lOMoARcPSD|7785343

Perguntas de treino respondidas

Biologia Molecular (Universidade de Aveiro)

StuDocu is not sponsored or endorsed by any college or university

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)
 lOMoARcPSD|7785343

Perguntas de Biologia Molecular

1. Indique as diferenças entre replicação semi conservativa, conservativa e

dispersa?
Desde a descoberta da dupla-hélice do DNA, por Watson e Crick, que é evidente
que o emparelhamento de bases e que a reorganização de complexos proteicos são
cruciais para a coordenação entre a iniciação, elongação e terminação do processo de
replicação do DNA. A partir desta mesma teoria, foram criadas três teorias para a
replicação do DNA: semiconservativa, conservativa e dispersiva. Na replicação
semiconservativa, cada nova molécula de DNA é composta por uma cadeia original
(cadeia-mãe) e uma nova cadeia (cadeia-filha). Na replicação conservativa, uma das
moléculas-filhas é a cadeia-mãe e a outra molécula-filha é totalmente nova. Na
replicação dispersiva, algumas partes da hélice original são conservadas enquanto que
outras não. Assim, as moléculas filhas consistem de uma parte parental e outra de

DNA sintetizado de novo.

2. O que é uma origem de replicação? Para que serve?

Uma origem de replicação é um local no DNA cromossómico onde a forquilha de
replicação se liga. Nos eucariotas, a replicação não se inicia nas extremidades de
cromossomas lineares, como nos procariotas, mas sim em diversos locais do mesmo
cromossoma, espaçados de cerca de 50 kb. As origens de replicação normalmente são
ricas nas bases adenina e timina, visto que é necessária menos energia para romper as
ligações de hidrogénio entre a A e a T, comparativamente às 3 ligações de hidrogénio
que ligam resíduos de guanina e citosina. Para além disso, as interacções das bases G e
C com os pares de bases adjacentes são mais favoráveis energeticamente que as
interacções entre as bases A e T e as suas bases adjacentes.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Investigações para o inicio da replicação em Eucariotas, levaram à descoberta

do ORC (origin recombination complex). Este complexo de reconhecimento das origens
de replicação liga-se à origem de replicação de determinado cromossoma.

Na maioria das leveduras, onde as ORC foram primeiramente identificados, a

origem de replicação é maioritariamente sinalizada por sequências de 11 bp ou 17 bp
de Adeninas e Timinas, designadas por ARS (Autonomously Replicating Sequence). No
entanto, nas leveduras que se dividem por fissão binária e na Drosophila, as ORC são
sinalizadas na sua totalidade por sequências de Adenina e Timina ligando-se
preferencialmente a estas. Nos humanos, a origem de replicação não tem uma
sequencia bem definida, mas os locais de iniciação da replicação não são indiferentes,
motivo pelo qual, as ORC se ligam ao DNA com alguma especificidade.

3. O que é um replissoma? Quais as proteínas que o constituem?

O Replissoma é um complexo proteíco que constitui a maquinaria de replicação,
este começa por abrir e desenrolar as duas cadeias de DNA da molécula original,
adicionando depois novas bases.
Composição proteica:
x Complexo MCM (minichromossome maintenance)
x Helicase:
9 CDC6 cell division cycle 6
9 RPA Replication protein A
9 Poly α polimerase ε e δ
9 PCNA prolifering cell nuclear antigen
9 RFC Replication factor C
9 Fen-1 Flip endonuclease 1
9 RNAse H1
9 Ligase 1

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

4. O que é uma polimerase processiva?

Uma polimerase processiva é uma enzima com capacidade de adição de uma larga
cadeia de nucleótidos, sem se separar do substrato (DNA). Baixa processividade
significa que, por si só, apenas consegue sintetizar uma pequena cadeia de DNA.

5. Descreva os componentes do primossoma e a sua função?

O primossoma é o complexo proteico responsável por activar o farcado de

replicação, ligando-se às várias origens de replicação e sintetizando primers de RNA,
para que a replicaão se possa iniciar. Este é composto por dois tipos de proteínas a
primase que se liga à origem de replicação e depois recruta a helicase. Este complexo
vai fazer parte do replissoma.

6. Descreva os componentes do replissoma e a sua função?

Ver resposta 3

7. Descreva os componentes do complexo MCM e descreva a sua função?

O complexo MCM (minichromossome maintenance complex) é um complexo

heterohexamérico composto pelas proteínas MCM2 e MCM7 que se liga ao ORC,
formando um complexo de pré-replicação, com o auxilio das proteínas Cdc 1 e 6. Tem
função de helicase.

8. Qual a função das helicases no processo de replicação do DNA?

Classe de enzimas presentes em todos os organismos vivos. Funcionam no sentido

de separar duas cadeias de ácidos nucleares, movendo-se ao longo das ligações
fosfodiéster, quebrando-as. Para este processo utilizam energia proviniente de ATP.

A forquilha de replicação é uma estrutura que se forma no núcleo durante a

replicação do DNA. Esta estrutura é criada pelas helicases que são enzimas que
quebram as pontes de hidrogénio formando-se duas cadeias simples de DNA.

9. Descreva a função da proteína RPA no processo de replicação do DNA?

A RPA (replication protein A) é uma proteína heteromérica que se liga às cadeias

simples de DNA durante a replicação para as estabilizar, evitando a formação de uma
estrutura secundária ou o enovelamento de novo. Isto permite que as cadeias se
mantenham separadas para que a DNA polimerase possa actuar. Esta presente nos
eucariotas.

10. Descreva a função do complexo RFC no processo de replicação do DNA?

O RFC actua na lagging e na leading strand durante a fase de alongamento. É uma

ATPase que reconhece a ligação entre o primer e a cadeia molde e agrega uma PCNA
(Proliferating cell nuclear antigen). Mantém a DNA polimerase ligada ao DNA

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

juntamente com a PCNA porque há DNA polimerases que só por si não se conseguem
ligar ao DNA (excepto a Tag, porque é especializada). Também pode desligar a PCNA
do DNA quando é necessário acabar a replicação.
Na leading strand a PCNA é adicionada apenas uma vez, enquanto que na lagging
strand é continuamente adicionada.

11. Descreva o que mecanismo de proofreading das DNA polimerases?

As DNA polimerases têm duas subunidades com função de polimerase e

com função de exonuclease formando uma haloenzima. A DNA polimerase desloca-se
normalmente no sentido - adicionando nucleótidos à laggind e leading strand
durante a fase de alongamento. Quando um erro é introduzido, ou seja, uma base é
emparelhada incorrectamente o alongamento pára e a DNA polimerase desloca-se no
sentido - Assim a subunidade de exonuclease cataliza a remoção dos vários
nucleótidos em que está incluido o erro, pela quebra das ligações fosfodiester na
extremidade da cadeia. A DNA polimerase pode então retomar a sua função de síntese
no sentido -
Todo este processo é designado proofreading.

12. Descreva as diferenças genéricas entre as DNA polimerases de elevada e de

baixa fidelidade?
As enzimas responsáveis por polimerizar os nucleótidos numa cadeia de
crescimento de DNA são denominadas DNA polimerases.

Polimerases de elevada fidelidade: Quando é detectado um erro na síntese de DNA,

estas polimerases procedem ao corte da cadeia, removendo a cadeia afectada. Após
esta extracção utiliza-se a cadeia que permaneceu como molde e reconstitui-se a
cadeia.

Polimerases de reduzida fidelidade (com elevado erro): Podem ser recrutadas que
aquando da detecção de um determinado erro, colocam um nucleótido aleatório,
sendo, portanto, introduzida uma mutação na cadeia. Isto pode tornar-se positivo
porque é preferível introduzir-se uma mutação do que remover-se parte do DNA,
como as outras DNA polimerases fazem.

13. Descreva o que entende pelo termo licenciamento da replicação?

O licenciamento é o processo que permite o inicio da replicação. Após a formação

do ORC na origem da replicação as proteínas CdC6 e Cdt1 ligam-se a este e recrutam as
proteínas do complexo MCM. Este mecanismo é regulado pelas CDKs garantindo que a
replicação só ocorre uma vez em cada ciclo celular (durante a fase S). Apenas origens
de replicação licenciadas com MCM podem formar forcados de replicação

14. Qual a função do RFC?

Ver pergunta 10

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

15. Qual a função do PCNA?

O PCNA tem a capacidade de interagir com muitas proteinas. Para além do seu
papel na replicação do Dna, tem também muita importância na reparação do DNA,
metilação do DNA, remodelação da cromatina e regulação do ciclo celular.

Na replicação do DNA actua como uma braçadeira deslizante de forma a

aumentar a processibilidade do DNA. Associam-se 3 monomeros idênticos ao PCNA e
forma-se um complexo em forma de anel. O buraco central é grande o suficiente para
envolver a dupla hélice do DNA. Assim, na presença de ATP e RFC, o anel abre-se e o
DNA passa no seu interior, sendo posteriormente libertado. O RFC é constituído por 5
subunidades. O seu domínio ATPase estende-se num arranjo em espiral em volta do
anel central do PCNA.

16. O que é uma primase e para que serve?

A primase (complexo proteico) é um tipo de DNA polimerase que cataliza a sintese
de uma pequena cadeia de RNA complementar à cadeia molde, designada por primer.
Esta sequencia é essencial para a replicação porque a DNA polimerase não consegue
iniciar a adição de nucleótidos na sua ausência. Na leading strand é apenas adicionada
uma vez, enquanto que na lagging strand é adicionada por cada fragmento de Okasaki.

17. O que é uma helicase e para que serve?

Ver pergunta 8

18. O que são fragmentos de Okasaki? Como são reparados? Porque é que se
formam?

Os fragmentos de Okasaki são pequenos fragmentos de DNA originados durante a

síntese de DNA descontinua na lagging strand. Na leading strand a sintese é continua,
designando-se o processo de replicação por semidescontinuo. Este mecanismo
permite que a replicação ocorra simultaneamente nas duas cadeias de forma
semiconservativa semidescontinua e sempre no mesmo sentido -
Depois da sintese dos fragmentos a DNA polimerase ε preenche as quebras
deixadas após a remoção dos primers de DNA. A seguir a DNA ligase I faz a ligação
entre os fragmentos catalizando a formação de novas ligações fosfodiéster. Este
processo ocorre com a associação da DNA ligase I com o PCNA.

19. O que são topoisomerases e para que servem?

Muitas das vezes referimo-nos à separação das cadeias de DNA como sendo um
fecho. No entanto, não nos podemos esquecer que o DNA não apresenta as cadeias
paralelas nem é linear. O superenrolamento do DNA cria problemas devido à sua
estrutura entrelaçada e helicoidal dupla, nomeadamente devido à tensão que cria na
forquilha de replicação ou na transcrição. Para se ultrapassarem estes problemas
topológicos causados pela hélice dupla, existem enzimas designadas Topoisomerases.
Estas catalisam uma quebra em algumas ligações fosfodiester o que diminui a tensão

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

do superenrolamento e permite a rotação livre das cadeias. No fim destes processos,

as ligações são recuperadas.

x Topoisomerases do tipo I: corta apenas uma cadeia de DNA, relaxando essa

cadeia e voltando a unir-se posteriormente
o IA: apenas consegue relaxar cadeiras superenroladas
negativamente (procariotas)
o IB: resolve os problemas de superenrolamento positivo e
negativo (eucariotas)
o IC: bactérias Archeae
x Topoisomerases do tipo II: corta ambas as cadeias de DNA usando a hidrolise
de ATP.
o IIA: forma quebras nas duas cadeias envolvendo 4 pares de bases
(todos os domínios da vida)
o IIB: forma quebras nas duas cadeias envolvendo apenas um par
de bases (Archeae)

20. O que é um telómero?

Os telómeros são elementos cromossomais que protegem as extremidades das

cromossomas eucariotas lineares.
São uma região especializada na extremidade final de cada cromossoma linear,
constituido por sequencias repetitivas ricas em G e T. Estas estruturas protegem os
cromossomas da degradação e evitam a sua fusão com cromossomas vizinhos.

21. Como é constituída a telomerase? Qual a sua função?

A Telomerase é uma enzima que adiciona aos telómeros sequencias repetitivas à
extremidade das cadeias de DNA Ao alongar esta cadeia a DNA polimerase fica
capaz de completar a síntese das extremidades incompletas da cadeia oposta. Esta
enzima é uma ribonucleoproteina, constituída por: uma única molécula de snoRNA
denominada TERC Telomerase RNA Component que providencia um molde de
AAUCCC para guiar a inserção de TTAGGG (em mamíferos) e uma componente
proteica denominada TERT Telomerase Reverse Transcriptase que é responsável
pela acção catalítica. Esta telomerase é uma transcriptase reversa visto que sintetiza
DNA a partir de uma cadeia molde de RNA.

22. Como é que os telómeros fecham as pontas dos cromossomas?

É necessário fechar as pontas dos cromossomas para impedir a acção de

exonucleases.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

A extremidade do DNA telomérico de cadeia simples alongada pela telomerase

invade o DNA telomérico de cadeia dupla, hibridizando com este e formando assim
uma espécie de nó designado T-loop

23. Porque é que os mecanismos de reparação do DNA são necessários?

Apesar das polimerases fazerem proofreading durante a replicação e transcrição do

DNA elas introduzem um erro de -7/10-8. Estes erros conferem instabilidade ao

genoma e precisam de ser corrigidos. Assim, o organismo desenvolveu uma série de

mecanismos de reparação pós-síntese que permite diminuir a taxa de erro para apenas
-11.

Para além disso, há sempre mutações espontâneas a ocorrer, assim como a introdução
de mutações por agenres como os ROS, radiação UV e ionizante, quimicos.

24. Qual a fidelidade da replicação dos genomas sem reparação e com

reparação?

Genomas com reparação têm uma fidelidade de 10-11 (taxa de erro).

Genomas sem reparação têm uma fidelidade de 10-7-10-8 pois deve-se apenas à
selectividade das polimerases durante a replicação, ou seja, à taxa com que
introduzem nucleótidos incorrectos.

25. Qual a importância evolutiva do erro basal da replicação do DNA?

O erro basal da replicação do DNA tem uma taxa de 10^-11. Estes erros , apesar de
terem uma taxa baixa fazem com que haja variabilidade de organismo para organismo.
Assim estes tipos de mutações sao beneficas e essenciais a todos os organismos. m.
Por outro lado, este tipo de erros podem criar novas mutações capazes de gerar novos
fenótipos contribuindo assim para a evolução dos organismos. Dado que essa
caracteristica vai ser transmitida à descendencia
26. Quais as DNA polimerases especializadas em reparação do DNA em
eucariótas?

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

27. Qual o significado de uma danificação no DNA em termos funcionais?

As danificações do DNA consistem em qualquer alteração que introduz um desvio à

estrutura em dupla-hélice usual. Tendo em conta que estas danificações afectam
todos os processos de replicação e transcrição, afectam portanto a homeostasia do
organismo. Existem 3 classes globais de danificação de DNA: mudanças em bases,
distorção estrutural ou danificação no esqueleto de DNA.

Mudanças em bases: Uma única mudança de base ou conversão afecta a sequencia

de DNA, mas tem um efeito mínimo na sua
estrutura global. Por exemplo, a
substituição do grupo amino da citosina po
r oxigénio converte a base citosina para
uracilo, sendo esta ultima uma base que
deveria estar presente unicamente na
cadeia de RNA. Este tipo de conversão designa-se desaminação. Este o mais
frequente e mais importante tipo de danificação hidrolítica e pode ocorrer
espontaneamente através da acção de água ou ser induzida por um agente químico
mutagénico. Quando um par de bases UG substitui um par CG, é causada uma
pequena distorção estrutural da dupla hélice do DNA. Este tipo de modificação não
bloqueia totalmente o processo de replicação ou transcrição, mas pode levar à
produção de um RNA mutante ou produto proteico. Para além disso, o DNA de

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

vertebrados frequentemente contem 5-metilcitosina em vez de citosina. Estas

citosinas metiladas são hotspots para mutações espontâneas no DNA de
vertebrados porque a desaminação de 5-metilcitosina gera timina. Isto resulta na
mudança de uma base GC para uma base AT durante a replicação. O DNA pode
também ser danificado por mudanças em bases por consequências de alquilação,
ou oxidação.

x Alquilação: As nitrosaminas levam à

formação de O6-metilguanina. Esta base
modificada emparelha com timina,
resultando na mudança de um par de
bases GC para um AT quando o DNA é
replicado.

x Oxidação: Alguns agentes de oxidação são gerados por radiação ionizante e

por agentes químicos que geram radicais livres. Estas espécies reactivas de
oxigénio podem gerar 8-oxoguanina
(oxoG), uma base de guanina
danificada que contem um átomo de
oxigénio extra. Esta é altamente
mutagénica porque forma um par de
bases de Hoogsteen com a adenina.
Ocorre então uma troca de pares GC para TA, sendo estas as mutações mais
comuns encontradas em cancros de humanos.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Distorção Estrutural: A luz ultravioleta tem um efeito em células devido à sua absorção
selectiva dos raios UV. A radiação com um comprimento de onda de cerca de 260 nm é
fortemente absorvido pelas bases azotadas. As lesões mais frequentes induzidas pela
luz UV são a indução dos dímeros de pirimidinas entre duas bases de timina pela
irradiação UV. Esta danificação é designada por dímeros de ciclobutano-pirimidinas
(CPD) porque é gerado um anel de ciclobutano entre os átomos de carbono 5 ou 6 de

timinas adjacentes. Como se formam ligações covalentes entre as timinas da mesma

cadeia, isto interrompe a complementariedade de bases que forma a dupla hélice.
Assim, os dímeros de timina distorcem a estrutura da dupla hélice de DNA. Esta
distorção estrutural pode impedir a transcrição ou replicação devido ao bloqueio do
movimento das polimerases. Consequentemente, a indução de dímeros de pirimidinas
tem um efeito mais severo que as mudanças de bases. A radiação UV também pode
induzir dímeros entre citosina e timina, denominados por fotoprodutos pyrimidine-
(6,4)-pyrimidone.

Danificações do esqueleto: A danificação do esqueleto inclui a formação de locais não

básicos (perda de bases azotadas de um nucleótido) e quebras na dupla hélice no DNA.
Estes locais não básicos são gerados espontaneamente pela formação de bases
instáveis. Por exemplo, nos nucleótidos purina, as ligações entre o açucar e a purina
são relativamente instáveis. A hidrolise da ligação N-glicosidica na base purina pela
adição de água deixa um grupo hidroxilo no seu lugar no DNA quando este não tem a
purina. As quebras nas duplas hélices podem ser induzidas por radiação ionizante
(raios X, materiais radioactivos) e uma larga gama de compostos químicos. A radiação
ionizante pode ionizar a desoxirribose no esqueleto de DNA directamente ou

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

indirectamente através da geração de espécies reactivas de oxigénio. As quebras da

dupla-hélice são os mais severos tipos de danificação de DNA.

28. Como funciona a fotoliase?

Na maioria dos organismos, os danos causados no DNA pela radiação UV podem ser
directamente reparados por fotoliase. Este processo é considerado um mecanismo
de reparação directa. Tendo em conta que a radiação UV une covalentemente duas
pirimidinas, durante o processo de fotoliase, a enzima DNA fotoliase utiliza energia
próxima da região do visível de forma a cortar as ligações covalentes que fazem
com que as duas pirimidinas adjacentes estejam juntas.

Este método de reparação é muito comum em seres vivos dependentes da luz,

como seres fotossintéticos e bactérias. No entanto, não existe em mamíferos de
placenta.

29. Descreva o mecanismo de reparação por excisão de bases?

A reparação de DNA por excisão de bases é iniciada por um grupo de enzimas

chamadas DNA glicosilases. Estas enzimas quebram a ligação N glicolítica que ligam a
desoxirribose (açúcar) à base danificada. A base danificada é então excisada para
formam um sítio sem base no DNA. Há DNA glicosilado que reconhece bases
oxidadas/reduzidas, metiladas, desaminadas ou bases mal emparelhadas.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

O primeiro passo da reparação por excisão de bases é o reconhecimento da lesão.

Reconhecimento da lesão como oxoG, que difere apenas de dois átomos da Guanina
normal (G), é particularmente notável.

Recentes análises de estruturas em raio-X do complexo de reparação sugere que a

base danificada passa por uma serie "gates" ou checkpoints dentro da enzima. A
enzima de reparação de oxoG, hOGG, primeiro liga-se a um sítio não especifico do
DNA. Se a enzima encontrar uma base oxoG emparelhada com citosina (C), a base
oxoG é expulsa da dupla cadeia para uma bolsa específica. Por consequência, a base
oxoG é inserida profundamente numa bolsa de reconhecimento de lesão da enzima.
Aminoácidos que revestem esta bolsa contactam com oxoG directamente, fornecendo
uma base para um reconhecimento específico. Quando a enzima encontra base
emparelhada normal GC no DNA, a base G é transitoriamente expulsa para o bolso G-
especifico na enzima, mas é impedido o acesso à bolsa oxoG, e é posta de volta na
dupla hélice.
Proteínas envolvidas na BER (base excision repair):

x DNA glicosilases: responsáveis pelo reconhecimento da lesão. Eles invertem a

base danificada para fora da dupla hélice e quebra a ligação N-glicosidica da
base danificada deixando um sítio sem uma base azotada (AP site). Exemplo de
DNA glicosilase incluem: Ogg1, que reconhecem 8-oxoguanina (oxoG), Mag1,
que reconhece 3-metiladenina, e UDG, que remove uracilo do DNA. MUTYH
glicosilase, é uma glicosilase humana que excisa uma adenina do esqueleto de
DNA em sítios onde a adenina está emparelhada de forma imprópria com a
guanina, citosina, ou 8-oxo-7,8- dihidroxiguanina, uma lesão oxidativa do DNA
maior.

x AP endocucleases: quebra um sítio sem base azotada para originar um

hidroxilo adjacente a uma desoxirribose fosfato

x Enzimas de terminação de processo. A fim de a ligação ocorrer, a quebra da

cadeia de DNA tem de ter um hidroxilo na sua extremidade e um fosfato na
extremidade Nos humanos a polinucleotido cinase-fosfatase (PNKP)
promove a formação destas extremidades durante a BER. Esta proteína tem um
domínio cinase que fosforila extremidades hidroxilo e um domínio fosfatase
que remove os fosfatos da extremidade Juntas estas actividades preparam
as quebras de uma cadeia com terminais danificados para ligação.

x DNA polimerases: Polβ é a polimerase humana que catalisa a BER short-patch

(O caminho da reparação de DNA pode ser um simples nucleótido), com a
polimerase disponível para a compensar na sua ausência Para além disso À
actividade da polimerase, estas enzimas têm o domínio de uma liase que
remove a desoxirribose fosfato deixado para trás pela quebra da AP

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

endonuclease. Durante BER long-patch (2-10 nucleótidos), pensa-se que a

síntese de DNA é mediada pela polimerase δ e polimerase juntamente com
factor de processamento PCNA, as mesmas polimerases que realizam a
replicação do DNA Pol β pode também realizar a long-patch BER e por isso,
participar nas duas vias de BER. A síntese long-patch tipicamente insere 2-10
novos nucleótidos.

x Endocucleases Flap (de ponta):FEN remove da ponta gerada durante BER

long-patch. Esta endonuclease mostra uma forte preferência para uma longa
ponta adjacente a ponta -nucleotido O homólogo de FEN para a
levedura é RAD27.

x DNA ligases: DNA ligase III com o seu cofactor XRCC catalisa o passo nick-
sealing (selagem de nick1) em BER short-patch nos humanos. DNA ligase I liga
a quebra no BER long-pacth.

1
Nick é uma descontinuidade na dupla cadeia de DNA onde não há nenhuma ligação fosfodiester entre
nucleótidos adjacentes de uma cadeia que está danificada ou a sofrer acção de uma enzima

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

30. Descreva o mecanismo de reparação por excisão de nucleótideos?

A reparação por excisão de nucleótidos (NER) é utilizada para reparar distorções
estruturais, por exemplo, formação de dímeros timina-timina induzidas pela radiação
UV. Este método de reparação é indispensável porque os defeitos na reparação por
excisão de nucleótidos são a principal causa de uma doença hereditária designada
Xerodema pigmentosa que é caracterizada por elevada sensibilidade à luz UV

A XPE-E3UL (ubiquitina E3 ligase) tem muitos substratos:

x 4 histonas a sua ubiquitinação estimula a remodelação da cromatina dando às

proteínas do NER acesso ao DNA danificado
x Proteína XPC: ubiquitinação do XPC aumenta a afinidade dos XPC s para o DNA
danificado
x Proteina XPE: a sua ubiquitinação leva à sua dissociação do DNA e degradação
pelo proteassoma. A remoção do XPE do local danificado é essencial de forma a
permitir o acesso total do XPC ao local danificado.

Posteriormente ao aumento da distorção causada por XPC-HR23B, esta permite a

entrada e a ligação do factor de transcrição TFIIH (10 subunidades). Duas destas
subunidades (XPB e XPD) são helicases que se vão ligar à cadeia danificada e utilizar a

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

energia do ATP para desenrolar uma área de 20-0 nucleotidos, incluindo o local
danificado. Este desenrolamento ocorre em duas etapas. Inicialmente o XPB abre uma
pequena zona e permite o acesso da XPA ao local danificado. O XPA contém uma zona
de ligação de DNA que se liga preferencialmente às zonas deformadas da molécula de
DNA. Em seguida, o XPA providencia um segundo nível de selecção para o DNA
danificado em comparação com o normal, de forma a garantir que o DNA normal não
está sujeito a NER.

Em seguida, ligam-se mais duas proteínas ao complexo:

x RPA a maior proteína eucariótica que se liga a cadeias simples de DNA, cuja
ligação é facilitada por uma interacção física com o XPA.
x XPG Nuclease estrutural especifica.

Em seguida, um corte é feito na extremidade da danificação por uma endonuclease

(XPG) entre 2- nucleotidos a partir do erro É feita ainda a partir da extremidade
um segundo corte pela segunda endonuclease (XPF-ERCC1) entre 15-24 nucleotidos.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Finalmente, as proteínas responsáveis pela replicação RFC PCNA e DNA Pol ε ou δ

ligam-se ao grupo -OH gerado pelo corte gerado por ERCC1-XPF e sintetiza a nova
cadeia de DNA que preenche o espaço vazio. Isto leva à libertação do DNA danificado e
de TFIIH, XPA, XPG e XPF-ERCC1. O processo final é feito pela DNA Ligase I.

31. Descreva o mecanismo de mismatch-repair, referindo-se às proteínas

envolvidas neste mecanismo?
Características básicas da via de reparação por mismatch é conservada da E.coli
para humanos, mas apenas homólogos de MutS e MutL aparentam ter sido
conservadas ao longo da evolução. Deficiência hereditária na reparação por reparação
mismatch causa um aumento da taxa das mutações genéticas e a susceptibilidade a
certos tipos de cancro, incluindo cancro colon-rectal sem formação de pólipos. A
reparação por mismatch depende de um número de actividades nas células humanas,
incluindo:
x MutSα heterodímero MSH -MSH ou MutSβ MSH -MSH3),
x MutLα MLH -PMS2),
x Exonuclease EXO1
x DNA polimerase δ
x Grampo de replicação (replication clamp) PCNA
x Carregador da braçadeira (clamp-loader) RFC (replication factor C)
x Proteína de ligação ao DNA RPA (replication protein A)
x Proteína cromossomal não histónica (nonhiston chromosomal protein) HMGB1
(high monility group B protein 1)

A reconstituição da reparação por mismactch num sistema in vitro tem mostrado

que apesar de serem necessários estes factores todos para uma reparação eficiente, a
MutSα EXO e DNA polimerase δ são indispensáveis MutSα parece mediar a maioria
dos eventos de reconhecimento de mismatch nas células dos mamíferos, enquanto
que MutSβ tem um papel limitado na reparação de base-base mismatches, mas repara
mispairs por inserção delecção de forma mais eficiente que MutSα

O primeiro passo na reparação por mismatch é o reconhecimento do erro. O

método da descriminação da cadeia (strand discrimination) (em que a cadeia filha é a
cadeia com o erro) nas células dos mamíferos é desconhecido. Um modelo propôs que
extremidades de um fragmento de Okazaki e a maquinaria da polimerase associada
com extremidades da cadeia nascente pode fornecer marcados para a discriminação
da cadeia na reparação de mismatch pós-replicação.

Na E.Coli a nova cadeia sintetizada com o erro é identificada pela ausência de

grupos metilo nas sequências GATC. Quando o mismatch é reconhecida, a reparação
não evolve apenas a simples remoção do nucleótido mal emparelhado. Em vez disso,
uma larga região do DNA incluindo a parte mismatch é excluída. No entanto, como isto
ocorre ainda é um assunto de estudo. O modelo da troca molecular (molecular switch

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

model propõe que a ligação de ATP a MutSα forma uma pinça deslizante análoga à
PCNA) no DNA mal emparelhado (mismatched). O passo limitante na via seria a troca
da ligação ADP por ATP na MutSα no sítio da mismatch.

Em conjunto com MutLα propôs-se que MutSα difunde tanto ou para várias
centenas de nucleótidos ao longo da estrutura de DNA. A energia da hidrólise do ATP
não é necessária para o movimento do complexo. Em vez disso, a hidrólise do ATP
ocorre quando MutSα finalmente se dissocia do DNA Outro modelo sugere que a
MutSα fica na mismatch durante a reparação

O desenvolvimento do sistema in vitro que reconstitui o mismatch devia ajudar na

avaliação destes diferentes modelos. Sejam moveis ou estacionários, o complexo
MutSα-MutLα desencadeia de alguma forma a activação da maquinaria de reparação

Um tema recorrente emerge de novo- entrega (hand-off) do DNA danificado de um

complexo com uma actividade de nucleasse para um complexo um actividade de
polimerase. A quebra de uma única cadeia pela exonuclease EXO1 inicia a reparação
quer em ou em direcção à mismatch EXO em associação com PCNA em seguida
remove progressivamente a porção da cadeia entre a nick e a mismacth. HMGB1
desempenha um papel na estimulação da actividade da EXO1. De seguida, a síntese no
processo de reparação para substituir a cadeia excluída com o novo DNA é mediada
pela DNA polimerase e os seus factores. Por ultimo, DNA ligase I sela o nick pela
formação da última ligação fosfodiester.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Resumindo em 5 passos:

1- A danificação do DNA é reconhecida pelo complexo MutSα-MutSβ

Movimento do complexo longe do mismatch pode sinalizar a activação o
sistema de excisão na cadeia a quebrar.
2- A quebra de uma cadeia simples em sentido ou é feita pela EXO em
associação com a PCNA a RFC
3- Actividade progressiva de exonuclease da EXO1 remove o mismacth
4- Síntese da reparação em sentido ou é mediada pela DNA polimerase e
factores a ela associados.
5- A ligação da lacuna remanescente na estrutura do DNA é catalisada pela
DNA ligase I

32. O que é o Sincroma de Cockayne?

Os sintomas desta Sindrome têm semelhanças com Xeroderma pigmentosa. Esta

doença é caracterizada por fotossensibilidade, cataratas e surdez, mas não causa
anomalias na pigmentação nem aumenta o risco de cancro da pele. Os pacientes
sofrem de severas retardações mentais e físicas. Têm deformações no esqueleto e
estatura baixa. Morrem perto dos 20 anos. Esta síndrome é dividida em dois grupos:
CS-A e CS-B. Estas são ambas componentes de complexos associados à RNA Pol II e que
têm um defeito na reparação da transcrição. Defeitos nestas proteínas levam a esta
desordem genética.

33. O que é a Xeroderma pigmentosa?

A Xeraderma pigmentosa (XP) é uma doença rara transmitida no padrão de
autossómica recessiva. A incidência na Europa e América do Norte é de 1/ 250000
nascimentos vivos e no Japão de 1/40000.

Para ter Xeroderma pigmentosa, uma criança tem de receber dois genes
deficientes, um de cada progenitor. Os sintomas incluem sensibilidade não usual a luz
UV (fotossensibilidade) e anormalidades nos pigmentos. Mesmo em crianças muito
pequenas a pele é hipersensível a luz e as crianças ganham queimaduras solares após
exposição mínima ao sol. A primeira indicação de Xeraderma pigmentosa é o
aparecimento de sardas na pele quando exposta ao sol. A superfície da pele torna-se
como um pergaminho (parchmentlike) e seca (por isso o nome Xeroderma, do Grego
pele seca Degeneração neurológica é vista em cerca de -40 % dos pacientes.
Estes indivíduos têm um risco muito aumentado de cancro da pele induzido pelo sol. A
média de idade para desenvolver malignidades é 8 anos. 2/3 Dos pacientes morrem
antes de atingir a idade adulta devido ao cancro da pele.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

XP complementation groups

A não normal sensibilidade à luz UV na Xeroderma pigmentosa em pacientes

resulta na incapacidade de lidar adequadamente com lesões no DNA induzidas pela luz
UV. Devido a defeitos genéticos na reparação de proteínas, a danificação do DNA leva
a um aumento da taxa de mutações. A diferenciação é feita entre 7 grupos de
complementação (XPA a XPG) e a variante da Xeroderma pigmentosa (XPV). O grupo
de complementação é o termo que denota várias mutações que não formam um
fenótipo tipo selvagem (normal) depois do cruzamento.

Neste caso o grupo de complementação é definido como quando células de

fibroblastos (pele) de dois pacientes diferentes são fundidas in vitro e a danificação de
DNA é mantida. A capacidade de executar a reparação por excisão de nucleótidos após
a radicação com UV é determinado pela incorporação no DNA de timina marcada
radioactivamente.

A actividade da reparação por excisão de nucleótidos é reduzida em pacientes

com Xeroderma pigmentosa portanto, menos timina marcada radioactivamente é
incorporada no DNA. Se os dois pacientes tiverem diferentes genes defeituosos, as
células reparam-se uma À outra reciprocamente e a danificação de DNA é reparada.

A codificação do gene para DNA polimerase η é defeituoso em indivíduos que

têm uma variante de Xeroderma pigmentosa (XPV). XPV é única na medida em que é o
único dos 8 grupos de complementação da XP que não é deficiente na reparação de
lesões no DNA por excisão de nucleótidos DNA polimerase η pode ignorar dímeros de
timina de uma forma relativamente precisa, inserindo duas adeninas opostas à lesão.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Na ausência de uma DNA polimerase η funcional os dímeros de timina

induzidos pela luz UV são provavelmente ignorados por uma polimerase diferente
assim como a DNA polimerase ζ A precisão reduzida da síntese de DNA durante a
trans-lesão dos dímeros de timina levam a um aumento da frequência de mutação que
contribui para uma doença XPV.

34. Descreva o mecanismo de NHEJ (non-homologous end joining) de reparação

do DNA?
O NHEJ (nonhomologous end-joining/ junção dos terminais não-homólogos) é um
mecanismo eucariótico de reparação de quebras na cadeia dupla de DNA. Estas
quebras são re-juntadas pela ligação directa dos terminais do DNA sem requerer uma
sequência homologa.
Pensa-se que esta é a via de reparação de quebras na dupla hélice mais utilizada
quando estas quebras são induzidas por radiação. A reparação destas quebras é
essencial para manter a integridade do genoma, mas o processo de raparação pode
levar a mutações.
Por exemplo: dois terminais podem ser ligados pela maquinaria de reparação
independentemente se estes terminais são do mesmo cromossoma ou não, e a ligação
dos terminais não-homólogos frequentemente resulta na inserção de eleminações no
local da quebra.
Os passos enzimáticos chave no NHEJ são de acção nucleolítica, polimerização e
ligação. Existe flexibilidade entre a ordem dos 3 passos.

Exemplo:
Após a quebra na dupla-hélice, os terminais quebrados do DNA são reconhecidos
por dois heterodímeros do Ku70 e proteínas Ku70. Os heterodímeros formam um
andaime que junta ps dois terminais, permitindo que as outras enzimas actuem. O
heterodímero Ku recruta a nuclease (Artemis/DNA-PKcs), as polimerases (DNA
polimerases) e o complexo da ligase (XRCC4-DNA ligase IV) ao sitio da lesão. A
endonuclease Artemis é activada após ser fosforilada pela subunidade catalitica da
proteína cinase dependente de DNA (DNA-PKCS). O complexo Artemis/DNA PKcs
activado apara o excesso ou o DNA lesado no sitio da lesão. As DNA polimerases são
requeridas para todos os eventos de NHEJ onde é necessário o preenchimento de
lacunas ou as extensões 32 e 52. A junção do terminais é então feita pela DNA ligase IV
com associação com a XRCC4.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

35. Descreva o mecanismo de Global Genome NER (GG-NER) ?

Ver descrição do processo NER pergunta 30.

O GG-NER é a via responsável pelo reconhecimento de danos no genoma todo.

Existem duas proteínas heterodiméricas diferentes que cooperam entre si para
reconhecer o local danificado.
9 UV-DDB (UV- damage-DNA-Binding Protein) consiste na DDB1 e na XPE
(também denominada DDB2);
9 Dimero XPC/HR23B aparentemente reconhece os danos no DNA com
base na extensão da distorção da estrutura da hélice de DNA causada
pela lesão.
Os restantes passos desta via são iguais aos descritos para o NER, apenas difere nas
proteínas que reconhecem os danos.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

36. Descreva o mecanismo Transcription-coupled NER (TC-NER)?

Esta via identifica lesões na cadeia transcrita de DNA de genes activos.

As lesões no DNA são reconhecidas por uma haloenzima a RNA polimerase. O TC-
NER requer todas as enzimas que o GG-NER à excepção da XPE, XPC e HR23B. Os
restantos passos também são comuns ao NER.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

37. Identifique os danos/erros no DNA que são reparados por cada um dos
seguintes mecanismos : HR, NHEJ, BER e NER?
BER:
x Oxidação, alquilação, desaminação de bases;
x Incorporação incorrecta de Uracilo;
x Despurinação ou dispirimidinação hidrolitica.
NER:
x Distorções estruturais como dimeros de timina induzidos pela radiação UV;
x Substituições;
x Pequenas eliminações.
HR e NHEJ:
x Cortes ou quebras na cadeia dupla de DNA introduzidas por radiação ionizante.

38. Para que servem os mecanismos de tolerância à danificação do DNA?

Os mecanismos de tolerância à danificação do DNA servem para reparar DNA

danificado quando a célula não o reparou, mas já replicou o seu DNA ou então se já
diplicou o seu DNA e se dividiu antes de reparar a lesão. Apenas são utilizados em
situações de recurso em que a célula não tem outra alternativa de reparação do
DNA.

39. Como funciona a reparação por recombinação?

A reparação por recombinação pode ter problemas, uma vez que, na replicação ao
passar um dimero de Timina vai formar uma lacuna no dimero oposto que necessita de
ser reparado. Assim, neste caso, não é possivel a reparação por excisão porque não
existe DNA não danificado no dimero oposto, mas sim uma lacuna.
Primeiro o DNA é replicado. Isto cria um problema para o DNA com o dímero de
pirimidina porque o dímero pára a maquinaria de replicação. No entanto, após uma
pausa, a replicação continua, deixando o espaço do dímero. De seguida, a
recombinação ocorre entre a cadeia com a lacuna e o seu homólogo, na cadeia filha do
duplex de DNA. Esta recombinação depende do produto do gene recA, com a troca da
cadeia homóloga de DNA. O efeito de rede da recombinação é para preencher as
lacunas do dímero de pirimidina e, para criar uma nova lacuna na outra cadeia duplex
de DNA. Contudo, como a outra cadeia duplex não tem dímeros, a lacuna pode ser
facilmente preenchida pela DNA polimerase e ligase. De notar que o dano no DNA
ainda existe, no entanto a célula pelo menos conseguiu replicar o seu DNA. Mais tarde,
poderá ocorrer a reparação do DNA.

Recombinação homologa:

Este processo é essencial para os organismos eucariotas, mantém a integridade

do genoma mediando a segregação dos cromossomas próprios durante a meiose. A
recombinação meiotica normalmente dá origem ao crossing-over entre genes nos dois

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

cromossomas homologos parentais, assegurando a variação nos conjuntos de genes

passados para as gerações seguintes.
A recombinação homologa é um mecanismo importante para reparar as
quebras na dupla hélice de DNA. Quebras na dupla hélice normalmente são um tip de
lesão no DNA letal. Para coordenar a progressão do ciclo celular com a reparação, a
resposta celular para estes danos tem de ser rápida e bem orquestrada. Uma serina-
treonina cinase no núcleo denominada ATM (ataxia telangiectasia mutated) é o
transdutor de sinal principal. A exposição de células a radiação ionizante ou a outros
agentes com capacidade de quebrar a dupla hélice aumenta a actividade da ATM
cinase. Esta é recrutada até ao local da quebra e fosfoila algumas das proteinas
envolvidas na reparação do DNA (como a BRCA1) e no controlo do ciclo celular.
A resposta celular a quebras na dupla hélice resulta na localização dos sitios
quebrados, que assim como o recrutamento da ATM, contém a maioria das proteínas
de reparação Rad52 na célula. Estes locais podem envolver mais que uma lesão no
DNA.
O complexo MRN é recrutado para o local de quebra e inicia a reparação.
Primeiro o DNA é processado pela actividade da - exonuclease do complexo
MRN para formar caudas de cadeia simples. O complexo de MRN forma uma ponte
entre os terminais do DNA pela via do dominio em espiral do dimero Rad 50. As
caudas das cadeias simples do DNA são reconhecidas pela Rad 52. Inicia-se a invasão
pela cauda 32 com sequencias homologas intactas iniciadas pela Rad51.
As proteinas Rad54, Rad55, Rad57, BRCA1 e BRCA2 também estão envolvidas
na recombinação homologa, mas não se percebe o seu papel.
A troca de cadeias gera uma molécula conjunta entre o duplex danificado e o
não danificado de DNA. A informação da sequência é restaurada pela sintese de DNA
utilizando a maquinaria de replicação. As moleculas interligadas são então processadas
pela migração do ramo e pela resolução fa junções de Holliday, seguidas da ligação das
cadeias de DNA reparadas.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

40. Explique o modelo de Holliday?

Este modelo não requer a síntese de DNA. O DNA heteroduplex é o DNA formado
durante a recombinação que é composto por cadeias de DNA que originalmente
derivam de diferentes homologos.
Inicialmente as duas moléculas de duplex de DNA, com alelos diferentes, são
quebradas no mesmo sitio nas duas cadeias. De seguida o DNA perto dos cortes é
removido permitindo que as cadeias invadam (par) o duplex homologo. Esta invasão
cria uma junção-Holliday e as junções criadas vão-se movimentar ao longo das cadeias
(migração do ramo). A migração aumenta a troca de DNA, e esta troca resulta em DNA
heteroduplex.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

A resolução, acabamento da recombinação, requer o corte do DNA. O local do

corte determina se a recombinação resulta em produtos de crossover ou em
produtos de remendo. Esta junção é resolvida em dois duplexes por um complexo
enzimatico denominado resolvassoma. Se forem cortadas as cadeias que não estavam
partidas na reacção inicial resulta no splice ou produtos de crossover regiões da
molécula parental que estão ligadas covalentemente a um região de um hibrido
duplex). Se forem cortadas as cadeias que já se encontravam quebradas resulta num
produto de remendo (região do DNA hibrido no cromossoma parental, não ocorre o
crossing-over).

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

41. Explique o modelo de Meselson e Radding?

O modelo proposto por Meselson e Radding gera uma estrutura Holliday com um
corte numa cadeia simples de um único cromossoma, em contraste com o modelo de
Holliday, no qual um corte é feito numa cadeia em cada uma das cromátides
homologas. A seguir ao corte na cadeia simples ocorre a sintese de DNA. A cadeia
deslocada invade o segundo duplex gerando um loop, que é excisado. Depois de
ocorrer a ligação para se formar uma estrutura de Holliday, seguido da migração do
ramo, um heteroduplex é gerado em cada cromossoma. É de notar a falta de simetria
na resolução do heteroduplex de DNA quando comparando com o modelo de Holliday.
No modelo de Meselson-Radding, uma das cromátides do duplex tem uma região
heteroduplex, em vez de duas cromátides teres regiões heteroduplex. No entanto a
migração do ramo e a isomerização pode originar uma estrutura que tem regiões
heteroduplex em ambos os duplexes, que explica as razões aberrantes.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

42. Porque é que as helicases são necessárias na recombinação? Quais são e onde
atuam?

As helicases são necessárias na recombinação para que a dupla hélice do DNA seja
aberta e ocorra o mecanismo. As helicases envolvidas são:
x RecBCD: abre a dupla hélice do DNA junto ao corte, produzindo uma cadeia
livre simples.
x RuvA/RubB: aumenta a eficácia na migração do braço, abrindo a dupla
hélice após a formação da junção de Holliday.
Assim, as helicases funcionam como reguladoras do inicio da recombinação.

43. Para que serve o ATP na recombinação?

O ATP é necessário para que as hélices RuvA e RuvB possam a actuar, pois a sua
função requer gastos de energia, formar um complexo.

44. Porque é que a junção de Holliday migra durante a recombinação? Para que
serve esta migração?

Quando há movimentos da junção de holliday são quebradas ligações de pares de

bases e ao mesmo tempo são formados novas ligações.A junção de Holliday migra
graças à presença do complexo ruvAB-junção pois as proteínas ruvA e B funcionam
como uma helicase que vai abrindo a dupla cadeia ao longo do braço, possibilitando a

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

migração da junção. Esta migração possibilita, assim, a troca de cadeias de DNA por
sucessivos cortes, possibilitando, então, a recombinação.

45. O que é um Hot spot de recombinação?

São zonas de preferência de combinação nos cromossomas. Nas Hot spot a taxa de
recombinação é maior do que seria de esperar. Já nas zonas cold spot a taxa de
recombinação é mais baixa do que seria de esperar.

46. Qual a importância evolutiva da recombinação homóloga? Qual a sua função

principal?
9 Eliminam quebras na dupla hélice;
9 Preservam a forquilha de replicação;
9 Manutenção da telomerase;
9 Troca de informação entre gâmetas femininos e masculinos;
9 Segregação dos cromossomas durante a meiose formando
crossing-over.

47. Descreva as funções principais da recombinação do DNA?

As funções estão ligadas com o aumento da variabilidade genética o que promove

imuneras diferenças fenótipicas. Muitas das vezes é vantajoso pois promove
resistência a doenças, por exemplo.

48. Descreva a função e indique as proteínas que interagem com a recombinase

Rad51?

A recombinação homóloga é mediada por uma classe de enzimas chamadas

conservada recombinases Esta catalisa o emparelhamento e embaralha o DNA
homólogo em eucariontes através de um intermediário filamentoso (filamento pré-
sinaptico).

49. Descreva a função e indique as proteínas que interagem com a recombinase

Dmc1?

50. Descreva a função da recombinase Rad51?

A recombinação homóloga é mediada por uma classe de enzimas chamadas

conservada recombinases Esta catalisa o emparelhamento e embaralha o DNA
homólogo em eucariontes através de um intermediário filamentoso (filamento pré-
sinaptico).

51. Descreva a função da proteína BRCA2, indicando as proteínas que interagem

com esta?

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

A BRCA2 promove a quebra numa cadeia simples e é um mediador da

recombinação. É uma proteína que pertence ao grupo dos genes supressores de tumor
e está envolvida na reparação de lesões cromossómicas. Interage com a RPA, Rad51.

52. Descreva a função do complexo Hop2-Mnd1, indicando as suas interações no

processo de recombinação?

É um complexo que actua em 2 passos críticos para melhora a actividade da

recombinase Rad51. Primeiro estabilizam o filamento pré-sináptico. HAP2-Mnd1
depois cooperam com o filamento pré-sináptico para capturar uma molécula de DNA
que sofreu souble-strand

53. Descreva o que entende pelo termo epigenética?

A epigenética é definida com modificações no genoma, que afectam a maneira

como os genes funcionam, e que é herdável durante a divisão celular, não envolvendo
uma mudança na sequenciação do DNA. Os mecanismos epigenéticos actuam de
forma a alterar a acessibilidade da cromatina, envolvendo modificações no DNA e/ou
modificações nas histonas.

NOTA: Diferencia-se da genética uma vez que esta envolve genes que codificam
para proteínas, e essa informação escrita no DNA (A, T, G, C) passa para a geração
seguinte. Os genes são expressos e regulados em qualquer momento da vida da célula,
e a regulação pode envolver factores ambientais tais como chumbo, enxofre presente
numa determinada comida etc

54. Descreva a estrutura e função dos nucleossomas?

A molécula de DNA não se encontra sozinha no núcleo, mas sim acoplada a

proteínas específicas, as histonas. Esta ligação permite um enrolamento de ordem
superior, que permite a organização do DNA numa estrutura denominada cromatina. A
cromatina num nível de organização mais simples é uma hélice dupla de DNA. Num
primeiro nível de organização, o DNA complexa com histonas para formar
nucleossomas.

O nucleossoma, subunidade estrutural básica da cromatina, apresenta a seguinte

as seguintes características estruturais:

x Contém cerca de 200 pares de bases de DNA e duas cópias de cada histona
nuclear: H2A, H2B, H3 e H4.
x O DNA está enrolado na superfície exterior do octâmero proteico.
x Cada octâmero tem a estrutura de um tetrâmero de H32-H42 associado a dois
dímeros de H2A-H2B.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

x Cada histona está extensivamente interdigitada com a sua parceira.

x Todas as histonas nucleares têm o motivo estrutural da conformação da
histona, com o terminal amínico e carboxílico fora do nucleossoma

Como já foi referida a sua função prende-se com a organização genómica,

possibilitando a aproximação física de genes que numa situação linear estariam
afastados, compactando desta forma o DNA.

DNA (cerca de 200 pares de bases)

Te(H3-H4)2
Tetrâmeros

Dímer
Dímeros (H2A-H2B)

NOTAS:

x Os cromossomas não estão sempre no mesmo estado condensado, durante a

interfase estes existem num estado descondensado chamado cromatina.
Existem dois tipos de cromatina que que podem ser vistos durante a interfase:
eucromatina (forma pouco compactada, contendo áreas de DNA que são
sujeitas a transcrição activa) e heterocromatina (estrutura altamente
compactada, constituída por DNA inacessível e inactivo).
x Nucleossoma - primeiro nível de organização.
x Cromatossoma nucleossoma + histona linker (H1).
x Beads on a string: Fibra de 10 nm constitui o segundo nível de organização e é
responsável pelo enrolamento do DNA. Esta é ainda mais enrolada para
produzir uma fibra de 30 nm de diâmetro num arranjo helicoidal, que é
estabilizado por histonas linkers.

55. Identifique as histonas core e descreva como é que elas formas um octâmero
de histonas?

As histonas nucleares core apresentam as seguintes características

x Altamente conservadas.
x Peso molecular compreendido entre 11,000 16,000 Da.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

As histonas nucleares estão organizadas como um octâmero composto por um dímero

de histonas H2A e H2B em cada ponta do tetrâmero de histonas H3 e H4 central.

56. Qual é a função das histonas de ligadoras (linker histones)?

As histonas de ligadoras linker apresentam as seguintes características

x Mais variáveis.
x Ligeiramente maiores (isto é, mais de 20,000 Da).
x A histona linker H1 (ou nas formas alternativas H5 e H1º) ocorre entre os
octâmeros do core e formam uma espécie de clip a prender o DNA ao
nucleossoma.

A H1 está associada ao linker DNA e pode estar envolvida no ponto em que o DNA
entra ou sai do nucleossoma, podendo esta ser removida sem afectar a estrutura do
nucleossoma. Os nucleossomas que contêm histonas de ligadoras são referidos como
cromatossomas.

57. Descreva o que entende por código de histonas?

Quando é necessário replicar um genoma, o DNA está altamente enrolado e

compactado. Para a célula aceder ao DNA é necessária uma alteração pós-traducional
de resíduos básicos das histonas (sobretudo lisinas), que diminuem a carga positiva das
proteínas e abrem a cromatina, havendo assim menor interacção DNA-histona,
deixando o gene acessível à maquinaria de replicação. As histonas são modificadas por
acetilação, metilação, fosforilação e outras modificações.

O bromodomínio é encontrado numa variedade de proteínas que interagem com a

cromatina, sendo utilizado para reconhecer locais com histonas acetiladas. Muitos
motivos de proteínas reconhecem lisinas metiladas, tal como cromodomínios e
domínios PHD.

Ora, o código de histonas é então definido como as combinações de modificações

específicas de histonas que definem a função de regiões de cromatina. Esta hipótese
foi lançada pois, para além de informação genética, há informação epigenética que
interessa perceber que efeito irá causar.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

58. Descreva a função e o mecanismo de ação dos complexos de remodelação da

cromatina?

O processo de remodelação da cromatina é um processo activo:

x Os complexos envolvidos na remodelação da cromatina são macrocomplexos

multienzimáticos com actividade de ATPase.
x Os complexos de remodelação podem alterar, deslizar ou deslocar
nucleossomas.
x Alguns complexos de remodelação podem substituir uma histona por outra
num nucleossoma.
x Consoante a actividade que se tem e o DNA que é preciso tornar acessível, há
complexos de remodelação envolvidos diferentes.

Os complexos de remodelação da cromatina partilham algumas características, tais

como:

x Ligam nucleossomas.
x São ATPases dependentes de DNA.
x Reconhecem modificações em histonas.
x Actividade de ATPases pode ser regulada.
x Interagem com proteínas.

NOTAS: Replicação de cromatina requer a montagem de nucleossomas

x Os octâmeros não são conservados durante a replicação, para que haja

acessibilidade da maquinaria celular do DNA, mas os dímeros H2A-H2B e o
tetrâmero H3-H4 são conservados.
x Há diferentes vias de montagem de nucleossomas durante a replicação e
independentes da replicação.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

x Há necessidade de proteínas acessórias para a montagem de nucleossomas.

x O CAF-1 (Chromatin Assembly Factor 1) e o ASF1 (Anti-Silencing Function 1) são
proteínas de montagem de histonas que estão ligadas à maquinaria de
replicação. Transferem o core dos nucleossomas da cadeia-mãe para as
cadeias-filhas que estão a ser sintetizadas e há simultaneamente síntese de
cores. Quando os cores se ligam às cadeias-filhas, os dímeros H2A-H2B
depositam-se à superfície do tetrâmero H3-H4.
x O HIRA (proteína de montagem) e a H3.3 (variante de H3) são usadas na
montagem independente da replicação.

59. Descreva o significado do termo remodelação da cromatina?

Remodelação da cromatina é a modificação dinâmica da arquitectura da cromatina

para permitir o acesso do DNA genómico condensado à maquinaria transcricional, e
assim, controlar a expressão do gene.

60. Descreva como é que a acetilação das histonas permite a transcrição dos
genes?
As histonas recém-sintetizadas, são acetiladas em locais específicos, e depois
desacetiladas após serem incorporadas nos nucleossomas. A acetilação de histonas
está associada com a activação da transcrição de genes, ao passo que a desacetilação
está associada à repressão da actividade génica, nomeadamente a transcrição.

A aceptilação é reversível, sendo cada sentido da reacção catalisado por enzimas

específicas:

x Acetilação KATs (lisina (K) acetiltransferase) e HATs (histona

acetiltransferase). Os activadores de transcrição estão associados com a
actividade de HAT.
x Desacetilação HDACs (histona desacetilase)

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

A aceptilação de histonas leva à activação de genes, provavelmente por vários

mecanismos, , um deles sendo por enzimas ligados à remodelação da cromatina tal
como a Swi2, que contém:

x Bromodomínio Reconhece e liga-se a resíduos de lisina acetilados.

x Domínio de remodelação da cromatina dependente de ATP utiliza a energia
da hidrólise de ATP para afastar os octâmeros, permitindo que a maquinaria de
transcrição tenha acesso aos genes.

61. Descreva o mecanismo de deposição (localização) dos nucleossomas nos

cromossomas?
É importante para a localização dos nucleossomas a sequência de DNA, o sítio de
início de transcrição e factores trans, nomeadamente factores de transcrição,
maquinaria transcricional geral e ATPases de remodelação de cromatina, cujas
actividades destes últimos é possível ser esquematizada da seguinte maneira:

62. Porque é que a metilação das sequências CpG está associada ao termo
transmissão (herança) epigenética?
Metilação é a adição de grupos metilo no carbono-5 de resíduos de citosina que
precedem uma guanina, as chamadas ilhas CpG. As enzimas responsáveis pela
metilação são as metilases e as deacetilases catalisam o processo inverso.
A regulação da transcrição dá-se pela presença ou ausência de metilação do promotor
de um gene: quando o promotor se encontra metilado verifica-se que a transcrição é
inibida; se o promotor não está metilado então a transcrição decorre normalmente.

A metilação do DNA é sempre feita na citosina das sequencias GC e caso não

ocorresse metilação de manutenção após a replicação, havia cópia do genoma mas
não do epigenoma, e por isso estariam em causa padrões de metilação diferentes.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)

 lOMoARcPSD|7785343

Estados de transcrição também podem ser passados de geração em geração, sendo

que esta forma de hereditariedade, denominada hereditariedade epigenética, é tão
importante como a hereditariedade genética.

A epigenética é o estudo de alterações estáveis e persistentes na função dos genes,

que não estão relacionadas com alterações na sequência de DNA. Envolvem alterações
do DNA, num locus específico, capazes de modificar os fenótipos produzidos sem
alterar a sequência de DNA, levando a alterações dos padrões de expressão dos genes,
por manipulação de modificações pós-traducionais nos resíduos de histonas, como por
exemplo o padrão de metilação de histonas, tornando o DNA acessível à maquinaria de
transcrição.

NOTAS: Genomic Imprinting

x Consiste na expressão genética de apenas um dos dois cromossomas

parentais.
x Isto acontece devido a instruções epigenéticas (imprints), na forma de
metilação diferencial dos dois alelos parentais do gene imprinted.
x Acontece apenas nos mamíferos.
x A perda do imprinting está implicado num eterminado número de doenças
genéticas tal como alguns cancros nos humanos.

Downloaded by se a vida fosse (seavidafosse@gmail.com)