita simples  Alça anti-códon  complementar ao códon
 possui uma extremidade CCA 3’OH fita simples  sítio de ligação do AA correspondente
- Permite liberdade rotacional para edição e para a formação da ligação peptídica

Apesar da forma similar  Possuem informações na superfície que especificam qual o AA

deve ser ligado pelas Aminoacil-tRNA sintetases
tRNAs

 Contêm ribonucleotídeos não-usuais

- Bases não usuais  modificar o padrão

de Ligações de H

- 8 ou mais nucleotídeos por tRNA são

modificados

- Metilação  + frequente  Reduz

potencial polar da superfície e evita
algumas ligações de H

- Aumenta possibilidades de seleção

específica
 tRNA
Forças que estabilizam o tRNA
-Ligações de Hidrogênio tipo Watson-Crick - Dupla-hélice em A-DNA
- Empilhamento de bases - Ligações de H não Watson-Crick
 tRNAs
- A redundância do código genético ocorre justamente na adaptação do tRNA
1) mais de um tRNA especifica e transporta um mesmo AA
2) um mesmo tRNA identifica diferentes códons no mRNA

 Aminoacil-tRNA sintetases
 Participam diretamente do processo de decodificação
- Responsáveis pelo reconhecimento do par: AA e o tRNA correspondente
 Catalisam o acoplamento covalente do COOH do AA no 3’OH do tRNA
- Ligação altamente energética
- Necessita de acoplamento energético  intermediário aminoácido adenilado

 Muitas são específicas  Acoplam 1 AA em seu(s) respectivo(s) tRNA(s)

 Em bactérias, porém algumas acoplam mais de um AA em tRNAs diferentes
- Modificação posterior do AA

 O AA-tRNA formado carrega Energia Livre para a síntese protéica

 Ativação do AA pela ligação com AMP  liberação de pirofosfato
- Reação catalisada pelas aminoacil-tRNA sintetases
 Aminoacil-tRNA sintetases
Enzimas responsáveis pelo acoplamento do AA ao tRNA correspondente
 Correspondem às únicas moléculas Biológicas que conhecem o Código Genético

 O ribossomo não afere a identidade

do aminoácido no tRNA

 O Reconhecimento preciso do AA e
tRNA correspondente para o
acoplamento correto.

 Corresponde a uma etapa essencial

para o Dogma Central da Biologia

 Depende do reconhecimento correto

tanto do AA como do tRNA
correspondente executado pela
Aminoacil tRNA-sintetase
 Aminoacil-tRNA sintetases
Reconhecimento do tRNA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
 Dois mecanismo principais
1) Reconhecimento direto do anti-códon
2) Reconhecimento do braço aceptor do AA
Treonil-tRNA sintetase Glutaminil-tRNA sintetase
 Aminoacil-tRNA sintetases
Reconhecimento do tRNA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
- Envolve muitos outros contatos entre a enzima e o tRNA
- Participação de ribonucleotídeos modificados
Aminoacil-tRNA sintetases
Duas Classes de enzimas

Implicações evolutivas
 Aminoacil-tRNA sintetases
As enzimas das diferentes classes interagem com o tRNA por lados opostos
Permite diferentes formas de identificação do tRNA correto
1) Ligam ATP de maneira diferente 2) Acilação das hidroxilas 3’ e 2’
3) Monômeros e dímeros

Hidroxilas 2’ Hidroxilas 3’
Monômeros Dímeros
 Aminoacil-tRNA sintetases
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases

Classe 1 (Monômero) Classe 2 (Dímero)

 Aminoacil-tRNA sintetases
A reação ocorre em duas etapas
1o  Ativação

Hidrólise do PPi dirige a

termodinâmica da Reação
- Duas ligações “ricas” em
energia são consumidas

O Produto da 1º Etapa da
reação está
termodinamicamente ativado
para a 2º etapa da reação
Aminoacil-tRNA sintetases
A reação ocorre em duas etapas
2o  Transacetilação
 Aminoacil-tRNA sintetases
2o  Transacetilação (Continuação)
 Aminoacil-tRNA sintetases
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
As enzimas exploram as propriedades dos aminoácidos
Treonil-tRNA sintetase
 Aminoacil-tRNA sintetases
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases

 A Edição assegura a exatidão da reação  1 erro a cada 104-105 reações

1) O AA correto apresenta maior afinidade pelo sítio ativo
2) As Aminoacil-tRNA sintetases possuem mecanismos de autocorreção  evitam
acoplamento incorreto de AA similares a uma dada tRNAs
- O intermediário AA-adenilado incorreto pode ser hidrolisado por um Sítio de edição
- Após ligação do AA a um tRNA, a enzima checa a identidade do AA em outro sítio ativo

 Sítio de Edição
- Alça 3’OH do tRNA é Flexível  permite trocar de sítio
- Se ocorre o encaixe  AA errado  hidrólise do AA-tRNA formado
 Em geral: Seleção por tamanho
- AA maiores do que o sítio de acilação são rejeitados por este
- AA menores do que o sítio de acilação interagem com o sítio de Edição

 Aminoácidos singulares  pouca ou nenhuma atividade de edição

- Propriedades do sítio ativo são suficientes para garantir exatidão
Ex: Cys-tRNA-sintetase
 Aminoacil-tRNA sintetases
Sítio de Edição das Aminoacil tRNA-sintetases
A averiguação da acilação ocorre sem a dissociação da Aminoacil tRNA-sintetase do tRNA
 Aminoacil-tRNA sintetases
Sítio de Edição das Aminoacil tRNA-sintetases
A averiguação da acilação ocorre sem a dissociação da Aminoacil tRNA-sintetase do tRNA