Biologia Molecular Básica

DNA
Composto por nucleotídeos: ácido Fosfórico / Açúcar / Base

O pirofosfato (do DNA) Possui ligações covalentes de alta energia e radicais de

O2 com carga negativa

O Açúcar possui 5 carbonos (pentose), contagem é feita a partir do carbono

que faz ligação com a base nitrogenada.

O que define se é um DNA ou um RNA é o açúcar – que é a molécula central

(o RNA tem um OH no carbono 2 e o DNA não)

Purinas (2 anéis aromáticos): adenina e guanina e pirimidinas (1 anel

aromático): timina e citosina

Nucleotídeo: Fosfato + Açúcar + Base / Nucleosídeo: Açúcar + Base

A nomenclatura dos fosfatos é feita de acordo com a distância do nucleotídeo:

alfa, beta e gama

Reação de polimerização: incorporação de um nucleotídeo na molécula de

DNA

Éster: Caracterizado pelo C que faz ligação dupla com O e outra ligação
simples com outro O. Produzidos através da reação de um ácido orgânico e um
álcool.

Ligação fosfodiéster: o radical fosfato serve de ponte entre 2 nucleotídeos >

define a linearidade de um DNA

Pontes de Hidrogênio: interação atrativa eletromagnética entre um átomo de

hidrogênio ligado à um átomo altamente negativo, como Oxigênio, Nitrogênio,
Flúor.

● É o que dá estabilidade entre as 2 fitas de DNA junto à hidrofobicidade

das bases.

Um pareamento C/G precisa de mais energia para ser quebrada (separar as

duas fitas) do que um pareamento de A/T, em razão da ligação das pontes de
hidrogênio
 Condensação do DNA

Em vírus: DNA e RNA são empacotados em forma de carretel.

Em Bactérias: DNA compactado numa região celular chamada Nucleoide.

● O DNA é associado à proteínas (NAPs);

● Algumas bactérias podem ter seu cromossomo circular (único) com

milhares de genes espalhados ao longo, formando curtas regiões
(regiões intergênicas);

● A formação de laços é feita através de proteínas, assim como a

espiralização para compactar o DNA ao máximo;

● A enzima Topoisomerase executa a espiralização, dividida em:

Topoisomerase I (desfazer) e Topoisomerase II (formar);

● O DNA é compactado pelas Poliaminas e proteínas.

Um cromossomo contém uma molécula bem longa do DNA

Histonas: condensação do DNA

Proteínas que compõe o esqueleto são: Coesinas e Condensinas, pertencentes

ao grupo das proteínas SMC;
 Replicação do DNA

● Conservativo: DNA original é mantido e cópias de ambas as fitas são

feitas inteiramente novas

● Dispersivo: A fita dupla de DNA é uma mistura intercalada de trechos

novos e antigos da fita de DNA

● Semi-conservativo: Cada fita de DNA serve de matriz para a síntese de

uma nova fita.

- A replicação é dividida em iniciação, elongação e terminação

Iniciação

● Complexo pré - replicação: Um grupo de proteínas se agrega na

origem da replicação, durante a iniciação;

● Complexo pré-iniciação: A associação do complexo pré-iniciação ativa

uma proteína denominada helicase, a qual imediatamente separa as
duas fitas de DNA. Também se juntam ao complexo as proteínas
primase e DNA polimerase

Elongação (Extensão):

● Forquilhas de replicação: Processo de separação da fita dupla;

- Características de uma Origem de Replicação: repetições normalmente

ricas em A+T

- Número de Origens de Replicação:

 ● Bactérias: Genoma normalmente é circular e possui somente uma
origem de replicação por cromossomo
● Archaea: Genoma é também circular e possui diversas origens de
replicação ao longo do cromossomo
● Eucarionte: De um a diversos cromossomos. Possui diversas origens de
replicação. Podendo ter até 100.000 origens como no genoma humano.

● Proteínas de Replicação:

- O iniciador: Se ligam a uma sequência específica dentro do replicante,

distorce ou desespiraliza a região adjacente ao seu sítio de ligação e interage
com fatores adicionais que são necessários para a replicação, recrutando-os
para o replicante

- Primase: Enzima que faz a síntese do RNA iniciador, se liga à helicase

(formando o complexo primossomo), a Helicase ativa a primase, sintetizando
um iniciador de 11 nucleotídeos;

- DNA polimerase: Enzima responsável pela reação de polimerização do DNA

estende a fita de DNA. Faz a inserção do novo nucleotídeo (extensão),
verificando os erros junto à exposição de novo do sítio até o nucleotídeo
correto ser inserido.

- Helicase: Na sua função, durante a replicação, esta enzima é composta de

seis subunidades que formam um anel ao redor da molécula de DNA, ativa
em todos os processos que envolvam a duplicação da fita

Adição de um Nucleotídeo: É necessária uma série de radicais para a

adição, com a entrada do nucleotídeo complementar correto o resíduo de
tirosina na α-hélice interage com a base nitrogenada e os íons com os
fósforos e o radical “OH” fechando e aproximando todo conjunto
favorecendo a reação de adição do nucleotídeo.

● Possui 3 atividades diferentes:

– Síntese de uma nova fita (5' → 3')

– Atividade exonucleásica, usada para correção (3' → 5')

 – Atividade exonucleásica, (5’ → 3’), para correção de pequenos trechos de
DNA com erros

OBS: Síntese sempre ocorre acrescentando um nucleotídeo ao terminal 3'. O

DNA cresce em direção 3', ou seja de 5' para 3'. Na forquilha ambas as fitas
são sintetizadas simultaneamente

DNA polimerase II: Envolvida no reparo do DNA, não tem atividade

exonucleática, auxilia a DNA pol III a transportar espaços criados na sequência,
fins de regulação.

A DNA polimerase III (holoenzima) é constituída de três subunidades diferentes

● α - subunidade com atividade de polimerização

● ε - subunidade com atividade de verificação

● θ - subunidade com função de estimular a subunidade ε

Características em comum dos tipos de DNA:

● Todas tem afinidade por DNA

● Todas utilizam trifosfatos para síntese de DNA

● Todas necessitam de um iniciador (pequeno oligonucleotídeo) para

iniciar a síntese de DNA

SSB - Single Stranded Binding Proteins: Proteínas de afinidade (ligação) à

fita simples. São proteínas que ajudam a manter a fita de DNA “atrasada”
livre e na forma de fita simples, até a formação de um fragmento de Okazaki

Topoisomerases: Arranja o DNA espacialmente. E possui dois tipos:

● Topoisomerase I: Quebra a ligação covalente fosfodiester, alivia as

tensões e desespiraliza;
● Topoisomerase II:Quebra temporariamente duas ligações covalentes,
uma em cada fita e permita a passagem de uma fita não degradada e
logo depois refazendo as ligações.
Ligase: Formam uma ligação covalente entre a hidroxila do C 3 com o fosfato do
C5 do nucleotídeo seguinte usando uma molécula de ATP, como cofator, para
formar a ligação fosfodiester. São conhecidas 4 DNA ligases em mamíferos

Terminação da Replicação: Na fita líder a síntese vai até o final. Na fita

atrasada se um replicon não preencher o final ficará faltando um trecho no final
do DNA linear, encurtando o mesmo.

Em Bactérias: Uma proteína é ligada covalentemente ao final da fita atrasada.

Esta proteína tem o radical - OH' que funciona da mesma forma que o radical -
OH' do carbono 3'. Esta proteína é encontrada em genomas bacterianos
lineares, vírus bacterianos e animais.

Em células Eucariotas: As porções terminais dos cromossomos são

denominadas de telômeros. Estas regiões são ricas em T+G. Esta região
interage com outra polimerase denominada Telomerase.

Telomerase: É uma riboproteína, isto é, composta por proteínas e ácido

ribonucleico. Não necessita de fita dupla para iniciar uma síntese. Ela estende
o terminal 3' da fita atrasada

Replicon: A proteína iniciadora reconhece uma “sequência replicante” e se liga

a este. O DNA é facilmente desnaturado. Imediatamente as primeiras proteínas
que devem atuar na duplicação reconhecem a região desnaturada e se ligam a
esta região.

Transcrição

É a síntese de RNA sob “regência” do DNA

A transcrição tem como principal função....

Transferir informações contidas no DNA para a molécula de RNA, para que
haja a produção de proteínas ou outro tipo de função

Os tipos de RNA são mRNA, tRNA, rRNA, outros (microRNA, tmRNA)

Transcrição em Procariotos

Possuem uma enzima chamada RNA polimerase e não depende de um

iniciador

Fator sigma é o fator de iniciação em quem a RNA polimerase deve se ligar

Sulco raso: Entre as duas fitas / Sulco profundo: Feito pela volta da dupla
hélice.

Iniciação

● RNA polimerase

● Fator sigma

● Região promotora: Reguladora se encontra antes do gene, serve como

ponto de controle. Possui sequências específicas e são reconhecidas
pelas proteínas (fatores de transcrição)

Extensão ou síntese:

● A RNA polimerase avança, se soltando do fator sigma, gerando a

síntese até o término. O fator sigma se libera e perde afinidade pela
região promotora

Terminação:

● Rho dependente: Vem de uma proteína (como a helicase). Ela

reconhece a sequência antes do sinal da terminação, o rho se liga e vai
deslizando até encontra a RNA polimerase. A RNA polimerase alcança o
terminador e pausa por conta da haste-alça;

● Rho Independente: Causa o término da transcrição do mRNA, formam

um grampo de alça (rica em G + C)

● Sequência palindrômica: Sequências complementares numa mesma

fita podendo ser ou não adjacentes
 Transcrição em Eucariotos

RNAm é traduzido no núcleo e as proteínas no citoplasma;

A compartimentalização controla o RNAm ficando no núcleo e podendo ser

transportado através da membrana

RNA polimerase II: Síntese do RNAm, necessita dos fatores de transcrição

para iniciar;

RNA polimerase III: Transcreve os produtos dos genes RNAr e RNAt

Iniciação: A diferença entre os procariotos é que possui um maquinário para

que a RNA polimerase possa sintetizar o RNA

TATA Box faz o posicionamento correto da RNA pol II no início da transcrição

Fatores de iniciação não permitem o avanço da RNA polimerase mas ela é

maior;

Diferença: Fatores proteicos que auxiliam na transcrição

mRNA: Cauda poli AAA

Na Cap parte vermelha, temos genes da transcrição do gene que tende a ser
transcrito

Na região amarela 5’ não traduzida, possui elementos de regulação da

tradução quando for traduzido em uma proteína.

Poli A faz parte do processo de maturação da molécula quanto à degradação

das exonucleases

Tradução

Os mRNAs sintéticos foram essenciais na descoberta dos códons,

demonstrando que o código era composto por 3 nucleotídeos

Interação fraca = Wobble

Enzima de síntese de polipeptídeo: Peptidiotransferase

Início: Associação de fatores de iniciação 1, 2 e 3, onde o IF-2 está associada a

uma molécula de GTP, Subunidade menor do ribossomo