I.

DNA
1) Ligações :

- Ligações fosfodiéster (Grupo fosfato – 5’P + Desoxirribose – C3’)

-Pontes de Hidrogénio (Base azotada + base azotada)

2) Estruturas especiais

- B DNA , quando o meio tem muita água, longo e estreito (10 bp por rotação, 36º por bp, 1,9
mm de diâmetro e 0,34mm entre bases)

- A DNA , quando o meio tem pouca água, pequeno e largo

-Z DNA , quando existem no meio bases raras, faz parte de alguns genes ativos por isso pensa-
se que tenha um papel ativo na transcrição, é o único que enrola para a esquerda e é mais
alongado

3) Estruturas secundárias:

- Stem: quando as sequências poliandrómicas (repetições invertidas estão adjacentes)

- Harpin: as sequências poliandrómicas não estão adjacentes por isso, forma-se um stem e um
loop

- Cruciforme: Quando há sequências poliandrómicas não afjacentes nas duas cadeias

4) Metilação:

-As bases que são mais metiladas nos eucariontes é a citosina e nos procariontes a citosina e a
guanina

Requer a ajuda dos si RNAs

II. REPLICAÇÃO: Ocorre durante a fase S da interfase (durante o resto da replicação

vão haver vários check points que vão comprovar a fidelidade deste processo)

- Helicases (Bidirecionais, uma em cada forquilha de replicação)

- Topoisomerases (DNA gyrase), aliviam a tensão de enrolamento

- SSB (ligam-se a cada uma das cadeias e evitam a formação de pontes de hidrogénio entre
elas)

- Primase , adicionas os primers de RNA uma vez que a DNA polimerase necessita de uma
extremidade 3’ OH livre para se poder ligar

- DNA ligase (vai ligar o fragmento de DNA que foi substituído pelo primer pelo DNA que
foi adicionado depois )

NOTA: Vai formar-se um complexo entre a helicase e a DNA polimerase

 1. Bactérias:

- Enzimas = Proteínas iniciadoras (ligam-se ao ORIC- fazem a primeira separação das cadeias
que não pode ser feita pelas helicases) + DNA polimerases (I remove os primers e corrige erros,
III adiciona DNTPs trifosfatados que depois vão acabar por perder dois desses fosfatos, II está
relacionada com os sistemas de reparação) + TUS (terminação, bloqueia a helicase)

- Replicação Theta: Bidirecional, o desenrolamento é feito em ambos sentidos = Cadeia

Lagging (direção 5’ – 3’, implica um único primer) e leading (3’-5´’, vai ter de haver um loop
para que o DNA possa entrar com o sentido correto na DNA polimerase que vai adicionando
dNTPs e á medida que vai libertando o DNA vai formando fragmentos, fragmentos de OKasaki,
cada um com o seu primer)

- Repilação Roling Circle (mais frequente em vírus), Vai haver uma quebra na cadeia exterior
que vai deixar uma extremidade 3’ OH livre aonde vão ser adicionados novos dNTPs (a acadeia
molde é sempre a cadeia interior) . Só ocorre replicação continua e tem como resultado vários
transcritos de cadeia simples lineares que depois podem circularizar e formar-se a cadeia
complementar. Este tipo de replicação é mais frequente em vírus.
2. Eucariontes: Nos eucariontes existem as ARS (Autonomously replicating sequences
constituídas por T e A) , o Replication Licensing factor (O novo ciclo de replicação só
começa quando este complexo se liga e deste modo as sequências de cada bolha de
replicação não são replicadas mais do que uma vez por ciclo) e as proteínas iniciadoras
que se ligam ao ORC . Existem várias origens de replicação o que torna o processo mais
rápido.

-DNA polimerases, Ocupam uma posição fixa (a cadeia de DNA é que se move) : α (Remove
os prmers e adiciona uma nova sequência de DNA ) δ(adidciona dNTPs na cadeia lagging) ε
(Adiciona dNTPs na cadeia leading) quando as DNA polimerases que adicionam novos
dNTPs encontram aterações na estrutura secundária são substituídas por DNA polimerases
de baixa fidelidade que podem cometer mais erros βeγ (sistemas de reparação).

-Final das cadeias, Não existe extremidade 3’ OH livre, o primer é removido e essa porção
do DNA fica em cadeia simples

TELOMERASE (é mais comum em seres unicelulares e em células proliferativas)

III. TRANSCRIÇÂO: Processo seletivo, um gene pode ser transcrito com diferentes
taxas ao longo da vida de um indivíduo. A taxa de transcrição pode variar também
de tecido para tecido devido a diferentes afinidades com os promotores.
Existem pausas que controlam a replicação e a transcição.
 A cadeia que vai ser transcrita vai ser sempre a cadeia complementar ao gene (No
mesmo cromossoma diferentes genes podem estar em cadeias diferentes). As
cadeias são distinguidas com base nas diferenças de polaridade.
São sintetizados vários transcritos antes so transcrito final
O enrolamento é feito pela cadeia lagging e o desenrolamento pela cadeia leading.

a) Sequências consensu:

- Bactérias: 1ª sequência consensu (-35pb)+ Primbow box (-10 bp) + Terminador (existe uma
região naõ estruturada upstream que vai permitir a ligação do fator rho)

-Eucariontes:

Regulating promoter + ( Core Promoter = TFIIB recognition element (-35 bp), ao qual se vai
ligar o TFIIB + TATA box (-25 bp), ao qual se vai ligar o TFIID+ Inr (+1) + DPE , downstream core
promoter (+30)). Ainda estão envolvidas as enzimas TFIIA (faz a ligação entre as TATA binding
proteins, o TFIIB e o DNA), a TFIIH (que funciona como helicase) e as TFII E eF. São necessários
coatiadores, proteínas ativadoras e mediadores

b) Enzimas:

RNA polimerase = 2α+ β+ β’+W (enzima core- é capaz de se ligar em qualquer lado) +
fator sigma (holoenzima- reconhece a sequência iniciadora e torna a ligação mais forte, liberta-
se quando são adicionados os primeiros rNTPS ) . Nas bactérias só existe uma RNA polimerase
enquanto que nos eucariontes existe a RNAp I (r RNA , requer um fator de terminação), RNAp
II (pré RNA, requer uma sequência terminadora e vai formar-se uma cauda de U) e RNA p III
(tRNA, requer enzimas, endonucleases)

- Eucariontes : É necessário por o DNA “a descoberto” e para isso intervem as acetl

transferases que alteram a estruturas das histonas e tornam o DNA mais acessível e as
Cromatin Remodeling Protenis que afastam as histonas para que os promotores possam ser
reconhecidos.

Existem sequências (enhancers) que aumentam as taxas de transcrição , estas sequências não
necessitam estar adjacentes ao iniciador.

c) Terminação (procariotas): Processo gradual, ocorre por vezes depois da sequência

terminadora ser transcrita

- Independente de Rho (forma –se uma cauda de U que torna a ligação entre o DNA e o RNA
mais fraca )

- Dependente de Rho (Quando a RNA polimerase encontra a sequência terminadora o fator

rho apanha-a obrigando a uma pausa )
 IV. PROCESSAMENTO:

-Sequências consensu nos procariotas: 5’UTR+ Shine delgarno+3’UTR

a) Adição da 5’ cap (depois da iniciação):

1. Adição de um novo nucleótido (um dos fosfatos é eliminado)
2. Adição de uma guanina (seguida de metilação C7’)
3. Metilação dos 2º e 3º nucleótido (C2’)

Ligação das cap binding Proteíns que por sua vez vão estimular a ligação do ribossoma
b) Adição da cauda de poliA: A cauda é
codificada pelo DNA mas é adicionada
depois da transcrição e da remoção de
alguns nucleótidos que estavam a mais.
Vai determinar o ponto de corte no DNA.
Neste processo intervém enzimas
(poliadenilases transferases)

Sequência
sinal

c) Splicing
d) Self-splicing
 e) Processamento Alternativo: Dentro das zonas que sofreram corte podem estar também
exões que, noutros processamentos podem ser também eles cortados e separados dos
intrões. Vão se sintetizados vários transcritos a partir da mesma sequência de pré-mRNA.

f) RNA editing: Moléculas de guide RNA emparelham com o mRNA maduro e , com a ajuda
de enzimas vão fazer a insersão, deleção ou conversão de algumas bases.
g) tRNA

1. Braço acetor
2. Braço T ψC

Braço DHU
2

Braço do anticodão

h) rRNA

RIBOSSOMA

-Bactérias = 70S= 30S (16S)+ 50S (23+5S )

-Eucariontes= 80S= 40S (18S)+60S (28+5.8+5 S)

1.Processamento:

rRNA percussor (30S nos procariotas e 45S nos eucariotas) vai sofrer metilação e trimming
(adição de novas bases). De seguida dá-se o corte catalisado pelos snoRPS (que são transcritos
de genes próprios pelas RNA polimerases II e III) que são complementares.
i) si e mi RNA
1. RNA em cadeia dupla (ou porque formou estruturas secundárias, ou porque era
proveniente de um vírus ou porque é siRNA).
2. A enzima Dicer vai provocar a rutura das cadeias (o si RNA e o miRNA voltam a estar
em cadeia simples).
3. Vai formar-se o complexo RISC quando o RNA anterior se associa a proteínas.
4. O RNA vai ser complementar ao mRNA alvo (no caso do siRNA o emparelhamento é
imperfeito e por isso vai haver uma inibição da tradução, no caso do miRNA o
emparelhamento é perfeito e vai levar a uma degradação do RNA).

V. TRADUÇÃO
1. Código genético:

– Quase universal (são encontradas algumas exceções nos genes cloroplastidiais e

mitocondriais)

- Degenerado (um aminoácido é sintetizado por vários codões)

- Woble (mais do que um codão para o mesmo anticodão)

-A terceira base é menos espacífica

-Existem tRNA isoaceitadores (o mesmo aminoácido e diferentes anticodões)

-Não é sobreponóvel

- Não é ambíguo

2. tRNA Charging = ligação do tRNA ao aminoácido. Requer a atuação de aminoacil tRNA

sintetases que são específicas para cada aminoácido

3. Iniciação

- Nos procariontes a sequência consensu Shine Dalgarno ajuda o ribossoma a saber

aonde se ligar.
No caso dos eucariotas a extremidade 5’ cap (as cap binding proteíns interagem com
as proteínas que se ligam à cauda poli A) e a sequência consensu Kosak são
reconhecidas durante o “scaning” (a pequena subunidade percorre o mRNA á procura
dessas sequências que lhe vão indicar a localização do codão de iniciação)

- ENZIMAS: IF3 (é a primeira a ligar-se á PSR e vai impedir a ligação da GSR), IF2 (ligação do
anticodão de iniciação, a metionina – o único que entra diretamente no sítio A, nos
procariontes está formilada, forma um complexo com o GTP) e IF1 (potencia a dissociação das
duas subuidades). Estas enzimas acabam por ser todas libertadas levando á junção das duas
subunidades e à libertação de GDP

4. Alongamento :
- O seguinte aminoácido liga-se ao sítio A com a ajuda das enzimas EFtu e EFTs que
formam um complexo com o GTP. Esse complexo é depois libertado, forma-se uma
ligação peptídica entre os dois aminoácidos e liga-se a enzima EFTg que promove o avanço
do mRNA no ribossoma deixando o centro A livre.

5. Terminação:
-ENZIMAS: Nos procariontes RFI e RFII ligam-se ao codão STOP (cada uma liga-se a
codões diferentes) e RFIII, juntamente com o GTP promove a dissociação de todos os
componentes.
Nos eucariontes RFI liga-se a todos os codões STOP e RFII tem uma função semelhante
a RFIII
6. mRNA surveilance :

–Nonsense mediated decay= Terminação prematura da tradução (Encontra-se o codão

STOP antes de a transcrição estar terminada). O transcrito vai ser eliminado por proteínas
que se ligam à junção exão-exão. Se a proteína não for eliminada vai ser marcada.

- Stallde Ribossomes = O ribossoma acaba de transcrever o RNA e não encontra codão

STOP. Vai ser adicionado no centro A (que se encontra livre) uma molécula de tmRNA (que
contém o aminoácido anilina e um codão de terminação). Essa proteína vai ser marcada
para depois ser eliminada.
 VI. MUTAÇÔES:
1. Tipos de mutações:

-Espontâneas / induzidas

- Somáticas (mosaico), apenas as plantas podem transmitir as mutações somáticas por

reprodução asexuada / Linha germinativa

-Condiciondas / não condicionada

-Perda/ ganho de função, hipomórficos/ hipermórficos

-Substituição de bases/ Transição (uma pirimidina é substituída por uma pirimidina ou uma
purina por uma purina)/ Transversão (são provocadas por estruturas tautoméricas que
levam a erros no emparelhamento. No caso da adenina e da citosina passam a de Amino a
Imino e no caso da timina e da guanina passam de keto par indol) /inserção/ deleção

-Sinónimo (silencioso)/ alteração do sentido/ sem sentido (terminação)/ Frameshift

2. Agentes Mutagénicos:

Hidrólise = Depurinação. Depois disso é adicionada uma Adenina no local apurínico

Agentes oxidantes (ácido nítrico)= Desaminação (remoção do grupo NH3 da Adenina,

Citosina ou Guanina) = transição

Bases Análogas = Emparelham com as bases incorretas na 2ª replicação

Agentes alquilantes (Etil metanosulfatos)= ligação com os grupos laterais

Agentes intercalantes (raios X, raios gama …) Quebras na cadeia de DNA que vão levar a
insersões ou a deleções (atuam na topoisomerase II )

UV = Formação de dímeros de timina (ligação entre duas timinas adjacentes)

3. Sistemas de reparação

- Reversão de dano= Fotolase (liga-se ao DNA na ausência de luz mas só atua na presença de
luz , quando quebra os dímeros de timina ou de guanina). Tmabém pode ser feita por acetil
transferases ou metil transferases .

-Reparação por excisão de uma porção de DNA que contenha o dímero de timina. Vai depois
haver uma nóva síntese. Estão envolvidas a ruV A (que reconhece o dímero de timina) e as ruv
B e C (que fazem o corte)

-AP

- “Missmatch repair sistem” MutS (reconhece a mutação), MutHH (determina qual a cadeia
certa ) e Mut L (excisão)

- Pos replicação= reca (vai buscar à cadeia complementar o fragmento certo, o dímero
continua lá) + LexA (SOS) ,liga-se à região promotora. Quando uma está ativa a outra é inibida.